Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsCMeo_04g0027430 | OGI:04092830 | 16/16 | CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr04:31401489-31439575 | ||||||||
| Gene Symbol | PI63, Pi63, Pikahei-1(t), RGA3, RGA1-NB, RGAa, RGAb | ||||||||||
| DNA seq | 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| Function | Nucleolin 2 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q7XTT4] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsCMeo_04g0027430 | OsCMeo_04g0027430.01 | Chr04 | 31401489 | 31434826 | + | NAM | ||
| CDS seq | 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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsCMeo_04g0027430 | OsCMeo_04g0027430.02 | Chr04 | 31434830 | 31439575 | + | NAM | ||
| CDS seq | atggtgtggttagttggcagtgtggtggatgctgcgataggatgcctggtgcaaagcatccttgggagcttcttcactgaacagatggaagcctggactcgtgaaattgggcttgctgaagatatcgagaagcttgagtttgagatgacggctgtggagagggtgcttgctgctgctgagggaagaagtattgataacaagctactagcccaatcactgggaagtctaagagagctgctttatgatgcggaagacgttatggacgagctagactaccaccggctcaaacaacagatcgaaaaaggtgaaggctgcagtgctgctgctggtaataatcctgggacaaactatgctgcttcatccatttcatcttctgcttatcaactaatatgcagtgcaagacaaaaaattattagttggatctcatcagacagaaaaaggaaacgagaagaggaagagccaactgatagaactatgctgcctcttgagatcaaacgtgacatttctaagaggatcaatagaatagcgaacaatttgcagaaaaccagcaattctgttagtggggtttttcagctagagatctcatgccgaggtttgacatcaaatcagaggcatagaatggccaggaacacacgactgacaacttctgttcctattgaacccaaggtgtatgggagagatgcagatagggacaggataatagagatgttaataaatgagggatctagtgatctccttgtcctaccaatagttggcattggtggtattggaaagacaacacttgctagatttgtataccgagatcaaaggattattgatcattttgatttgcaaatatggatttgtgtatccactaaattcaatgaagtaaggctaacgcttgagatcttagagcatgtatgtaaggatagacaagagtacagagatgttagcagtttcaatgtactacaggagattcttttgaagaatattagagagaaaagatttcttatcatattggatgatatgtgggaagacagggacagtagtggatgggataagctgttagctccattgaaatgtaatcaagtaaccggttgtgcggtgctagcaacaactcgaagaaactcggttgcacaaatgattggaacagtgaatgcattccaaatcagtggtctggacaaaaaggagttttggctgttcttcaaggcatgcgcatttggtaatgaggcctatgagggtcagcctagtttgcattctattgggcaaaaaattgctaaagcactaaagggctgcccactagcagcaagaagtgtcggtgcacttttgaacagagatgttagttatgaacattggaggacagttcaggacaaatggaagtctcttcaagtaaaagatgatgacattatacccatcctgaagcttagttacgattatctacctttccaccttcagtgctgtttctcctactgttctttgtttccagaggatcaccagttttctggagaaactttggtacaggcttggatatctcaaaattttgtgcaatatgaagatacaggaatgggattggaggaaactgggttgcaatatttggctaatttagtagattttggatttttccaaaaagttggctcagactatgctatgcatgatctaatgcatgaattagcagagcaggtttcatcaaatgaatgtgctgcaataaatggattgcagcgtaatgtaattccacgaaatattcgacatttgtccatcataaccactggtcatgacaatgatgcacgtgaagattttcccattgagaaatttgaggagatactacagaagattaggcctttacaaaagctgaggagtttgatgttttttggacggagtagcagaaaattattaaagtccatacttactttttgcaaggaagcaaaatgtttacggttgttaagagtttatgtctcaagtgctgacatcaactctgtacaaagttcgttaaatccatatcatctgcgctatcttgaatttattggtgtatatggggatgttgttcttcctcgagttttgaccagtttttatcatcttcaagtgttgaatatgggcatttatagaagtcatgatgtacctacttctatgaataatctagttaatcttcgtcatcttattgctcatgacgaagtgcatcgtgtgatagctggggttggcaacatggcctctcttcaagaactaaatttcaaggttcaaaatgttggtggttttgagataagacagcttcaatccatgaataagcttgtaactcttgagatatctcatcttgaaaatgtgaagactaaagatgaagccagtggggccagacttatagataaagagtaccttaaaaggttgtccttatcatggaatggttgcagcgtgagccttgaacctgacagatcaaaagatgtgcttgagggtcttcgaccacatcataacctgaaaactctaagtataactgggtacagtgatcctaactctccaacatggctttcaagtaatctctcggttacatcactgcagacaattcatcttgagaattgcagggagtggcaaattctaagatctcctgaaattcttcctttgcttaggaaactgaaattggtcaagatgttgaatttggttgaactctcaattccttccttggaagagttggtcttaattaagatgccaaagttggagaagtgcattggtacttacgggatagaattgactgccaatctcagggtattgactattaaagattgccctcaactgaatgagttcactcctttccagagctactcctctttcggggctgagcagtggtttccatctctcagagaactcaccattgggtgttgtcctcatataagcaaatgggaaatacttccgctgagggaaatgcatgcactcaagaatttggagttagtagacctccatgttgtcagagagctgttaatcccttccctgcagaagttagtgttgattaacatgccaagcctggaatgttgcagcgggctaacagcttcaactgttcaaatgtccacttcccaaagggatacggagtggctatctggtctccgtgaactcactattcacgattgcccttgtttggtattgccatgtcctctcccgccttctgctctgatgtcccgcttctccatcaaggggattccaacacatccaacaatggagaaaaaatatgggttcagcatcaaatctggtctcaaccagttcatcgatttagagggcttatatataacaggctgtcctaatttcaccatgacaagcggccttgtcctcccatctctcagatctctctccgttcaggcatgtgccatatcagggagttggctaatggaaatgctttcgcatgtacggtcccttgatagtttggtattatattactgcgtacaaataaaatttatatccttcagtcaacctgcagcaattgagggtgcgagcagtttgggttcagtagcaaagcatactgatagcgatgaacagctgttgaaaattccatctaatatctctcgaagagtgctatatatttctaactgccctgatctggagttaggtggagaagagggagccctccgaggatacacctctcttgagttcattaaagttcagggttgccccaaactggtaccattgttggtgaatggtaagatggaggttggatcgctgccactgtctctacaatccttaaatattgatatgggtcctgagctgtctacaggagctcgaacagggctagaacagggcggaaatcaggttccaccgccacctccgtcacttgacagactccatatcacgaatctcacagacaaggtacagtcccgtctgctgtccttcctccctaccatcacagaattactgggatactccaagctactgaaagaattggaaattgtagactgtgagtcacttggttcagtcgagggctttagatccttgacaaaccttaggttctcgacagtatatgactcacccagcttgcctcgatgttttgagattctgtcacaacagaaaggggcctctgagatcttgtcccgactggaaaatcttcagatcggtgatggctcagtgtccctctgcaaacagctcacttctctgagaagcatatccttcttgcctggacgaagcaagcgtggtgcgacaatgattggtctgacaagaggaacaagagagagcactccagcttctgacctctctccaaagtctcaatcttttggacttgccgaatctcttgtcacttcctgcaaatctagcaagccttacctcccttga
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| Protein seq | MVWLVGSVVDAAIGCLVQSILGSFFTEQMEAWTREIGLAEDIEKLEFEMTAVERVLAAAEGRSIDNKLLAQSLGSLRELLYDAEDVMDELDYHRLKQQIEKGEGCSAAAGNNPGTNYAASSISSSAYQLICSARQKIISWISSDRKRKREEEEPTDRTMLPLEIKRDISKRINRIANNLQKTSNSVSGVFQLEISCRGLTSNQRHRMARNTRLTTSVPIEPKVYGRDADRDRIIEMLINEGSSDLLVLPIVGIGGIGKTTLARFVYRDQRIIDHFDLQIWICVSTKFNEVRLTLEILEHVCKDRQEYRDVSSFNVLQEILLKNIREKRFLIILDDMWEDRDSSGWDKLLAPLKCNQVTGCAVLATTRRNSVAQMIGTVNAFQISGLDKKEFWLFFKACAFGNEAYEGQPSLHSIGQKIAKALKGCPLAARSVGALLNRDVSYEHWRTVQDKWKSLQVKDDDIIPILKLSYDYLPFHLQCCFSYCSLFPEDHQFSGETLVQAWISQNFVQYEDTGMGLEETGLQYLANLVDFGFFQKVGSDYAMHDLMHELAEQVSSNECAAINGLQRNVIPRNIRHLSIITTGHDNDAREDFPIEKFEEILQKIRPLQKLRSLMFFGRSSRKLLKSILTFCKEAKCLRLLRVYVSSADINSVQSSLNPYHLRYLEFIGVYGDVVLPRVLTSFYHLQVLNMGIYRSHDVPTSMNNLVNLRHLIAHDEVHRVIAGVGNMASLQELNFKVQNVGGFEIRQLQSMNKLVTLEISHLENVKTKDEASGARLIDKEYLKRLSLSWNGCSVSLEPDRSKDVLEGLRPHHNLKTLSITGYSDPNSPTWLSSNLSVTSLQTIHLENCREWQILRSPEILPLLRKLKLVKMLNLVELSIPSLEELVLIKMPKLEKCIGTYGIELTANLRVLTIKDCPQLNEFTPFQSYSSFGAEQWFPSLRELTIGCCPHISKWEILPLREMHALKNLELVDLHVVRELLIPSLQKLVLINMPSLECCSGLTASTVQMSTSQRDTEWLSGLRELTIHDCPCLVLPCPLPPSALMSRFSIKGIPTHPTMEKKYGFSIKSGLNQFIDLEGLYITGCPNFTMTSGLVLPSLRSLSVQACAISGSWLMEMLSHVRSLDSLVLYYCVQIKFISFSQPAAIEGASSLGSVAKHTDSDEQLLKIPSNISRRVLYISNCPDLELGGEEGALRGYTSLEFIKVQGCPKLVPLLVNGKMEVGSLPLSLQSLNIDMGPELSTGARTGLEQGGNQVPPPPPSLDRLHITNLTDKVQSRLLSFLPTITELLGYSKLLKELEIVDCESLGSVEGFRSLTNLRFSTVYDSPSLPRCFEILSQQKGASEILSRLENLQIGDGSVSLCKQLTSLRSISFLPGRSKRGATMIGLTRGTRESTPASDLSPKSQSFGLAESLVTSCKSSKPYLP
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsCMeo_04g0027430 | OsCMeo_04g0027430.03 | Chr04 | 31409482 | 31411618 | + | IsoSeq | ||
| CDS seq | atggatctgacctcggtggatacagcttgtatgttgatgaagcgaggcctaggcccgataacaacagagagggtggcttcagcggtggaagagactttaacagcagtgggagaggaggaagacgtggacgtggtgatggtagccgtgggcgcggtgaccgtggacgtggtagaggctttggtaggggtgacaggggccgtggtggacggggtacaccgttcaagcagagcgctggtacacctagtgcaggaaagaagacaacattcggtgacgacgactagacgaaca
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| Protein seq | MDLTSVDTACMLMKRGLGPITTERVASAVEETLTAVGEEEDVDVVMVAVGAVTVDVVEALVGVTGAVVDGVHRSSRALVHLVQERRQHSVTTTRRT |
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| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
| A3 | Chr04 | 31410384 | 31410533 | + | OsCMeo_04g0027430.03 | OsCMeo_04g0027430.01,OsCMeo_04g0027430.03 | All |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 3.192248 | 6.534117 | 14.789726 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_04g0620950 | RBH | 0.579718 | 0.477920 | 1.161857 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os04g53000 | RBH | 0.449281 | 0.368280 | 0.270999 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os04g0620800 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_04g0026930 | RBH | 1.003033 | 2.395791 | 4.491940 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_04g0027710 | RBH | 0.103852 | 10.445362 | 1.663262 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_02g0001370 | RBH | 0.0 | 5.993177 | 3.895595 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_04g0027120 | RBH | 0.035252 | 0.0 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_04g0027410 | RBH | 2.433429 | 9.948519 | 8.328281 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_04G0497000 | RBH | 0.0452975 | 0.011125 | 0.0075795 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_04g0026230 | RBH | 0.157292 | 0.051971 | 0.361639 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_04G0501100 | RBH | 0.7369925 | 21.3484885 | 3.003533 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_04g0026640 | RBH | 0.019693 | 0.221956 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_04g0026470 | RBH | 0.922922 | 10.440888 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_04g0026530 | RBH | 2.316206 | 12.307158 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_04g0026980 | RBH | 1.371948 | 0.377353 | 1.140641 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_04g0027160 | RBH | 0.966941 | 0.878698 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_04G026380 | RBH | 0.157113 | 7.582769 | 2.315366 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_04g0026240 | RBH | 4.490783 | 4.966210 | 7.432996 |
