Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsKeNa_02g0004930 | OGI:02010370 | 11/16 | KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr02:3310680-3326776 | ||||||||
| Gene Symbol | C3H13, OsC3H13, BIP105, DLN42, DLN42a, DLN42b, OsDLN42, OsDLN42a, OsDLN42b, - | ||||||||||
| DNA seq | 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| Function | TATA-binding protein-associated factor BTAF1 [UniProtKB/Swiss-Prot:B5BT18] | ||||||||||
Transcripts
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsKeNa_02g0004930 | OsKeNa_02g0004930.02 | Chr02 | 3312018 | 3326776 | + | NAM | ||
| CDS seq | atggtcttgggagaagagattatagagccggtgatttcagaggcaggattgataggaggttttcacctcggaggaggcattcccctggaagagagtccaggggtcatcgtcccctttatgatagaaggccatcttctcgagaaagagattctagctattcacgatctcctagcaggaagagaatgtgagaggaggcatgaaaagaagactgacgatggagaaaccaactcatctaggagtttaagtctctctgataacaacgatgaaaagaaaaaggacaaattctcaagtggtgatgagaaagaagaccacgaaaagcagctgaaacaaatacggctggatatggaggctttgcgtgacgataaaactcagatggaggtcattttggatgagAagatagatgaagtgcgcaagatctctagcaaagttaatgatcttgaggtgcagcttagaagggagaaagatgaatgccataggatgacctcaaagatgaagaagtttattaaagctcatgctcggtttttgaaggcacaagaagaagtgaaaaggtcacaagctcgtttcgagaggcttggtgatttgcttgcttcagatattttgaagcgtggtgctaatgaagaggggtccagtgtcaatgaagacctaaacgaaaggagtcctaatactgcagcaactaaaaagagatcaatcccatactcaacaagtgaagaagcgaaagctgtgaagaagagaagagagcgagactctgatacaatgactaggtcagataaatataggtcagatgttacagattttgataaaacaagtaaggggactgaggcaaccaagtctttatatttgaagaagaaattatgggaagatgaaaaaagcaaatattttgttaacttgcaggtcaaaggttctcccgtcagacatgttttgccctccactggcatggctgctcatgctattgatgatctcaacgaagctattgaactggaggacagacatgaatccatagacgcattactagaaaatgatgctgatgacaaaactagatcacctgctattcccctgcagccaccaccagtggtacagaatgcttatgagcagagcggcttcgaacatatatcatttgatatcccctttggtttatctatctattgtgcaaagtttcctttaacacaactagctggttccacgcaagcgacaaggttcgctgctgcacggcaaattggagaaattgccaagtcccacccccaggagctaaatgtcttactcaaaaaggtttctccatatttacgtagtaagaattgggacacaagggtcgcagcagcccatgcgattggtgccatagcagagaacgtcaaacacacatcggtgaaagacttgttcgcatctgcagaagcagaaaaacatgcttctgggttgtctggaattggtgatgttgggtcaacgttgcggcatgctgatactactgcaacatctgagcttgcttttggaagcttcgatataaacagggtgttggaatttggatctcctttattggcatcaggtggacaggaatatgacattgcaaatgataacggcaaaaatccagcagagcgtttagctcgccaaaagcaaaatctccggcgtcgtttaggtctggatgtatgtgagcagttcatggatttcaatgatgttatcaaagacgaggaccttcttgcccaaaagaattattggggcgcaaatatgcaaaacaatggattctattcatttaatactggtcagaatattcagcacttggttgcatctatggttcccagtgcaattgcactggagcattctgttgggatggctttgtcttcaatctgtgatgatctaatcaccccacttacattttttcaggatacagttgatgcaatcacagatgaggacaatctggagtacagtgagaatgggagatggccttttcaacagtttgtagatcaacttattcatgacatgtttgaccctatttgggaagttcgccatggcaccattatggctttgagggaaattttgacgcatcaaggtgcttgtgctggagtatattttcctgatctgaactcacctttcgctgaccttgatgataaaaacaatttggactccctgaaaagagcacatggtattgatcttaatgaagacattgattcgggacagctcgagccagttttgaaaagacaaaagaaagaggagtctaatccagaggttatggacattcagttggataaggagccaagtaacggtgattattccaaaacagaggcaagtctgagtactgagcctactgtatctagtggtgaaccaaatcttgctcatgcaaaggttgaatcacccttccaggttgatggttcagctaacccatctaaggtggatccatattgtacaccacctcacgaaacactcaactccatgcccaaactgagttctacccatctccctgaaaattcaaaatttataaagctgatgaaactagcgaactactcagcggtaaaaaattgggaatttcttcaagactgtgcaattcgtttcctttgtgtactttcattggaccgctttggtgattatgtatctgatcaagtggttgctcctgttcgtgaaacttgtgctcaagctcttggtgcagttctgaagtacatgcatccgactctagtatgccatacactgaatattttgctgcaaatgcagcgcaggcaggagtgggaagttcgtcatgggagtctccttggaattaagtatttagttgctgttcgtcaggaaatgcttaaagacttgcttaattatgttcttcatgcctgtaaagctggtctggaggatccagatgatgatgtccgggctgtggctgcagaggctctgatcccagctgctgcttctttagttagactaaatgatcaaatgctacattcaattgtgatgttgctttgggatatattgcttgaccttgatgatctaagcccttctacaagcagtgtgatgaatttgttagctgagATatattctcaaccagagatggttccaaagatgcttggcacaacagccataggtgaagacaacgaatttgatctaaacagtgtaactctggttgccggtgaagaaaaaatgggttctaatgataacccttatgtcttagctgctctgacaccccgattgtggccttttatgagacatagtattacatcagtccggcgttctgctgtacgaacattggagaggcttctcgaggttgggaacaccaggaattcagctaaactatggcttgcatctatattaggtgatgcgctgcaagttgtcttccagaatcttcttttggagtcaaatgatgagattattcgatcttctgaaagggcttggaaacttttacttcagtgccctacggaggaccttgagtctgctgcaagttcatattttagtaattgggtgcaacttgccactactccatatggcacagcattggattctgcaaaaatgtttttgccagttgcacttccacgaggaagtcgttcaagagctgctgcaaagatcaaatctgcaaggttagaacatgaaaatacgagaatgatatcttttggttctaccggagagaacacttcacaggaaaagcattctgaagcttccttgagtgtttcaaaaataattgtggggtctgattcggacaaatctgttactcatacgcgagtgctgacgtcaatggcccttggtctgtttgcctctaagttgccagaggggtcgtggcaagttgttcttggtccactagcaagcgatctcatgtctctctcaggagtccagagacaggtggcttctatggttattgtttcttggtttaaagacctcagaaaaagtgatcctgctgcggtgggtacattgctagctttcttatcctccctgaaagggtggatgttggacttactggcttgctctgacccttcatttcctacaaaagattctccgcttccatatgctgagcttgcaagaacatacaggaagatgcgcaatgaagccaataatttgttccagtcaatagaatcttgtgctcttcttaaagagtatacaagcaacttaaactttgaagctgacatgctgagtgttgatgatgctattaacttcacttcaaagcttttgttaccatctgaacctgattttagtttggacagtgataaaattgtcttgaacaatatagagtcagcaaaacaaggtctattgtctacgtcaggctacttgaaatgtgttcagaataatttgcatgtgacagtttcctctttagtggcctctgctgtagtctggatggcagggctgcctagtaagttgaacccagtcattttgcctttaatggctgctgtaaaaagggaacaggaggaaatacttcaggacaaagctgcagatgcacttgctgagctcatttttagttgtgttggccgcaaacctggcccaaacgacaaactaacaaagaacctctgcacgttaacatgcactgatgcaagtgagacacctcaagctgcagttataaactcaattcaggttattgaggaccaaaacttgctgtcgattggtaagcgttttagcaatcacaaatccaggggCcagatgacttccggtggtgaatcgaagtcggagggttttataagccggcgtggatcggagttggcttttaagcatctttgtgagaaatttggagcatccttatttgaaaagcttcccaagttatgggattgccttacggagtttcttaaacccgtcaagactggagatgatcttatgaaagaagatccaagtattgcgcagttaggaagatcttgtgaggacaaggaaccgcagtcccttataaataatatccaggtttgttttataaattaa
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Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 1.021288 | 7.073989 | 12.113528 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_02g0161300 | RBH | 6.605115 | 7.969881 | 7.864865 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os02g06588 | RBH | 4.419050 | 5.034160 | 1.939060 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os02g0161300 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_02g0004740 | SBH | 2.264087 | 23.132471 | 27.473930 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_06g0026430 | RBH | 0.120463 | 2.587331 | 3.361584 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_02g0004750 | SBH | 4.137586 | 15.831674 | 26.549681 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_02g0004650 | SBH | 2.151191 | 1.697295 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_02g0004690 | RBH | 15.039126 | 24.706997 | 45.278843 |
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| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_02g0004640 | SBH | 1.381853 | 20.751240 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_02g0004960 | SBH | 13.847345 | 23.873499 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_02g0004900 | SBH | 3.379436 | 2.700910 | 2.631346 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_02g0004670 | SBH | 1.827172 | 14.218543 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_02G004710 | RBH | 1.301482 | 4.473851 | 5.907066 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_02g0004690 | SBH | 6.039907 | 32.112606 | 16.047117 |
