Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsLaMu_11g0007110 | OGI:11017320 | 16/16 | LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr11:5969899-5985086 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
| DNA seq | 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| Protein seq | MAEVGGMLAAAVLNFVGQQISSVIAGQITLQWDFNDDLKKMKSTLESVAAVLEDAEKQSIKEASVRLWLKRLKSAAFAISDMIDEFEADTQGIQPPAKKMSSIKKGLLQLATMIPCLTVGPRIILANKMKAMRGELRVITDEHTSFKLKVAPTANGVNIPDERETSSTVDKTLIIGRAEDKQIIMDSLSKSMTNDFTVLPIYGIGGIGKTTLAKLVFNDTQFKNYSRVWVYVSQIFDLNKIGNSIISQLTEEESQLTQKQMVCNRLEKLLAGKKTLIVLDDLWEDNGFQLDNLTDMLKAGEGSKVVVVVTTRDGDIAKKFHTIQPHKLAHLTDDMCWTIIKQKSAFESRDDDKEKLQKIGRDIAKKCGGVALAAESLGYMLQSMTCDEWESVKDNDIWNIISSSHSPDQNVLASLMLSYSIFPKGHKIVKDDLIHQWVSLGFIGNQTYCSQSPKQKNIFSTRQLSERLECQPVERDGIKAAATLPLSARSKIAESHHEDVTIFTMHDLVHDVARLVMIDEVLLTSEQANTDGISYHYALLSNCIEPLETSTDYPNKIRALRFMNCKKHRLDDGAFSSAKFLRVLDLSECSIQKLPDSIGQLKQLRYLNAPGVQDQMIPNCITKLIKLMYLSLRGSSKLLSLPESVGEMEELMYLDLSDCSGIRELPESFGKLKKLLHLDFSDCSCIRSLSLCLGSLTELQYLNLSCSSDLYLPEVQFLGNLTKLEYLNLSCSSNLFIPGVQFLGALTKLNYLNLSSQHSNLQSLPEDFGSLIELKYLSLSGCDMIVELPRSFEKLKNLVHLDLSCCSSLLSIPQALHGLAKLEYLNLSLQNGEIHQDKLPLIGLPEVIGSLRNLRYLNLARCMDYVFDNPSTDQTDSFIGSISTFSNLEHLDLCENKILCRLPESIGSLRMLHTLNLSGSSKLARLPECLIKMESLKVLNVKGCKLFEAKLPQSNFLFTLPHFVVHAGEGQSRSNLPLLEHAILDKQLELSRLENVKSTQEARSIKLIEKESINDLKLEWTRGADRYVEDMNVLEEMVPPSTLTEFKIEGYSSISFPSWVMNTGNHLPNLVRIILWDLPKCNSLPPFGQLPNLGNITLGRMHGLRRIDRGIYGGPGAFPRLTRFRLLAMHNLEELDFRDDLQTQLVFPVLHNMEISDCPKVRMKSSPPRAVNWTIILSDNVLSSRVERCHTSASSFSAVACLSVHLCKLVPMHQWLLLCHLPPLVDLHIEGCGDLSSASPEIIRALSSLESLTLEDNDQGEGLPRWLGELQCLQDLSLVGFQELKDLEGNMRRLTSLQSLDLYGCNTMASLPQWLGELTSLEKLTLRYRKNLNDLQQTMCDNLTSLQPLTLEKCVRIPSQPERMSKLNSLKELKDNQAEQPRLLGGITCVQNLTLNGFPDLLDLQGSMRQLTSLPSLYLYQCNSMTSLPQWLGELTSLKRLRIEGCEKLNDLQETLCNITSLQSLELEFCHRIHSLPERMGDLISLKELQIDRCKGISSLPESIQQLTNLENLCIHMCPGLRQWYQSDENEKKLAHIKKRTIY |
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| Function | Putative disease resistance protein RGA1 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q7XA42] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLaMu_11g0007110 | OsLaMu_11g0007110.01 | Chr11 | 5969899 | 5985086 | - | NAM | ||
