Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
OsN22_04G007300 OGI:04045990 | 16/16 N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) Chr04:13339016-13363887
Gene Symbol NPH1B, PHOT2, OsPHOT2, OsNPH1b
DNA seq

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ATGGCGGGCAGCAGCAGCTCGAAGGAGATAGTCGACGCGGTGGAGAAGTGGATGGCGTTCCCCACCTCCGGCGGCGGCGGCGCCACCGCCGGCTTGGAGATCGTCGCCGAGGATGCGCCTAGCGGAAGCAGCGGCGCCCACCAGCAGCAGGCGTGGCGTCCGGTGGCGCCGGCGACGGCGGGGCGCGACAGCGGCGGCACGGGGAGCGGCAAGTCGTCGGTGGACGGCGGCGTCGGGCGCGCGTCGCACGACTCCCTGCCGCGGGTGTCGCAGGAGCTCAAGGACGCGCTGTCGAGCCTGCAGCAGACGTTCGTGGTGTCCGACGCGACGCGCCCGGACTGCCCCATCATCTACGCCAGCGAGGGGTTCTTCACCATGACCGGCTACTCCCCCAGGGAGGTGGTCGGCCGCAACTGCCGCTTCCTCCAGGGCCCCGACACCGACGCCGCCGAGGTGGCCAAGATCCGCGACGCCGTCAAGCACGGCCGCAGCTTCTGCGGCCGCCTGCTCAACTACCGCAAGGACGGCGCCCCGTTCTGGAACCTCCTCACCGTCACCCCCATCCGCGACGACAACGGCAAGGTCATCAAGTTCATCGGGATGCAGGTGGAGGTGAGCAAGTACACGGAGGGGCTCAGCGACAAGCGGATGCGGCCGAACGAGTTGCCGGTGTCGCTCATCCGCTACGACGAGAGGCAGAAGGACAAGGCGATGTCGTCGATGACGGAGGTGGTGCAGACGGTGAAGCAGCCGCGCGGGGCGCGCGCGCCGGCCGACGCGGCGCTGCTGACGCCGCCCAAGATGAGCGACGCGGACAAGATGGCCGCCATGTCGCCGGTCGTGGCACCCGGCACTCCCTCGGGCGGAGGAGGAGGAGCCGGGTCCTTCAAGTCGCCGCTCTGGGACCTGAAGAAGGAGGAGTCCCGCCTGAGCCGGCTCGCCAGCGGCCGCAAGTCCGGCCGCTCCTCCCTCATGGGGTTCAAGATCGGGAAGAGGAGCTCGGTGGGGAGCAGGGAGGCGCCGGCGGTGGTGGAGGAGCCGGCGCCGGCGCCACCGCCGGCGCCGGAGGTGGTGGAGAGGACGGACAGCTGGGAGCGGGCGGAGCGGGAGAAGGACATCCGGCAGGGGATCGACCTGGCCACCACGCTGGAGCGCATCGAGAAGAACTTCGTCATCACCGACCCCAGGATCCCGGACAACCCCATCATCTTCGCGTCGGATAGCTTCCTGGAGCTGACGGAATTCCTTCAAGGGCCGGAGACCGACCAGGGCACGGTGGACAAGATCAGGGAGGCCATCAGGGAGCGGAAGGAGATCACGGTCCAGCTAATCAACTACACCAAGAGCGGGAAGAAGTTCTGGAACTTGTTCCACCTTCAACCCATGCGCGACCAGAAGGGGGAGCTTCAATACTTCATTGGTGTGCAACTTGATGGAAGTGATCATGTTGAACCCCTCAGGAACCGCCTTTCAGAGAATACTGAGATACAGAGTGCCAAATTGAGACCAGAGGATTTGTGGGCAATTCACTCAATGCGTGTTTCTCCAAAACCTCACAAACGGAATAACCCTTCTTGGATAGCTATAGAAAAGGCTACAAATTTAGGGGAGAAGATTGGCTTGAAACACTTCAAGCCTGTAAAACCTCTCGGCTGTGGTGACACTGGCAGTGTGCACTTGGTTGAGCTACAAGGAAGTGGTGAATTATTTGCAATGAAGGCCATGGACAAGTCAGTGATGTTGAACCGCAACAAGGTACATCGAGCTTGTATTGAAAGAGAAATATACGCACTATTGGATCATCCATTTCTCCCAACATTGTATACTTCATTTCAGACGCCAACACATGTTTGTCTCATAACAGACTTTTGTCCGGGAGGAGAACTCTTTGCAGTGCTTGATAGGCAACCCATGAAAATTTTCAGGGAAGAATGTGCAAGGTTTTATGCTGCAGAGGTTGTAATTGGTCTCGAGTACCTTCATTGCCTAGGTATTATATACCGTGATCTGAAGCCAGAAAACATTTTGCTCCAAGCAGATGGGCACATTGTACTGACTGATTTTGATCTTTCATTTTTGACGACTTCAAAACCCCACGTGATAAAAAATTCCACATCATTAAAACGAAGAAGGTCACAAGAATTTCTCCCCCCAACATTTGTCTCAGAACCTTCCACTCCATCAAATTCATTTGTTGGTACTGAAGAGTATATCGCTCCAGAGGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCGGAATTCTATTGTATGAGATGCTGTATGGGCGTACACCTTTCCGAGGAAAGAACAGGAAAAAGACATTTTATAACATACTGCACAAAGACCTTACATTTCCCAGTAGCATTCCGGTTAGTCTTGCAGCAAAGCAATTAATCCATGGATTACTTCAGAGAGATCCTTCAAATCGTATAGGTTCAAATGCTGGTGCAAATGACATCAAGCAACATTCCTTTTTTCAAGACATCAATTGGCCACTCATACGTTGCATGAGCCCCCCTGAACTAGATGTTCCTCTGAAACTAATTGGCAAGGAAACTCAACCAAAAGCGAAGCCTGACGAAGATGTTCCCCTAAATCTTGATACATTTTAA

