Rice Gene Index (RGI): a comprehensive pan-genome database for comparative and functional genomics of Asian rice.

Basic Info

Gene ID		OGI # \| Score			Accession \| Assembly \| Annotation			Location		Links
OsMH63_12G0024100		OGI:12003960 \| 16/16			Minghui 63 \| MH63RS3 \| HZAU			Chr12:1377972-1381374		Homologues MicroCollinearity RGI-JBrowse
Gene Symbol		OsFbox637, Os_F0061
DNA seq		TTGACAAATTATTGATGTCTAGATTTTTAAAAATGCAACTAAATATGGTCCTAAATGTCAAACATTTTTAATCGGAAGGGATACATACTAATATAATCGTATTGAACAGTGAACCACAACTCTTGCAGTACCGAATAATCTCTGTAAACTCTGTTAAAAAAAAACTTAATCCTAGTTACTAGTGCCTTGAAGGAACAACACTTTAACTTGTGACTGTTGTTTGCTACTGTACGGAGTATAAGTTACAGAATTGTGAGTACACCATCCATATCTTCTGGAACAAGCTTCTCATCTGCCTCCTCGCGCCCAAAACATCCATCCAACCGATATCTCCCTTTTCGGTCGATGATCATTTGCTCCAATATTAACGCATTTCTGAGAATGTATTTTGCTAGCTCCACCTGGCCTGTGTTGCCACAAAATCCAAATATGCACACCATCTTGAGATGATAGTGAGGCTGATCCACGATGTCATCCAAATCCAAAGGGCACCTGTTCAAGCTACAATACATCTGCAAGAAATTTATGTCATCATTAACAAGGAGCAAAGCTAACACGTAATAATTAGGGAAAAGAAGATCAAAGATTCATGATCGAGGAAGAGAAGGAGAAGGATAGCCTGTATATCTTGTCAAAACAAATGCGGGGGATGGAATTCTGAGATTTTGTTAGAAAAAAGAAGCTTTTGCTCTGTTTGGATACGAATATATTCAATCAAGGAAACACATGGCTAATCGGTTTCCAAACATATTATCACCTTGATTCATACTATTTGGTATCTTGTACAGTGCATAAATATGGTGATGTGATGATCAGGGTAAACAGTGATATCGATATAGCAAAAGCTTCTACAGATGTCCCAAATAATTATGATTAAAATTTACAAAGTCCACTGTCAAATGGAAAAAAATGCAGTTGCCAACTAATGCTGAACAATACTACTTTCGCCGGGCCGAACAATATTACTTTGCCAAAGCTATGTTCGATGGTCTGATGATCGTTAAAAAGGATCAATAGTCTGCAGCGAATGTTCCAGTTTCTGGGACTTATGAGTTCATGGATCATGCATAGGGCACATTGGACAAGCAGGTAATTCCTAATTAGATTGACAGTACTGGCTTAGCAGGTTATTCTGATTGGGTTTCCAAACCAATGAAATAACATTAAATAGGAAAAAAGAGGTAATCGGTCAATGAGAATACAAAAGGCGAACTGTAACTGGCTAGGGAAGAAGGCAATAAAAGTAGTGAAGTACAAATTGTGAATTCTAGAATGAAATTGGGGATTCAACTGTTCATCCATTGAGTTGGCCCTAAGGGCTAATATGTTGAGAAGAGTACAACGCAAAAAGACAGAAATACCCCTTAACACATACACACTAATACATATATTCTTAACACAAATGATATAGCTACTTACATCCAAATAAAGATCCTCCAAAAATGGAGCTGCTACGAAAAGATAAGCCAACTGGAGACTGAATTTCTATCGAATGAACCTCTCTCAAAAGTTATTTCCAAAGTTACACTTCAATTGAGTGAACTTGAGAGGCGATTGTGTAAATCCAGACATCTGGAGGGTGACCAGGCCACACATAGGTTCAAACAACAAGATGTGAAACAGAAAATCAAATAGAATTAAATGTATATAGAGAGTACAAGAATAATCAGACCTGAGTTTTGACATTAACTTCAACGTATAACGTTTCAACATGAGGTAATACACTTGGAATTCCAGTTAATATATTTTGGAGGGTTTTCTCATCAAAAAGTCTGATGGTTGATGCTTTGATATTGGAGCATTCATTGAGCGTTACCAATGCCAGGGAACCGTCGTACTCAAATGTTGTGAGATTCGGAGCATGTAACTCCATTCTTTGTAAATGACAACCCTGAATTGACAAACATTGCAGACGGCATAATGGTTCCGACACATGTAAATTATGCAGCTGGTTACATGATTGGATGCTTAACCACTCTAGAACATGGCATTTCGATATTAACTGCTCTAAATGTTGCAACCTAACATTGTCAAGAGCAAGCAGTTTAAGGTTTGCAAATCCGCAGAAATCTAGAGGTGGATTCAAAGTAACACTGTCAAGCCGAAGAGCCTCAAGGTAAGATCCATTATGTTTGTCGAAAATATGACAAGGAAAGTCATAGTTGTTTTCATGTGATTTCCAATCTGGGGAGAAGTCAAGAATGATAACCCTTGCCTTTGATGCAATAGCAAACGCAACCCAGCCATTGACATGGTTAGCATGCTCATTTGACAAACCAAACTTAACAGCAAACTTATTTACCATTGTTCCACAATGTTTTTCCAGAATAGCATCAACCCTTTTAATGAACTTGTTAGCACTTGATATTCTACAGTTCAGATCAGAGCTTGTTCCTTTTCTCTTGGCATTATTTCCAAGGACTGTTTTAATACCAAAGTACAGATTAGGATGGAATGTCCAAGCCTGTCTCCAGTTTGTTGACACAACACTCAACCGAGCGACTTCCTTTAATGTTAATTTTGATATTACCCTTAGTACAATATCCTGACAATGCATTTTGAACAAGCATCAGAATACAGCCTCCTAGTCCTAGCACAAAAGGAGTTGAGAGTTTCATGACTTCATGTCATGATATGACATACCTCGGGAAGAGACTGAAAATTAAGCAGACATGGTCTTGTCCTCTGTAAATTAAGCTGCCCCCGACTTATCTTCTGAAAATTATGTTGTGTTCTTCTCCTCTTACTAATACGTTGTCCGCAAATTATACAATTCCTTTTGGCTGTTGTGCTCTTACTCCTGAAACCAACAATCAGCATGCTCTGCCAGTATGCAATGATACTTCTTTCAGAAGTTTTAAGTAGCACACAGAATTGACTTCTTGAAACTTTTTTTTTAGCAAAATAACACATATGTCAGAGGGTATTTTGCATTATTATTAGTAGTAACAGTACACAAATAAATGAATATAAGCATATAATGTGATGGAATTCTGCCATGTAAGGATGCCTTTCTTTAGATTCTCTATTTATTTATTTTTTGCGGGGGCCTTTGTTTAGATTCCATATCGTATTAAAATCACAAGCAAATAAAGAAAAAGGTGCATGAGTTGGGAGTCACCTTCCATGGATTTTCGAGGAGACAAGAACGTTGTCCTCCATTGTTGGACGTGGAGGCAGTGGATCAGGGACAAGAGAAACCCTGAATCCCTCCACCGCAGGTCCGCAGCCCAATCCAATCAGCAGACTCCTGATCCCAGCAAGGTAGCCATGAAGGGGGATGGAATGATTTATGATTCTGAGACAGGGAGAGGCTATTTAGGGCTGGAGCCGCTCGATCGCGAGGCGCAGCATCAAGGAGTCGACCGGAGGTTAGGGATGAAGGCTCATCTTTTATGGGCCT More
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Function		F-box/LRR-repeat protein At3g26922 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q9LJF8]

