Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
OsLiXu_Ung0004900 OGI:99013940 | 1/16 LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) ChrUN-Ctg50:117271-122050
Gene Symbol -
DNA seq

atgcctccgccggcacgccggcgtatcgccggcgatcccaactccacgtcgatcacctcacatgccggcatggttaagctcctcgccgacatcctccaccacaccccgccttccacctggccgtccgccctcgccgccccgctgctccgcggccgcctggccgccgcccacgtctcctccctcctcctcctcccgccgtcgctatctcgccccgatctctcccgccgcttcctcctcctgctgccgccccacctcgtctccccggtgtcactgtctctcctcgccctctccttcctgtcctcctcgccgtcctcctcgtcgtcgtcattctcctcccggcacgccgcctccctcctcctctccctcgcgtcctccgctccgtctgcttcctcctcattctcgtctctctcccacgcttcctccctctcggccttcccgccaggcgcggcctccaccgccgccgcgctgctcgcctcgtcttacctccgcctccgccgcgcccgcgacgccgccgccgttcttggcctctccctttcatcggggattactgttaaccaatataccgcttctcagatattgttctctcttgtcaagattcggcagttcgctcttgcccgggacctgtttgataaaatgctccagtccggtgttcatctggatgagtatgtttacacggcaggcattcgagcttattgcgagtccaggaatctggatggtgcgagagggttggtggtaaggatggaaagcgagggggtcaaggccagcgctgtgccttacaatgtattgatgtatggcttatgcaagaatatgcgcgttcaggaggctgtggaggtgaagaatgtcatggtgaacataggagtgacagccgatgaagtgacataccgtactctggtctatggtttttgtcggatggaagagctggaaatggcactgaggataacacatgacatgatcaggcttggttttgtgccatcagaggctaattgctcatttatgattgacgagctacgcaagaaggagctggttgaggaggcattcagtttagcttgtaaattgggtgatttgggcatggtaccaaatgtgtttgcatacaatgcattgattgacaaactgtgcaagaatgaaaggtttgacgatgcagataggctctttaaagagatggcgggcaggggtctggagccaaatgaggtgacttatgctatattgatacatgccctgtgcaagagagggatgatagaagatgcactttgtttgttcgataagatgagggataagggtatcaaagtgacagtttatccatacaattccttaatcaatggttactgtaaacagggttctttggatcgggcaaggggacttttgagtggtatggttaaggagggattgacaccaactgcagcatcatattctcccctaatagctggtttatgtaggaatggagatctgtctagttgcatggaactccacagggagatggctgagaggggcatcgcatggaataattatactttcacagcacttatcaatggtttctgcaaagataaaaaaatggatgaagctgctaggctgtttgataaaatgattgacagcaatgtaataccaaatgaagtgacctttaatgttatgatagaagggtattgccttgttggaaatataagaaaggcattcgagttatatgatcaaatggtggaaatggggctcaaacctgataattacacttatagatcattaataagtggactttgcttgaccagtggagtgtcaaaagcaaatgaatttgttgctgatctagaaaatagctatgctgtgctaaacaactttagcctgacagcgcttctgtatggattctttagagaaggaaggttcactgaaacataccatctttgggatgagatggcagtgcgaggagtcaagcttgatcttgtcagttttaccataatcgtgtatgctgctctgaaacagcatgataaggaaaaatcatgtgtgctatttagggagatgaaagaacaaggtgtcaagccagatgatatattctacacatgcatgattgatgcactgtcaaaggaagaaaatatgatccaagctttaaactgctgggatcagatggttgttgatggctactctccaaacactgtaacacatacagtcttgataaataatctctgcaagtcagggtatttgggcagtgcagagctcctctgtaaagagatgttagctgggaatgttcttccaaataaatttacctataattgttttcttgattattttgcaactgaaggggacatggaaaaggccaaagatctccattcagccatgcttcaaggccatctagctagcatagtgtcatttaacatattgatcaagggcctctgcaaggctggaaagatccaagaggcaattgaccttatgagcaagatcactgaaagtggtttctctccagattgcatcagctattctacaataatacatgagctctgtaagatgggtgatataaacaaagcatttgagctttggaatgaaatgctctacaagggattaaaacctgatgttgtagcatacaacatttttatacggtggtgcaatgttcatggtgaatctgataaggctttgggaatatacactaatatgattagaagtggggtgcaaccaaactgggatacgtatagagctcttctctcaggaatttctctgatggtcagcaaggggcaggcattgctgcttaccacctgatgtctagggcagtgcatttcaggctctcatctaatggcataagttgctatcattcatctagaacaggatccatcaaatagttccctgaactgtagctacattatgacttcagttgcttcagagggacaaaacaatacatacaaatttctgtatatgagctcatggattctacacataacaagtaagcaatttaagacaattacttttctaccaaatgtatgttgtccacaatcttgcagatagtattgtaccatttgtacatttgagctatcagattttaatttgacagtacctttactgctttacattctttacttcaagaaaaagtgttttttgttaatgaatgtttttttttcttattccatgccatcttactattgatgtttcctgttaagactgaaatagtgttattaagacacattcgtcttggtaaaagttctatagattccaagcttaaaaattcattatcaactgtttggactttacattcaacattgctaagacaacaattatttccaactttgcaattttacatagccttgtctgaaaatataaaaaaggagattacacaattttaagggatttattttgatctagttacatagacacatctaacaccatttaaaattttcaacagtgtcataacgtgcttggggtttctgagccagtgtaacagaatctttttgatgcttgatcttatggctaataccgctaatgttgatctacccaaacttgcttgggactagaggctgatattgttgttggtggtgttgttagtgctgattttaggctacaagatttcatgcttcaatgagatagtgccacaggatatatttccaggaaattctgtttcctcaagacctaagctgtacgagcataacatccccttcagattctgcatggcacacgctatccattcttttcttcttttttttttttgtgaaacttactcatcttgacaatttaatgtactattctgtaccagggaaaggaaaactgaactctcattgtgtaccagagaatcgtagtagaagcaaattatgatcgggattcaggctgttgtcaaaggttacccatcaagtcggtatatatcgcattgtgtcttctttgagcgtatacccccttactcatttttaatctctagatgtataaaacaatggtcatcataacttgacagaaacgccgctgtaactaatattgttgcgtttctgattgcaggtcacataggcgaatatggtttgttgatgatcacaagtctggtgaaataatccttgagtttgatggtagactgaacaaatggggcgtcatcagcttccgttctgatgttaaagtcaagaaattgagtcctggaccgcaggtctctttccctacacaccaggttagttcatacaactatcaataacatatctggaaatatcacttagttaagatgcttctatcttttagcaagatttttcagggtacttcattattttcaaagggctgaaaaaaaactcgtttagctggcctggttcaaaattgctctgattgatgtgattattcttttaaaatgaaaactagtcaattttgaatgaaatgtgtttttattttggctcggctcattaacaagaaattatagaaaaataattttgaagaaagctcgataaaaagctgaccaagctttttcccatccctttattgttgtgctgtttgcagtctggctacatgcctacatcgccctcactacttctgccggtaccgtggatcatgattcatgaaagaggcaaggagaaagcatatgggagaaaatgttctgggattcttctaacagagagatttatcttggatgatcaatagaaaaagacttgctgtcctcaagttcaaggccactagtatcactgtatcaggattcgtatacatgcagtgatgctgtagatggactcaaagctagcagcagcgtagaagatggtgtagatacgtgcctatatgatttatgaattgttcctgttttggattctattgtgccgtctatttagttttattgcccattgatttgcactcgttctgctgt