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Protein seq

MAGSSSSKEIVDAVEKWMAFPTSGGGGATAGLEIVAEDAPSGSSGAHQQQAWRPVAPATAGRDSGGTGSGKSSVDGGVGRASHDSLPRVSQELKDALSSLQQTFVVSDATRPDCPIIYASEGFFTMTGYSPREVVGRNCRFLQGPDTDAAEVAKIRDAVKHGRSFCGRLLNYRKDGAPFWNLLTVTPIRDDNGKVIKFIGMQVEVSKYTEGLSDKRMRPNELPVSLIRYDERQKDKAMSSMTEVVQTVKQPRGARAPADAALLTPPKMSDADKMAAMSPVVAPGTPSGGGGGAGSFKSPLWDLKKEESRLSRLASGRKSGRSSLMGFKIGKRSSVGSREAPAVVEEPAPAPPPAPEVVERTDSWERAEREKDIRQGIDLATTLERIEKNFVITDPRIPDNPIIFASDSFLELTEFLQGPETDQGTVDKIREAIRERKEITVQLINYTKSGKKFWNLFHLQPMRDQKGELQYFIGVQLDGSDHVEPLRNRLSENTEIQSAKLRPEDLWAIHSMRVSPKPHKRNNPSWIAIEKATNLGEKIGLKHFKPVKPLGCGDTGSVHLVELQGSGELFAMKAMDKSVMLNRNKVHRACIEREIYALLDHPFLPTLYTSFQTPTHVCLITDFCPGGELFAVLDRQPMKIFREECARFYAAEVVIGLEYLHCLGIIYRDLKPENILLQADGHIVLTDFDLSFLTTSKPHVIKNSTSLKRRRSQEFLPPTFVSEPSTPSNSFVGTEEYIAPEVITGAGHTSAIDWWALGILLYEMLYGRTPFRGKNRKKTFYNILHKDLTFPSSIPVSLAAKQLIHGLLQRDPSNRIGSNAGANDIKQHSFFQDINWPLIRCMSPPELDVPLKLIGKETQPKAKPDEDVPLNLDTF

