Rice Gene Index (RGI): a comprehensive pan-genome database for comparative and functional genomics of Asian rice.

Basic Info

Gene ID		OGI # \| Score			Accession \| Assembly \| Annotation			Location		Links
OsMH63_08G0270600		OGI:08050480 \| 16/16			Minghui 63 \| MH63RS3 \| HZAU			Chr08:18894245-18907503		Homologues MicroCollinearity RGI-JBrowse
Gene Symbol		CCD1, OsCCD1, -
DNA 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Function		Carotenoid 9,10(9',10')-cleavage dioxygenase 1 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q8LP17]

Transcripts

Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
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Event Type

Chromosome

Start

End

Strand

Alternative mRNAs

Total mRNAs

Source

Expression

	Leaf	Root	Panicle
FPKM	3.780759	0.0529615	0.004473

Homologues

Genome & Annotation	Homologs	Type	Expression(FPKM)
Genome & Annotation	Homologs	Type	Leaf	Root	Panicle
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Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| MSU	LOC_Os08g28400	RBH	0.577604	0.0	0.0
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| RAP-db	Os08g0371200	RBH	None	None	None
Azucena \| AzucenaRS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsAzu_08g0013930	RBH	0.0	0.0	0.088881
KETAN NANGKA \| Os128077RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKeNa_08g0013830	RBH	0.083473	0.0	0.000000
CHAO MEO \| Os132278RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsCMeo_08g0013800	RBH	0.0	0.0	0.411752
ARC 10497 \| Os117425RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsARC_08g0014100	RBH	0.0	0.0	None
PR 106 \| Os127742RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsPr106_08g0013780	RBH	0.647170	0.0	2.059794
Minghui 63 \| MH63RS3 \| HZAU	OsMH63_08G0268600	RBH	0.190958	0.9258345	0.3470125
IR 64 \| OsIR64RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsIR64_08g0013820	RBH	0.744799	0.082936	0.602493
Zhenshan 97 \| ZS97RS3 \| HZAU	OsZS97_08G0296200	RBH	1.559098	0.1948505	0.071804
LIMA \| Os127564RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLima_08g0013320	RBH	0.0	0.0	None
KHAO YAI GUANG \| Os127518RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKYG_08g0013410	RBH	0.0	0.0	None
GOBOL SAIL \| Os132424RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsGoSa_08g0013350	RBH	0.0	0.0	None
LIU XU \| Os125827RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLiXu_08g0014140	RBH	0.0	0.0	0.000000
LARHA MUGAD \| Os125619RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLaMu_08g0013450	RBH	0.140231	0.0	None
N22 \| OsN22RS2 \| Gramene(+IsoSeq)	OsN22_08G013540	RBH	0.000000	0.0	8.223528
NATEL BORO \| Os127652RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNaBo_08g0013610	RBH	0.0	0.0	0.0

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