Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| LOC_Os10g34880 | OGI:10043300 | 16/16 | Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | Chr10:18607837-18612932 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
| DNA seq | 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TAAAGTTTTCTATCTTCTATATATTTTTTTCATTTTAATTAATAATTTTCTTTGTAGGCTAAGTTTCCACGTGTTGATACTCCTGGTGCTGCTTGA
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| Function | - | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| LOC_Os10g34880 | LOC_Os10g34880.1 | Chr10 | 18607837 | 18612932 | + | MSU_osa1r7 | ||
| CDS seq | ATGGCTCCTGCTGCTAAGAGAAATTTGGGTAAAGCACCTATTGTAGATGATTCTGATGAATCTGATTGTGATGGAGAGCTTTCTCGTCGTGAACTTGATGATATTATATATGAAATTTTTAGAAAGGAGGTTGTTAAAGATGTTAAGAAAGAAATATTGAATCGAAAATCTTGTTCTCATGCTTTTCGTTATGCGAAGGTGAACTACACATTTGATTTTAATTTTTATATTGCTTGTTGTTATGATAATAAGCTAAAGGAGGCTGCAAAGATTGATTCATCATTTACAAGGTTTTCCACCAAGTATTTCTGTCGAGTTATATCTGCACTTTCTCCACATCAGAAAACTATTATTCAGGGTGCTGGTTTTCAGAATTTGCTTGAGTTCAACAGCAATTATGTTCCAAATAAATTTGCTACTTGGATTGCAAAACATGTGGATTTTAAGACCTCACAAATAATTTTAAGAGACAAAGTAATTTCAGTTACAAAGCAGACTGTTTGTGACATTTTTGGTTTACCTTCTGGTGGCTTGGAGTTTGGAAAGGATTTTGAAGCTGGAAAGGAATACATTCTTTCGATGTATGGGCTTAGTTGTTTGCCTTCAGTGAGGTTCTTTGGAGACCAGTTCATTAAAAAGGAACCTTTGACAAATGAGAAAGTGATTACTTCATTTCTTATTGTTGCTTTGGCTTGTTTTCTTTGCCCGAATTCTTCTATATTGCCAAGCACCAAGTACCTCACCATTTTTCAAGATGTTAATAATCTGAGGAATTATGATTGGTCCAAATTCATATATGATTGGTCAATGAACTACATGAAGAAGTTTGTGAAGACTAACAGCTTGGGAGGATGTTTGTACATGTGGGCTGTGGTGTACCTTGACAATGTTGAATTTGGTGATAACAATGTTTCAAATGAAATTCCACGTATTTGTGTTTGGAAAAGTGACATGATCCATGCTTATTCTGAGTTTGATAAAATTGATGATGACACTTTTGGTCTTAGGCCTCTAAGGGATTTTAAATCTACTTGCTATTTCCAGCCTCAACCTTGTGATGAAAGAAGGATTTCTTTTCAGCAGAAACTTGACTGTGCTCTTCAGAATATGTTGCCAGTTTACATGAAAGAGAAAATATGTTCTATGTTTGATAGTCATTGCACTTCACTTCATACTATTGATGATTCATCTTGTGGAGATCTTTTGATTTCTGTTCTTGCTATGATTGGTGAAGCTAGCTGTAATGAATCAGATCAAAATGTTGTAATTGAGGAAAATGTAATTGAGAATGTTGGCACTTCTAAAGCTGATGATGACATTGGTATTTCTTCTGCTGGTATTAGTGCTCTTTATTTTGTTAATGCGTTCGTTTTATATGCAGAAGTTCATGTGCCTAATGATAATGTGTTACCTCATTCTCCTATTCATAATGCTTTTCATGGAAATGAAGATGCTTTTGTTTCTAAATCTGCTGTTGAACTTAATGATTCAAGACAATGTGATGATGATCTGAATTTTGTTACCCCTCAAGTTGGTAATGCTAATCATTCCAAACAGTCTGTTGATGATCTTTTGGATGGTTCTGGAATTGCTGCTGCAGCTGCTGCTATTCATCGTGTTGCAAAAAAATTTAGATCAAGATTTAATGATTATGGGAATGTGGAAAATATCTTTAATCAGTCAAGGCCCTTATTTAGTTTGCTAGATTCTGAAGATGATGTTAGTGATTATGAACATGTTTTCTCAGTTCAGAATGAAGATGAAGGCTCTGAAAATGTTTCCCCTTCTTCAACCCAACCTTTTATTTCTTTTCAATCACTCCCTGAAACTCCAGACAATGATACTTGCAACACTGTCATTAATGAAAACCCTGGAACTAGTGCAGCACATAATTCTCAGAATTCGAACAAGAGGCTTTTTAAAGATGTTACAAATTCTCCTGATGTTGTTTGTTTGGGTGAAAATAAAATTTGTGATTCATCAAAAAGAATGTGTGTTAAAGCTGAACAGTTATATAATTCAACAAATCAACTGAACAAGTACATTCGTGGAATGAGTTCTTCTGGCGGAAAGCTTCCTATACATGGTCCAAGAAGGGTTTTAGTTCCTGCTAGGCATGCTTCTGATCCTTTTGTCTTTTCTCCAAGGCGTCGTTTTACAGTTTCTGATCAAGAGAATAGATATTATATTGCAATTTGTCGTCTTTCAGATAGTTCAAAGTGGCAGAGTTACTATGCAGTTGATATTGACAATGTCAAAGCAAAGTTCTACAGTTTTGGTCATTCCCTCAAGAAGAATTGTATTGTGTCACCTTATGTCATTTCAGTCTTCTGCCGTGTTTTGTTTCAAGATAGTCATCCATCAAAGTCTAAAAGAAACTACTTTTTTCTATCAATTGGTGCTGAATTGATTAATGATATAAGTGATAAAGGACTGGAAAAGGTTAAGAAGTCATTCGAAGGAGCTACCAATGCTAGAAAATTGCATCTTTGTGACATGTTATATTTTCCTATTCTACATCTTCAGCATTGGTTTCTATTCATTGTGGATTTAAAGGATAGAATGCTTGTCATACTAGATTGTGTATATCATGAAGGAGATGATTTCTATGAACCTATTATGACTCAATTGATAAATAATCTCCAGACTTTTTGGGACAAATTTGAATGCTCTCCAATGAATTTTAGCAATTTCAAATTGAAGTTTCCATCTGTTCTAGCCCATATTTCTAGTGCGGATTCTGGGATTTTTGTTATGAAAAGCATGGAATTGTGGTCTCCAAGAGTTATTCTGCAAAATGAATTCTCAAATGACAATATCAGTAACATTCGAGTTCAGTATGCAAATAGAATTTTCTTCCATCCTAGCAACAAGCTTTTAAGTACTGAAGTTGAAGATGTAGTTCTCAATTGGTTTGACCCTGCTAAGTTTCCACGTGTTGATACTCCTGGTGCTGCTTGA
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| Protein seq | MAPAAKRNLGKAPIVDDSDESDCDGELSRRELDDIIYEIFRKEVVKDVKKEILNRKSCSHAFRYAKVNYTFDFNFYIACCYDNKLKEAAKIDSSFTRFSTKYFCRVISALSPHQKTIIQGAGFQNLLEFNSNYVPNKFATWIAKHVDFKTSQIILRDKVISVTKQTVCDIFGLPSGGLEFGKDFEAGKEYILSMYGLSCLPSVRFFGDQFIKKEPLTNEKVITSFLIVALACFLCPNSSILPSTKYLTIFQDVNNLRNYDWSKFIYDWSMNYMKKFVKTNSLGGCLYMWAVVYLDNVEFGDNNVSNEIPRICVWKSDMIHAYSEFDKIDDDTFGLRPLRDFKSTCYFQPQPCDERRISFQQKLDCALQNMLPVYMKEKICSMFDSHCTSLHTIDDSSCGDLLISVLAMIGEASCNESDQNVVIEENVIENVGTSKADDDIGISSAGISALYFVNAFVLYAEVHVPNDNVLPHSPIHNAFHGNEDAFVSKSAVELNDSRQCDDDLNFVTPQVGNANHSKQSVDDLLDGSGIAAAAAAIHRVAKKFRSRFNDYGNVENIFNQSRPLFSLLDSEDDVSDYEHVFSVQNEDEGSENVSPSSTQPFISFQSLPETPDNDTCNTVINENPGTSAAHNSQNSNKRLFKDVTNSPDVVCLGENKICDSSKRMCVKAEQLYNSTNQLNKYIRGMSSSGGKLPIHGPRRVLVPARHASDPFVFSPRRRFTVSDQENRYYIAICRLSDSSKWQSYYAVDIDNVKAKFYSFGHSLKKNCIVSPYVISVFCRVLFQDSHPSKSKRNYFFLSIGAELINDISDKGLEKVKKSFEGATNARKLHLCDMLYFPILHLQHWFLFIVDLKDRMLVILDCVYHEGDDFYEPIMTQLINNLQTFWDKFECSPMNFSNFKLKFPSVLAHISSADSGIFVMKSMELWSPRVILQNEFSNDNISNIRVQYANRIFFHPSNKLLSTEVEDVVLNWFDPAKFPRVDTPGAA
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|
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | NA | NA | NA | NA | NA |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | NA | NA | NA | NA | NA |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_10g0009230 | RBH | 1.089063 | 22.967749 | 20.505877 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_10g0015760 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_10g0015190 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_10g0014840 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_10G0298800 | RBH | 0.021897 | 0 | 0 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_10g0009280 | RBH | 0.063929 | 1.721786 | 2.833768 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_10G0241200 | RBH | 11.8254855 | 24.068471 | 38.9450495 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_10g0014490 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_10g0014400 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_10g0009450 | RBH | 8.714168 | 35.698872 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_10g0009060 | RBH | 1.178018 | 0.0 | 3.951163 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_10g0009560 | RBH | 0.895590 | 10.006795 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_10G014690 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.000000 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_10g0014760 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