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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsN22_04G007300 OsN22_04G007300_01 Chr04 13362767 13363887 - NAM
CDS seq

ATGCCGTCACCGGCCGGGGGGCGAGGTGGCCGCGCCGCGGCCACAGAATCCCGGCGAGACGACCGTGAGTCGCTCGATCGCTCACGGGCTCGCGGATTGCATTATCCTCACCTGCCGCCGCTGCTGCTACGCCCGCCATTCTTTCTCAAGAATCGATGGTTGCACGGCCAAGATTGCTACACCTTCGCTGATAAATAG

Protein seq

MPSPAGGRGGRAAATESRRDDRESLDRSRARGLHYPHLPPLLLRPPFFLKNRWLHGQDCYTFADK

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsN22_04G007300 OsN22_04G007300_02 Chr04 13339016 13363878 - NAM
CDS seq

ATGGCGGGCAGCAGCAGCTCGAAGGAGATAGTCGACGCGGTGGAGAAGTGGATGGCGTTCCCCACCTCCGGCGGCGGCGGCGCCACCGCCGGCTTGGAGATCGTCGCCGAGGATGCGCCTAGCGGAAGCAGCGGCGCCCACCAGCAGCAGGCGTGGCGTCCGGTGGCGCCGGCGACGGCGGGGCGCGACAGCGGCGGCACGGGGAGCGGCAAGTCGTCGGTGGACGGCGGCGTCGGGCGCGCGTCGCACGACTCCCTGCCGCGGGTGTCGCAGGAGCTCAAGGACGCGCTGTCGAGCCTGCAGCAGACGTTCGTGGTGTCCGACGCGACGCGCCCGGACTGCCCCATCATCTACGCCAGCGAGGGGTTCTTCACCATGACCGGCTACTCCCCCAGGGAGGTGGTCGGCCGCAACTGCCGCTTCCTCCAGGGCCCCGACACCGACGCCGCCGAGGTGGCCAAGATCCGCGACGCCGTCAAGCACGGCCGCAGCTTCTGCGGCCGCCTGCTCAACTACCGCAAGGACGGCGCCCCGTTCTGGAACCTCCTCACCGTCACCCCCATCCGCGACGACAACGGCAAGGTCATCAAGTTCATCGGGATGCAGGTGGAGGTGAGCAAGTACACGGAGGGGCTCAGCGACAAGCGGATGCGGCCGAACGAGTTGCCGGTGTCGCTCATCCGCTACGACGAGAGGCAGAAGGACAAGGCGATGTCGTCGATGACGGAGGTGGTGCAGACGGTGAAGCAGCCGCGCGGGGCGCGCGCGCCGGCCGACGCGGCGCTGCTGACGCCGCCCAAGATGAGCGACGCGGACAAGATGGCCGCCATGTCGCCGGTCGTGGCACCCGGCACTCCCTCGGGCGGAGGAGGAGGAGCCGGGTCCTTCAAGTCGCCGCTCTGGGACCTGAAGAAGGAGGAGTCCCGCCTGAGCCGGCTCGCCAGCGGCCGCAAGTCCGGCCGCTCCTCCCTCATGGGGTTCAAGATCGGGAAGAGGAGCTCGGTGGGGAGCAGGGAGGCGCCGGCGGTGGTGGAGGAGCCGGCGCCGGCGCCACCGCCGGCGCCGGAGGTGGTGGAGAGGACGGACAGCTGGGAGCGGGCGGAGCGGGAGAAGGACATCCGGCAGGGGATCGACCTGGCCACCACGCTGGAGCGCATCGAGAAGAACTTCGTCATCACCGACCCCAGGATCCCGGACAACCCCATCATCTTCGCGTCGGATAGCTTCCTGGAGCTGACGGAATTCCTTCAAGGGCCGGAGACCGACCAGGGCACGGTGGACAAGATCAGGGAGGCCATCAGGGAGCGGAAGGAGATCACGGTCCAGCTAATCAACTACACCAAGAGCGGGAAGAAGTTCTGGAACTTGTTCCACCTTCAACCCATGCGCGACCAGAAGGGGGAGCTTCAATACTTCATTGGTGTGCAACTTGATGGAAGTGATCATGTTGAACCCCTCAGGAACCGCCTTTCAGAGAATACTGAGATACAGAGTGCCAAATTGAGACCAGAGGATTTGTGGGCAATTCACTCAATGCGTGTTTCTCCAAAACCTCACAAACGGAATAACCCTTCTTGGATAGCTATAGAAAAGGCTACAAATTTAGGGGAGAAGATTGGCTTGAAACACTTCAAGCCTGTAAAACCTCTCGGCTGTGGTGACACTGGCAGTGTGCACTTGGTTGAGCTACAAGGAAGTGGTGAATTATTTGCAATGAAGGCCATGGACAAGTCAGTGATGTTGAACCGCAACAAGGTACATCGAGCTTGTATTGAAAGAGAAATATACGCACTATTGGATCATCCATTTCTCCCAACATTGTATACTTCATTTCAGACGCCAACACATGTTTGTCTCATAACAGACTTTTGTCCGGGAGGAGAACTCTTTGCAGTGCTTGATAGGCAACCCATGAAAATTTTCAGGGAAGAATGTGCAAGGTTTTATGCTGCAGAGGTTGTAATTGGTCTCGAGTACCTTCATTGCCTAGGTATTATATACCGTGATCTGAAGCCAGAAAACATTTTGCTCCAAGCAGATGGGCACATTGTACTGACTGATTTTGATCTTTCATTTTTGACGACTTCAAAACCCCACGTGATAAAAAATTCCACATCATTAAAACGAAGAAGGTCACAAGAATTTCTCCCCCCAACATTTGTCTCAGAACCTTCCACTCCATCAAATTCATTTGTTGGTACTGAAGAGTATATCGCTCCAGAGGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCGGAATTCTATTGTATGAGATGCTGTATGGGCGTACACCTTTCCGAGGAAAGAACAGGAAAAAGACATTTTATAACATACTGCACAAAGACCTTACATTTCCCAGTAGCATTCCGGTTAGTCTTGCAGCAAAGCAATTAATCCATGGATTACTTCAGAGAGATCCTTCAAATCGTATAGGTTCAAATGCTGGTGCAAATGACATCAAGCAACATTCCTTTTTTCAAGACATCAATTGGCCACTCATACGTTGCATGAGCCCCCCTGAACTAGATGTTCCTCTGAAACTAATTGGCAAGGAAACTCAACCAAAAGCGAAGCCTGACGAAGATGTTCCCCTAAATCTTGATACATTTTAA