Transcripts

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Event Type

Chromosome

Start

End

Strand

Alternative mRNAs

Total mRNAs

Source

Expression

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Homologues

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Genome & Annotation	Homologs	Type	Leaf	Root	Panicle
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Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| MSU	LOC_Os12g03390	RBH	0.0	0.0	0.0
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| RAP-db	Os12g0127400	RBH	None	None	None
Azucena \| AzucenaRS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsAzu_12g0001800	RBH	0.0	0.0	0.282371
KETAN NANGKA \| Os128077RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKeNa_12g0002010	RBH	0.0	0.0	0.497569
CHAO MEO \| Os132278RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsCMeo_12g0002020	RBH	0.000000	0.0	2.625421
ARC 10497 \| Os117425RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsARC_12g0001820	RBH	0.0	0.0	None
PR 106 \| Os127742RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsPr106_12g0001950	RBH	1.364845	0.0	2.560427
Minghui 63 \| MH63RS3 \| HZAU	OsMH63_11G0028200	RBH	0.183132	1.502746	1.0067255
IR 64 \| OsIR64RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsIR64_12g0001940	RBH	0.0	0.0	0.212798
Zhenshan 97 \| ZS97RS3 \| HZAU	OsZS97_12G0025200	RBH	0.171729	0.715059	1.919769
LIMA \| Os127564RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLima_12g0001810	RBH	0.0	0.0	None
KHAO YAI GUANG \| Os127518RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKYG_12g0001990	RBH	0.0	0.0	None
GOBOL SAIL \| Os132424RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsGoSa_12g0001970	RBH	0.0	0.0	None
LIU XU \| Os125827RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLiXu_12g0001930	RBH	0.0	0.0	0.150071
LARHA MUGAD \| Os125619RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLaMu_11g0001990	SBH	0.000000	0.0	None
N22 \| OsN22RS2 \| Gramene(+IsoSeq)	OsN22_12G001240	RBH	0.000000	0.0	0.777750
NATEL BORO \| Os127652RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNaBo_11g0001900	SBH	0.0	2.350207	0.922496

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