Basic Info |
Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
OsLiXu_09g0005020 | OGI:09025040 | 16/16 | LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr09:9233248-9237655 | ||||||||
Gene Symbol | - | ||||||||||
DNA seq | atggtgAtgatcctggatgcatttgcatccagccttggtgacatactcattgagacaatgaaagaggaagcaagtttgatgctcggtgtctctgatgagatcagaaagctgtatgacaccctgaacagcctcaagaaattcctacaagacgcagagaagaagcacatcaccagcagctatgcacaagactgggtcaggaagctgaagggtgcaatgtatgaagcgtctgacatcactgaccttgttcagatcaaggctgaggagcggcgcatatccatggacacctcttcgggctgcttccactcctttctgctttgcttgcaggatcctctttttgcccacaggataggaagccaaatcaagtcagttaaccagaagatggatgatttatgcaagcaagctgctcaactaaacttcatcaccaacctcaccgatggaaatggcaagcacaaggtcattgacaagacggcaccagggcttgttcctagagacgctgttggaaagaagctcgagcaagatacaaggatgctagtagaggtcctcacaaaagaggagaaggccagtggtggggaaagcaataatgttcatgtagttgctaacagcgacactgaaagcaacaacgttactgttgttgctatcctaggtatcggagggattggcaagactacccttgccaaaaagatctacagtgatcaagcggtcgaagactcatttaacacgaagatatggttgagcgtcactcaggactttaatgaagttgatctgctcagaactgccatagttgctgccggtggtgaccactgtggcgctcaagagaagtccttgcttgagccaattttagttagtgccctgacagcgaagaagtttttgctggtgatggatgacatatggaatcaaaagccatgggagaaggtgcttagagttccaaccattaaagcaggtgctcgtggatctcgagttctgatcaccacgagaaatgaaggagttgctcgagagatgaatgctgtgcacttgcaccatgtcagcaaattgggacctcaagatgcgtgggccatgctcaaggaacaggtaaatcatcaaacaacaaacccttcctagcattatatattttactcattttctcctcgatttgtttaaaacatagcctgaatgcctgatgcactccgagctaattacctatcaataattgccaaattttggttactagcaacactatatatgttcatcagaaatatatttctttaatacataatatttctgggtatgaattctctcttacaataaattccaactgctataattcatatgtgccatttaatgtcgaacaagaaaatgttttttttttccaactaatgcctgaactatatttttcacatattgggataactgttgaatttatttgtttttatcatactctgaataagttgatccattcatggtgacaacatagcttgaatgtgtttccatgtattataccaccagaacatttgattttattttaattctaaacttcgtatataagaacaaaagatcagctatggatgttgttttgttaatattatatgtttaaattcgcagttagacttgagtggacctgagactaaaagactcaaagaaagtgggatgaagattgtagaaaaatgtgatggcttaccgcttgcaatcaaagtagtaggaggagtcttgtgcaagagaaataaaactgaaaatgattgggaaaaggttctaggcaatcaggtatggtcaaaaattggactgcctgatgaactaaacaaggcaatatatttgagctatgaagacctggttcctaatttgaagcagtgctttctatattactcactttttcctaaagatgaaattattggtccagataaggttgttgccatgtggactgctgaaggatttcttggaaatgatggaaattcaacacaattaggaatggattactacaaggaattaattatgagaaatcttttagagcctcacgatgactactataatcaagaatactgtctcatgcatgatgttgtccgctcctttgctcagtatgttgctagagatgaagctttagtggttggggacacagaaaatatgacaaacctcacattatcaaattttttccggctatctatatcagcaaatgaaatagagtggagtaatttacaaaaatggcactcactaagaacattgttattatttggaaatatcaagtttaagcctggtaattccttaagtaaccttccttttctacggacaatacacataagagatgcacgatgtgctacattgattggctcattgtgtcacctcaaacacttgagatacttggaactagggtatacaaacatatctgcactgccccagaacattggtaagatgaaatttttagagcacatcggtcttcgaggatgtcacagtttggcagaacttcctagcagtattacagagctaccaaagttaaggcacctcagtattgatgaaacaaagattaatgctattccgaggggttttaaaagattagaaaatttggagatgctttgggggtttcctgtccacattattattgaaaacactggagaatacagatgtagtttggaagagttagggcctctttcaaaactcaggaagcttaaattgattggtctagagaatgtaccttatagctctatggcaacactagctaagcttaaaaccaaggaaaatctcatatgccttgaattatggtgcacaagtggagtgacagtcagtggtagggtcaaagaatctattgccatggctgatcaggaacaaattgtagatgtctttgacaagctttgccctccactctgcttggaggagctaactatcggaggatattttggcgacaagctcccgagttggataatgatgccagcaaaattccttaaaaatatgagacggttggacctacaggacatggttaactgtgcacatcttccttcaggtttaggtcagctccaagatttggactgcctagtaattaatcgtgcaccacagattgagcaagttggatatgatttcttcgtccaaggaggacagaggaaaactgacaacaggaatcccagtcatgctgtatttttttccaagttacatgagttatgtcttcaaggaatgataaaatggaaggagtggacatgggagaaacatgtggaagccatgcctgttttaagtgtgcttaatatcagaaactgtaagttgcactatcttcctcctggtctttcctaccaggcaaaggcacttagaaggttatccatagctaatgttcagcacctaaattgtcttgagaatttcagttcagttattaagcttgatgcttatgacaaccctgatctagagaggatagccaatcttcccaacatgcagaatctaactgttgttgggtgcccaaaactgatggtaTttaataatgtgaaatcacttcggagcattcaattggggattagtgagatggaaacactcccggcatacctgcaagatacaaaattggaacagttagagattgcttgtagcttaaagctgcttaaattgatggtcaagaaagagtcttggtcggagtggggaaagatcagtaatatcatgcatgttaaggggtttgctagtgaaaatggcaggagatggtatatatcctacacaaaacaccccttctcctttgatacaaatattgaatataccctcgaacttccaggtacaagattctacaagtttgtgttcattttgttttctctttcatctccagttctcctcataatctgaattgtttatctccacttttgcttatttgtgcttactagaggaaacaggatatgaagctaatatcgcaatggagaagatatgaatgattgttgttaatataactctcactatacagttacacttgagaaaaaaaaaagttaagcattgaactggcacttcctagtggaatatgaaaactccccggctatatctactcggtacttatatatcatccctttatagtatttattccaattctcttaccatttcttaacaaccattttaggctcttacacaatgtctactcacgtgccttaTttttcttgtggcaggagaaagagaggtgaatatatatagttgatgcaattcattttgcaatgggactctacgatctcctgcaattgcaagatatgctttctaattgagaaacaaacttatttcttttgtagtttcagaatagtccatgacttcatgttctctgaaaaccttcaatgtagtattttacaattcttttacatccttcggtttaattaacatacaaagaacttcaagtgcttctaaaacatatcaaactagctagctcatttttcaagttcagtatgggtagtttgcaacgccgtaatgtgtggggagcagctccaccatcactgtttgatgt
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Protein seq | MVMILDAFASSLGDILIETMKEEASLMLGVSDEIRKLYDTLNSLKKFLQDAEKKHITSSYAQDWVRKLKGAMYEASDITDLVQIKAEERRISMDTSSGCFHSFLLCLQDPLFAHRIGSQIKSVNQKMDDLCKQAAQLNFITNLTDGNGKHKVIDKTAPGLVPRDAVGKKLEQDTRMLVEVLTKEEKASGGESNNVHVVANSDTESNNVTVVAILGIGGIGKTTLAKKIYSDQAVEDSFNTKIWLSVTQDFNEVDLLRTAIVAAGGDHCGAQEKSLLEPILVSALTAKKFLLVMDDIWNQKPWEKVLRVPTIKAGARGSRVLITTRNEGVAREMNAVHLHHVSKLGPQDAWAMLKEQLDLSGPETKRLKESGMKIVEKCDGLPLAIKVVGGVLCKRNKTENDWEKVLGNQVWSKIGLPDELNKAIYLSYEDLVPNLKQCFLYYSLFPKDEIIGPDKVVAMWTAEGFLGNDGNSTQLGMDYYKELIMRNLLEPHDDYYNQEYCLMHDVVRSFAQYVARDEALVVGDTENMTNLTLSNFFRLSISANEIEWSNLQKWHSLRTLLLFGNIKFKPGNSLSNLPFLRTIHIRDARCATLIGSLCHLKHLRYLELGYTNISALPQNIGKMKFLEHIGLRGCHSLAELPSSITELPKLRHLSIDETKINAIPRGFKRLENLEMLWGFPVHIIIENTGEYRCSLEELGPLSKLRKLKLIGLENVPYSSMATLAKLKTKENLICLELWCTSGVTVSGRVKESIAMADQEQIVDVFDKLCPPLCLEELTIGGYFGDKLPSWIMMPAKFLKNMRRLDLQDMVNCAHLPSGLGQLQDLDCLVINRAPQIEQVGYDFFVQGGQRKTDNRNPSHAVFFSKLHELCLQGMIKWKEWTWEKHVEAMPVLSVLNIRNCKLHYLPPGLSYQAKALRRLSIANVQHLNCLENFSSVIKLDAYDNPDLERIANLPNMQNLTVVGCPKLMVFNNVKSLRSIQLGISEMETLPAYLQDTKLEQLEIACSLKLLKLMVKKESWSEWGKISNIMHVKGFASENGRRWYISYTKHPFSFDTNIEYTLELPEETGYEANIAMEKI |
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Function | Putative disease resistance protein RGA3 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q7XA40] |
Transcripts
Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
OsLiXu_09g0005020 | OsLiXu_09g0005020.01 | Chr09 | 9233248 | 9237655 | + | NAM | ||
