Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsLaMu_10g0009560 | OGI:10043300 | 16/16 | LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr10:14752778-14762303 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
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| Function | - | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLaMu_10g0009560 | OsLaMu_10g0009560.02 | Chr10 | 14752778 | 14762303 | + | IsoSeq | ||
| CDS seq | ctcgctctctcgttctctcTttttttttcttttctctttcattgttttctccgtcaagagagagggagagagacatctcgccgcggcgagagagagggggctcgccggcgggagggagcgggctcgccggcgggagggatccggcttgccggcgtgcgggagagagtttgtttttgtaagatggctcctatgcataaatcaaggcttggcaaagctcctattgttattgactccgatgactctgatgatgatgatcaagagcatgatagtacaaaatttgatgatttcattcttggaatgcagaggaaattgattgttcaagatgtgatgaaggaactgatgtccaaatcttatgttttgccaaagcctcatgtgaagaaacaaaaggctcatgctaatgcagaatcgtctttcacaagattctctatcagatatttttcagatgttatttccaagttatctgactatcacaagtccatcatccacaaatatgagtttgattttttgttattgtttgagagcaactctgttcctgtcaaatttgcatattggattgttaaacatgtcgatgttaggacttctgaaataattctaaatgacaaaattatcccagtaacagttgaatcagtgcacgctgttctcggtgttcctttaggtggaatagaattcagcaaagattatgaagctggcaggcaatatgtcatgtatatgtttggtcaggatgctattccttcggttaaattttttgaagatctactaattcagaagaaagacttgtctgaagatcaaataatcacctctttccttactgttgccttggcttgctttttatgccccaactcatctttgatcccaagtgtcaagtatttgactatcttcgaggatgctaacctgttgaaaagctatgattggtcAaaatttgtgtatgaatggctgatgacatatgctaagaagtttaagaagaacaacaccattggaggttgcttgttttactgggctgctctgtatcttgataacgttgattttggctcaagatatattgaccaaggtttgcctcgcatttctgtttggaaggatgacatgatttcagtattctctgacttagacaaaatagatgataacacctttggactaaggcctctcaaggatttccgagcaacatgctattttcagcccaaacctacacattctaggtcaaatgcaattagagctaaactagattcagccattggcagtatgattccagattgtctcaaggagaaaatttctgaattgttgagtagccatttctgcagtcaccatgtacttgacagtgagccatgtgaagatatattgatttctatattggctttacttgctgaatcaagtcaatttcatccactagaagttccaacaacccatatctctcctcaaataaacactgaagctggacctaggaaccgtgaacctacaagtccaaaagcaaggcaatctgaTttttgtgttttaaatgatgatggt
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| Protein seq | LALSFSLFFSFLFHCFLRQERGRETSRRGEREGARRREGAGSPAGGIRLAGVRERVCFCKMAPMHKSRLGKAPIVIDSDDSDDDDQEHDSTKFDDFILGMQRKLIVQDVMKELMSKSYVLPKPHVKKQKAHANAESSFTRFSIRYFSDVISKLSDYHKSIIHKYEFDFLLLFESNSVPVKFAYWIVKHVDVRTSEIILNDKIIPVTVESVHAVLGVPLGGIEFSKDYEAGRQYVMYMFGQDAIPSVKFFEDLLIQKKDLSEDQIITSFLTVALACFLCPNSSLIPSVKYLTIFEDANLLKSYDWSKFVYEWLMTYAKKFKKNNTIGGCLFYWAALYLDNVDFGSRYIDQGLPRISVWKDDMISVFSDLDKIDDNTFGLRPLKDFRATCYFQPKPTHSRSNAIRAKLDSAIGSMIPDCLKEKISELLSSHFCSHHVLDSEPCEDILISILALLAESSQFHPLEVPTTHISPQINTEAGPRNREPTSPKARQSDFCVLNDDG
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| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
| RI | Chr10 | 14758734 | 14759124 | + | OsLaMu_10g0009560.02 | OsLaMu_10g0009560.01,OsLaMu_10g0009560.02 | All |
| SE | Chr10 | 14757893 | 14758182 | + | OsLaMu_10g0009560.02 | OsLaMu_10g0009560.01,OsLaMu_10g0009560.02 | All |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.895590 | 10.006795 | None |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os10g34880 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | NA | NA | NA | NA | NA |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_10g0009230 | RBH | 1.089063 | 22.967749 | 20.505877 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_10g0009140 | RBH | 2.097970 | 20.222458 | 23.682117 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_10g0009530 | RBH | 0.449267 | 0.710699 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_10g0009290 | RBH | 6.340539 | 40.158993 | 40.812637 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_10G0223500 | RBH | 10.6692925 | 19.3029355 | 67.4645425 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_10g0009280 | RBH | 0.063929 | 1.721786 | 2.833768 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_10G0241200 | RBH | 11.8254855 | 24.068471 | 38.9450495 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_10g0009070 | RBH | 0.296149 | 0.892168 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_10g0014400 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_10g0009450 | RBH | 8.714168 | 35.698872 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_10g0009060 | RBH | 1.178018 | 0.0 | 3.951163 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_10G009380 | RBH | 0.579052 | 10.434855 | 5.091031 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_10g0009350 | RBH | 4.153382 | 18.559391 | 7.819826 |
