Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsLima_02g0005070 | OGI:02010370 | 11/16 | LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr02:3445654-3458723 | ||||||||
| Gene Symbol | DLN43, OsDLN43 | ||||||||||
| DNA seq | 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| Protein seq | MCGLPVCVSYGTEFVPASPPAHIARQYPFCKTMFPLTQLAGSTQATRFAAARQIGEIAKSHPQELNVLLKKVSPYLRSKNWDTRVAAAHAIGAIAENVKHTSVKDLFASAEAEKHASGLSGIGDVGSTLRHADTTATSELAFGSFDINRVLEFGSPLLASGGQEYDIANDNGKNPAERLARQKQNLRRRLGLDVCEQFMDFNDVIKDEDLLAQKNYWGANMQNNGFYSFNTGQNIQHLVASMVPRYPKHSNFRSRRLSARELNMLKRKAKSNAKDHTKAVPEDDDVVPKSSGPSNGASSDQDTVDAITDEDNLEYSENGRWPFQQFVDQLIHDMFDPIWEVRHGTIMALREILTHQGACAGVYFPDLNSPFADLDDKNNLDSLKRAHGIDLNEDIDSGQLEPVLKRQKKEESNPEVMDIQLDKEPSNGDYSKTEASLSTEPTVSSGEPSLAHAKVESPFQVDGSANPSKVDPYCTPPHETLNSMPKLSSTHLPENSKFIKLMKLANYSAVKNWEFLQDSAIRFLCVLSLDRFGDYVSDQVVAPVRETCAQALGAVLKYMHPTLVCHTLNILLQMQRRQEWEVRHGSLLGIKYLVAVRQEMLKDLLNYVLHACKAGLEDPDDDVRAVAAEALIPAAASLVRLNDQMLHSIVMLLWDILLDLDDLSPSTSSVMNLLAEIYSQPEMVPKMLGTTAIGEDNEFDLNSVTLVAGEEKMGSNDNPYVLAALTPRLWPFMRHSITSVRRSAVRTLERLLEVGNTRNSAKLWLASILGDALQVVFQNLLLESNDEIIRSSERAWKLLLQCPTEDLESAASSYFSNWVQLATTPYGTALDSAKMFLPVALPRGSRSRAAAKIKSARLEHENTRMISFGSTGENTSQEKHSEASLSVSKIIVGSDSDKSVTHTRVLTSMALGLFASKLPEGSWQVVLGPLASDLMSLSGVQRQVASMVIVSWFKDLRKSDPAAVGTLLAFLSSLKGWMLDLLACSDPSFPTKDSPLPYAELARTYRKMRNEANNLFQSIESCALLKEYTSNLNFEADMLSVDDAINFASKLLLPSEPDFSLDSDKIVLNNIESAKQGLLSTSGYLKCVQNNLHVTVSSLVASAVVWMAGLPSKLNPVILPLMAAVKREQEEILQDKAADALAELIFSCVGRKPGPNDKLTKNLCTLTCTDASETPQAAVINSIQVIEDQNLLSIGKRFSNHKSRGQMTSGGESKSEGFISRRGSELAFKHLCEKFGASLFEKLPKLWDCLTEFLKPVKTGDDLMKEDPSIAQLGRSCEDKEPQSLINNIQVVRSVTPHLAEPLRPQLLSLLPCILGCVRHPHVAVRLAAARCITSMAKSLTANVMVIVIENVIPMLSDSSSVCARQGAGMLLSLLVQGLAVELVPYAPFLVVPLLRCMSDPDGSVRQTVTHSFAALVPLLPLAKGSLLPDGLSERLSSSAEDAQFLEQLLDNSQIDDYKLSIDLSVELRRYQQEGINWLAFLRRFKLHGILCDDMGLGKTLQASAIVAADIAESRARNDEQDPKSLIICPSTLVAHWEYEIEKYIDSSIMKPLQYIGSSQDRIILRSQFDKFNVIITSYDIIRKDIDFLENVFWNYCVLDEGHIIKNSRSKITSAVKQLKAQHRLILSGTPIQNNVLELWSLFDFLMPGFLGTEKQFQATYGKPLLAAKDPKCSAKDAEAGILAMEALHKQVMPFLLRRTKDEVLSDLPEKIIQDRYCNLSLLQLKLYDKFSNSNAKQEISTIVKENELDQSTSQPKATRHVFQALLDIIEKDLFQSHMRSVTYLRLDGSVEPEKRFETVKAFNSDPTIDVLLLTTHVGGLGLNLTSADTLVFMEHDWNPMKDLQAMDRAHRLGQRKVVNVHRLIMRGTLEEKVMSLQRFKVSVANAVINAENASLKTMNTDQLLDLFASTPASRKASVLPSSSGGDQSKDSKGKSGGKGLKSILNGLDELWDQSQYADEYDLNQFLAKLNG |
||||||||||
| Function | TATA-binding protein-associated factor BTAF1 [UniProtKB/Swiss-Prot:B5BT18] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLima_02g0005070 | OsLima_02g0005070.01 | Chr02 | 3445654 | 3458508 | + | NAM | ||
