Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsMH63_02G0277400 | OGI:02048470 | 16/16 | Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | Chr02:17816310-17832854 | ||||||||
| Gene Symbol | OsXrn4-L, Xrn4-L | ||||||||||
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| Function | 5'-3' exoribonuclease 2 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q9FQ02] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsMH63_02G0277400 | OsMH63_02T0277400-mRNA-1 | Chr02 | 17816310 | 17832854 | + | maker | ||
| CDS seq | ATGGGAATACCTTCTTTCTACAGGTGGCTCGTGAACAGATACCCAAGCATCGTCTCCCCGGCAAAGGAGAGCCGCCCTGCAGATGGCATCGTCGTCTACGACAACCTCTACCTCGACATGAATCAAATCATCCATTATTCCTTCCACCCGCAGGACCAGATGAACGCCGGCACAGATGTGTGCGCTCCGACGACGGTCAGCGAGGTTTTCGAGTCCATGTTCGACTACCTGGACCGCTTGTTTCGCATCGTCAGGCCGAGAAGGCTCCTCTACTTGGCAGTGGGTTCGTCGTAG
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| Protein seq | MGIPSFYRWLVNRYPSIVSPAKESRPADGIVVYDNLYLDMNQIIHYSFHPQDQMNAGTDVCAPTTVSEVFESMFDYLDRLFRIVRPRRLLYLAVGSS |
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| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 3.66252 | 17.5818395 | 0.321642 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_02g0481900 | RBH | 1.860863 | 2.046525 | 0.689718 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os02g28074 | RBH | 1.222871 | 1.361350 | 0.190694 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os02g0481900 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_02g0017260 | RBH | 0.448953 | 5.108694 | 5.710034 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_02g0016810 | RBH | 0.293059 | 0.233150 | 0.338620 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_02G0296600 | RBH | 6.910584 | 52.595951 | 4.7683605 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_02g0017250 | RBH | 0.215542 | 0.000000 | 0.000000 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_02g0017120 | RBH | 2.585562 | 13.053576 | 2.464780 |