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Protein seq

MAGSSSSKEIVDAVEKWMAFPTSGGGGATAGLEIVAEDAPSGSSGAHQQQAWRPVAPATAGRDSGGTGSGKSSVDGGVGRASHDSLPRVSQELKDALSSLQQTFVVSDATRPDCPIIYASEGFFTMTGYSPREVVGRNCRFLQGPDTDAAEVAKIRDAVKHGRSFCGRLLNYRKDGAPFWNLLTVTPIRDDNGKVIKFIGMQVEVSKYTEGLSDKRMRPNELPVSLIRYDERQKDKAMSSMTEVVQTVKQPRGARAPADAALLTPPKMSDADKMAAMSPVVAPGTPSGGGGGAGSFKSPLWDLKKEESRLSRLASGRKSGRSSLMGFKIGKRSSVGSREAPAVVEEPAPAPPPAPEVVERTDSWERAEREKDIRQGIDLATTLERIEKNFVITDPRIPDNPIIFASDSFLELTEFLQGPETDQGTVDKIREAIRERKEITVQLINYTKSGKKFWNLFHLQPMRDQKGELQYFIGVQLDGSDHVEPLRNRLSENTEIQSAKLRPEDLWAIHSMRVSPKPHKRNNPSWIAIEKATNLGEKIGLKHFKPVKPLGCGDTGSVHLVELQGSGELFAMKAMDKSVMLNRNKVHRACIEREIYALLDHPFLPTLYTSFQTPTHVCLITDFCPGGELFAVLDRQPMKIFREECARFYAAEVVIGLEYLHCLGIIYRDLKPENILLQADGHIVLTDFDLSFLTTSKPHVIKNSTSLKRRRSQEFLPPTFVSEPSTPSNSFVGTEEYIAPEVITGAGHTSAIDWWALGILLYEMLYGRTPFRGKNRKKTFYNILHKDLTFPSSIPVSLAAKQLIHGLLQRDPSNRIGSNAGANDIKQHSFFQDINWPLIRCMSPPELDVPLKLIGKETQPKAKPDEDVPLNLDTF