CDS seq | atggtgAtgatcctggatgcatttgcatccagccttggtgacatactcattgagacaatgaaagaggaagcaagtttgatgctcggtgtctctgatgagatcagaaagctgtatgacaccctgaacagcctcaagaaattcctacaagacgcagagaagaagcacatcaccagcagctatgcacaagactgggtcaggaagctgaagggtgcaatgtatgaagcgtctgacatcactgaccttgttcagatcaaggctgaggagcggcgcatatccatggacacctcttcgggctgcttccactcctttctgctttgcttgcaggatcctctttttgcccacaggataggaagccaaatcaagtcagttaaccagaagatggatgatttatgcaagcaagctgctcaactaaacttcatcaccaacctcaccgatggaaatggcaagcacaaggtcattgacaagacggcaccagggcttgttcctagagacgctgttggaaagaagctcgagcaagatacaaggatgctagtagaggtcctcacaaaagaggagaaggccagtggtggggaaagcaataatgttcatgtagttgctaacagcgacactgaaagcaacaacgttactgttgttgctatcctaggtatcggagggattggcaagactacccttgccaaaaagatctacagtgatcaagcggtcgaagactcatttaacacgaagatatggttgagcgtcactcaggactttaatgaagttgatctgctcagaactgccatagttgctgccggtggtgaccactgtggcgctcaagagaagtccttgcttgagccaattttagttagtgccctgacagcgaagaagtttttgctggtgatggatgacatatggaatcaaaagccatgggagaaggtgcttagagttccaaccattaaagcaggtgctcgtggatctcgagttctgatcaccacgagaaatgaaggagttgctcgagagatgaatgctgtgcacttgcaccatgtcagcaaattgggacctcaagatgcgtgggccatgctcaaggaacagttagacttgagtggacctgagactaaaagactcaaagaaagtgggatgaagattgtagaaaaatgtgatggcttaccgcttgcaatcaaagtagtaggaggagtcttgtgcaagagaaataaaactgaaaatgattgggaaaaggttctaggcaatcaggtatggtcaaaaattggactgcctgatgaactaaacaaggcaatatatttgagctatgaagacctggttcctaatttgaagcagtgctttctatattactcactttttcctaaagatgaaattattggtccagataaggttgttgccatgtggactgctgaaggatttcttggaaatgatggaaattcaacacaattaggaatggattactacaaggaattaattatgagaaatcttttagagcctcacgatgactactataatcaagaatactgtctcatgcatgatgttgtccgctcctttgctcagtatgttgctagagatgaagctttagtggttggggacacagaaaatatgacaaacctcacattatcaaattttttccggctatctatatcagcaaatgaaatagagtggagtaatttacaaaaatggcactcactaagaacattgttattatttggaaatatcaagtttaagcctggtaattccttaagtaaccttccttttctacggacaatacacataagagatgcacgatgtgctacattgattggctcattgtgtcacctcaaacacttgagatacttggaactagggtatacaaacatatctgcactgccccagaacattggtaagatgaaatttttagagcacatcggtcttcgaggatgtcacagtttggcagaacttcctagcagtattacagagctaccaaagttaaggcacctcagtattgatgaaacaaagattaatgctattccgaggggttttaaaagattagaaaatttggagatgctttgggggtttcctgtccacattattattgaaaacactggagaatacagatgtagtttggaagagttagggcctctttcaaaactcaggaagcttaaattgattggtctagagaatgtaccttatagctctatggcaacactagctaagcttaaaaccaaggaaaatctcatatgccttgaattatggtgcacaagtggagtgacagtcagtggtagggtcaaagaatctattgccatggctgatcaggaacaaattgtagatgtctttgacaagctttgccctccactctgcttggaggagctaactatcggaggatattttggcgacaagctcccgagttggataatgatgccagcaaaattccttaaaaatatgagacggttggacctacaggacatggttaactgtgcacatcttccttcaggtttaggtcagctccaagatttggactgcctagtaattaatcgtgcaccacagattgagcaagttggatatgatttcttcgtccaaggaggacagaggaaaactgacaacaggaatcccagtcatgctgtatttttttccaagttacatgagttatgtcttcaaggaatgataaaatggaaggagtggacatgggagaaacatgtggaagccatgcctgttttaagtgtgcttaatatcagaaactgtaagttgcactatcttcctcctggtctttcctaccaggcaaaggcacttagaaggttatccatagctaatgttcagcacctaaattgtcttgagaatttcagttcagttattaagcttgatgcttatgacaaccctgatctagagaggatagccaatcttcccaacatgcagaatctaactgttgttgggtgcccaaaactgatggtaTttaataatgtgaaatcacttcggagcattcaattggggattagtgagatggaaacactcccggcatacctgcaagatacaaaattggaacagttagagattgcttgtagcttaaagctgcttaaattgatggtcaagaaagagtcttggtcggagtggggaaagatcagtaatatcatgcatgttaaggggtttgctagtgaaaatggcaggagatggtatatatcctacacaaaacaccccttctcctttgatacaaatattgaatataccctcgaacttccagaggaaacaggatatgaagctaatatcgcaatggagaagatatga
