Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
OsLaMu_02g0023140 OGI:02066240 | 16/16 LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) Chr02:24247777-24253011
Gene Symbol -
DNA seq

acacacacacacacacacacccactaccgctctccgcaattcagccagactgcagttgcagcaacagcaaggatggctggtggagtcggggaggcgctcgtgtccgccgtgctgaaggaggtgctgggaaagcttggctccgccgtcggggaacagatcgtgatgcgatggaacctgaagcaagatctggagagcatcaagagcaccctgggtatgcttcaagcggtgctcagggatgccgagaggcgctccgtgagtgacgaaggcgccagcctctggctgaagaggctcaagaacgcggcctacgacatctccgacatgctcgatgaattcgaagccaagttatcggaggtaaaaaagtgtcctcccgctaggatgtcgtccttcacttcagttttatgcttatctatgctcctcccgtcaaaaaagatttgacatttaggacaatatttagtagtctcagctagattccctaaggctttgttcggtttagaggggattgaagaggattggaggggattgatggggaataattccacaccataataggtgtggaataaatcccctccaatccctctctcatggggattaaccgaataaggcctaactggtttatagtgcccaacaagcaaatagaggttttgcagcgtgttccaatggggcaactgctcatttgcctttgtactgttacagtcatgttcaagagcaagtttttcctttctacttcctccgtttcatataatcatattataagactttatagcattacccacattcatatatatgttaatgaatctagacatatatgtgtgcctagattcattaacatctatatgaatgtgggcaatgcaaagtcttataacctgaaactgaggtagtacttctttatgttgggacagtcgtttcattatgttttctacaaacgttcaacagacaacattctctagctcggtggccaagttatttatgggcaaaaggttgaagaatatgagggtaaggttaacagagatagcagcagaacgaacacactatggattcactctagatacctaccctagggatctggaacgggaagagatcagcaagagggaaacaacatcaaagatcaataagtcagctgttgttggaagaaacaaagagaaggaggaaatattagcattgttagaatcggacaacattgaaaatttgctggtaattccaatttttggatttggaggtattggtaagaccacactagctaaattggttttcaatgatgatcgaacacaaacttttgatttgcgtgtatggatttatgtatctccaaattttgatttaaaaacgattggcagaagtataatttcacaaatcaaaggacagagtgactgtttagatgatctacagtcaataagtaactgtcttgaagagatattggatggtaaaagttgcctgattattttggatgatttatgggagaacagctgtttccagttgggtgagttaacattgatgctaagcagctttaaggcagaaagcaggcttaggatcgttgtcacaacacggaatgaagaagttgcaaggaagatatgtacagttgcaccatacaagctgaagccattgtctgatgaccattgctggacattgtttaggcagagtgctatcctgtctagttgtacttttcaaggaggtgataaaaatgtgttggaagagataggatgggagatttcaaagaagtgcaaaggagttccattggcagcccagtctctcggattcatcttgcgcaccaaagatgttgaagaatggaaaaatgtgagagatagtgatgtatgggatggatcatctccagaagatgttgtgctgccatcgctgaagcttagttattaccagatgcctccttatttgaagatttgcttttcttattgttcaacatttcctaaaggttgtgagatttatagtgatgatctaattcaacagtggatatcgcttggtttcattcaagaaagacctaataagcacatatcgcttgaaaagataggagaacagtatgtaagcgagctattgggaatgtcctttcttcaatattcaagtcttgtccctggtgagcgaattttccaacttacatataaatctctttagttgatttacatataaaccttaaaatattcaagagatgtaagttggaaaaTtttaaggttcacccaacttattttggggcatccattccatgaattccaacagttaagattacatgacttttatggtgtttgcatcccaaaaagggtaaaacaccataaaagttctcttaagattgccatctaggaaggagtaattggttagcacttatcatgccaagggtagtatagtcttttttgacagtatcattaagtaagaaaacacacatagccactgtcatttgaataatagagcaatgcaatgttttcttatcattcatgatttaattttggtctaagtgtgttacTtttatgtgatatgcatgaatctggacattgggcattagcagtaatgcttaaacgtataattgtggctatccatggcgcacaaaaaaaaaaggatgcacgcattgattccatgattttgttataaaaaaagttaacatgtttaataccgcattcagagaacatatatcagttttcaaatattgatctatatttctatttacatagattgtacagaagaaatatttataaatttatatgagtatttgtgattttgtgtaccatgaaatgttatattaagccaaaaggacatctgatttccttgaatacatgggaggatgaactaaatgtgcttagaaaagtttcttaattaacataataaaaatctgccatactaggcaaagtgcatgcatggcaattacccttgatcaatggatggttcggatttaatactcatcttacctcatagcagctaagtggagcaccctaaaattgctcatataagtttagtagtctaatcctttttcttctattgaattaaaattcaggccctctttctattgaataggtgtactttcagggtcatcctggactaatttaaacatttcaatgtacgaattttagattacacgggactacgggaggatgctaagtgttctatggtactcagcatgcatgatttgatgcatgatcttgctagatgtgttattggtgatgagctacttctaatggataatggaaaggaatacaactctggagaaggcaattgtcggtatgcattactaatcaattgtgtcgggcaaacaaagttctcctattcatctactaaattaagagctatgcgttttttcaactgtgatggaattcagctacccttatttacaaaatctttgcgtgtcttggacataagtaagtgttcttgtggaaaattacctgcatctattgggaaattgaagcaattgaagttccttagtgctactggcatgcaacatgaaacaattcccgagcatgttatgaaactttcaaaacttatttatttgaacataaatgggtctttgaacatttcaacattgccaacatcagtgaacaaactgagatgcttgctacacctggacctatctggttgtagtaacctttgttcattaccaaactcatttggtggattgacaaacctatcacatttgaacctggtaaattgctctagtcttgatactttgccaaatacagtatgcggactcgtaaacttggtacatctagacctatctggatgtactggcctttgttcattgccaaactcattcggtgacctgacaaatctcttgcatttgaacctagcaaattgttatgatcttcatagtttgcccaagtcttttcataggctaggtgaactccagtatctaaacttgtcacgctgtttatcattaaatttaatggttgacatcaatgctgtgtgctgccttacaaagctacagtacttaaacctgtctcgttgctcaagtctcatccacctacctgaaacaattaggggtctaaaagatctccacactttagatatctcaggatgtcaatggatagagatatttccgaaaagcatttgtgagatcaccagcctcaaatttctgctaatacaaggatgctcaccctggttagagaagcgtgtgagggagtctcagttcaagaatgatatgctagcattgcccaagtttattgttcaaagagcagcttttggcatgtgtagcaatatttcgcggcttcaatctgtacaacctgctgagctagaaattgaatgccttgagaatgtaacaagtatcggagaagtggatgttgtaaacttgacgtataaatcagcactatcaaaattggcattggcatggactcctgcagctgagcgttttgtggaggatgaagatttgctgcggaagttacaacctcctgacactctaaaagttctccagatacaaggctacatggcgacatcatttgctagctggatgatgaacttggcatcacgtctgccttatctagtccgaattgagatggtagatttaccaaggtgtgaatatttaccaccatttggtcaattacaacatctggaactgttgattcttaggagaatccttagcctcaggaaactgggaggagaaatttgtggtggtaatggagcattcaggaaattgagggaatttacattggtaaagatggataacctaaatgagtggatcaccaaagtatcggctaatggtgaattcatgttccccagtcttcacaagctggaaatttctcagtgtcctattttaaggttaaatccatgccttcctagagctcttgaatggagaataaaagcaagcgatcaaattatagcagatttctatcacacaggctcgtcatcgtctttggtactatcgaaaatgcatattagaagctgccgcctgctgcccaatgactggaaactgcttcagttccttcctgatcttcaggtgttggaacttacacactgttggttttacgaattgccaaagagcattgggtacctgacgacactccgatcactgcagatagatggct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CDS seq

