Basic Info |
Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
OsKeNa_04g0027710 | OGI:04092830 | 16/16 | KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr04:30162161-30177764 | ||||||||
Gene Symbol | PI63, Pi63, Pikahei-1(t), RGA3, RGA1-NB, RGAa, RGAb | ||||||||||
DNA seq | 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Function | Disease resistance protein RGA2 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q7XBQ9] |
Transcripts
Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
OsKeNa_04g0027710 | OsKeNa_04g0027710.03 | Chr04 | 30166006 | 30177226 | + | NAM | ||
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Protein seq | MMGLTEEQERALQLLTSLEYLIFWHLPNLLSLPANLASLTSLKWLHIGDCPRITRLPEMGLPLSLTQLPGTCNGRSGDDGAPSICSRKCLADTVQAECWYTQCRKEDDIRELVISNCPDLEFGGEEGALRGYTSLKSIKVQGCPKLIPLLVSGKMEVGLLPPSLECLCIDMGPELSTVWDLKLQELEQGSNQVPPPPPSLDTFLITNLTDKLGYSKALKELEIVDCKSLASVEGFGSLTNLRFLTVYESPSMPQCFEILSQQHGASEILSRLENLQISDGFILTVSLCKQLTSLRDLFFWPERSKPDATMMGLTEEQERALQLLTSLERLNFWGLPNLLSLPANLASLTSLEWLDISDCPRMARLPEMGLPPSLRRLSLCRCSDDLSMQCRMVATEKLQLACCGWPENLTANIIRSSHKEHFGPKGYDTGAIKGSVGPLHI
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Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
OsKeNa_04g0027710 | OsKeNa_04g0027710.02 | Chr04 | 30162323 | 30166947 | + | NAM | ||
CDS seq | atgatgtggttagttggcagtgtggtggatgctgcgataggatgcctggtgcaaagcatccttgggagcttcttcactgaacagatggaagcctggactcatgaaattgggcttgctgaagatatcgagaagcttgagtttgagatgaaggctgtggagagggtgcttgctgctgccgaaggaagaagtattgacaacaagctactagcccaatcactgggaagtctaagagatctgctttatgatgcagaagacgttatggacgagctcgactaccaccggctcaaacattggatcgaaaaaggtgaaggctccagtgctgctgctgataataatcctgggacaaactatgctgcttcatccatttcatcttctgcttatcaactaatatgcagtgcaagacaaaaaattactagctggatctcatctggcagaaaaaggaagcgagaagaggaagagccaactgatagcaccatgctgcctcatgatatcaaacgtgacatttctaagaggatcaatagaatagtgaacaatttgcagaaaactggcaattctgttagtggggttcttcagctagagatcccatgccgaggtttgacatcaaatcagaggcacagaatggccaggaacacacgcctgacaacttctgttcctattgaacccaaggtgtatgggagagatgcagataaggacaggataatagagatgttaataaatgagggatctagtgatctccttgtcataccaatagttggcattggtggtattggaaagacaacacttgctagatttgtataccgagatcaaaggattattgatcattttgatttgcaaatatggatttgtgtatccactaacttcaatgaagtaaggctaacgcttgagatcttagagcatgtatgtaaggatagacaagagtacagagatgttagcaatttcaatgtactacaggagattcttttgaagaatattagagataaaagatttcttatcatattggatgatatgtgggaagacagggacagtagtggatgggataagctgttagctccattgaaatgtaatcaagtaaccggttgtgcggtgctagcaacaactcgaagaagctcggttgcacaaatgataggaacagtgaatgcattccaaatcagtggtctggacaaaaaggagttttggctgttcttcaaggcatgcgcatttggtaatgaggcctatgagggtcagcctagtttgcaatctattgggcaaaaaattgctaaaacactaaagggctgcccactagcagcaagaagtgtcggtgcacttttgaacagagatgttagttatgaacattggaggacagttcaggacaaatggaagtctcttcaagtaaaagatgatgacattatacccatcctgaagcttagttacgattatctacctttccaccttcagtgttgtttctcctattgttctctgtttccagaggatcactggtttaatgaagaaactttggtccaggcttggatatctcaaaattttgttcaatatgaagatactggagcgggattggaggaaactgggttgcaatatttggctaatttagtagattttggatttttccaaaaaattggctcacactatgctatgcatgatctaatgcatgaattagcagagcaggtttcatcaaatgaatgcgctaaaataaatggaattcagcttaatgtaattccaccaaacattcgacatttgtccatcataaccaccagccatgaaaatgatgctcctgaggattttctcattgagaaatttgaggagatactacagaagattaggccttttcaaaagctgaggagcttgatgttttttggacagagtagcacaaaattattaaatcccacacttactttttgcaaagaagcaaaatgtttacggttgttaagagtttatgtctcaaatgctggcatcaactctttacaaaattcgttaaatccatatcatctgcgctatcttgaatttattggtgcatatggggatgtcgttcttcctcaagctttgaccagtttttatcatcttcaagtgttgaatgtgggcattcatggaagtcatgatgtacctacttctatgaataatctagttaatcttcgtcatcttattgctcatgacaaagtgcaccgtgcgatagctggtgttggcaacatgtcatcacttcaagaactaaatttcaaggttcaaaatgttggcggttttgagataagacaactccaatccatgaataagcttgtaactcttgagatctctcatcttgaaaatgtgaagactaaagatgaagccagtggggccagacttatagataaagagtaccttaaaaagttgtccttatcatggaatggtggcagcgtgagccttgaacctgacagatcaaaagatgtgcttgagggtcttcgaccacatcataatctgaaaactctaagtataactgggtacagtgatcctaactctccaacatggctttctagtaatctctcggttacatcactgcagacaattcatcttgagaattgcagggagtggaaaattcttagatctcctaaaattcttcctttgcttaggaaactgaaattggtcaagatgtttaatttggttgaactctcaattccttccttggaagagttggtcttaattgagatgccaaagttggagaagtgcattgattgccctcaactgaatgagttcactcctttcggggccgagcagtggtttccgtctctcagagaactcaccattgggtgttgtcctcatataagcaagtgggaaatacttccactgagggaaatgcatgcgctcaagagtttggagttaatagacctccatgctgtcagacagttggaagtcccttccctgcagaagttagtgttgattaacatgctaatcctggaatgttgcagcgggctaacagcttcaactgtgcaaatgtccacttcccaaggggacaaggagtgcctatctggtctccgtgaactcactattcatgattgtccttgtttggtactgtcatatcctctcccgccttctgctctgacgtcccacttctctatcaaggggattccaacatatccaacaatggaaaaagaatatgggcagctcagcataacatctgatgagttgattatgcttgatgacaagatcttagcattccataacctcaggggcattgaatctttgtttataaaagattgtcctaatttagtctctatatctagtgaaggtctcaatcagctcatcgatttagagggcttatatgtaacaggttgtcctaatttcaccatgacaagcggccttgtcctcccatctgtcagatttctctcccttcagtcatgtgccatatcagggagttggctaacggaaatgctttcgcatgtgcggtctctcaagactttgaaattacatgactgcccacaaataaaatttctatccttcagtgaacctgcagcaatggaaggtgccagcagtttgggttcagcagcaacgcactctgatagggatgaacagctgttgaaaattccatctaatatcatccattctctaagagatctatttatttctaactgccctgatctagagttcggaggagaagagggagccctccgaggatacacctctcttgaatccattaaagttcagagttgccccaaactgataccattgttggtgagtggtaagatggaggttggatcgctgccaccgtctctacgaagcttagatattgatatggatcctgagctgtctactgtatgggatctcaaactgcaggagcttgaacagggtgttaatcagttacagtcccgtctgctgtccttcctccctaccatcacaacattagtcatatcggcaagtccagagttgacatctctacagctgggatactccaaggcactggaagagttgataattgtagactgcgagtcacttgcttcagtcgagggctttggatccttgacaaaccttaggtccttgacagtatatgactcacccagcttgcctagatgttttgagattctgtcacaacagcaaggggcctctgagatcttgtcccgactggataatcttcagatcggtgatggctctatccttacagtgacccgctgcaaacagctcattctctggcaagcatatccttctggcctgcacgaagcaagcgtggtgcgacgatga