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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsN22_04G007300 OsN22_04G007300_04 Chr04 13356849 13363756 - IsoSeq
CDS seq

ATGCGCCTAGCGGAAGCAGCGGCGCCCACCAGCAGCAGGCGTGGCGTCCGGTGGCGCCGGCGACGGCGGGGCGCGACAGCGGCGGCACGGGGAGCGGCAAGTCGTCGGTGGACGGCGGCGTCGGGCGCGCGTCGCACGACTCCCTGCCGCGGGTGTCGCAGGAGCTCAAGGACGCGCTGTCGAGCCTGCAGCAGACGTTCGTGGTGTCCGACGCGACGCGCCCGGACTGCCCCATCATCTACGCCAGCGAGGGGTTCTTCA

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Protein seq

MRLAEAAAPTSSRRGVRWRRRRRGATAAARGAASRRWTAASGARRTTPCRGCRRSSRTRCRACSRRSWCPTRRARTAPSSTPARGSS

Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source
SE Chr04 13357468 13358563 - OsN22_04G007300_04 OsN22_04G007300_04,OsN22_04G007300_02,OsN22_04G007300_03 All
A5 Chr04 13363129 13363742 - OsN22_04G007300_02,OsN22_04G007300_04 OsN22_04G007300_04,OsN22_04G007300_01,OsN22_04G007300_02 All
A5 Chr04 13359075 13361419 - OsN22_04G007300_04 OsN22_04G007300_04,OsN22_04G007300_02,OsN22_04G007300_03 All
AF Chr04 13363129 13363878 - OsN22_04G007300_03 OsN22_04G007300_02,OsN22_04G007300_03 All
AF Chr04 13363129 13363756 - OsN22_04G007300_03 OsN22_04G007300_04,OsN22_04G007300_03 All
AF Chr04 13363129 13363887 - OsN22_04G007300_03 OsN22_04G007300_01,OsN22_04G007300_03 All

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 6.221266 0.000000 8.142869

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) OsNip_04g0304200 RBH 20.879183 21.740173 7.258967
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os04g23890 RBH 13.558038 13.749624 1.823807
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db Os04g0304200 RBH None None None
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) OsAzu_04g0007250 RBH 6.042629 4.488972 7.899733
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKeNa_04g0007890 RBH 6.063578 1.489762 3.316715
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsCMeo_04g0007640 RBH 10.935794 4.742087 16.469412
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsARC_04g0007350 RBH 2.143771 0.010688 None
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsPr106_04g0007540 RBH 90.456940 3.412883 41.272831
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_04G0223600 RBH 44.1416055 8.728759 0.4735455
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsIR64_04g0007290 RBH 3.232400 0.284206 3.797371
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_04G0221600 RBH 57.9445935 2.959342 2.307673
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLima_04g0007090 RBH 3.404476 0.167625 None
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKYG_04g0007330 RBH 10.257863 4.888870 None
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsGoSa_04g0007420 RBH 76.132271 8.358955 None
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLiXu_04g0007260 RBH 7.449994 0.289924 4.056479
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLaMu_04g0007620 RBH 5.292729 0.692990 None
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsNaBo_04g0007410 RBH 19.885719 4.130663 11.850140
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