Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
OsMH63_08G0305600 OGI:08056670 | 16/16 Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU Chr08:21058354-21081162
Gene Symbol S28, S28(t), rpl27-3, rpl27, mtRPL27a, RPL27-1, rpl27-1, rpl27, mtRPL27b, S27, S27(t), S27(t)*, S28
DNA seq

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ATGACAGGCTATATGAGCATGACAGTACATTACATTGATGCTCATTGGAAATTGCACAAAAAAAATTTTGGGCTTGTGCATGTCAAAACCCCACACACTGGTGTTGTCATTTCTAAGGCAATCATAGCTAGATTGTATGAATGGAATTTGGATAGAAAACTCTTTAGCTTTGTTCTTGATAATTGCTCAGTCAATGATGTAGTGATTCGGGAAATACTTGGTATCCTCTTACCCAAGCAAGCATTACATTTAAAAGAATGTGACAAGTTTTTCCCATCAGATGAGGACTGGGTACATGTTACTAAACTAACAGATTGTTTGTGTGTCTTTTATGAAGCAACTCTGAGGGCTTCTGGCTCAAAATTTTCCACAGCAAGTCTTTACTTCAATGATTTTTGTGGAATATATATTTTTCTGCAAGAATTGAAGTTGAGTGATGATAACTTTATTGCTTCAATGGCTGTGCCAATGGCAGAAAAAATTGAGAAATATTGGGAGACATGCAACAAGTTATTATCTATTGCAACCATTCTTGATCCTCACTACAAATTGAAGTCTATTGAGTACTTCTATGGATTGCTTTATCCTTCTGAAAAAGATGTGAAATTTGAACATATGAGGAGATGCTTTAGTGAATTATTTGATGAGTATTCAAAGCAAGCAACAATGCAATCCTCATCAGTTGTTGACACTTCAAGAAATTTCCAAGAGTGCAGTTCACAATCACATGAGTCCTCGTTGAGCTTATTTTCTACCATAGTAGGATTAGAAAAGTATATCCAAGATAGCAACTCAAGCCAGCAAACAACATCAGAGCTCAATGTCTATCTTGATGATCCTCCACATCCTGGAATCAGTGATACTTCTTTTGACATCTTGGCTTGGTGGAAGTTGTATGGTTCCAAATATCCAATTATTTCTCGAATGGCTCGTGATATCTTAAGTGTTCCTATGTCGACAGTAGCATCTGAATCATGCTTCAGTTTAGCTAATCAAGTACTTGATGAGAAGAGGTGTAGTCTACTGCCTGAAACACTTGAAGTTTTCAGGAGAGGAAATGTCAAAGAATTGATCTCAAATGTTTCGGTCTACACTAGCGCAACAGAGTCATCTGGAGGATTGAGCTTGATTTTTAAGCGTTGGGCCACCAAAAAGACAGCTGGATCAACAAAAAATGGCCGTGACTCTAACCCTAAGTATTTGGGTGTTAAAAAGTTTGGCGGAGAGAAAGTGGAGCCAGGAAACATCATCATCCGCCAAAGAGGAACCCGCTTCCATCCTGGGAACTACGTTGGCATGGGGAAGGACCATACTCTCTTCTGTCTGAAAGAAGGACATGTGCGATTCGAGCGCAACAAGCTGACTGGCAGGAAATGGGTTCATGTTGATCCTGTTGCTGGGCATGTGCTCCACCCTGTCTACGCCAGTGATTCCACCCCTGCAGCTGAAATGGAGCCATTCGCCACCCGCCTCGCCGAATCCGGGCCGTCCATTCCTCCGCTCGGTCGGGCGCCCCGTTAA

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Protein seq

MTGYMSMTVHYIDAHWKLHKKNFGLVHVKTPHTGVVISKAIIARLYEWNLDRKLFSFVLDNCSVNDVVIREILGILLPKQALHLKECDKFFPSDEDWVHVTKLTDCLCVFYEATLRASGSKFSTASLYFNDFCGIYIFLQELKLSDDNFIASMAVPMAEKIEKYWETCNKLLSIATILDPHYKLKSIEYFYGLLYPSEKDVKFEHMRRCFSELFDEYSKQATMQSSSVVDTSRNFQECSSQSHESSLSLFSTIVGLEKYIQDSNSSQQTTSELNVYLDDPPHPGISDTSFDILAWWKLYGSKYPIISRMARDILSVPMSTVASESCFSLANQVLDEKRCSLLPETLEVFRRGNVKELISNVSVYTSATESSGGLSLIFKRWATKKTAGSTKNGRDSNPKYLGVKKFGGEKVEPGNIIIRQRGTRFHPGNYVGMGKDHTLFCLKEGHVRFERNKLTGRKWVHVDPVAGHVLHPVYASDSTPAAEMEPFATRLAESGPSIPPLGRAPR

