Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsMH63_04G0219900 | OGI:04045500 | 9/16 | Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | Chr04:14195462-14204708 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
| DNA seq | 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| Function | Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g16835, mitochondrial [UniProtKB/Swiss-Prot:Q9M4P3] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsMH63_04G0219900 | OsMH63_04T0219900-mRNA-1 | Chr04 | 14195462 | 14204708 | + | maker | ||
| CDS seq | ATGATCCTGTGCCGCCGCCCATTCCTGGCCATCGCCCGGTCCCGCGCCCGCTCACTCTCAACCGCGGCCGTCGCGGCGGCCGTCCGGCACGGTGACCTCGCCGGCGCGGAGGAGGCGTTCGTATCCACGCCACGGAAGACCACGGCCACCTACAACTGTCTCCTCGCCGGCTACGCCAGGGCGCCTGGCCGCCTCGCGGACGCGCGCCACTTGTTCGACCGAATACCGACCCCGGACGTCGTCTCGTACAACACGCTCCTCTTGTGCCACTTCGCCAGCGGCGACGCCGATGGCGCCCGGAGGCTCTTCGCATCGATGCCGGTCAGGGACGTCGCGTCCTGGAACACAATGGTGTCAGGGCTGTCCAAGAGCGGGGCCGTGGAGGAGGCCAAGGTTGTGTTCCTGGCGATGCCAGTGAGGAACTCCGTTTCCTGGAACGCCATGGTTTCCGGGTTCGCCTGCTCTGGAGACATGAGCACGGCAGAGGAGTGGTTTAGGAATGCGCCAGAGAAGGAGGACGCCGTTCTGTGGACTGCGATGGTGTCGGGGTACATGGATATCGGCAATGTGGTGAAGGCCATCAAATACTTTGAGGCAATGCCAGTGAGGAACTTGGTTTCATGGAATGCTGTGGTTGCTGGGTATGTGAAGAATTCACATGCGGATGATGCTTTGAGGCTGTTCAGGACCATGGTCAGGGAGGCCAATGTTCAGCCAAATGCATCGACGTTAAGCAGCGTACTTCTTGGTTGCAGTAACTTGTCTGCACTTGGATTTGGTAAGCAGATACATCAGTGGTGTATGAAGCTTCCGTTGAGTAGGAACTTGACGGTGGGCACGTCACTTGTGAGCATGTATTGCAAGTGTGGGGACTTGAGTAGCGCGTGCATACTGTTTGGTGAAATGCATACGAGGGATGTGGTTGCGTGGAATGCTATGATATCTGGCTATGCTCAGCATGGAGATGGGAAGGAAGCTATCAATTTATTTGAAAGGATGAAGGATGAAGGAGTTGAGCCCAACTGGATTACTTTTGTGGTAGTATTGACTGCTTGTATCCACACTGGCTTGTGTGATTTTGGAATACAGTGTTTTGAGGGAATGCAGGAATTGTACGGAATTGAGCCTCGGGTTGATCATTACTCATGCATGGTGGATCTTCTCTGCAGAGCTGGTAAGCTTGAAAGAGCTGTGGACTTTATCCGCTCAATGCCCTTTGAACCACATCCTTCTGCATATGGAACCTTATTGGCTGCTTGTAGAGTTTATAAGAACTTGGAGTTTGCTGAGCTTGCGGCTGGAAAACTGATTGAAAAGGATCCACAGAGCGCCGGCGCCTATGTACAACTTGCAAATATCTATGCTGTCGCAAATCAGTGGGATGATGTCTCTAGAGTAAGGAGGTGGATGAAGGATAATACAGTTGTGAAAACACCTGGGTATAGTTGGATAGAGATTAAGGGTGTGCTGCATGAGTTTAGATCAAATGACAGATTGCACCCTCAGCTTTACTTGATCCATGAAAAACTGGGCCAGTTAGCGGAGAGGATGAAGGAAATGGGTTATGTTCCAGATCTTGATTTTGTCCTGCATGATGTGGATGAAACTATGAAGGTGCAGATGCTAATGAGGCACAGTGAGAAGCTTGCTATTGCTTTTGGTCTGATTAGTACTGCTCATGGGATGACCTTGAGGATTTTCAAGAATCTCAGGGCTTCAGGATCCAAGAGGATAGCAATGGGGGGCGTAGGAGGCTGCAGCCAGTTGTGTCGTGAGCAGCCTCCACGGGCTGTAGGGTACATCAAAATTAGGCCATCCAACACTGTCGGCAACGTTCCGTCCTATCCTGGCCCTCCTCTGCCTGTTATGACAAAGAGATGCTTTGTGACGATACATTTAATTGCCGCCGCGGATTGGATCCCATGTAGCAGTATATCATTCAACTTTCATTTTCACATAGCATCTGTTCCACTTCACTGCTTCTCAACATCCTCTGCATTTAAGATTGCTAATGCAATGAAGAATAGAAAAATGGAGGGTCTAGCTTCTGAGGTCTTCAAAATAAATGGTGCAGATCCTGCCACTAAACAATGGTTAGATGATGCTGGTGAACTTGCATTCCATTCTTCAGTTATGCGGTTGAAGTTACTTGGAGCAAATGAGGGAAGTAGGAGGTCGAGCAAATCTATTTTGAAGGTATGTAGGATTTTTTTATCAGATGGCAACAGGCCACCTAGGATGAGAGGAGCTCATACAGAATGA
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|
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 4.2899235 | 10.6055995 | 6.629178 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os04g28234 | SBH | 0.566649 | 0.883541 | 0.543782 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | NA | NA | NA | NA | NA |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_08g0003620 | SBH | 0.050979 | 1.156906 | 0.818104 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_08g0003580 | SBH | 0.177044 | 0.000000 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_04g0007470 | RBH | 2.851716 | 0.000000 | 6.638305 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_08G0047000 | RBH | 1.853629 | 8.316398 | 4.177773 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_04g0007220 | RBH | 0.249065 | 0.218042 | 0.504156 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_04G0264100 | SBH | 0.469422 | 0.8465135 | 3.178271 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_08g0003410 | SBH | 0.387552 | 0.214998 | 0.454996 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_04g0007510 | RBH | 0.604338 | 2.840098 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_04G007190 | RBH | 0.270784 | 1.299248 | 1.021425 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_04g0007290 | RBH | 2.141883 | 5.280791 | 1.556733 |
