Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsLima_02g0004620 | OGI:02001240 | 16/16 | LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr02:3206870-3224894 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
| DNA seq | 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| Function | Receptor-like protein 3 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q9SHI4] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLima_02g0004620 | OsLima_02g0004620.01 | Chr02 | 3206870 | 3224894 | - | NAM | ||
| CDS seq | atgccgtactctggcctcgctactgctgcattactgctgctgcttctcatcgtggccacctccgccatggcttgcgtcgagcaggagaagagttctctcctccggttccttgctgagctgtcgcaagacggtggcatctccatgtcatggcagaatggcacgaactgctgtgtgtgggagggcatcacctgcaatgaagatggggctgtcattgagattcgtctcacctctaaaggccttgaagggcaaatcgcaccgtcgctgggagagctcaccagcttgtcgcgcctcaacctgtcgtacaactccctatctggtggccttccagcagagctgatgtcttctggcagcatcgtcgtccttgatgtcagcttcaatcgcctcaagggggacctgcaagagttgaattcatcagtatctgaccggccactgcaggtactgaatatctcaagcaaccggtttacaggagaatttccatccatcacatgggagaaaatgaggaacctggtcgcaatcaacgcgagcaacaacagttttaccgggcacatacctacctccttctgcagcaattcgccatcttttgctgttcttgatcttgggtacaaccagttcagtggcaacatcccccctggaataggtaaatgttctgcccttagacttctcaaggctaatgccaacaacatcagagggcctctcccaggtgatctcttcaatgccacatcattggagtacctctctttcgctaacaatgggttgcaaggaacaattgatgatgctctcatcgtaaagctcatcaatcttgtttttgttgatcttggatggaatagattcagtggcaagatcccaaattctataggccagttgaaaagactagaggagcttcacatttgcagcaacaacttatctggagagctgccatcatcattgggagattgcacaaatctagtaaccatcaacctcaggagaaacaagttgacgggtgagcttgccaaggttaactactccaatctacccaatctgaaaacattagattttggctcgaataacttcaccggcacaattccagaaagcatatactcatgtagtaatttgacttggttgcggctatcttccaataggcttcacggccagttgacaaataacatacggaatctgaattctatcaccttcttatctctttcctacaacaattttacaaatatcaaaaatactcttcacatactcaagagcttaaggaacctcaatgtcttgttaattgggggaaactttatgcacgaagctatgccacaggatgaaacaattgatggtttcgagaatatttttggtattagcatacatgattgtgcattgactggaaaaatacctagttggctcacaaagctcggaaatttgccagttttagatttatccaacaatcaactcagtggacctataccaacctggatcaatagcctaaacttccttaagtatgtagacatatccaataatagcctttcaggagaaataccacaagcactaatggatataccaatgctaaaatcagataagattgcagataactcagacccaagagcctttccgtttccagtgtatgcaggcgcatgtctgtgttttcagtaccgtacagttactgctttccctaaaatgttgaatctaggtaataacaaattcactggtgcgatcccgatggagattggtgagttgaaagcactcgtttcactcaacttgagcttcaacaacctaaacagggagatcccacaatcgatcagcaacctcaagaatctgatggttctagacctgtcatacaaccatctgacaggtgcaatccctccagcactggtgaaccttcacttcctttccgaatttaatgtttcccacaatgatctaaaagggtctgtaccaattggaggccagttcagcacatttccaagttctagttttgctggaaacccagagctatgcagcccgatacttttgcaccgttgcaatgtagcagaagtagatttgtcttccccaaactcaacaaaagagtacatcaacaagatgctcaggcggtggccagagacgcccaggcggtggctaaagagtggagatcgacggcggcagcggtcccagcctggcggcgtggtgaagaggccgcgggagcacagcgttctctccgaacaaaccacagatttcaatcatctcaacgagaagagctccctcctccggttcattgctgagctgtcgcaagacggtggcatcgccatgtcgtggcagaatggcacggactgctgtgtgtgggaaggcatcacctgcaacgaagatggggttgtaattgaggtccatctagcctctaaaggcctcgaagggcaaatctcaccgtcactgggagagcttaccagcttgtcgcgcctcaacctgtcgtacaactccctatctggtggccttccagcagagttgatgtcctctggtagcatcgtcgtccttgatgtcagcttcaatcgcctcagcggggacctgcaagagttgaatccatcagtatctgaccagccactgcaggtactgaatatctcaagcaaccggtttacaggagagtttccatccatcacatgggagaaaatgaggaacctggtcgcaatcaatgcgagcaacaacagttttacagggcacataccttcctccttctgcagcagctcgacatcttttgctgttcttgatcttgggtacaaccagttcagtggcaacatcccccctggaataggtaaatgttctgcccttagactgctcaaggctgatgacaacaacatcaaagggtctttccctggtgatctcttcaatgccacatcattggagtacctctctttcgctaacaatggattgcaaggaacaattgatgatgctctcgttgtaaagctcatcaatcttgtttttgttcatcttggatggaatagattcagtggcaagatcccaaattctataggccagttgaagagactagaggagcttcacatgaataacaacaacttatctggagagttgccatcatccttgggcaattgcacaaatctagcaaccatcaacctcaggagcaacagtttcacgggagagcttgctaaggttaacttctccaacctgccaaatctgaaaacactagatttgtccacaaattacttcactggcataattccagaaagcatctattcatgcagtaatttgacttggttacggctatcttccaataggcttcacggccagcttacaaataaaataggaaatttgaagtccatcgccttcgtgtcactttcctacaacaatttcacaaatatcacaaatacaattcacatactcaagagcttaaggaacctcactaccttgctaatcgggggaaacttcatgcatgaagctatgccacaggatgaaacaattgatggttttgagaatattaagggtcttagcataaatgactgtacactttctggaaaaattccaaagtggttatcaaagctaaaaaaattgaaagttttagctttatacaacaataaactcagtggacctataccaacctggatcaatagcctaaacttccttaagtatgtagacatatccaataatagccttacaggagaaataccagcagcactaatggagatgccaatgctaaaatcggacaatgtttcagatagctcagtcccaaggggcttcccgttttcagtctatgcaggtgcatgtttgtgttttcagtaccatacggccactgctctccctaaaatgctgaatctaggtaacaacaaattcactggtgtgatccccaatgagatcggtgagttgaaagcactcgtttcactcaacttgagcttcaacaacctaaacagggagatcccacaatcgatcagcaacctcaagaatctgatggttctagacctgtcatacaatcatctgacaggtgcaatccctccagcactggtgaaccttcacttcctttctgaattcaatgtttcctacaatgatctaaaagggtctgtaccaattggaggccagttcagcacatttccaagttctagttttgctggaaacccagagctatgcagcccgatgcttttgcaccgttgcaatgtagcagaagcagatttgtctcccccaagctcaaaaatagattacatcaacaaggtcgtccctgggagagaagcgcgaaggtccatggcaacgacattggaggaggtgctcttgagcatagaaacaaccagctcagcccactcgctgtcgagctcgacgacggtgtcgaaggaggctctcgagctcggccgcgtcctcttcggcttagctgtaccatgctcgatcatcacatgccaagagcagtcaacactcaacagtcacaacaacagatcatccagcaggttttgcactcatttcctttgccttcttcttgtgctgatactctttgcttctccggccagctcctgcacagaggaggacaggagctccctcctccgcttcctcgccgggctgtcacacgacggcggcctcgctgcgtcgtggcgaccggacgtcgattgctgccacgcctgggagggcgtcgtctgtgacgacgaaggcacggtcaccgaggtttccctgcagtctcgaggactccatggaagcatctcactgtcgtccctcgccggtctgaccagcctgacacgtctcaacctctctcataatgctctctccggtagccttccaccggagctcatgtactctgcgagtctggttgttctcgacgtcagcttcaacagcctcgacggagtgctaccgccattgccaatgttgatgactggcttgaagcatcctctgcagttgcaggtgctcaacatctcgaccaacaatttacatggtgagatcccggagtccattggtcagctcaagaagctggaagtgattaggttgagcaacaacaacatgtcaggaaatctaccatcgagtctcggaaactgcacacgtctcacaaccattgatctgaagatgaacagcttcagtggaga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| Protein seq | MPYSGLATAALLLLLLIVATSAMACVEQEKSSLLRFLAELSQDGGISMSWQNGTNCCVWEGITCNEDGAVIEIRLTSKGLEGQIAPSLGELTSLSRLNLSYNSLSGGLPAELMSSGSIVVLDVSFNRLKGDLQELNSSVSDRPLQVLNISSNRFTGEFPSITWEKMRNLVAINASNNSFTGHIPTSFCSNSPSFAVLDLGYNQFSGNIPPGIGKCSALRLLKANANNIRGPLPGDLFNATSLEYLSFANNGLQGTIDDALIVKLINLVFVDLGWNRFSGKIPNSIGQLKRLEELHICSNNLSGELPSSLGDCTNLVTINLRRNKLTGELAKVNYSNLPNLKTLDFGSNNFTGTIPESIYSCSNLTWLRLSSNRLHGQLTNNIRNLNSITFLSLSYNNFTNIKNTLHILKSLRNLNVLLIGGNFMHEAMPQDETIDGFENIFGISIHDCALTGKIPSWLTKLGNLPVLDLSNNQLSGPIPTWINSLNFLKYVDISNNSLSGEIPQALMDIPMLKSDKIADNSDPRAFPFPVYAGACLCFQYRTVTAFPKMLNLGNNKFTGAIPMEIGELKALVSLNLSFNNLNREIPQSISNLKNLMVLDLSYNHLTGAIPPALVNLHFLSEFNVSHNDLKGSVPIGGQFSTFPSSSFAGNPELCSPILLHRCNVAEVDLSSPNSTKEYINKMLRRWPETPRRWLKSGDRRRQRSQPGGVVKRPREHSVLSEQTTDFNHLNEKSSLLRFIAELSQDGGIAMSWQNGTDCCVWEGITCNEDGVVIEVHLASKGLEGQISPSLGELTSLSRLNLSYNSLSGGLPAELMSSGSIVVLDVSFNRLSGDLQELNPSVSDQPLQVLNISSNRFTGEFPSITWEKMRNLVAINASNNSFTGHIPSSFCSSSTSFAVLDLGYNQFSGNIPPGIGKCSALRLLKADDNNIKGSFPGDLFNATSLEYLSFANNGLQGTIDDALVVKLINLVFVHLGWNRFSGKIPNSIGQLKRLEELHMNNNNLSGELPSSLGNCTNLATINLRSNSFTGELAKVNFSNLPNLKTLDLSTNYFTGIIPESIYSCSNLTWLRLSSNRLHGQLTNKIGNLKSIAFVSLSYNNFTNITNTIHILKSLRNLTTLLIGGNFMHEAMPQDETIDGFENIKGLSINDCTLSGKIPKWLSKLKKLKVLALYNNKLSGPIPTWINSLNFLKYVDISNNSLTGEIPAALMEMPMLKSDNVSDSSVPRGFPFSVYAGACLCFQYHTATALPKMLNLGNNKFTGVIPNEIGELKALVSLNLSFNNLNREIPQSISNLKNLMVLDLSYNHLTGAIPPALVNLHFLSEFNVSYNDLKGSVPIGGQFSTFPSSSFAGNPELCSPMLLHRCNVAEADLSPPSSKIDYINKVVPGREARRSMATTLEEVLLSIETTSSAHSLSSSTTVSKEALELGRVLFGLAVPCSIITCQEQSTLNSHNNRSSSRFCTHFLCLLLVLILFASPASSCTEEDRSSLLRFLAGLSHDGGLAASWRPDVDCCHAWEGVVCDDEGTVTEVSLQSRGLHGSISLSSLAGLTSLTRLNLSHNALSGSLPPELMYSASLVVLDVSFNSLDGVLPPLPMLMTGLKHPLQLQVLNISTNNLHGEIPESIGQLKKLEVIRLSNNNMSGNLPSSLGNCTRLTTIDLKMNSFSGDLGSVDFSSLHNLRALDLLHNDFSGVIPESIYSCNNLTALRLSSNQIHGEISSKIGDLKYLSFLSITENSFSDIAKTLHAFKSSRNLTTLFIGENFWGEVIPQDETIESLESIRHLSIYRCSLIGNIPLWLSKLKNLEVLDLSNNQLTGPMPSWLNSFNNLFYLDVSNNSLTGQIPATLIEIPMLKSDDYKAHRTILFDLPVYVTTLSRQYRAVTSFPALLNLSANSFTSVIPPKIGELKALTHLDFSSNQLQGEIPPSICNLTNLQVLDLSRNYLTGPIPEALNKLNFLSKFNISDNDLEGPIPTGGQMNTFSSSSFAGNPKLCGSMLAPCGSVEVAHTIPTISEDQQCSSKTISAIAFGVFFGIGVLYDQLVLSRYYG
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|
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.050025 | 0.093740 | None |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_02g0157501 | SBH | 0.000000 | 0.154935 | 0.303747 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os02g06220 | RBH | 0.016504 | 0.0 | 0.0 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os02g0157000 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_02g0004270 | RBH | 0.000000 | 0.000000 | 0.509504 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_02g0004410 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.000000 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_02g0004250 | RBH | 0.223182 | 0.0 | 1.172257 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_02g0004100 | SBH | 0.000000 | 0.000000 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_02g0004220 | RBH | 1.506071 | 0.0 | 1.495041 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_02G0053100 | RBH | 0.163434 | 0.2359145 | 0.06409 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_02g0004220 | RBH | 0.0 | 0.035502 | 0.217687 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_02G0053700 | RBH | 0.9190825 | 0.8928545 | 5.3189615 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_02g0004520 | RBH | 0.000000 | 0.000000 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_02g0004040 | SBH | 0.085514 | 0.000000 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_02g0004420 | SBH | 0.000000 | 0.000000 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_02g0004280 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.106284 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_02g0004180 | RBH | 0.052786 | 0.650104 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_02G004170 | RBH | 0.077743 | 0.0 | 0.290530 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_02g0004150 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.431747 |
