Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsN22_10G015840 | OGI:10048420 | 16/16 | N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | Chr10:20500507-20527033 | ||||||||
| Gene Symbol | PPR1, PPR454, PPR10, PPR2, Rf4, Rf-4, PPR782a, PPR9, PPR3, PPR458, PPR7, PPR4, PPR794, PPR6, PPR6-794, PPR5, Rf5, Rf1a, RF1, Rf1 (Rf-1), rf-1, PPR791, PPR8-1, Rf-1, Rf1, Rf-1A, Rf5, Rf1a, RF5, Rf5(t)*(Rf(t)*), RF1A, PPR6, RF1B, RF1b, Rf-1B, PPR7, PPR11 | ||||||||||
| DNA seq | 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| Function | Protein Rf1, mitochondrial [UniProtKB/Swiss-Prot:Q76C99] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsN22_10G015840 | OsN22_10G015840_01 | Chr10 | 20500507 | 20525240 | + | NAM | ||
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| CDS seq | ATGTTTCTCCGTGATTTCGCCGGCCTGCAACTGCGAGATCGCGAGGTTACACTACAATTAGGCCTCTTGAGAGCCGGGAATAGTAATGTGCAACAATTAGGAATCACCAGAGCTGGAAATTCCAATGCTTATGATTATACTGAGGCTGCGGAGCTGATCCATGGACGTGAGGATTACCGAAGACTGTCAGGTATCCAGGTGGCTCTGTCGAATTGTGGATTCCAAATAGTTAACTGGAGTCTGTCATTGATCTCTGGTGCGAGAGTGAAGTTGCACGAAGCCCATCCTGGTTCTTCCGAGTCCATTGTGGAGATCCAGGGCATTCCGGATCAAGTGAAAGCCGCACAGAGCCTTCTGCAAGGCTTCATCGGCGCAAGCAGCAACAGCAGGCAGGCGCCCCAGTCCTCTCGCATGGCCCATTATTTTTAG
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsN22_10G015840 | OsN22_10G015840_02 | Chr10 | 20500577 | 20506395 | + | NAM | ||
| CDS seq | ATGGCGCGCCGCGCAGCTTCCCGCGCCCGCGCCGGCGCTGTTGGCGCCCTTCGCTCGGAGGGCTCGACCCAAGGGCGAGGGGGCCGCGCGGGGGGCAGTGGCGCCGAGGACGCACGCCACGTGTTCGACGAATTGCTCCGGCGTGGCAGGGGCGCCTCGATCTACGGCTTGAACTGCGTCCTCGCCGACGTCGCGCGTCACAGCCCCGCGGCCGCCGTGTCCCGCTACAACCGCATGGCCCAAGCCGGCGCCGACGAGGTAACTCCCAACTTGTGCACCTACGGCATTCTCATCGGTTCCTGCTGCTGCGCGGGCCGCTTGGACCTCGGTTTCGCGGCCTTGGGCAATGTCATTAAGAAGGGATTTAGAGTGGACGCCATCGCCTTCACTCCTCTGCTCAAGGGCCTCTGTGCTGACAAGAGGACGAGCGACGCAATGGACATAGTGCTCCGCAGAATGACCCAGCTTGGCTGCATACCAAATGTCTTCTCCTACAATATTCTTCTCAAGGGGCTGTGTGATGAGAACAGAAGCAAAGAAGCTTTCGAGCTGCTCCAAATGATGCCTGATGATGGAGGTGACTGCCCACCTGATGTGGTGTCGTATACCACTGTCATCAATGGCTTCTTCAAGGAGGGGGATCTGGACAAAGCTTACGGTACATACCATGAAATGCTGGACCGGGGGATTTTACCAAATGTTGTTACCTACAGCTCTATTATTGCTGCGTTATGCAAGGCTCAAGCTATGGACAAAGCCATGGAGGTACTTACCAGCATGGTTAAGAATGGTGTCATGCCTAATTGCAGGACGTATAATAGTATCGTGCATGGGTATTGCTCTTCAGGGCAGCCGAAAGAGGCTATTGGATTTCTCAAAAAGATGCACAGTGATGGTGTCGAACCAGATGTTGTTACTTATAACTCGCTCATGGATTATCTTTGCAAGAACGGAAGATGCACGGAAGCTAGAAAGATTTTCGATTCTATGACCAAGAGGGGCCTAAAGCCTGAAATTACTACCTATGGTACCCTGCTTCAGGGGTATGCTACCAAAGGAGCCCTTGTTGAGATGCATGGTCTCTTGGATTTGATGGTACGAAACGGTATCCACCCTAATCATTATGTTTTCAACATTCTAATATGTGCATACGCTAAACAAGGGAAAGTAGATCAGGCAATGCTTGTGTTCAGCAAAATGAGGCAGCAAGGATTGAATCCGAATGCAGTGACGTATGGAGCAGTTATAGGCATACTTTGCAAGTCAGGCAGAGTAAAAGATGCTATGCTTTATTTTGAGCAGATGATCGATGAAGGACTAAGCCCTGGCAACATTGTTTATAACTCCCTAATTCATGGTTTGTGCACCTGTAACAAATGGGAGAGGGCTGAAGAGTTAATTCTTGAAATGTTGGATCGAGGCATCTGTCTGAACACTATTTTCTTTAATTCAATAATTGACAGTCATTGCAAAGAAGGGAGGGTTATAGAATCTGAAAAACTCTTTGAGCTGATGGTACGTATTGGTGTGAAGCCCAATGTCATTACCTACAATACTCTTATCGATGGATGCTGCTTAGCTGGTAAGATGGATGAAGCAACGAAGATGGAAGACGCGTTAGTTCTTTTTAAGGAGATGGAGAGCAGTGGTGTTAGTCCTGATATTATTACGTATAACATAATTCTGCAAGGTTTATTTCAAACCAGAAGAACTGCTGCTGCAAAAGAACTCTATGTCAGGATTACCGAAAGTGGAATGCAGCTTGAACTTTGGACATACAACATAATCCTTCATGGGCTTTGCAAAAACAATCTCACTGACGAGGCACTTCGAATGTTTCAGAATCTATGTTTGACGGATTTACAGCTGGAGACTAGGACTTTTAACATTATGATTGGTGCCTTACTTAAATGTGGAAGAATGGATGAAGCTAAGGATTTGTTTGCAGCTCTCTCGGCTAACGGTTTAGTGCCAGATGTTAGGACCTACAGTTTAATGGCAGAAAATCTTATAGAGCAGGGGTTGCTAGAAGAATTGGATGATCTATTTCTTTCAATGGAGGAGAATGGCTGTACTGCCAACTCCCGCATGCTAAATTCCATTGTTAGGAAACTGTTACAGAGGGGTGATATAACCAGGGCTGGCACTTACCTGTTCATGATTGATGAGAAGCACTTCTCCCTCGAAGCATCCACTGCTTCCTTGTTTTTAGATCTTTTGTCTGGGGGAAAATATCAAGAATATCATAGTCGTATTAGAGGAGGGATCTTCTCTTTATGTGTAAATAGCGAGGTTCAAGAAAATCATTTGTTGGATTCAGAATCTGGTGTCCATTTTCTTCTTAAATTATTAAATCCTCCAGTGAATCTTGTTGATTCCAAAGCACCATCGATAGGTTCCAAACTTCTTGGAATCAGTAAAGTTCAAATGCTTAATGGATCAAATAAGGATTCTGACTGCATTTCAGAGGAAATCCTTTCAAAAGTTGAAGAGATTCTCTTAAGCTGTCAAGTGATCAAGTCGCTCGACAAAGATGACAAGAAAACAACAAGGCCAGAACTGTGTCCAAAGTGGCTTGCTTTGTTGACAATGGAAAATGCATGCTTGTCTGCTGTTTCAGTAGAGGAGACTTCTGACACAGTGTCCAGAGTTGGAGGAAATTTTAAAGAGACATTAAGGGAGATGGGAGGTCTTGATAGTATTTTTGACGTTATGGTGGATTTTCATTCAACATTGGAGAATCTCATAAAGGATACATCCACTTCAGCTTTGGACCGAAATGAAGGAACATCTTTGCAAAGTGCTGCTCTCCTCTTGAAATGTTTGAAAATATTGGAAAATGCCATATTTCTAAGCGATGATAACAAGACCCATTTGCTTAATATGAGTAGAAAATTGAACCCGAAACGCTCCTTGCTTTCTTTTGTTGGTGTCATTATCAATACTATTGAGTTATTATCAGCTCTACATATCCGAAATCGTCTAAAGTCTCTCAACAGAGTTACTCTGCAATGGGGCATCAAGTGGTTCATTAGGCGAGAGGCACAGCAATGGTAG
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| Protein seq | MARRAASRARAGAVGALRSEGSTQGRGGRAGGSGAEDARHVFDELLRRGRGASIYGLNCVLADVARHSPAAAVSRYNRMAQAGADEVTPNLCTYGILIGSCCCAGRLDLGFAALGNVIKKGFRVDAIAFTPLLKGLCADKRTSDAMDIVLRRMTQLGCIPNVFSYNILLKGLCDENRSKEAFELLQMMPDDGGDCPPDVVSYTTVINGFFKEGDLDKAYGTYHEMLDRGILPNVVTYSSIIAALCKAQAMDKAMEVLTSMVKNGVMPNCRTYNSIVHGYCSSGQPKEAIGFLKKMHSDGVEPDVVTYNSLMDYLCKNGRCTEARKIFDSMTKRGLKPEITTYGTLLQGYATKGALVEMHGLLDLMVRNGIHPNHYVFNILICAYAKQGKVDQAMLVFSKMRQQGLNPNAVTYGAVIGILCKSGRVKDAMLYFEQMIDEGLSPGNIVYNSLIHGLCTCNKWERAEELILEMLDRGICLNTIFFNSIIDSHCKEGRVIESEKLFELMVRIGVKPNVITYNTLIDGCCLAGKMDEATKMEDALVLFKEMESSGVSPDIITYNIILQGLFQTRRTAAAKELYVRITESGMQLELWTYNIILHGLCKNNLTDEALRMFQNLCLTDLQLETRTFNIMIGALLKCGRMDEAKDLFAALSANGLVPDVRTYSLMAENLIEQGLLEELDDLFLSMEENGCTANSRMLNSIVRKLLQRGDITRAGTYLFMIDEKHFSLEASTASLFLDLLSGGKYQEYHSRIRGGIFSLCVNSEVQENHLLDSESGVHFLLKLLNPPVNLVDSKAPSIGSKLLGISKVQMLNGSNKDSDCISEEILSKVEEILLSCQVIKSLDKDDKKTTRPELCPKWLALLTMENACLSAVSVEETSDTVSRVGGNFKETLREMGGLDSIFDVMVDFHSTLENLIKDTSTSALDRNEGTSLQSAALLLKCLKILENAIFLSDDNKTHLLNMSRKLNPKRSLLSFVGVIINTIELLSALHIRNRLKSLNRVTLQWGIKWFIRREAQQW
