Basic Info |
Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
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Function | Putative disease resistance protein RGA4 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q7XA39] |
Transcripts
Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
OsMH63_02G0163500 | OsMH63_02T0163500-mRNA-1 | Chr02 | 10331860 | 10340758 | + | maker | ||
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Protein seq | VVSSGKLPRARSGRFFAEASSSPRRGASPLYLAFFFSSSHCDHSEHTLRLPSYEKNIIHSEQEDTLVQVAHWPNDRSSPATWARSTISYLHGRWSRTYEQKLLDEVSQLQSGLQRLRDTLPAKYDLIDRAEWMSHKDCVAKLLPNLKDALYDADDLLDEFVWYEQKMVLEGNELSQPPFLHFYDNVLQGSFNKVNDIMERLNNISSQLEKMGLDEVTHRFDKLLRPETSSFPNERRIFGRDNELQQVMELLGIPKNDTGAHFKRKRESKNVSTSTSACNQDSIPVLPITGIGGVGKTTLAQHICHDRQVKSHFDLVIWICVSDDFDVKRLTKEAIQSSSIKEADNLDHLQHVLLEEVRNKRLLIILDDVWDDALRESGQCWKRFCAPLTNALLGSMVLVTTRSPVVAHEVKTMEPILLEGLKEDAFWNFFKLCAFGSESANTDPELECIGSKIVPKLKGSPLAAKTLGRLLRMCLDTTHWNNILHSELWELRQQNTDILPALRLSYLYLPFHLKRCFSFCAVYPKDHKFEKVSLAEIWIAEGFVEPEGSTPILDTGCQYFEDLVNRSFFQKIDGKYVIHDLMHDMAQLVSKHDCFILKDKDDFDKVPSSVRHLFILSSTKLDCTRLLSLRKHTKLRTLLCYRSLRNKTLACVMDSWCSELQHMRVIFCAYTKELPESIGKLKHLRYLEISGACPFKSLPSELCHLYNLQIFSARKCKLESLPSDFSKLRNLRRFDSWAFHGDPKGESHFDASNGQEVGTILLKNVNQIFGGLTIDNLGAISKDIAAKAELNNMRYLDRLTLKWSSKGQQEQNEIEVLQVLIPPTTLKHLNIMGYPGESLPRWFHPRNLPTLTSLEFVDCHGLGTIPISPCIDLNEISGDGNNTGIHGIFSALTGLTIKCCSNLSSLNQFLHPAYVPAIKRISIESCEQLVSLPIDRFGEFHYLEELELSYCPKLNDYRSVSIPTLKKLNLRKSGNLPVNILCSSLTSLILTNFKEKTIPLHVWSSNFPALQKLDVSDCGNLKSVGEYESSVFIDHSQRDSFRVATFSSLTALKIEKCRRLATLGDLLLPEYQPAMEKIYVGFCSELLSLPGERFGKYSVLKDLTICHCPMLKWHRGLVLPSSLQRLSLARCGDISPCVPSCLENLASLVSLEITSCSRIAYIPSSLWSSSLSSLQNLIIVNCDLVSIGGADAIEKINKVKIAYCPKLQEIEQPMSRGGLAYHGAKRSLQHSADRNACSELKS
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Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
OsMH63_02G0163500 | OsMH63_02T0163500-mRNA-2 | Chr02 | 10331860 | 10339431 | + | maker | ||
CDS seq | GTCGTTTCTTCGGGGAAGCTTCCTCGCGCCAGGTCAGGTCGTTTCTTCGCGGAAGCTTCCTCGAGCCCACGCCGCGGCGCCTCTCCCCTTTACCTCGCTTTCTTCTTCTCTTCTTCACATTGCGACCACTCCGAGCACACGTTGCGGTTGCCTAGCTACGAGAAGAACATAATTCACTCCGAGCAAGAAGATACTCTAGTCCAGGTTGCCCACTGGCCGAACGATCGATCGTCTCCGGCCACGTGGGCTAGGTCTACCATTTCATATCTTCACGGTCGATGGAGCCGCACTTACGAGCAAAAGCTTCTAGATGAAGTATCACAGTTGCAGAGTGGCCTACAACGTCTTAGAGACACTCTTCCTGCAAAGTATGATCTCATTGATCGAGCTGAGTGGATGAGCCACAAAGATTGTGTGGCCAAGCTCCTTCCAAATCTTAAGGATGCGTTGTATGATGCTGATGATCTTCTTGATGAGTTTGTATGGTATGAACAAAAGATGGTTTTGGAGGGTAATGAACTAAGCCAACCTCCGTTTTTGCACTTCTACGATAATGTCCTTCAAGGAAGCTTCAATAAAGTGAATGATATCATGGAAAGGTTGAATAATATTTCTAGCCAACTGGAGAAGATGGGATTGGATGAAGTTACTCATCGATTCGACAAATTACTCAGGCCAGAGACTAGCTCTTTCCCAAATGAAAGAAGAATATTTGGTCGCGATAATGAACTGCAGCAAGTGATGGAGTTGCTTGGTATACCTAAAAATGACACAGGTGCTCATTTCAAACGCAAGAGAGAGAGTAAAAATGTGTCAACAAGCACATCAGCATGCAACCAAGATAGTATTCCTGTTTTGCCAATAACTGGAATTGGGGGTGTTGGAAAGACCACTTTGGCCCAACATATCTGCCATGATCGACAAGTAAAGTCTCATTTTGACCTAGTAATTTGGATTTGTGTTTCAGATGACTTTGATGTGAAGAGGTTAACCAAAGAAGCCATACAATCCTCTTCTATAAAAGAGGCTGATAATTTGGATCATCTTCAGCATGTTTTGTTGGAAGAAGTGAGGAACAAGAGATTGTTGATTATACTTGATGACGTGTGGGATGATGCCTTGAGGGAAAGCGGACAGTGTTGGAAGAGGTTTTGTGCACCTTTGACAAATGCGCTATTGGGAAGTATGGTGTTAGTCACCACTAGATCCCCAGTAGTTGCTCATGAGGTGAAAACAATGGAACCCATCTTATTAGAAGGATTGAAGGAAGATGCATTTTGGAATTTCTTCAAACTATGCGCATTTGGATCTGAGAGTGCTAATACTGATCCTGAGTTAGAGTGTATCGGTTCAAAAATAGTCCCAAAGTTGAAGGGATCACCTTTAGCTGCGAAAACACTGGGACGTTTATTGAGAATGTGCCTTGACACAACACATTGGAATAACATACTACACAGTGAATTATGGGAGCTGAGACAACAGAATACTGACATTTTGCCAGCTCTTCGGTTGAGCTACTTGTATTTACCGTTCCACTTGAAGAGATGCTTCTCATTCTGTGCTGTTTACCCAAAAGATCACAAATTCGAAAAGGTCAGTTTAGCTGAAATTTGGATTGCAGAAGGTTTTGTGGAACCTGAAGGTAGCACTCCAATTCTAGATACTGGCTGTCAGTACTTTGAAGACCTTGTAAACCGGTCTTTCTTTCAGAAAATTGATGGCAAATATGTAATCCATGATCTGATGCATGACATGGCACAACTAGTTTCAAAGCATGACTGCTTCATCTTAAAAGACAAGGATGATTTTGATAAAGTTCCTTCAAGTGTTCGTCATCTATTCATACTCTCTAGCACAAAATTAGATTGTACTCGCTTGCTGAGCCTACGTAAGCACACAAAGCTGCGCACTCTACTTTGCTACAGGTCTCTACGGAATAAAACTCTAGCTTGTGTTATGGACAGTTGGTGCAGTGAACTCCAGCATATGCGTGTGATTTTTTGTGCCTACACAAAGGAGCTTCCGGAGAGTATTGGGAAATTGAAGCATCTACGGTACCTTGAAATCTCTGGGGCTTGTCCTTTCAAAAGCCTCCCTTCAGAGTTATGCCACCTGTATAATTTGCAGATTTTTTCAGCTAGAAAATGCAAGTTAGAAAGCTTGCCGAGTGACTTCAGTAAGTTGAGAAATTTACGGAGATTTGATTCATGGGCATTTCACGGTGATCCCAAGGGTGAAAGTCATTTTGATGCATCTAATGGACAGGAAGTAGGAACTATATTGTTGAAGAATGTGAACCAGATTTTTGGAGGTTTGACGATAGATAATCTCGGTGCAATAAGCAAGGATATTGCAGCAAAAGCTGAACTAAATAATATGAGATATCTTGATAGGCTGACCTTGAAATGGTCTTCTAAGGGACAACAAGAACAGAATGAGATAGAGGTGCTTCAGGTCCTAATTCCTCCCACCACTCTCAAACATCTGAACATCATGGGTTATCCAGGTGAATCTCTTCCAAGATGGTTTCATCCTCGCAACTTACCAACCTTGACATCCCTTGAGTTTGTTGATTGTCATGGTCTTGGAACCATACCTATATCGCCGTGCATAGACCTGAATGAGATATCAGGGGATGGAAACAATACTGGCATCCATGGAATATTCTCCGCATTGACTGGCCTAACCATTAAGTGTTGTAGTAATTTATCAAGCCTCAACCAATTTCTACATCCAGCTTATGTACCAGCCATTAAGAGAATAAGCATAGAATCCTGTGAACAGTTAGTTTCACTGCCAATTGACAGGTTTGGTGAATTTCATTACCTTGAAGAATTGGAACTGTCATATTGCCCAAAACTGAATGATTATCGAAGCGTATCCATACCTACCCTCAAGAAGCTCAATCTGAGAAAGTCTGGGAATCTCCCAGTGAATATTCTGTGCTCCTCGCTAACCTCCTTGATATTAACCAATTTTAAAGAGAAAACCATTCCCTTGCATGTGTGGAGCAGTAACTTTCCAGCTTTACAAAAATTAGATGTTTCGGATTGTGGGAACCTTAAATCTGTTGGAGAATATGAATCATCAGTCTTCATTGACCATTCTCAGAGAGACAGCTTTAGGGTTGCAACATTCTCATCCCTTACTGCCCTAAAAATTGAAAAGTGTAGAAGACTGGCAACCCTTGGTGACCTTCTATTGCCTGAGTATCAACCTGCCATGGAGAAAATTTATGTTGGCTTTTGTAGCGAGCTTTTGTCCCTGCCGGGTGAAAGGTTTGGAAAATATTCTGTTCTGAAGGATCTAACTATTTGTCATTGTCCAATGCTCAAGTGGCATAGGGGCCTTGTTTTACCATCATCTCTCCAAAGGCTCTCCTTAGCTAGATGTGGGGATATCTCTCCCTGTGTACCCAGCTGCCTGGAGAACCTTGCCTCCCTCGTGTCACTGGAGATCACCTCTTGCTCACGTATAGCATACATTCCATCTTCACTGTGGAGCAGTAGTCTCTCGTCACTCCAGAATTTGATTATTGTAAATTGTGACCTTGTATCAATTGGTGGAGCAGATGCAATTGAGAAAATAAACAAGGTGAAGATAGCATACTGTCCAAAGTTGCAGGAAATAGAGCAACCAATGAGCAGAGGTGGTCTGTAG
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|
Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
Leaf | Root | Panicle | |
FPKM | 0.289234 | 27.807004 | 4.1507255 |
Homologues
Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
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Leaf | Root | Panicle | |||
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_02g0282000 | SBH | 0.695014 | 0.769451 | 0.0 |
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os02g18080 | SBH | 0.470005 | 0.517520 | 0.0 |
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os02g0282000 | SBH | None | None | None |
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_02g0012440 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_02g0012610 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_02g0012460 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.185471 |
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_02g0012280 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_02g0012180 | SBH | 0.0 | 1.912112 | 0.635613 |
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | NA | NA | NA | NA | NA |
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_02g0012060 | RBH | 0.064375 | 0.426873 | 0.041000 |
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_02G0175400 | SBH | 0.234382 | 0.59623 | 0.059391 |
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_02g0012620 | RBH | 0.110557 | 0.274318 | None |
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_02g0012210 | RBH | 0.0 | 2.002438 | None |
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_02g0012600 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_02g0012490 | RBH | 0.000000 | 0.476903 | 0.253674 |
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_02g0012230 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_02G012600 | SBH | 0.088130 | 0.119195 | 0.0 |
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_02g0012370 | SBH | 0.133571 | 0.0 | 0.569775 |