Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsKeNa_09g0005030 | OGI:09025040 | 16/16 | KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr09:8774786-8779194 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
| DNA seq | atggcgatgatcctggatgcatttgcatccagccttggtgacatactcattgagacaatgaaagaggaggcaagtttgatgctcggtgtctctgatgagatcagaaagctgtatgacaccctgaacagcctcaagaaattcctacaagacgcagagaagaagcacatcaccagcagctatgcacaagactgggtcaggaagctgaagggtgcaatgtatgaagcgtctgacatcactgaccttgttcagatcaaggccgaggagcggcgcatatccatggacacctcttcgggctgcttccactcctttctgctttgcttgcaggatcctctttttgcccacaggataggaagccaaatcaagtcagttaaccagaagatggatgatttatgcaagcaagctgctcaactaaacttcatcaccaacctcaccgatggaaatggcaagcacaaggtcattgacaagacggcaccagggcttgttcctagagacgctgttggaaagaagctcgagcaagatacaaggatgctagtagaggtcctcacaaaagaggagaaggccagtggtggggaaagcaataatgttcatgtagttgctaacagcgacactgaaagcaacaacgttactgttgttgctatcctaggtatcggagggattggcaagactacccttgccaaaaagatctacagtgatcaagcggtcgaagactcatttaacacgaagatatggttgagcgtcactcaggactttaatgaagttgatctgctcagaactgccatagttgctgccggtggtgaccactgtggcgctcaagagaagtccttgcttgagccaattttagttagtgccctgacagcgaagaagtttttgctggtgatggatgacatatggaatcaaaagccatgggagaaggtgcttagagttccaaccattaaagcaggtgctcgtggatctcgagttctgatcaccacgagaaatgaaggagttgctcgagagatgaatgctgtgcacttgcaccatgtcagcaaattgggacctcaagatgcatgggccatgctcaaggaacaggtaaatcatcaaacaacaaacccttcctagcattatatattttactcattttctcctcgatttgtttaaaacatagcctgaatgcctgatgcactccgagctaattacctatcaataattgccaaattttggttactagcaacactatatatgttcatcagaaatatatttctttaatacataatatttctgggtatgaattctctcttacaataaattccaactgctataattcatatgtgccatttaatgtcgaacaagaaaatgtttttttttccaactaatgcctgaactatatttttcacatattgggataactgttgaatttatttgtttttatcatactctgaataagttgatccattcatggtgacaacataacttgaatgtgtttccatgtattataccaccagaacatttgattttattttaattctaaacttcgtatataagaacaaaagatcagctatggatgttgttttgttaatattatatgtttataaattcgcagttagacttgagtggacctgagactaaaagactcaaagaaagtgggatgaagattgtagaaaaatgtgatggcttaccgcttgcaatcaaagtagtaggaggagtcttgtgcaagagaaataaaactgaaaatgattgggaaaaggttctaggcaatcaggtatggtcaaaaattggactgcctgatgaactaaacaaggcaatatatttgagctatgaagacctggttcctaatttgaagcagtgctttgtatattactcactttttcctaaagatgaaattattggtccagataaggttgttgccatgtggactgctgaaggatttcttggaaatgatggaaattcaacacaattaggaatggattactacaaggaattaattatgagaaatcttttagagcctcacgatgactactataatcaagaatactgtctcatgcatgatgttgtccgctcctttgctcagtatgttgctagagatgaagctttagtggttggggacacagaaaatatgacaaacctcacattatcaaattttttccggctatctatatcagcaaatgaaatagagtggagtaatttacaaaaacggcactcactaagaactttgttattatttggaaatatcaagtttaagcctggtaattccttaagtaaccttccttttctacggacaatacacataagagatgcacgatgtgctacattgattggctcattgtgtcacctcaaacacttgagatacttggaactagggtacacaaacatatctgcactgccccagaacattggtaagatgaaatttttagagcacatcggtcttcgaggatgtcacagtttggcagaacttcctagcagtattacagagctaccaaagttaaggcacctcagtattgatgaaacaaagattaatgctattccgagcggttttaaaagattagaaaatttggagatgctttgggggtttcctgtccacattattattgaaaacactggagaatacagatgtagtttggaagagttagggcctctttcaaaactcaggaagcttaaattgattggtctagagaatgtaccttatagctctatggcaacactagctaagcttaaaaccaaggaaaatctcatatgccttgaattatggtgcacaagtggagtgacagtcagtggtagggtcaaagaatctattgccatggctgatcaggaacaaattgtagatgtctttgacaagctttaccctccactctgcttggaggagctaactatcggaggatattttggcgacaagctcccgagttggataatgatgccagcaaaattccttaaaaatatgagacggttggacctacaggacatggctaactgtgcacatcttccttcaggtttaggtcagctccaagatttggactgcctagtaattaatcgtgcaccacagattgagcaagttggatatgatttcttcgtccaaggaggacagaggaaaactgacaacaggaatcccagtcatgctgtattttttcccaagttacatgagttatgtcttcaaggaatgataaaatggaaggagtggacatgggagaaacatgtggaagccatgcctgttttaagtgtgcttaatatcagaaactgtaagttgcactatcttcctcctggtctttcctaccaggcaaaggcacttagaaggttatccgtagctaatgttcagcacctaaattgtcttgagaatttcagttcagttattaagcttgatgcttatgacaaccctgatctagagaggatagccaatcttcccaacatgcagaatctaactgttgttgggtgcccaaaactgatggtatttaataatgtgaaatcacttcggagcattcaattggggattagtgagatggaaacactcccggcatacctgcaagatacaaaattggaacagttagagattgcttgtagcttaaagctgcttaaattgatggtcaagaaagagtcttggtcagagtggggaaagatcagtaatatcatgcatgttaaggggtttgctagtgaaaatggcaggagatggtatatatcctacacaaaacaccccttctcctttgatacaaatattgaatataccctcgaacttccaggtacaagattctacaagtttgtgttcattttgttttctctttcatctccagttctcctcataatctgaattgtttatctccacttttgcttatttgtgcttactagaggaaacaggatatgaagctaatatcgcaatggagaagatatgaatgattgttgttaatataactctcactatacagttacacttgagaaaaaaaaaagttaagcattgaactggcacttcctagtggaatatgaaaactccccggctatatctactcggtacttatatatcatccctttatagtatttattccaattctcttaccatttcttaacaaccattttaggctcttacacaatgtctactcacgtgccttatttttcttgtggcaggagaaagagaggtgaatatatatagttgatgcaattcattttgcaatgggactctacgatctcctgcaattgcaagatatgctttctaattgagaaacaaacttatttcttttgtagtttcagaatagtccatgacttcatgttctctgaaaaccttcaatgtagtattttacaattcttttacatccttcggtttaattaacatacaaagaacttcaagtgcttctaaaacatatcaaactagctagctcatttttcaagttcagtatgggtagtttgcaacgccgtaatgtgtggggagcagctccaccatcactgtttgatgt
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| Function | Putative disease resistance protein RGA3 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q7XA40] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsKeNa_09g0005030 | OsKeNa_09g0005030.01 | Chr09 | 8774786 | 8779194 | + | NAM | ||
| CDS seq | atggcgatgatcctggatgcatttgcatccagccttggtgacatactcattgagacaatgaaagaggaggcaagtttgatgctcggtgtctctgatgagatcagaaagctgtatgacaccctgaacagcctcaagaaattcctacaagacgcagagaagaagcacatcaccagcagctatgcacaagactgggtcaggaagctgaagggtgcaatgtatgaagcgtctgacatcactgaccttgttcagatcaaggccgaggagcggcgcatatccatggacacctcttcgggctgcttccactcctttctgctttgcttgcaggatcctctttttgcccacaggataggaagccaaatcaagtcagttaaccagaagatggatgatttatgcaagcaagctgctcaactaaacttcatcaccaacctcaccgatggaaatggcaagcacaaggtcattgacaagacggcaccagggcttgttcctagagacgctgttggaaagaagctcgagcaagatacaaggatgctagtagaggtcctcacaaaagaggagaaggccagtggtggggaaagcaataatgttcatgtagttgctaacagcgacactgaaagcaacaacgttactgttgttgctatcctaggtatcggagggattggcaagactacccttgccaaaaagatctacagtgatcaagcggtcgaagactcatttaacacgaagatatggttgagcgtcactcaggactttaatgaagttgatctgctcagaactgccatagttgctgccggtggtgaccactgtggcgctcaagagaagtccttgcttgagccaattttagttagtgccctgacagcgaagaagtttttgctggtgatggatgacatatggaatcaaaagccatgggagaaggtgcttagagttccaaccattaaagcaggtgctcgtggatctcgagttctgatcaccacgagaaatgaaggagttgctcgagagatgaatgctgtgcacttgcaccatgtcagcaaattgggacctcaagatgcatgggccatgctcaaggaacagttagacttgagtggacctgagactaaaagactcaaagaaagtgggatgaagattgtagaaaaatgtgatggcttaccgcttgcaatcaaagtagtaggaggagtcttgtgcaagagaaataaaactgaaaatgattgggaaaaggttctaggcaatcaggtatggtcaaaaattggactgcctgatgaactaaacaaggcaatatatttgagctatgaagacctggttcctaatttgaagcagtgctttgtatattactcactttttcctaaagatgaaattattggtccagataaggttgttgccatgtggactgctgaaggatttcttggaaatgatggaaattcaacacaattaggaatggattactacaaggaattaattatgagaaatcttttagagcctcacgatgactactataatcaagaatactgtctcatgcatgatgttgtccgctcctttgctcagtatgttgctagagatgaagctttagtggttggggacacagaaaatatgacaaacctcacattatcaaattttttccggctatctatatcagcaaatgaaatagagtggagtaatttacaaaaacggcactcactaagaactttgttattatttggaaatatcaagtttaagcctggtaattccttaagtaaccttccttttctacggacaatacacataagagatgcacgatgtgctacattgattggctcattgtgtcacctcaaacacttgagatacttggaactagggtacacaaacatatctgcactgccccagaacattggtaagatgaaatttttagagcacatcggtcttcgaggatgtcacagtttggcagaacttcctagcagtattacagagctaccaaagttaaggcacctcagtattgatgaaacaaagattaatgctattccgagcggttttaaaagattagaaaatttggagatgctttgggggtttcctgtccacattattattgaaaacactggagaatacagatgtagtttggaagagttagggcctctttcaaaactcaggaagcttaaattgattggtctagagaatgtaccttatagctctatggcaacactagctaagcttaaaaccaaggaaaatctcatatgccttgaattatggtgcacaagtggagtgacagtcagtggtagggtcaaagaatctattgccatggctgatcaggaacaaattgtagatgtctttgacaagctttaccctccactctgcttggaggagctaactatcggaggatattttggcgacaagctcccgagttggataatgatgccagcaaaattccttaaaaatatgagacggttggacctacaggacatggctaactgtgcacatcttccttcaggtttaggtcagctccaagatttggactgcctagtaattaatcgtgcaccacagattgagcaagttggatatgatttcttcgtccaaggaggacagaggaaaactgacaacaggaatcccagtcatgctgtattttttcccaagttacatgagttatgtcttcaaggaatgataaaatggaaggagtggacatgggagaaacatgtggaagccatgcctgttttaagtgtgcttaatatcagaaactgtaagttgcactatcttcctcctggtctttcctaccaggcaaaggcacttagaaggttatccgtagctaatgttcagcacctaaattgtcttgagaatttcagttcagttattaagcttgatgcttatgacaaccctgatctagagaggatagccaatcttcccaacatgcagaatctaactgttgttgggtgcccaaaactgatggtatttaataatgtgaaatcacttcggagcattcaattggggattagtgagatggaaacactcccggcatacctgcaagatacaaaattggaacagttagagattgcttgtagcttaaagctgcttaaattgatggtcaagaaagagtcttggtcagagtggggaaagatcagtaatatcatgcatgttaaggggtttgctagtgaaaatggcaggagatggtatatatcctacacaaaacaccccttctcctttgatacaaatattgaatataccctcgaacttccagaggaaacaggatatgaagctaatatcgcaatggagaagatatga
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| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.0 | 0.000000 | 0.679169 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_09g0313500 | SBH | 0.494890 | 0.813071 | 1.376464 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os09g13820 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.163490 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os09g0313500 | SBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_09g0005010 | RBH | 0.0 | 0.0 | 2.708278 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_09g0005230 | RBH | 0.0 | 0.0 | 2.054864 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_09g0004920 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_09g0005140 | RBH | 0.0 | 2.860890 | 3.211950 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_09G0145800 | RBH | 0.3907755 | 0.4527485 | 0.8322615 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_09g0005290 | RBH | 0.0 | 0.088593 | 0.312996 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_09G0133500 | RBH | 0.5482375 | 0.5792675 | 11.6485065 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_09g0005260 | RBH | 0.0 | 0.067114 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_09g0005170 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_09g0005140 | RBH | 0.0 | 8.718930 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_09g0005020 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.187358 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_09g0005070 | RBH | 0.0 | 0.000000 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_09G005350 | RBH | 0.0 | 0.722277 | 0.963174 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_09g0005100 | RBH | 0.129214 | 0.000000 | 1.266314 |