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CDS seq

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Function Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g59900 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q9FJE6]

Transcripts

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsLiXu_Ung0004900 OsLiXu_Ung0004900.01 ChrUN-Ctg50 117271 122050 + NAM
CDS seq

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Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 0.000000 0.0 0.100236

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) OsNip_01g0153250 SBH 0.477513 1.481002 0.768184
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os01g06000 SBH 0.395529 1.053836 0.235553
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db Os01g0153250 SBH None None None
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) OsAzu_01g0003940 SBH 0.246874 1.593284 0.904128
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKeNa_01g0003700 SBH 0.0 0.329879 1.004146
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsCMeo_01g0003940 SBH 0.383558 0.523348 2.035174
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsARC_01g0003530 SBH 0.000000 0.035554 None
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsPr106_01g0003790 SBH 1.718287 0.000000 1.624595
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_08G0067000 SBH 0 7.405181 0
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsIR64_01g0003750 SBH 0.059261 0.098403 0.151221
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_01G0050600 SBH 0.3865695 1.419678 2.29878
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLima_01g0003540 SBH 0.037475 0.073776 None
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKYG_01g0003660 SBH 0.110747 0.0 None
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsGoSa_01g0003810 SBH 0.0 11.621308 None
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLiXu_01g0003770 RBH 0.000000 0.156034 0.062985
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLaMu_01g0003710 SBH 0.035843 0.0 None
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) OsN22_01G003770 SBH 0.087759 0.269932 0.537030
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsNaBo_01g0003640 SBH 0.288466 0.000000 0.687019
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