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|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
| A3 | Chr10 | 20504354 | 20504633 | + | OsN22_10G015840_01 | OsN22_10G015840_01,OsN22_10G015840_02 | All |
| A3 | Chr10 | 20505731 | 20505872 | + | OsN22_10G015840_01 | OsN22_10G015840_01,OsN22_10G015840_02 | All |
| A3 | Chr10 | 20505918 | 20506348 | + | OsN22_10G015840_01 | OsN22_10G015840_01,OsN22_10G015840_02 | All |
| RI | Chr10 | 20502373 | 20503158 | + | OsN22_10G015840_01 | OsN22_10G015840_01,OsN22_10G015840_02 | All |
| SE | Chr10 | 20503158 | 20504021 | + | OsN22_10G015840_01 | OsN22_10G015840_01,OsN22_10G015840_02 | All |
| A5 | Chr10 | 20502180 | 20502373 | + | OsN22_10G015840_01 | OsN22_10G015840_01,OsN22_10G015840_02 | All |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.387500 | 0.839234 | 1.622123 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_10g0495200 | RBH | 0.658743 | 0.419048 | 0.616906 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os10g35260 | RBH | 0.883139 | 0.554582 | 0.648330 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os10g0497300 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_10g0015890 | RBH | 0.092648 | 0.0 | 0.752496 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_10g0016310 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.263669 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_10g0015700 | RBH | 2.333456 | 1.732336 | 9.671180 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_10g0016200 | RBH | 0.111974 | 0.000000 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_10g0016160 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_10G0314500 | RBH | 0.7674275 | 0 | 4.941933 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_10g0016190 | RBH | 0.070883 | 0.0 | 0.0 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_10G0338900 | RBH | 0.3694 | 2.305347 | 1.9409415 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_10g0015520 | RBH | 0.020425 | 0.0 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_10g0015860 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_10g0015850 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_10g0015520 | RBH | 0.000000 | 0.0 | 0.120465 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_10g0016240 | RBH | 0.056753 | 0.650219 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_10G015670 | RBH | 0.283203 | 1.667709 | 1.056783 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_10g0016280 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.059027 |