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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsMH63_08G0305600 OsMH63_08T0305600-mRNA-6 Chr08 21067051 21071682 + maker
CDS seq

ATGTGGATGGGGATGGGGATGGCGTGGTGGGCCGTAGTTTTCAGGAGAGGAAATGTCAAAGAATTGATCTCAAATGTTTCGGTCTACACTAGCGCAACAGAGTCATCTGGAGGATTGAGCTTGATTTTTAAGCGTTGGGCCACCAAAAAGACAGCTGGATCAACAAAAAATGGCCGTGACTCTAACCCTAAGTATTTGGGTGTTAAAAAGTTTGGCGGAGAGAAAGTGGAGCCAGGAAACATCATCATCCGCCAAAGAGGAACCCGCTTCCATCCTGGGAACTACGTTGGCATGGGGAAGGACCATACTCTCTTCTGTCTGAAAGAAGGACATGTGCGATTCGAGCGCAACAAGCTGACTGGCAGGAAATGGGTTCATGTTGATCCTGTTGCTGGGCATGTGCTCCACCCTGTCTACGCCAGCGAGCGCGAGCGCTGCGCATCCCAGATGGACGGCGGATAG

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Protein seq

MWMGMGMAWWAVVFRRGNVKELISNVSVYTSATESSGGLSLIFKRWATKKTAGSTKNGRDSNPKYLGVKKFGGEKVEPGNIIIRQRGTRFHPGNYVGMGKDHTLFCLKEGHVRFERNKLTGRKWVHVDPVAGHVLHPVYASERERCASQMDGG

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsMH63_08G0305600 OsMH63_08T0305600-mRNA-7 Chr08 21058354 21059396 + maker
CDS seq

ATGGAGAAGAACCCTTTACAAGGTACTGCTTCGATTGACTCATCTGCTGCTTCAATTTGTGAAATCTTTCTTCTGCTCAAAGCCTCAAACCCTAGAAGTAATCTTGGTTGCATATGTGTAAATCTTGGCAGTGTCATCTTCCTGCAAGTTCTTGGCTTTGTTGTATCCAACATCTTGCTGATTTTAATGGGAGATCCCAGCCATGATCGTGATGCGGCCGGAAGTTCCAGTAAGTGGAGAGGACCTGCTGTACCTTCACTGGCAACAAGAATGGAACAAGTCATTTGTGTTATCACATACGTGTTTGCCCAGAGCTTCAAAAGTCAAAGAAAAAGAAAACTACTTCAAAGGCAGAACTTCCTGTTTTTGATCAGCAAAGAAGTCGTGATGACTTTTGCTCGAATGGTTGTTTGCCATAATTATCCATTTTGTATGTCTGAGTATTATTACACAAGGCGATTCATTTATAATCTGCAACCTCAATTTAAGTTAATGCATAGAACTGCTGTGAAAGATGATATCATTAAGTTATATAAGGAGGGGAAAAGGAAGATATATGAAATATTGGATAAAAATCAGAGCCTGAATGAGTGA

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Protein seq

MEKNPLQGTASIDSSAASICEIFLLLKASNPRSNLGCICVNLGSVIFLQVLGFVVSNILLILMGDPSHDRDAAGSSSKWRGPAVPSLATRMEQVICVITYVFAQSFKSQRKRKLLQRQNFLFLISKEVVMTFARMVVCHNYPFCMSEYYYTRRFIYNLQPQFKLMHRTAVKDDIIKLYKEGKRKIYEILDKNQSLNE

Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 4.827434 14.2017075 10.6131765

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) OsNip_08g0404300 SBH 1.585747 3.975688 14.732709
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os08g31219 SBH 0.914329 0.852502 1.491409
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db Os08g0404300 SBH None None None
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) OsAzu_08g0015420 RBH 0.998519 19.461288 8.840508
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKeNa_08g0015280 RBH 0.371577 3.511472 5.113299
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsCMeo_08g0015210 RBH 1.688152 56.927177 38.872955
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsARC_08g0015510 SBH 0.000000 0.991391 None
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsPr106_08g0015310 RBH 23.485239 26.640648 21.998865
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_04G0238900 RBH 3.6323535 7.2500615 14.1154205
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsIR64_08g0015340 SBH 0.430481 3.429292 3.021912
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_08G0327800 RBH 7.8966425 20.0572235 18.137907
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLima_08g0014810 SBH 1.191718 0.689922 None
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKYG_08g0014930 RBH 0.631786 29.117157 None
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsGoSa_08g0014860 RBH 16.672585 77.881912 None
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLiXu_08g0015550 RBH 2.051788 4.198605 5.157159
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLaMu_08g0014970 RBH 0.769244 9.563818 None
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) OsN22_08G015060 RBH 0.0 9.778468 2.243480
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsNaBo_08g0015200 RBH 5.338657 63.968662 21.806637
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