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Protein seq | MVMILDAFASSLGDILIETMKEEASLMLGVSDEIRKLYDTLNSLKKFLQDAEKKHITSSYAQDWVRKLKGAMYEASDITDLVQIKAEERRISMDTSSGCFHSFLLCLQDPLFAHRIGSQIKSVNQKMDDLCKQAAQLNFITNLTDGNGKHKVIDKTAPGLVPRDAVGKKLEQDTRMLVEVLTKEEKASGGESNNVHVVANSDTESNNVTVVAILGIGGIGKTTLAKKIYSDQAVEDSFNTKIWLSVTQDFNEVDLLRTAIVAAGGDHCGAQEKSLLEPILVSALTAKKFLLVMDDIWNQKPWEKVLRVPTIKAGARGSRVLITTRNEGVAREMNAVHLHHVSKLGPQDAWAMLKEQLDLSGPETKRLKESGMKIVEKCDGLPLAIKVVGGVLCKRNKTENDWEKVLGNQVWSKIGLPDELNKAIYLSYEDLVPNLKQCFLYYSLFPKDEIIGPDKVVAMWTAEGFLGNDGNSTQLGMDYYKELIMRNLLEPHDDYYNQEYCLMHDVVRSFAQYVARDEALVVGDTENMTNLTLSNFFRLSISANEIEWSNLQKWHSLRTLLLFGNIKFKPGNSLSNLPFLRTIHIRDARCATLIGSLCHLKHLRYLELGYTNISALPQNIGKMKFLEHIGLRGCHSLAELPSSITELPKLRHLSIDETKINAIPRGFKRLENLEMLWGFPVHIIIENTGEYRCSLEELGPLSKLRKLKLIGLENVPYSSMATLAKLKTKENLICLELWCTSGVTVSGRVKESIAMADQEQIVDVFDKLCPPLCLEELTIGGYFGDKLPSWIMMPAKFLKNMRRLDLQDMVNCAHLPSGLGQLQDLDCLVINRAPQIEQVGYDFFVQGGQRKTDNRNPSHAVFFSKLHELCLQGMIKWKEWTWEKHVEAMPVLSVLNIRNCKLHYLPPGLSYQAKALRRLSIANVQHLNCLENFSSVIKLDAYDNPDLERIANLPNMQNLTVVGCPKLMVFNNVKSLRSIQLGISEMETLPAYLQDTKLEQLEIACSLKLLKLMVKKESWSEWGKISNIMHVKGFASENGRRWYISYTKHPFSFDTNIEYTLELPEETGYEANIAMEKI
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Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
Leaf | Root | Panicle | |
FPKM | 0.0 | 0.0 | 0.187358 |
Homologues
Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
---|---|---|---|---|---|
Leaf | Root | Panicle | |||
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_09g0313500 | SBH | 0.494890 | 0.813071 | 1.376464 |
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os09g13820 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.163490 |
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os09g0313500 | SBH | None | None | None |
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_09g0005010 | RBH | 0.0 | 0.0 | 2.708278 |
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_09g0005030 | RBH | 0.0 | 0.000000 | 0.679169 |
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_09g0005230 | RBH | 0.0 | 0.0 | 2.054864 |
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_09g0004920 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_09g0005140 | RBH | 0.0 | 2.860890 | 3.211950 |
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_09G0145800 | RBH | 0.3907755 | 0.4527485 | 0.8322615 |
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_09g0005290 | RBH | 0.0 | 0.088593 | 0.312996 |
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_09G0133500 | RBH | 0.5482375 | 0.5792675 | 11.6485065 |
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_09g0005260 | RBH | 0.0 | 0.067114 | None |
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_09g0005170 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_09g0005140 | RBH | 0.0 | 8.718930 | None |
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_Ung0051300 | SBH | 0.000000 | 0.0 | 0.0 |
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_09g0005070 | RBH | 0.0 | 0.000000 | None |
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_09G005350 | RBH | 0.0 | 0.722277 | 0.963174 |
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_09g0005100 | RBH | 0.129214 | 0.000000 | 1.266314 |