| CDS seq | atgtgcggtctgccagtctgcgtcagctatggcacagagttcgtcccggcttcaccgcctgctcacattgctagacagtatcctttctgcaagactatgtttcctttaacacaactagctggttccacgcaagcgacaaggttcgctgctgcacggcaaattggagaaattgccaagtcccacccccaggagctaaatgtcttactcaaaaaggtttctccatatttacgtagtaagaattgggacacaagggtcgcagcagcccatgcgattggtgccatagcagagaacgtcaaacacacatcggtgaaagacttgttcgcatctgcagaagcagaaaaacatgcttctgggttgtctggaattggtgatgttgggtcaacgttgcggcatgctgatactactgcaacatctgagcttgcttttggaagcttcgatataaacagggtgttggaatttggatctcctttattggcatcaggtggacaggaatatgacattgcaaatgataacggcaaaaatccagcagagcgtttagctcgccaaaagcaaaatctccggcgtcgtttaggtctggatgtatgtgagcagttcatggatttcaatgatgttatcaaagacgaggaccttcttgcccaaaagaattattggggtgcaaatatgcaaaacaatggattctattcatttaatactggtcagaatattcagcacttggttgcatctatggttcccaggtatcccaaacattccaattttcgctccaggcgattaagcgccagggagctcaatatgctgaagcgtaaagcaaaaagcaatgcaaaagatcatacaaaggctgtacccgaggatgatgacgttgtgccaaaaagttctggaccgtctaacggggcctcttctgatcaagatacagttgatgcaatcacagatgaggacaatctggagtacagtgagaatgggagatggccttttcaacagtttgtagatcaacttattcatgacatgtttgaccctatttgggaagttcgccatggcaccattatggctttgagggaaattttgacgcatcaaggtgcttgtgctggagtatattttcctgatctgaactcgcctttcgctgaccttgatgataaaaacaatttggactccctgaaaagagcacatggtattgatcttaatgaagacattgattcgggacagctcgagccagttttgaaaagacaaaagaaagaggagtctaatccagaggttatggacattcagttggataaggagccaagtaacggtgattattccaaaacagaggcaagtctgagtactgagcctactgtatctagtggtgaaccaagtcttgctcatgcaaaggttgaatcacccttccaggttgatggttcagctaacccatctaaggtggatccatattgtacaccacctcacgaaacactcaactccatgcccaaactgagttctacccatctccctgaaaattcaaaatttataaagctgatgaaactagcgaactactcagcggtaaaaaattgggaatttcttcaagactctgcaattcgtttcctttgtgtactttcattggaccgctttggtgattatgtatctgatcaagtggttgctcctgttcgtgaaacttgtgctcaagctcttggtgcagttctgaagtacatgcatccgactctagtatgccatacactgaatattttgctgcaaatgcagcgcaggcaggagtgggaagttcgtcatgggagtctccttggaattaagtatttagttgctgttcgtcaggaaatgcttaaagacttgcttaattatgttcttcatgcctgtaaagctggtctggaggatccagatgatgatgtccgggctgtggctgcagaggctctgatcccagctgctgcttctttagttagactaaatgatcaaatgctacattcaattgtgatgttgctttgggatatattgcttgaccttgatgatctaagcccttctacaagcagtgtgatgaatttgttagctgagatatattctcaaccagagatggttccaaagatgcttggcacaacagccataggtgaagacaacgaatttgatctaaacagtgtaactctggttgccggtgaagaaaaaatgggttctaatgataatccttatgtcttagccgctctgacaccccgattgtggccttttatgagacatagtattacatcagtccggcgttctgctgtacgaacattggagaggcttctcgaggttgggaacaccaggaattcagctaaactatggcttgcatctatattaggtgatgcgctgcaagttgtcttccagaatcttcttttggagtcaaatgatgagattattcgatcttctgaaagggcttggaaacttttacttcagtgccctacggaggaccttgagtctgctgcaagttcatattttagtaattgggtgcaacttgccactactccatatggcacagcattggattctgcaaaaatgtttttgccagttgcacttccacgaggaagtcgttcaagagctgctgcaaagatcaaatctgcaaggttagaacatgaaaatacgagaatgatatcttttggttctaccggagagaacacttcacaggaaaagcattctgaagcttccttgagtgtttcaaaaataattgtggggtctgattcggacaaatctgttactcatacgcgagtgcttacgtcaatggcccttggtctgtttgcctctaagttgccagaggggtcgtggcaagttgttcttggtccattagcaagcgatctcatgtctctctcaggagtccagagacaggtggcttctatggttattgtttcttggtttaaagacctcagaaaaagtgatcctgctgcggtgggtacattgctagctttcttatcctccctgaaagggtggatgttggacttactggcttgctctgacccttcatttcctacaaaagattctccgcttccatatgctgagcttgcaagaacatacaggaagatgcgcaatgaagccaataatttgttccagtcaatagaatcttgtgctcttcttaaagagtatacaagcaacttaaactttgaagctgacatgctgagtgttgatgatgctattaacttcgcttcaaagcttttgttaccatctgaacctgattttagtttggacagtgataaaattgtcttgaacaatatagagtcagcaaaacaaggtctattgtctacgtcaggctacttgaaatgtgttcagaataatttgcatgtgacagtttcctctttagtggcctctgctgtagtctggatggcagggctgcctagtaagttgaacccagtcattttgcctttaatggctgctgtaaaaagggaacaggaggaaatacttcaggacaaagctgcagatgcacttgctgagctcatttttagttgtgttggccgcaaacctggcccaaacgacaaactaacaaagaacctctgcacgttaacatgcactgatgcaagtgagacacctcaagctgcagttataaactcaattcaggttattgaggaccaaaacttgctgtcgattggtaagcgttttagcaatcacaaatccaggggccagatgacttccggtggtgaatcgaagtcggagggttttataagccggcgtggatcggagttggcttttaagcatctttgtgagaaatttggagcatccttatttgaaaagcttcccaagttatgggattgccttacggagtttcttaaacccgtcaagactggagatgatcttatgaaagaagatccaagtattgcgcagttaggaagatcttgtgaggacaaggaaccgcagtcccttataaataatatccaggttgttcgttcggttacacctcatttggctgagcccttgaggcctcaattgctaagtctccttccctgtattcttggttgtgtgcgccatcctcatgtcgctgtcaggttagctgctgcaaggtgcatcacatcaatggcaaaatcattgactgctaatgtaatggtaattgtgatagaaaatgtcataccgatgttgtcagattcatcttctgtctgtgcaaggcaaggagctgggatgcttttgagccttcttgttcagggtttggctgtggagttggttccttatgctcctttccttgttgttcctcttctaaggtgtatgagtgatcctgatggttctgttagacagactgtaactcacagttttgctgctctggttcctttgttgccattagcaaaaggttctttgttaccggatggactgagtgaacgcttatctagcagtgcagaagatgcgcagtttctagagcagctcctcgacaactcccaaattgatgattacaagctcagcattgatctcagtgttgaactgcgaaggtaccagcaagaaggaattaactggctagcattccttagacggttcaagttacatggaattttatgtgatgacatgggtcttggcaaaacactccaggcgtctgctattgtagcagctgatattgctgagtcacgtgcacggaatgatgagcaagatccgaaatctttgattatctgcccttctacattagtagcacactgggaatatgaaatagagaagtacatagacagctctatcatgaaacctcttcagtacatcggttcatcacaagataggattatcctccgttctcagtttgataagttcaacgtaatcataacgtcatatgatattatacgcaaggatattgattttcttgagaatgtcttttggaactattgtgtgctggatgaggggcacataataaagaactcaagatctaaaataacatctgctgtgaaacaattgaaagcacaacaccgtcttatcctcagcggtactccaattcagaataatgtattggagctctggtctctatttgactttcttatgcctggatttcttgggacagaaaaacagttccaagctacatatggaaaaccattgctagcagcaaaagatccaaaatgttcagcaaaggatgctgaagctggcattcttgctatggaggcactgcataaacaggtcatgccgtttctacttagaagaacaaaggatgaagttttatctgatcttcctgagaagattatccaggatagatattgcaatctcagtctattgcagctcaaactttatgacaaattctccaactccaatgccaaacaagagatttccactatagtaaaagaaaatgaattagatcaatccacttctcaaccaaaggcaactcgtcatgtgtttcaggctttgcttgacattattgagaaggacctgtttcaatcccatatgagaagcgttacatatttacggttggacggctctgttgaaccagagaagcgatttgaaactgtgaaggcattcaactcagatccaaccattgatgtgctcctattaacaactcatgtcggtgggcttggattgaatttgacatctgctgacacattggtctttatggaacatgattggaacccaatgaaggatcttcaggcaatggacagagcacaccgtctgggtcaaaggaaagtggtaaacgtgcaccgtctcatcatgcgcggtaccctggaagagaaggtgatgagtcttcaaaggttcaaggtgtcggtggccaatgcggtcatcaatgctgagaacgccagcctgaagacaatgaacactgaccaactgcttgatctgtttgcttcgacgcctgcttccagaaaagcgtctgtactcccaagcagttcgggtggtgatcagagtaaagattccaaggggaaatctggtgggaagggtttgaagtccattctgaatggtctggacgagctatgggatcagtctcagtatgcagacgagtacgatctcaaccagttcttggcgaagctcaacggctga
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| Protein seq | MCGLPVCVSYGTEFVPASPPAHIARQYPFCKTMFPLTQLAGSTQATRFAAARQIGEIAKSHPQELNVLLKKVSPYLRSKNWDTRVAAAHAIGAIAENVKHTSVKDLFASAEAEKHASGLSGIGDVGSTLRHADTTATSELAFGSFDINRVLEFGSPLLASGGQEYDIANDNGKNPAERLARQKQNLRRRLGLDVCEQFMDFNDVIKDEDLLAQKNYWGANMQNNGFYSFNTGQNIQHLVASMVPRYPKHSNFRSRRLSARELNMLKRKAKSNAKDHTKAVPEDDDVVPKSSGPSNGASSDQDTVDAITDEDNLEYSENGRWPFQQFVDQLIHDMFDPIWEVRHGTIMALREILTHQGACAGVYFPDLNSPFADLDDKNNLDSLKRAHGIDLNEDIDSGQLEPVLKRQKKEESNPEVMDIQLDKEPSNGDYSKTEASLSTEPTVSSGEPSLAHAKVESPFQVDGSANPSKVDPYCTPPHETLNSMPKLSSTHLPENSKFIKLMKLANYSAVKNWEFLQDSAIRFLCVLSLDRFGDYVSDQVVAPVRETCAQALGAVLKYMHPTLVCHTLNILLQMQRRQEWEVRHGSLLGIKYLVAVRQEMLKDLLNYVLHACKAGLEDPDDDVRAVAAEALIPAAASLVRLNDQMLHSIVMLLWDILLDLDDLSPSTSSVMNLLAEIYSQPEMVPKMLGTTAIGEDNEFDLNSVTLVAGEEKMGSNDNPYVLAALTPRLWPFMRHSITSVRRSAVRTLERLLEVGNTRNSAKLWLASILGDALQVVFQNLLLESNDEIIRSSERAWKLLLQCPTEDLESAASSYFSNWVQLATTPYGTALDSAKMFLPVALPRGSRSRAAAKIKSARLEHENTRMISFGSTGENTSQEKHSEASLSVSKIIVGSDSDKSVTHTRVLTSMALGLFASKLPEGSWQVVLGPLASDLMSLSGVQRQVASMVIVSWFKDLRKSDPAAVGTLLAFLSSLKGWMLDLLACSDPSFPTKDSPLPYAELARTYRKMRNEANNLFQSIESCALLKEYTSNLNFEADMLSVDDAINFASKLLLPSEPDFSLDSDKIVLNNIESAKQGLLSTSGYLKCVQNNLHVTVSSLVASAVVWMAGLPSKLNPVILPLMAAVKREQEEILQDKAADALAELIFSCVGRKPGPNDKLTKNLCTLTCTDASETPQAAVINSIQVIEDQNLLSIGKRFSNHKSRGQMTSGGESKSEGFISRRGSELAFKHLCEKFGASLFEKLPKLWDCLTEFLKPVKTGDDLMKEDPSIAQLGRSCEDKEPQSLINNIQVVRSVTPHLAEPLRPQLLSLLPCILGCVRHPHVAVRLAAARCITSMAKSLTANVMVIVIENVIPMLSDSSSVCARQGAGMLLSLLVQGLAVELVPYAPFLVVPLLRCMSDPDGSVRQTVTHSFAALVPLLPLAKGSLLPDGLSERLSSSAEDAQFLEQLLDNSQIDDYKLSIDLSVELRRYQQEGINWLAFLRRFKLHGILCDDMGLGKTLQASAIVAADIAESRARNDEQDPKSLIICPSTLVAHWEYEIEKYIDSSIMKPLQYIGSSQDRIILRSQFDKFNVIITSYDIIRKDIDFLENVFWNYCVLDEGHIIKNSRSKITSAVKQLKAQHRLILSGTPIQNNVLELWSLFDFLMPGFLGTEKQFQATYGKPLLAAKDPKCSAKDAEAGILAMEALHKQVMPFLLRRTKDEVLSDLPEKIIQDRYCNLSLLQLKLYDKFSNSNAKQEISTIVKENELDQSTSQPKATRHVFQALLDIIEKDLFQSHMRSVTYLRLDGSVEPEKRFETVKAFNSDPTIDVLLLTTHVGGLGLNLTSADTLVFMEHDWNPMKDLQAMDRAHRLGQRKVVNVHRLIMRGTLEEKVMSLQRFKVSVANAVINAENASLKTMNTDQLLDLFASTPASRKASVLPSSSGGDQSKDSKGKSGGKGLKSILNGLDELWDQSQYADEYDLNQFLAKLNG