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Protein seq

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Function Putative disease resistance protein RGA1 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q7XA42]

Transcripts

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsLaMu_02g0023140 OsLaMu_02g0023140.01 Chr02 24247849 24253011 + NAM
CDS seq

atggctggtggagtcggggaggcgctcgtgtccgccgtgctgaaggaggtgctgggaaagcttggctccgccgtcggggaacagatcgtgatgcgatggaacctgaagcaagatctggagagcatcaagagcaccctgggtatgcttcaagcggtgctcagggatgccgagaggcgctccgtgagtgacgaaggcgccagcctctggctgaagaggctcaagaacgcggcctacgacatctccgacatgctcgatgaattcgaagccaagttatcggagaatatgagggtaaggttaacagagatagcagcagaacgaacacactatggattcactctagatacctaccctagggatctggaacgggaagagatcagcaagagggaaacaacatcaaagatcaataagtcagctgttgttggaagaaacaaagagaaggaggaaatattagcattgttagaatcggacaacattgaaaatttgctggtaattccaatttttggatttggaggtattggtaagaccacactagctaaattggttttcaatgatgatcgaacacaaacttttgatttgcgtgtatggatttatgtatctccaaattttgatttaaaaacgattggcagaagtataatttcacaaatcaaaggacagagtgactgtttagatgatctacagtcaataagtaactgtcttgaagagatattggatggtaaaagttgcctgattattttggatgatttatgggagaacagctgtttccagttgggtgagttaacattgatgctaagcagctttaaggcagaaagcaggcttaggatcgttgtcacaacacggaatgaagaagttgcaaggaagatatgtacagttgcaccatacaagctgaagccattgtctgatgaccattgctggacattgtttaggcagagtgctatcctgtctagttgtacttttcaaggaggtgataaaaatgtgttggaagagataggatgggagatttcaaagaagtgcaaaggagttccattggcagcccagtctctcggattcatcttgcgcaccaaagatgttgaagaatggaaaaatgtgagagatagtgatgtatgggatggatcatctccagaagatgttgtgctgccatcgctgaagcttagttattaccagatgcctccttatttgaagatttgcttttcttattgttcaacatttcctaaaggttgtgagatttatagtgatgatctaattcaacagtggatatcgcttggtttcattcaagaaagacctaataagcacatatcgcttgaaaagataggagaacagtatgtaagcgagctattgggaatgtcctttcttcaatattcaagtcttgtccctgattacacgggactacgggaggatgctaagtgttctatggtactcagcatgcatgatttgatgcatgatcttgctagatgtgttattggtgatgagctacttctaatggataatggaaaggaatacaactctggagaaggcaattgtcggctaggtgaactccagtatctaaacttgtcacgctgtttatcattaaatttaatggttgacatcaatgctgtgtgctgccttacaaagctacagtacttaaacctgtctcgttgctcaagtctcatccacctacctgaaacaattaggggtctaaaagatctccacactttagatatctcaggatgtcaatggatagagatatttccgaaaagcatttgtgagatcaccagcctcaaatttctgctaatacaaggatgctcaccctggttagagaagcgtgtgagggagtctcagttcaagaatgatatgctagcattgcccaagtttattgttcaaagagcagcttttggcatgtgtagcaatatttcgcggcttcaatctgtacaacctgctgagctagaaattgaatgccttgagaatgtaacaagtatcggagaagtggatgttgtaaacttgacgtataaatcagcactatcaaaattggcattggcatggactcctgcagctgagcgttttgtggaggatgaagatttgctgcggaagttacaacctcctgacactctaaaagttctccagatacaaggctacatggcgacatcatttgctagctggatgatgaacttggcatcacgtctgccttatctagtccgaattgagatggtagatttaccaaggtgtgaatatttaccaccatttggtcaattacaacatctggaactgttgattcttaggagaatccttagcctcaggaaactgggaggagaaatttgtggtggtaatggagcattcaggaaattgagggaatttacattggtaaagatggataacctaaatgagtggatcaccaaagtatcggctaatggtgaattcatgttccccagtcttcacaagctggaaatttctcagtgtcctattttaaggttaaatccatgccttcctagagctcttgaatggagaataaaagcaagcgatcaaattatagcagatttctatcacacaggctcgtcatcgtctttggtactatcgaaaatgcatattagaagctgccgcctgctgcccaatgactggaaactgcttcagttccttcctgatcttcaggtgttggaacttacacactgttggttttacgaattgccaaagagcattgggtacctgacgacactccgatcactgcagatagatggctgcgatagcatgacgaaactatcaaaatggttgagatggtgcagaaacagcgacagctggatctcagagaatggcataaaaaacaaggtaaacgcttataacattctctgcaaataa