| CDS seq | atggcggaagtcgggggtatgcttgccgccgctgtcctgaatttcgttgggcagcagatctcttccgtgattgcaggccagatcacgctgcagtgggatttcaacgacgacctgaagaaaatgaagtcgacgctggagtctgtggcggcggtgctcgaggacgccgagaagcagtccatcaaggaggcgtcggtgcggctgtggctgaaacggctcaaaagtgccgcgttcgccatctccgacatgattgatgaatttgaagctgacacacaagggattcaaccaccggccaaaaaaatgtcgtccatcaaaaagggtctcttgcagttagcaactatgatcccatgtctcacagttggtcccaggataattctcgctaataaaatgaaggctatgaggggagaactgagggtgatcacagatgaacacaccagtttcaaattgaaggtagctcctaccgccaatggggtcaacattccagatgaacgggaaacatcatccacggtagataaaacactcatcatagggagagctgaagataaacaaataataatggactctttatctaagagcatgacaaatgattttacagtccttcctatatatggcattggaggcataggcaagacaactttggcaaaactggttttcaatgatacccaatttaaaaactactctcgggtatgggtctacgtgtcacaaatatttgacttgaataaaattggcaactctataatatcacaactaacagaagaggagagccagttgactcaaaagcagatggtatgtaatcgccttgaaaagctacttgctggaaagaagactctaatagttctagatgacctgtgggaggataatggatttcaattggataatttgacagatatgctaaaggctggtgaaggcagtaaggtggttgttgtagtaaccacacgtgatggggacattgcaaagaaatttcataccattcaaccacacaaattagcacacttaacggatgacatgtgttggactataataaagcaaaagagtgcctttgaatctagagatgatgataaagaaaagttgcagaagataggaagggacattgcaaagaagtgtggaggtgttgccttagcagctgaatcacttggatatatgttgcaatcaatgacgtgcgatgaatgggagtcggtgaaagacaatgatatctggaatattatatcttcttcacactcaccagatcagaatgtgcttgcatccttgatgttaagctatagcatctttccgaaaggtcacaagatagttaaagatgatctgattcaccaatgggtttctttgggtttcattgggaaccagacatattgttcacagtccccaaaacaaaaaaacatattctcaactaggcagctcagcgagaggcttgagtgccagccggtggagcgcgatgggatcaaggctgcggcaaccttgcccctatcggcgaggtcaaagattgctgaatcacatcacgaagatgttacaatattcaccatgcatgatctagtgcatgatgtagcaagattggtcatgatcgatgaagttctacttactagtgagcaagccaacacagacggaatcagctaccattatgcgctgctcagtaattgcatcgaaccactagagacatccacagattaccccaacaagataagggcacttcgctttatgaactgtaagaaacatagacttgacgatggtgcattttcatctgccaaattcttgcgtgtcttggatttgagtgaatgctccatacaaaagttgccagattctattggtcaattgaagcagctgaggtatcttaatgcccctggggtacaagatcaaatgatccctaattgcatcaccaagcttataaagttaatgtacctcagccttcgtgggtcttctaaactattgtcactgccagagtcagttggagaaatggaggagctgatgtatcttgatttatcagattgttcaggaattcgggaactgccagagtcgtttggcaagcttaaaaaattgctgcatcttgatttctcagattgctcttgtatcagaagtttatcactgtgtctggggagcctcacggaactgcaatatttgaacctgtcatgcagttcagatctgtatctaccagaggtacaatttttgggtaatctaaccaaactggaatatttgaacctttcatgcagttcaaatctatttatacctggtgtgcaatttttgggcgccctcaccaaacttaattatctgaacttgtcatcacagcactcgaatctccagagtctaccggaagattttggtagcctcattgaactcaagtacttgagcttatcaggttgtgatatgatagtagaattaccaagatcttttgagaagctaaaaaatttggtgcatctggatttatcatgttgtagttcattgttaagtatacctcaagctttacatggcctagccaaactcgaatatttgaatttgtcactgcagaatggagaaatccatcaagataagttacctctcatagggttgccggaagtcattggcagtctaagaaatctgagatacttgaatttagcacggtgcatggattatgtctttgacaacccatcaacagatcaaactgacagtttcattggtagcatcagcactttttccaatctagagcatctggacttgtgtgagaataaaattctttgtcgtttacctgaaagcattggcagcctgaggatgctacatacgttgaacctttcaggttccagcaagctagcaaggcttccagaatgtttgattaaaatggaaagtctgaaggttctaaatgtgaagggctgcaaattgtttgaggccaagcttcctcaatccaacttcctcttcacgttgcctcactttgtggtgcacgccggtgaaggtcaatctagaagcaatcttcctctccttgaacatgcaattcttgataaacagttggagctcagtaggcttgaaaatgtgaagtccacacaagaggcgcggagtataaaattgattgaaaaagaaagcattaatgatctcaagttggagtggaccagaggcgctgataggtatgttgaggacatgaatgtgttggaagagatggtgccaccaagcactttaacggaatttaagatagagggttatagtagcatcagctttccatcctgggtaatgaatactggaaatcatctccctaatctcgtcagaattattttgtgggatttaccaaagtgcaacagcctgccgccttttggtcagttaccaaacctaggaaatattactcttggacgcatgcatggccttagaagaattgacaggggcatctatggtggcccgggggcatttcctcgcttgacacgatttcgcctattggctatgcacaacttggaagagctggatttcagggacgatcttcaaacacaactcgtgtttcctgtgcttcacaatatggaaatttctgattgccccaaagtaaggatgaaatcgagcccacctagagctgtaaactggacaataatactcagtgataatgtactatcatcacgggtagagagatgtcacacctctgcttcctccttttctgcagtggcttgcctgtcagtccatttatgcaagctggtgcctatgcatcagtggctgttgctttgccacctccctccccttgttgatttacatatcgagggatgcggcgatctgagcagcgcatcaccggagatcatccgagccctctcctccttagaatcactgacactagaagacaatgaccagggagaaggactgccaagatggttgggtgagctccaatgtctacaggacctgagtttagtaggctttcaagagctgaaggacttggaagggaacatgaggcggcttacttcgctacaatcactagatctgtatggatgcaataccatggcatcactaccacaatggttaggagaactcacctctcttgaaaagctgacattgaggtaccgcaaaaatctgaatgatttgcaacagacaatgtgtgacaacctcacctccctgcagccactaacattggaaaaatgcgttagaattccttctcaacctgaaaggatgagcaaactcaactctttgaaagaactaaaagacaatcaggcagagcaaccaagattgttgggtgggatcacatgcgtacagaacctgactttaaatggcttccctgatctgctggacttgcaagggagcatgaggcaactcacttcactaccatcactatatctgtatcaatgcaatagcatgacatcgctaccacaatggttaggagaacttacctctctcaaaaggttgaggatagagggttgcgaaaagctgaatgatttgcaagagacattatgcaacatcacctccctacagtcactagaattggaattttgccacagaattcactctctgcctgaaaggatgggtgacctcatctcgctcaaggaactgcaaatcgatagatgcaagggcatcagttcattgccagagagtatacaacaactcactaatctcgaaaatctatgtattcatatgtgccccggattacggcagtggtatcaatctgatgagaacgagaagaaactcgctcacataaaaaaaaggacaatttattaa
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| Protein seq | MAEVGGMLAAAVLNFVGQQISSVIAGQITLQWDFNDDLKKMKSTLESVAAVLEDAEKQSIKEASVRLWLKRLKSAAFAISDMIDEFEADTQGIQPPAKKMSSIKKGLLQLATMIPCLTVGPRIILANKMKAMRGELRVITDEHTSFKLKVAPTANGVNIPDERETSSTVDKTLIIGRAEDKQIIMDSLSKSMTNDFTVLPIYGIGGIGKTTLAKLVFNDTQFKNYSRVWVYVSQIFDLNKIGNSIISQLTEEESQLTQKQMVCNRLEKLLAGKKTLIVLDDLWEDNGFQLDNLTDMLKAGEGSKVVVVVTTRDGDIAKKFHTIQPHKLAHLTDDMCWTIIKQKSAFESRDDDKEKLQKIGRDIAKKCGGVALAAESLGYMLQSMTCDEWESVKDNDIWNIISSSHSPDQNVLASLMLSYSIFPKGHKIVKDDLIHQWVSLGFIGNQTYCSQSPKQKNIFSTRQLSERLECQPVERDGIKAAATLPLSARSKIAESHHEDVTIFTMHDLVHDVARLVMIDEVLLTSEQANTDGISYHYALLSNCIEPLETSTDYPNKIRALRFMNCKKHRLDDGAFSSAKFLRVLDLSECSIQKLPDSIGQLKQLRYLNAPGVQDQMIPNCITKLIKLMYLSLRGSSKLLSLPESVGEMEELMYLDLSDCSGIRELPESFGKLKKLLHLDFSDCSCIRSLSLCLGSLTELQYLNLSCSSDLYLPEVQFLGNLTKLEYLNLSCSSNLFIPGVQFLGALTKLNYLNLSSQHSNLQSLPEDFGSLIELKYLSLSGCDMIVELPRSFEKLKNLVHLDLSCCSSLLSIPQALHGLAKLEYLNLSLQNGEIHQDKLPLIGLPEVIGSLRNLRYLNLARCMDYVFDNPSTDQTDSFIGSISTFSNLEHLDLCENKILCRLPESIGSLRMLHTLNLSGSSKLARLPECLIKMESLKVLNVKGCKLFEAKLPQSNFLFTLPHFVVHAGEGQSRSNLPLLEHAILDKQLELSRLENVKSTQEARSIKLIEKESINDLKLEWTRGADRYVEDMNVLEEMVPPSTLTEFKIEGYSSISFPSWVMNTGNHLPNLVRIILWDLPKCNSLPPFGQLPNLGNITLGRMHGLRRIDRGIYGGPGAFPRLTRFRLLAMHNLEELDFRDDLQTQLVFPVLHNMEISDCPKVRMKSSPPRAVNWTIILSDNVLSSRVERCHTSASSFSAVACLSVHLCKLVPMHQWLLLCHLPPLVDLHIEGCGDLSSASPEIIRALSSLESLTLEDNDQGEGLPRWLGELQCLQDLSLVGFQELKDLEGNMRRLTSLQSLDLYGCNTMASLPQWLGELTSLEKLTLRYRKNLNDLQQTMCDNLTSLQPLTLEKCVRIPSQPERMSKLNSLKELKDNQAEQPRLLGGITCVQNLTLNGFPDLLDLQGSMRQLTSLPSLYLYQCNSMTSLPQWLGELTSLKRLRIEGCEKLNDLQETLCNITSLQSLELEFCHRIHSLPERMGDLISLKELQIDRCKGISSLPESIQQLTNLENLCIHMCPGLRQWYQSDENEKKLAHIKKRTIY
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|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.280194 | 5.345597 | None |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_11g0211600 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os11g10570 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os11g0211600 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_11g0007060 | RBH | 0.0 | 0.993930 | 0.0 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_11g0007150 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_11g0006950 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.376646 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_11g0006970 | RBH | 0.0 | 0.000000 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_11g0007000 | RBH | 6.293403 | 18.798403 | 15.241825 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_11G0092600 | RBH | 2.596614 | 18.283927 | 14.3694515 |
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| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_11G0093400 | RBH | 0 | 0 | 0 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_11g0006990 | RBH | 3.082204 | 1.990578 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_11g0007010 | RBH | 1.113749 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_11g0006970 | RBH | 1.186617 | 7.702504 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_Ung0064390 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_11g0007120 | RBH | 0.0 | 7.534485 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_11G007160 | SBH | 0.0 | 0.000000 | 0.0 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_11g0007020 | SBH | 0.0 | 9.216434 | 0.432478 |