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|||||||
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLima_02g0005070 | OsLima_02g0005070.02 | Chr02 | 3454831 | 3458723 | + | IsoSeq | ||
| CDS seq | atgggatcagtctcagtatgcagacgagtacgatctcaaccagttcttggcgaagctcaacggctgaacacacgatcaccggtcctgtacagtgtaaagcgaattggggcgtgtgatgaacaggttggcagattttgttggcaaccacaggagtcagaaatttttttgttgtttcatacggaagaagggaaaaaaaaaggaagatcgcaagatctagagcaatgt
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|||||||
| Protein seq | MGSVSVCRRVRSQPVLGEAQRLNTRSPVLYSVKRIGACDEQVGRFCWQPQESEIFLLFHTEEGKKKGRSQDLEQC |
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
| SE | Chr02 | 3456511 | 3456957 | + | OsLima_02g0005070.02 | OsLima_02g0005070.02,OsLima_02g0005070.01 | All |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.880991 | 0.681984 | None |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_02g0161300 | RBH | 6.605115 | 7.969881 | 7.864865 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os02g06588 | RBH | 4.419050 | 5.034160 | 1.939060 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os02g0161300 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_02g0004740 | RBH | 2.264087 | 23.132471 | 27.473930 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_02g0004940 | RBH | 1.268722 | 5.727453 | 7.957779 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_02g0004750 | RBH | 4.137586 | 15.831674 | 26.549681 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_02g0004650 | RBH | 2.151191 | 1.697295 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_02g0004700 | RBH | 25.628529 | 31.671902 | 64.309471 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_02G0056800 | SBH | 16.800069 | 31.231049 | 25.726528 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_02g0004660 | RBH | 0.984976 | 1.192995 | 3.824199 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_02G0059500 | RBH | 21.759051 | 46.3681125 | 29.188855 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_02g0004640 | RBH | 1.381853 | 20.751240 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_02g0004960 | RBH | 13.847345 | 23.873499 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_02g0004900 | RBH | 3.379436 | 2.700910 | 2.631346 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_02g0004670 | RBH | 1.827172 | 14.218543 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_02G004730 | RBH | 2.426976 | 6.776647 | 8.631062 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_02g0004690 | RBH | 6.039907 | 32.112606 | 16.047117 |