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OsKeNa_04g0027710 | OsKeNa_04g0027710.01 | Chr04 | 30162323 | 30177764 | + | NAM | ||
CDS seq | atgatgtggttagttggcagtgtggtggatgctgcgataggatgcctggtgcaaagcatccttgggagcttcttcactgaacagatggaagcctggactcatgaaattgggcttgctgaagatatcgagaagcttgagtttgagatgaaggctgtggagagggtgcttgctgctgccgaaggaagaagtattgacaacaagctactagcccaatcactgggaagtctaagagatctgctttatgatgcagaagacgttatggacgagctcgactaccaccggctcaaacattggatcgaaaaaggtgaaggctccagtgctgctgctgataataatcctgggacaaactatgctgcttcatccatttcatcttctgcttatcaactaatatgcagtgcaagacaaaaaattactagctggatctcatctggcagaaaaaggaagcgagaagaggaagagccaactgatagcaccatgctgcctcatgatatcaaacgtgacatttctaagaggatcaatagaatagtgaacaatttgcagaaaactggcaattctgttagtggggttcttcagctagagatcccatgccgaggtttgacatcaaatcagaggcacagaatggccaggaacacacgcctgacaacttctgttcctattgaacccaaggtgtatgggagagatgcagataaggacaggataatagagatgttaataaatgagggatctagtgatctccttgtcataccaatagttggcattggtggtattggaaagacaacacttgctagatttgtataccgagatcaaaggattattgatcattttgatttgcaaatatggatttgtgtatccactaacttcaatgaagtaaggctaacgcttgagatcttagagcatgtatgtaaggatagacaagagtacagagatgttagcaatttcaatgtactacaggagattcttttgaagaatattagagataaaagatttcttatcatattggatgatatgtgggaagacagggacagtagtggatgggataagctgttagctccattgaaatgtaatcaagtaaccggttgtgcggtgctagcaacaactcgaagaagctcggttgcacaaatgataggaacagtgaatgcattccaaatcagtggtctggacaaaaaggagttttggctgttcttcaaggcatgcgcatttggtaatgaggcctatgagggtcagcctagtttgcaatctattgggcaaaaaattgctaaaacactaaagggctgcccactagcagcaagaagtgtcggtgcacttttgaacagagatgttagttatgaacattggaggacagttcaggacaaatggaagtctcttcaagtaaaagatgatgacattatacccatcctgaagcttagttacgattatctacctttccaccttcagtgttgtttctcctattgttctctgtttccagaggatcactggtttaatgaagaaactttggtccaggcttggatatctcaaaattttgttcaatatgaagatactggagcgggattggaggaaactgggttgcaatatttggctaatttagtagattttggatttttccaaaaaattggctcacactatgctatgcatgatctaatgcatgaattagcagagcaggtttcatcaaatgaatgcgctaaaataaatggaattcagcttaatgtaattccaccaaacattcgacatttgtccatcataaccaccagccatgaaaatgatgctcctgaggattttctcattgagaaatttgaggagatactacagaagattaggccttttcaaaagctgaggagcttgatgttttttggacagagtagcacaaaattattaaatcccacacttactttttgcaaagaagcaaaatgtttacggttgttaagagtttatgtctcaaatgctggcatcaactctttacaaaattcgttaaatccatatcatctgcgctatcttgaatttattggtgcatatggggatgtcgttcttcctcaagctttgaccagtttttatcatcttcaagtgttgaatgtgggcattcatggaagtcatgatgtacctacttctatgaataatctagttaatcttcgtcatcttattgctcatgacaaagtgcaccgtgcgatagctggtgttggcaacatgtcatcacttcaagaactaaatttcaaggttcaaaatgttggcggttttgagataagacaactccaatccatgaataagcttgtaactcttgagatctctcatcttgaaaatgtgaagactaaagatgaagccagtggggccagacttatagataaagagtaccttaaaaagttgtccttatcatggaatggtggcagcgtgagccttgaacctgacagatcaaaagatgtgcttgagggtcttcgaccacatcataatctgaaaactctaagtataactgggtacagtgatcctaactctccaacatggctttctagtaatctctcggttacatcactgcagacaattcatcttgagaattgcagggagtggaaaattcttagatctcctaaaattcttcctttgcttaggaaactgaaattggtcaagatgtttaatttggttgaactctcaattccttccttggaagagttggtcttaattgagatgccaaagttggagaagtgcattgattgccctcaactgaatgagttcactcctttcggggccgagcagtggtttccgtctctcagagaactcaccattgggtgttgtcctcatataagcaagtgggaaatacttccactgagggaaatgcatgcgctcaagagtttggagttaatagacctccatgctgtcagacagttggaagtcccttccctgcagaagttagtgttgattaacatgctaatcctggaatgttgcagcgggctaacagcttcaactgtgcaaatgtccacttcccaaggggacaaggagtgcctatctggtctccgtgaactcactattcatgattgtccttgtttggtactgtcatatcctctcccgccttctgctctgacgtcccacttctctatcaaggggattccaacatatccaacaatggaaaaagaatatgggcagctcagcataacatctgatgagttgattatgcttgatgacaagatcttagcattccataacctcaggggcattgaatctttgtttataaaagattgtcctaatttagtctctatatctagtgaaggtctcaatcagctcatcgatttagagggcttatatgtaacaggttgtcctaatttcaccatgacaagcggccttgtcctcccatctgtcagatttctctcccttcagtcatgtgccatatcagggagttggctaacggaaatgctttcgcatgtgcggtctctcaagactttgaaattacatgactgcccacaaataaaatttctatccttcagtgaacctgcagcaatggaaggtgccagcagtttgggttcagcagcaacgcactctgatagggatgaacagctgttgaaaattccatctaatatcatccattctctaagagatctatttatttctaactgccctgatctagagttcggaggagaagagggagccctccgaggatacacctctcttgaatccattaaagttcagagttgccccaaactgataccattgttggtgagtggtaagatggaggttggatcgctgccaccgtctctacgaagcttagatattgatatggatcctgagctgtctactgtatgggatctcaaactgcaggagcttgaacagggtgttaatcagttacagtcccgtctgctgtccttcctccctaccatcacaacattagtcatatcggcaagtccagagttgacatctctacagctgggatactccaaggcactggaagagttgataattgtagactgcgagtcacttgcttcagtcgagggctttggatccttgacaaaccttagtgacccgctgcaaacagctcattctctggcaagcatatccttctggcctgcacgaagcaagcgtggtgcgacgatgatgggtctgacagaggaacaagagagagcgctccagcttctgacatccctcgaatatctcatattttggcacttgccgaatctcctgtcacttcctgcaaatctagcaagccttacctccctcaagtggttacatatcggtgactgtccccgcatcacaaggctgccagagatgggccttccactttcactgacacaactgcctggtacctgtaacgggagatccggagatgacggtgccccctccatatgttcgaggaaatgcctggccgataccgttcaagcagagtgctggtacacccagtgcaggaaagaagacgacattcgagagctagttatttctaactgtcctgatctggagttcggtggagaagagggagccctccgaggatacacctctcttaagtccattaaagttcagggttgccccaaactgataccgttgttggtgagtggtaagatggaggttggattgctgccaccgtctctagaatgcttatgtattgatatgggtcctgagctgtctactgtgtgggatctcaaactgcaggagcttgaacagggcagtaatcaggttccaccgccacctccgtcacttgacacattccttatcacgaatctcacagacaagctgggatactccaaggcactgaaagagttggaaattgtagactgcaagtcacttgcttcagttgagggctttggatccttgacaaaccttaggttcttgacagtatatgaatcgcccagcatgcctcaatgttttgagattctatcacaacaacatggggcctctgagatcttgtcccgactggaaaatcttcagatcagtgatggctttatccttactgtttccctctgcaaacagctcacgtctctgagagatctattcttctggcctgaacgaagcaagcctgatgcgacgatgatgggtctgacagaggaacaagagagagcactccagcttctgacatccctcgaacgtctcaacttttgggggttgccgaatctcttgtcccttcctgcaaatctagcaagcctgacctccctcgagtggttagatatctcagactgcccccgcatggcaaggctgccagagatgggccttccaccatcgttgaggagattatctttatgccgttgcagcgacgacctaagtatgcagtgcagaatggtagcaacggagaagctacagttggcgtgctgtgggtggccagaaaatttaactgccaacattatccgaagctcgcacaaagaacattttggtcctaagggttatgatactggtgcaattaaaggaagaaacggcgccgccggccgccatgagcccgtgaccatcggcgaggaggaaaggtggcatgaagacgaagcggtttgtcgacgtaagcccattacggcccatattaaaaagcccatatga
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Protein seq | MMWLVGSVVDAAIGCLVQSILGSFFTEQMEAWTHEIGLAEDIEKLEFEMKAVERVLAAAEGRSIDNKLLAQSLGSLRDLLYDAEDVMDELDYHRLKHWIEKGEGSSAAADNNPGTNYAASSISSSAYQLICSARQKITSWISSGRKRKREEEEPTDSTMLPHDIKRDISKRINRIVNNLQKTGNSVSGVLQLEIPCRGLTSNQRHRMARNTRLTTSVPIEPKVYGRDADKDRIIEMLINEGSSDLLVIPIVGIGGIGKTTLARFVYRDQRIIDHFDLQIWICVSTNFNEVRLTLEILEHVCKDRQEYRDVSNFNVLQEILLKNIRDKRFLIILDDMWEDRDSSGWDKLLAPLKCNQVTGCAVLATTRRSSVAQMIGTVNAFQISGLDKKEFWLFFKACAFGNEAYEGQPSLQSIGQKIAKTLKGCPLAARSVGALLNRDVSYEHWRTVQDKWKSLQVKDDDIIPILKLSYDYLPFHLQCCFSYCSLFPEDHWFNEETLVQAWISQNFVQYEDTGAGLEETGLQYLANLVDFGFFQKIGSHYAMHDLMHELAEQVSSNECAKINGIQLNVIPPNIRHLSIITTSHENDAPEDFLIEKFEEILQKIRPFQKLRSLMFFGQSSTKLLNPTLTFCKEAKCLRLLRVYVSNAGINSLQNSLNPYHLRYLEFIGAYGDVVLPQALTSFYHLQVLNVGIHGSHDVPTSMNNLVNLRHLIAHDKVHRAIAGVGNMSSLQELNFKVQNVGGFEIRQLQSMNKLVTLEISHLENVKTKDEASGARLIDKEYLKKLSLSWNGGSVSLEPDRSKDVLEGLRPHHNLKTLSITGYSDPNSPTWLSSNLSVTSLQTIHLENCREWKILRSPKILPLLRKLKLVKMFNLVELSIPSLEELVLIEMPKLEKCIDCPQLNEFTPFGAEQWFPSLRELTIGCCPHISKWEILPLREMHALKSLELIDLHAVRQLEVPSLQKLVLINMLILECCSGLTASTVQMSTSQGDKECLSGLRELTIHDCPCLVLSYPLPPSALTSHFSIKGIPTYPTMEKEYGQLSITSDELIMLDDKILAFHNLRGIESLFIKDCPNLVSISSEGLNQLIDLEGLYVTGCPNFTMTSGLVLPSVRFLSLQSCAISGSWLTEMLSHVRSLKTLKLHDCPQIKFLSFSEPAAMEGASSLGSAATHSDRDEQLLKIPSNIIHSLRDLFISNCPDLEFGGEEGALRGYTSLESIKVQSCPKLIPLLVSGKMEVGSLPPSLRSLDIDMDPELSTVWDLKLQELEQGVNQLQSRLLSFLPTITTLVISASPELTSLQLGYSKALEELIIVDCESLASVEGFGSLTNLSDPLQTAHSLASISFWPARSKRGATMMGLTEEQERALQLLTSLEYLIFWHLPNLLSLPANLASLTSLKWLHIGDCPRITRLPEMGLPLSLTQLPGTCNGRSGDDGAPSICSRKCLADTVQAECWYTQCRKEDDIRELVISNCPDLEFGGEEGALRGYTSLKSIKVQGCPKLIPLLVSGKMEVGLLPPSLECLCIDMGPELSTVWDLKLQELEQGSNQVPPPPPSLDTFLITNLTDKLGYSKALKELEIVDCKSLASVEGFGSLTNLRFLTVYESPSMPQCFEILSQQHGASEILSRLENLQISDGFILTVSLCKQLTSLRDLFFWPERSKPDATMMGLTEEQERALQLLTSLERLNFWGLPNLLSLPANLASLTSLEWLDISDCPRMARLPEMGLPPSLRRLSLCRCSDDLSMQCRMVATEKLQLACCGWPENLTANIIRSSHKEHFGPKGYDTGAIKGRNGAAGRHEPVTIGEEERWHEDEAVCRRKPITAHIKKPI
