Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsKeNa_12g0006780 | OGI:04044150 | 16/16 | KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr12:5544808-5551350 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
| DNA seq | tagtagtcttagattttgcattttgatgagcctcgttttgaggaattcatggaataatccattttcatggaataatgaattaaggaagaaaggatatgagtctaccgcttacaagaaaagatctcatgatagtcaatatgggccctcagcacccatcaatgcatggtgttcttcgactgatcgttactctcgatggtgaagatgttattgattgtgaacccatattaggctatttacacaaaggaatggaaaaaaatcggcaaataggaaagctacttaggcaggagataggggaattccttaagaaaggaaaaagaataagaacacagatacataacataaaaaaagaataaataagacgaaattcgacctccccctacatatttaatttcttctcctatacaaaaactagcaagacctactccattggtaattccatcaatgacacccttgtcgaaaaactgcgttagttcggttaatcctcttatacccaaggtaaaggtcctagtatagaaaatatctatataaccacgattatatgaccaactatatatcTttttttttagttgatggaaaaaatactttttcggaccccccttttacaaaggaatttattaaatccaaattctgaaaaaaagagtaagcagatccataaaacatatatgctatgaatagaccaaaaatagctagacttacagaagaaattgcatttgtgataaattcatatgaatttatggaagaattagaactttcttggaaaaagttgattgagggagttagccactttgataatatggttaattcccctatttcattatcaaaatggattcctatagatccaataaacaaagtacaaagcagtaatataagaagaggaaatagcatagtatttcccggttcatgaggatagacaaatgtgtttttaagtccccaatgaagtactaaaggaccctatcctatttcctgtattaacatgaattttggatagattttgtgAaaaaaaagaaactccactcttcgctgttgataaaacgaaatctctattgactcctttagatatcctttttccccataacgatattgaatacaacgaatcctctttagtactactgtaattttgaaaatgaacacgcaaatacccatcaaaagtaagtaaatatatccaaaacatataaaatgcagttaatcctgcagtaaaagaagctattattccaaaaaagggtgaatataaccaactattactaaggattttatctttggaccagaagcaagcaagaggtggaataccacaaagagaaagggtaccccataaaaaacaagttcttgtaattggaatgtattttcttaaaccaaccataagaaccatattctgacttttatctggtgaatatccaacaagaggttccattgaatgaataacatatccggatcccaagaataataaagctttcgaataagcatgagtgatcaaatggaataaagcagcttgataagaacctatacctagagctaacatcatataacccaattgagacattgtagaataggctaagcttcttttaatatctctctgagcaagagctaaagtggctcctaagaaaagtgctagtgtacctattaaagaaatgaaactcattatcaaaggtagggatatgaaaagaggaagaagtcgagctataagaaaaatccccgaagcaaccatagttgctgcgtgtataagagctgaaatgggggtgggtccttccatagcatcgggtaaccatacgtgaagagggaattgtgccgatttcgcaactgcaccaaggaataataaaaaagcacacaaaatagtaagcaaggagttaatctcattattaggaatccagttattagctattttaaacaaatcccgaaactctaaactacctgttatccaaaaaaacctagaattcctaataacagaccaaaatcccctacacgattagttacaaaagctttttgacaagcactcgctgcaattggccgtgtaaaccaaaaacctatcaataaataggaacacattcccacaagctcccaaaaaaataaatttgtatcaaattggaactagtaaccaatcccaacatggaagtattgaaaaaacttatataaacaaaaaatctcaaatatccctcatcgtgagacatataatcatcactataaataagaaccaggattcctacagtagtaattagtattaacataatagaactaagcgggtcgattaagtatccaaattctaaggaaaaatcattattgacggtccaagaccatagatattgatagatagaacttccatttatttgttgaatagacaggtgaactgagaatgccatagctatacttaaaagtaaaacactaggaaaagcccatatgcgacgaagattttttgttgctgttggaacaagaaaaagtccaaaccccattgacataataactggaagtgggagaagagggattacccatgcatattgatatgtatgttccataagaaaagaaattgcaatttttacttgaaaattttacttcaaTttttctataaaattgaaaaaagtttccgattcaccaaactaattcttatctttttctgaacgaataaaaaaatactagaattcttaatttttcaaaaaatttcttattgaaacaatcaaaaaataagaataggttttgttggttaaagtcaaaaagttaatgaaataacttcgttacctagttattacctaaagaaggacttttattaaaatacaaaaaaaagattgaatcattttactttaatatttttttgtattaaaatgaagcagctcccttgtttcgtaactcaaattgattggaattcaattctggaattttcccttccttttatcctcccgtcttatatgggggataggcccccataccttatatctgtatatggagagtatacttgaaatataaattgatttaaatagaaaacctttgtatatattctatattattaaaacaaagtctaaaaaaatatataatatgttaaaaaactcttgtcttatccgcattagacaaaatgaagtaaaaaagaattcagaatttcaatatcttttagtatctaagtataaatactaagaaaaagaagaaagatggattgatttgcggcaatagatgtctttcacatacaactagaaaaaagtaatttcctttttgaatggcagttccaaaaaaacgtacttcgatgtcaaaaaagcgtattcgtaaaaatctttggaagaaaaagacttatttttccatagtacaatcttattctttagcaaaatcaagatcattttctggcgtcagcgagcatccaaaaccaaagggtttttctcggcaacaaacaaacaaataatagggttttgggataatatgaattgacctatccccaaaaaattccaattatttaatatgaataattaggaataattaggattaattaatgagtttacttttatgtgtcgaattcctcggtacaatattcttagaacaaacctctctgatatataaaaaaagggtttttggtatactgtgacctaaatattcttttcctatcaatgaacttttcgtaatagaatccgtataataaataaaaaaaggggattctattatgaaaagtagagtattcctacaataagacttacaacttctacctatcttatcctaaattaacaaaaaaattagttctatattgcaactgagaaaaaattgttccaactctttcaaagtttctattgggcaaagcaagaatttttttgttaaaaaatttgcaacgatactaccaaacgaagtctattttaatgaagattctaatgtcctaaattctatggaatcttccaatctcgacgattcgcgagaaaataacttaatattcttttaataaacctgttatttcaacttagccgccatggtgaaattggtagacacgctgctcttaggaagcagtgctcaagcatctcggtttgagtccgagtggcggcagtctcgaaaaagaatacaatagattataaaataaaatggattcaattcaaaatttccaattttgtaatgggaccttctccttatgctatttgcaacattagaacatatactaactcatatttctttctcaacaatttcaattgtgattatgattcatttaataaccttattagttcgtgaacttgggggattgcgtgattcgtcagaaaaaggaatgatagccacttttttctgtataacaggattcttagtttctcgttgggcttcttcgggacattttccattaagtaatttatatgagtcattgatcttcctttcatgggctctgtatattcttcatatgattcctaagatacagaactctaaaaatgatttaagcacaataactatgccgagtactattttaacgcaaggctttgccacgtcgggtcttttaactgaaatgcatcaatccacaatactagtacctgctctacaatctcagtggttaatgatgcatgtcagtatgatgttactaagctatgcgactcttttgtgcagatccttattatccgccgctcttctaatgattagatttcgaaaaaatttagatttcttttcgaaaaagaagaaaaatgttttgcttaaaacatttttctttaatgagattgaatatttctatgcaaaaagaagtgctttaaaaagcaccttttttcctttatttccaaattattacaaatatcaattaattgagcgttcggattcttggagttatcgtgccattagtctagggtttacccttttaaccataggtattctttgtggagcagtatgggctaatgaggcgtggggatcctactggaattgggatcctaaagaaacttgggcatttattacttggaccatatttgcaatttatttacatagtagaacaaatccaaattggaagggtatgaagtcagcatttgtagcttccataggatttcttataatttggatctgttattttggtatcaatctat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| CDS seq | atggatagatgtcttcaatttccactggagattgggaatcgatggactttcattaggatctattttattgacaggatttatgactatttagctactttagcagcttggccggttacccggaattcccgattattctatttcctgatgctagcaatgtatagcggtggttccatatttttcttaatcggagttctaggtatgggcttatacggttccaacgaaccaagattagatttggaaagattaattaatcaatcataccctgcaacattggaaatactattttattttggcttccttattgcttatgctgtcaaattgccgattatacccctacatacgtggttaccagatacccatggggaagcgcattacagtacatgtatgcttttagcgggaatcctattaaagatgggagcatacggatttgattcggatcaatatggaattgttacctcatgctcattatctattttccccttgcttcaacttctcttggccaacgcaatttcaaaaaaAAGAATAGCCTACTCCTACGTCTCTCACATGGGTTTCATTATTATAGGAATTGGTTCCGTAACCAACATTGGACTCAATGGAGCTATTTTACAAATATTATCCCATGGATTTATTGGGGCTACACTTTTTTTCTTAGCGGGAACGGCTTGTGATAGAATGCGCCTTGTTTATCTCGAAGAACTGGGAGGGGTTTCTATCCCAATGCCAAAAATTTTTACCATGTTTAGTAGCTTTTCAATGGCTTCTCTTGCCTTACCAGGAATGAGTGGTTTTGTTGCGGAATTAGTAATGTTCTATGGATACAAGCTATTTCATGTTCCAAACGAAAATTTTGAGGATTCCGGCCCGCGAGAACTCTTTCTTTTAATCTGTATCTTTTTACCAGTAATAGGAATCGttgcgaaatcggcacaattccctcttcacgtatggttacccgatgctatggaaggacccacccccatttcagctcttatacacgcagcaactatggttgcttcggggatttttcttatagctcgacttcttcctcttttcatatccctacctttgataatgagtttcatttctttaataggtacactagcacttttcttaggagccactttagctcttgctcagagagatattaaaagaagcttagcctattctacaatgtctcaattgggttatatgatgttagctctaggtataggttcttatcaagctgctttattccatttgatcactcatgcttattcgaaagctttattattcttgggatccggatatgttattcattcaatggaacctcttgttggatattcaccagataaaagtcagaatatggttcttatgaatttggatttaataaattcctttgtaaaaggggggtccgaaaaatttttcgacaagggtgtcattgatggaattaccaatggagtaggtcttgctagtttttgtataggagaagaaattaaatatgaattcccctatctcctgcctaagtag
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| Protein seq | MDRCLQFPLEIGNRWTFIRIYFIDRIYDYLATLAAWPVTRNSRLFYFLMLAMYSGGSIFFLIGVLGMGLYGSNEPRLDLERLINQSYPATLEILFYFGFLIAYAVKLPIIPLHTWLPDTHGEAHYSTCMLLAGILLKMGAYGFDSDQYGIVTSCSLSIFPLLQLLLANAISKKRIAYSYVSHMGFIIIGIGSVTNIGLNGAILQILSHGFIGATLFFLAGTACDRMRLVYLEELGGVSIPMPKIFTMFSSFSMASLALPGMSGFVAELVMFYGYKLFHVPNENFEDSGPRELFLLICIFLPVIGIVAKSAQFPLHVWLPDAMEGPTPISALIHAATMVASGIFLIARLLPLFISLPLIMSFISLIGTLALFLGATLALAQRDIKRSLAYSTMSQLGYMMLALGIGSYQAALFHLITHAYSKALLFLGSGYVIHSMEPLVGYSPDKSQNMVLMNLDLINSFVKGGSEKFFDKGVIDGITNGVGLASFCIGEEIKYEFPYLLPK |
||||||||||
| Function | NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4, chloroplastic [UniProtKB/Swiss-Prot:P0C325] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsKeNa_12g0006780 | OsKeNa_12g0006780.01 | Chr12 | 5545080 | 5551350 | - | NAM | ||
| CDS seq | atggatagatgtcttcaatttccactggagattgggaatcgatggactttcattaggatctattttattgacaggatttatgactatttagctactttagcagcttggccggttacccggaattcccgattattctatttcctgatgctagcaatgtatagcggtggttccatatttttcttaatcggagttctaggtatgggcttatacggttccaacgaaccaagattagatttggaaagattaattaatcaatcataccctgcaacattggaaatactattttattttggcttccttattgcttatgctgtcaaattgccgattatacccctacatacgtggttaccagatacccatggggaagcgcattacagtacatgtatgcttttagcgggaatcctattaaagatgggagcatacggatttgattcggatcaatatggaattgttacctcatgctcattatctattttccccttgcttcaacttctcttggccaacgcaatttcaaaaaaAAGAATAGCCTACTCCTACGTCTCTCACATGGGTTTCATTATTATAGGAATTGGTTCCGTAACCAACATTGGACTCAATGGAGCTATTTTACAAATATTATCCCATGGATTTATTGGGGCTACACTTTTTTTCTTAGCGGGAACGGCTTGTGATAGAATGCGCCTTGTTTATCTCGAAGAACTGGGAGGGGTTTCTATCCCAATGCCAAAAATTTTTACCATGTTTAGTAGCTTTTCAATGGCTTCTCTTGCCTTACCAGGAATGAGTGGTTTTGTTGCGGAATTAGTAATGTTCTATGGATACAAGCTATTTCATGTTCCAAACGAAAATTTTGAGGATTCCGGCCCGCGAGAACTCTTTCTTTTAATCTGTATCTTTTTACCAGTAATAGGAATCGttgcgaaatcggcacaattccctcttcacgtatggttacccgatgctatggaaggacccacccccatttcagctcttatacacgcagcaactatggttgcttcggggatttttcttatagctcgacttcttcctcttttcatatccctacctttgataatgagtttcatttctttaataggtacactagcacttttcttaggagccactttagctcttgctcagagagatattaaaagaagcttagcctattctacaatgtctcaattgggttatatgatgttagctctaggtataggttcttatcaagctgctttattccatttgatcactcatgcttattcgaaagctttattattcttgggatccggatatgttattcattcaatggaacctcttgttggatattcaccagataaaagtcagaatatggttcttatgaatttggatttaataaattcctttgtaaaaggggggtccgaaaaatttttcgacaagggtgtcattgatggaattaccaatggagtaggtcttgctagtttttgtataggagaagaaattaaatatgaattcccctatctcctgcctaagtag
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| Protein seq | MDRCLQFPLEIGNRWTFIRIYFIDRIYDYLATLAAWPVTRNSRLFYFLMLAMYSGGSIFFLIGVLGMGLYGSNEPRLDLERLINQSYPATLEILFYFGFLIAYAVKLPIIPLHTWLPDTHGEAHYSTCMLLAGILLKMGAYGFDSDQYGIVTSCSLSIFPLLQLLLANAISKKRIAYSYVSHMGFIIIGIGSVTNIGLNGAILQILSHGFIGATLFFLAGTACDRMRLVYLEELGGVSIPMPKIFTMFSSFSMASLALPGMSGFVAELVMFYGYKLFHVPNENFEDSGPRELFLLICIFLPVIGIVAKSAQFPLHVWLPDAMEGPTPISALIHAATMVASGIFLIARLLPLFISLPLIMSFISLIGTLALFLGATLALAQRDIKRSLAYSTMSQLGYMMLALGIGSYQAALFHLITHAYSKALLFLGSGYVIHSMEPLVGYSPDKSQNMVLMNLDLINSFVKGGSEKFFDKGVIDGITNGVGLASFCIGEEIKYEFPYLLPK
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|||||||
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsKeNa_12g0006780 | OsKeNa_12g0006780.02 | Chr12 | 5544808 | 5547584 | - | IsoSeq | ||
| CDS seq | atggttacccgatgctatggaaggacccacccccatttcagctcttatacacgcagcaactatggttgcttcggggatttttcttatagctcgacttcttcctcttttcatatccctacctttgataatgagtttcatttctttaataggtacactagcacttttcttaggagccactttagctcttgctcagagaga |
|||||||
| Protein seq | MVTRCYGRTHPHFSSYTRSNYGCFGDFSYSSTSSSFHIPTFDNEFHFFNRYTSTFLRSHFSSCSER |
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 15.564863 | 8.975279 | 37.378174 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os10g21418 | RBH | 29.474489 | 28.095278 | 8.226164 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | NA | NA | NA | NA | NA |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_12g0006700 | RBH | 23.914619 | 21.105518 | 66.116913 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_12g0006780 | SBH | 4.496881 | 1.159165 | 2.466327 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_12g0006680 | SBH | 177.139481 | 1.660040 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_Ung0019970 | RBH | 0.000000 | 0.0 | 0.000000 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_12G006540 | RBH | 7.191193 | 4.047995 | 9.849236 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