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Protein seq

MAGGVGEALVSAVLKEVLGKLGSAVGEQIVMRWNLKQDLESIKSTLGMLQAVLRDAERRSVSDEGASLWLKRLKNAAYDISDMLDEFEAKLSENMRVRLTEIAAERTHYGFTLDTYPRDLEREEISKRETTSKINKSAVVGRNKEKEEILALLESDNIENLLVIPIFGFGGIGKTTLAKLVFNDDRTQTFDLRVWIYVSPNFDLKTIGRSIISQIKGQSDCLDDLQSISNCLEEILDGKSCLIILDDLWENSCFQLGELTLMLSSFKAESRLRIVVTTRNEEVARKICTVAPYKLKPLSDDHCWTLFRQSAILSSCTFQGGDKNVLEEIGWEISKKCKGVPLAAQSLGFILRTKDVEEWKNVRDSDVWDGSSPEDVVLPSLKLSYYQMPPYLKICFSYCSTFPKGCEIYSDDLIQQWISLGFIQERPNKHISLEKIGEQYVSELLGMSFLQYSSLVPDYTGLREDAKCSMVLSMHDLMHDLARCVIGDELLLMDNGKEYNSGEGNCRLGELQYLNLSRCLSLNLMVDINAVCCLTKLQYLNLSRCSSLIHLPETIRGLKDLHTLDISGCQWIEIFPKSICEITSLKFLLIQGCSPWLEKRVRESQFKNDMLALPKFIVQRAAFGMCSNISRLQSVQPAELEIECLENVTSIGEVDVVNLTYKSALSKLALAWTPAAERFVEDEDLLRKLQPPDTLKVLQIQGYMATSFASWMMNLASRLPYLVRIEMVDLPRCEYLPPFGQLQHLELLILRRILSLRKLGGEICGGNGAFRKLREFTLVKMDNLNEWITKVSANGEFMFPSLHKLEISQCPILRLNPCLPRALEWRIKASDQIIADFYHTGSSSSLVLSKMHIRSCRLLPNDWKLLQFLPDLQVLELTHCWFYELPKSIGYLTTLRSLQIDGCDSMTKLSKWLRWCRNSDSWISENGIKNKVNAYNILCK

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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsLaMu_02g0023140 OsLaMu_02g0023140.02 Chr02 24247777 24251269 + IsoSeq
CDS seq

acacacacacacacacacccactaccgctctccgcaattcagccagactgcagttgcagcaacagcaaggatggctggtggagtcggggaggcgctcgtgtccgccgtgctgaaggaggtgctgggaaagcttggctccgccgtcggggaacagatcgtgatgcgatggaacctgaagcaagatctggagagcatcaagagcaccctgggtatgcttcaagcggtgctcagggatgccgagaggcgctccgt

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Protein seq

THTHTHPLPLSAIQPDCSCSNSKDGWWSRGGARVRRAEGGAGKAWLRRRGTDRDAMEPEARSGEHQEHPGYASSGAQGCREALR

Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source
A3 Chr02 24248127 24248761 + OsLaMu_02g0023140.02 OsLaMu_02g0023140.02,OsLaMu_02g0023140.01 All

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 0.231549 5.761666 None

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) OsNip_02g0597200 RBH 1.420721 0.834585 3.179854
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os02g38386 RBH 0.944396 0.551764 0.804610
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db Os02g0597200 RBH None None None
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) OsAzu_02g0023580 RBH 0.595633 2.343004 3.208796
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKeNa_02g0023680 RBH 0.126086 0.529495 0.695703
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsCMeo_02g0023660 RBH 0.372896 0.000000 2.932611
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsARC_02g0023360 RBH 0.145684 0.034106 None
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsPr106_02g0023250 RBH 0.0 0.0 0.0
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_02G0379900 RBH 6.745487 114.4807705 11.49562
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsIR64_02g0023040 RBH 0.427604 0.112797 1.775090
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_02G0408500 RBH 0 0 0
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLima_02g0023430 RBH 0.200741 0.098847 None
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKYG_02g0023280 RBH 0.219377 0.000000 None
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsGoSa_02g0023600 RBH 4.273460 8.259308 None
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLiXu_02g0023320 RBH 0.085073 0.741355 0.718999
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLaMu_04g0019960 RBH 0.020658 3.344111 None
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) OsN22_02G023560 RBH 0.275633 1.561063 1.181025
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsNaBo_02g0023410 RBH 0.541502 5.698925 1.965192
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