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|
Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
OsKeNa_04g0027710 | OsKeNa_04g0027710.04 | Chr04 | 30162161 | 30163397 | + | IsoSeq | ||
CDS seq | atgatgcagaagacgttatggacgagctcgactaccaccggctcaaacattggatcgaaaaaggttcatgacttacactgtcttgctctatgctttctgcttctttcttctttcatatatgtacttgagagc |
|||||||
Protein seq | MMQKTLWTSSTTTGSNIGSKKVHDLHCLALCFLLLSSFIYVLES |
Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
Leaf | Root | Panicle | |
FPKM | 0.103852 | 10.445362 | 1.663262 |
Homologues
Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
---|---|---|---|---|---|
Leaf | Root | Panicle | |||
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_04g0620950 | RBH | 0.579718 | 0.477920 | 1.161857 |
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os04g53000 | RBH | 0.449281 | 0.368280 | 0.270999 |
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os04g0620950 | RBH | None | None | None |
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_04g0026930 | RBH | 1.003033 | 2.395791 | 4.491940 |
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_04g0027730 | SBH | 0.032582 | 0.091726 | 0.118973 |
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_04g0027430 | RBH | 3.192248 | 6.534117 | 14.789726 |
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_04g0027130 | RBH | 0.333661 | 0.013635 | None |
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_04g0027410 | RBH | 2.433429 | 9.948519 | 8.328281 |
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_04G0496800 | RBH | 4.2219485 | 12.3049565 | 8.2823945 |
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_04g0026230 | RBH | 0.157292 | 0.051971 | 0.361639 |
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_04G0500900 | RBH | 3.2863475 | 41.414265 | 13.2948085 |
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_04g0026650 | RBH | 0.696363 | 0.246535 | None |
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_04g0026470 | RBH | 0.922922 | 10.440888 | None |
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_04g0026530 | RBH | 2.316206 | 12.307158 | None |
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_04g0026980 | RBH | 1.371948 | 0.377353 | 1.140641 |
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_04g0027160 | RBH | 0.966941 | 0.878698 | None |
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_04G026380 | RBH | 0.157113 | 7.582769 | 2.315366 |
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_04g0026220 | RBH | 0.361956 | 32.372398 | 2.055341 |