Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsLiXu_07g0015150 | OGI:06079200 | 9/16 | LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr07:18012238-18023244 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
| DNA seq | 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| Protein seq | MGPQHPSMHGVLRLIVTLDGEDVIDCEPILGYLHRGMEKIAENRTIIQYLPYVTRMRMMHNYFRIGGVAADLPYGWIDKCLDFCDYFLRGVIEYQQLITQNPIFLERVEGVGFISGEEAVNWGLSGPMLRASGIQWDLRCRKNSWGPYENLEVRRFKKAKNSEWNDFEYRFLGKKPSPNFELSKQELYARVEAPKGELGIYLVGDDSLFPWRWKFVHPGTGRSYQFFSNLELLKEVYGLIWILPILTLLLGITIEVLVIVWLEREISASIQQRIGPEYAGPLGLLQAIADGTKLLFKEDILPSRGIFPYLALDLIPLGYRFVLADLSIGVFLWIAISSIAPIGLLMAGYSSNNNILFQVVYELPLNLLPIGFLVFLISSLAECERLPFDLPEAEEELVAAVAQLLIYVGAINVLIIFAVMFVNGSEWSKDKNFWTIGDGFTSLPLRLLKQLLDYPFFLPSIVIGNQLDALNVYELVQQIYPWGSALQYMYAFSGNPIKDGSIRIDSDQYGIVTSCSLSIFPLVSNNRSDANNLCSFNFSWPTQFQKKIAYSSVSHMGFIIIGIGSITNIGLNGAILQILSHGFIGATLFFLAGTACDRMRLVYLEELGGMFYGYKLFHVPNENFEDSGPRELFLLICIFLPVIGIVIMSMGFGLFLVPTATKNLRRIWAFPSVLLLSIAMLRNRHNSLFTYGYPMLWKDPPPFQLLYTQQLWLLRGFFL |
||||||||||
| Function | NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H, chloroplastic [UniProtKB/Swiss-Prot:P0C337] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLiXu_07g0015150 | OsLiXu_07g0015150.01 | Chr07 | 18012238 | 18023244 | + | NAM | ||
| CDS seq | atgggccctcagcacccatcaatgcatggtgttcttcgactgatcgttactctcgatggtgaagatgttattgattgtgaacccatattaggctatttacacagaggaatggaaaaaatcgcggaaaaccgaactattatacaatacttaccttatgtaacacgtatgcgaatgatgcataattactttcgcatcggaggagttgctgccgatctgccttatggatggatcgataaatgtttagatttctgtgattattttttacgaggagttattgaatatcaacaacttattacacagaatcccatttttttggaacgagttgagggagttggttttattagcggagaagaagctgtaaattggggcttatcgggccccatgttacgagcttctggaatacaatgggatcttcgctgtagaaaaaattcctggggcccttatgagaatttagaagtccgacgctttaagaaagcaaagaattccgaatggaatgattttgaatatcgatttcttggtaaaaaaccttcacccaattttgaattgtcaaaacaagagctttatgcaagagtggaagccccaaaaggtgaattaggaatttatctggtaggagatgatagtcttttcccctggagatggaaattcgtccacccgggtacaggtagaagctatcaattcttttcgaacttggaattattaaaagaagtctatggactgatatggattctacccattttgaccctcttactgggaatcacaatagaagtactcgtaattgtgtggttagaaagagaaatatccgcatcgatacaacaacgtattggtcctgaatatgctggccccctgggactgcttcaagctatagcagatggaactaagctactttttaaagaggatatcttgccatcccgagggatattcccttatttagcattggaccttattcctttgggatatcgctttgttttagcggatcttagtattggtgtttttttatggattgccatttcaagtattgctcctattggtcttcttatggcaggatatagctcaaataataatattctttttcaggtggtctacgagctgccgctcaatctattacctataggttttctggtttttctaatttcttctttggcggaatgtgaaagattaccctttgatttaccagaagcggaggaagaattagtagcagctgtggcacaacttcttatttatgtgggagctataaatgtcttgatcatatttgccgtaatgttcgtaaatggctcagaatggtctaaagataagaatttttggactattggagatgggttcacttcactccccttgcggctgctgaagcagctattggattatccattctttcttccatccatcgtaataggaaatcaactcgatgcactcaatgtgtacgagcttgtccaacagatatacccatggggaagcgcattacagtacatgtatgcttttagcgggaatcctattaaagatgggagcatacggattgattcggatcaatatggaattgttacctcatgctcattatctattttccccttggttagtaataataggagcgatgcaaataatctatgcagcttcaacttctcttggccaacgcaatttcaaaaaaaaatagcctactcctccgtctctcacatgggtttcattattataggaattggttccataaccaacattggactcaatggagctattttacaaatattatcccatggatttattggggctacactttttttcttagcgggaacggcttgtgatagaatgcgccttgtttatctcgaagaactgggagggatgttctatggatacaagctatttcatgttccaaacgaaaattttgaggattccggcccgcgagaactctttcttttaatctgtatctttttaccagtaataggaatcgttattatgtcaatggggtttggactttttcttgttccaacagcaacaaaaaatcttcgtcgcatatgggcttttcctagtgttttacttttaagtatagctatgttgcgaaatcggcacaattccctcttcacgtatggttacccgatgctatggaaggacccacccccatttcagctcttatacacgcagcaactatggttgctgcggggatttttcttatag
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| Protein seq | MGPQHPSMHGVLRLIVTLDGEDVIDCEPILGYLHRGMEKIAENRTIIQYLPYVTRMRMMHNYFRIGGVAADLPYGWIDKCLDFCDYFLRGVIEYQQLITQNPIFLERVEGVGFISGEEAVNWGLSGPMLRASGIQWDLRCRKNSWGPYENLEVRRFKKAKNSEWNDFEYRFLGKKPSPNFELSKQELYARVEAPKGELGIYLVGDDSLFPWRWKFVHPGTGRSYQFFSNLELLKEVYGLIWILPILTLLLGITIEVLVIVWLEREISASIQQRIGPEYAGPLGLLQAIADGTKLLFKEDILPSRGIFPYLALDLIPLGYRFVLADLSIGVFLWIAISSIAPIGLLMAGYSSNNNILFQVVYELPLNLLPIGFLVFLISSLAECERLPFDLPEAEEELVAAVAQLLIYVGAINVLIIFAVMFVNGSEWSKDKNFWTIGDGFTSLPLRLLKQLLDYPFFLPSIVIGNQLDALNVYELVQQIYPWGSALQYMYAFSGNPIKDGSIRIDSDQYGIVTSCSLSIFPLVSNNRSDANNLCSFNFSWPTQFQKKIAYSSVSHMGFIIIGIGSITNIGLNGAILQILSHGFIGATLFFLAGTACDRMRLVYLEELGGMFYGYKLFHVPNENFEDSGPRELFLLICIFLPVIGIVIMSMGFGLFLVPTATKNLRRIWAFPSVLLLSIAMLRNRHNSLFTYGYPMLWKDPPPFQLLYTQQLWLLRGFFL
More
|
|||||||
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLiXu_07g0015150 | OsLiXu_07g0015150.02 | Chr07 | 18017782 | 18018052 | + | IsoSeq | ||
| CDS seq | atggatgtaaagccaagcaaattgcttccgcgccaagaaccgaagattgtgtgggttgtaagagatgcgaatccgcctgcccaacagatt |
|||||||
| Protein seq | MDVKPSKLLPRQEPKIVWVVRDANPPAQQI |
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 373.172974 | 1.660587 | 128.305374 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | NA | NA | NA | NA | NA |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | NA | NA | NA | NA | NA |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_07g0011460 | RBH | 14.733678 | 3.737027 | 41.317753 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_07g0011360 | RBH | 41.331852 | 7.853154 | 31.895985 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_07g0022300 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_03G0438500 | RBH | 185.4586105 | 41.6702575 | 65.347738 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_04g0006880 | SBH | 0.579910 | 0.000000 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_Ung0019440 | SBH | 0.000000 | 0.0 | 0.000000 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_07G022100 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_07g0022130 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
