Rice Gene Index (RGI): a comprehensive pan-genome database for comparative and functional genomics of Asian rice.

Basic Info

Gene ID		OGI # \| Score			Accession \| Assembly \| Annotation			Location		Links
OsKeNa_01g0016340		OGI:01044800 \| 16/16			KETAN NANGKA \| Os128077RS1 \| Gramene(+IsoSeq)			Chr01:14641578-14647117		Homologues MicroCollinearity RGI-JBrowse
Gene Symbol		-
DNA seq		tacctctcgttgtctcctccgctccttgcctcgttgcgccgccgccaagacgagtcgcggctgaacaggggagggccgggcggcgatctccatcgcagcggaggggaggggatcctggtgcgtcctctttctgattcatctctctctctctcccaccccaccgggactggaatttgcttgcgttcgtgaaccctactagcttctcttctagatcttctcctcctccttaatttgatagccttaaacctctcttaaataattcaggtaataacagtttgtttgttcacccaaaagtttgggggttcaactgaacccccatgtcccaagttggatccgcccctggacttcacttgtttgttgtgtacatcataactggaattctggcttaattttaatgtgattctctatcattttttgtgttgctgtactacagctcactgattatatgtcccctactgttgatcgggttcaggtgaatagtctatccttggaggtgcaataaaagcaaaacatgtttgtgaatttgaagccaattagttactcatattcatttttctggcatctacaaccatgacgatgctatcaattcttgtgaggaattttgctggaaacactagttcaaagttcaataaagttgcactgctgaagctgagtaggtggctatcaggatccactcccaacacaaattcattatctagcaagaaacataattttgacaagtctgctctgttgttccaaggctgtgcagatgttaggtttctaaagaagatccacgctaatgttttcacacatggactttgctgggatgtgattcttggctctaagattctgagttgttatgctaatttaggtgcattgcatgagtcaaggcttgtttttcagaaaattgtaaacgatgatatttccctgtggaattcagccatggttgattattttagagcaggttatccggaggaggttataattttgtataagagattgaaattgaaccagattggtttcaatgggaaaactattacttttgttatgaaaagctgcactgagcttaagaatctgtacttgggtaaaggagtgcatgcagattcacttaagcttgctctgtctgggaataaattcgtcggctcctccctcattggcttatactccaagtttagcaagacgaatgattcacgtggagtgtttgaagagatcatcaacaaggacattgttgcttacacttcgatgatcactggttattcagaaactgtggattcaattgtatggaacgcatttgaaattgccactgatatgctgcagaacaacttggaagtaaaccgtgtgactctggtaagcttactgcaaatagctgggaatctgggagcacttcaggagggtaaatctctccattgctactccataaggagagcaattggtgtctcagatgatattctagagaccagcattgtgaacttttatactcgatgtggagcttatcagtcagcggctactgttctgcaaaattcaaagggaactgttgcttcatggaatgctctgctttctggtcttaatagagctggacagagtttcaatgcaatccagtatttgcctgtgatgctgcatgagcataaagtaactccagattctgtcacttttgcaaacgtgctttcagcctgtgctgagctatgctatttttgctttgctgctagtattcatgcctacttcataagaagatttatacctatggatgttgttttgaccactgcacttattgaggtgtacaccaaatgcacaagagtcatgagatcgaagtatctctttgatcaacttattattaaagatgttgtatcctataacgcgatgatttatggttacctacaaaatgacatggccaatgaggccacctcattactcaattacatgatggcagaaggtgttgctccagattttgcaactgttcttagcctgcttgctgcttttgctgaccaaagagatttagttagagggagatggatccatggttttgcaattaggcatgggttttgttcagatgtggacgttgaaaatcaaattctatatatgtattcagcctgcggaaaaattgcagcagcaagggctatatttgactcattggaaaagaaaaacttggtttcatggacagccatgatgaaaggttgcttatccaatggacatgcagatgaggtggttcaattatttcaagtgatgcaaaaatatggggagaaacctgattctgtttctcttgtaactgcagttcaggctgtttctgatcttggacatctaaatggtctaaaacaaattcattgttttgtttaccgttccttgttggagaaagataagattactgctaattcattgataagtgcatatgccaagtgtggaaagctggatttgtcagcaggtttgttctttagtttgaaatatagaaacttggatacttggaatgcaatgatcagtgcttatgcaatgcatggattccatattaacgtgcttgaaatgttcaagcaaatggaagaagaaaacattcagcctgatgagttaacattctccactgtgcttactgcttgcagccatgctggtcttgtcaaggatggttggcgtattttcaattccatgacctcagtatattcagttcttccacaggaagagcattacggttgcatggttgacttgttgggtcgtgctgggcatctagaagatggatacaaatttataaagctatctaccttaaaagataaatccactatattttgtgctctgctctctgcttgcagaactcatggaaatacacgacttgcacatgctattagcaaagagctccttgagcatggacctcagaatccaggtatttatgctctgatttcagaagtatatgctcaggaagggcagtggaacgaagttgctaatacaaaggccagagctgatttaagtgggttaaagaaacatcctggttctagtttgattgaatcaatggagcaaggaatgccctgacgtcggcatgttgcacttatggtgtgggaatttttcactatggcctgtttgaaattcttactttacaaatggacccatgcaaaaactatcgcaggaatggaccttgggttattatcgattatgcagtgccaggtcaaaccagttggcagaatgacacttcctggagacttacattacattgtagaggggtcagctccaagctcgtaggcgctgatcctggggcaacacaatcatggattgaggctgtagtggtctatcccactctctgcctgccctcctccctcatgcaaagaacagaggtgcatgaccctcaaatccctctcaaattagccccaaatcaaagggttttctgtggacttcacatggagatcgtgttggaaggtatattctcccttgttcccctcattttgttattttgatggttgatttgagcaaattagggtgaaaccctggtatttatttggatttatttatgcaaaaaaaggtggatgagtatattagttttattggatgaattaaactcaggttatcaatatgtgattgagtatatcaggaagattagtttctatgaactttaattttagttgacttccgttgcaatgacgggaagaaaaaccatttcgctcaactgtaaaatcatggttcttaagtcataaagtcgagttgagataccctctactgtcttggagactaccatatctagctattactatacatagctattacttctactgctaatatgttactatgtgctgtgcctgatggaaccgatgcagctctccgctcatctaccttccaatcagtaatagcgggcctggtaggccaagcctcccaagcgattcactgttgctgcctttgctccattgcgtcttctgctgccaacaagtcgattcgtgcgtcatactccctgactccctgacgactagtcacaagacttgattacaggtgtgtaaaataaataaattgcatcataactatcagaatccttgcattggatggaaaagaacaagtatcaagtaacccaacagtgcttcatcctatataagatgtgcattcccatctcttgtattttatttctccctgagcgcacacttgaaacattaagttttaacttagggatgtctggctggaactgagaactgatgcttgcatcgaagtggcaagattgttgaagatttgtgggtgccttgtcagtggcagtatctttttagctgttggcctgttgcgatattcagttactcatttctttcttctcaatagatttcttgaactctgacagatagctgtttgatgtttcttcctcaacgacttcaggatgtatgtttgatttttttaaaaaaaattattattgctcttcaattactttactctcaggttacttagccgatatcaaatgagcaatggttcaagatgtggagagaagattccacattggttgcctcgccatggtcacttctccacatgcagctaggatcgcttcaaaaagaactgtagccgggaacacatttgtcgtatgtatcacttactcattactgttcagcgcaaagttagtctagtttattctggttttgtttaacatgccttatatagaaagaaaaaacctaaaaaatgcttccttcgatcttgaagataatattgaggagttggtgataccaatgtcatcgcgttggagatcaagatcgaactcttgaaattggggactagcttacatgtttgatactgagacgcttgatgacgatgaggtggtcagcaacctcaactgccgtccggtatattctcacaatctcactcccccaacttaagcatccaaggagaagaatggcctcctctgaatcaacatgaaatttttacttgcttttgcaggattcatgaagtgacgctaaaaagttttcacttgtaaatcaacacaacttattgttgggaaaggagacaaatggtgaatggtgaaatgattcagatggctgctagatcagctatatctattgttgctcttacactaaattataaaatggcaaggaaaaaccggatgcaaaaccacggaaagggtggcataaaccgcctaaaggaattctcaaggtaaatgtggatgcttcttttgacattgtttcgagtataggacgagctggagcagtcatatgagatgcacaaggaaattttatagctggttcttgcaggcacttgcctcatgttgctgatgcaacgatggcagaagcctacgccctcaagtaaggactcgttcttgcccagcagattggttgtcaaaatattattacccaaacagattgcttgcaagtggtggaaaactggaaacgatgcaagatggaggctttcggcaactttggtagtgattttttactgatgcaatattttgatttgtgattttgtagaagtttctgttaagccctgtaatagggaagccaatgttgtggcacaagttctagctaaacatgcgtctaatttaaagagttcttgtaattgggttgatggccacccatatcaataaaacacgccaaatggcttccaaaaaaaagaatcaacagaaaacttgtttggac More
CDS seq		atgacgatgctatcaattcttgtgaggaattttgctggaaacactagttcaaagttcaataaagttgcactgctgaagctgagtaggtggctatcaggatccactcccaacacaaattcattatctagcaagaaacataattttgacaagtctgctctgttgttccaaggctgtgcagatgttaggtttctaaagaagatccacgctaatgttttcacacatggactttgctgggatgtgattcttggctctaagattctgagttgttatgctaatttaggtgcattgcatgagtcaaggcttgtttttcagaaaattgtaaacgatgatatttccctgtggaattcagccatggttgattattttagagcaggttatccggaggaggttataattttgtataagagattgaaattgaaccagattggtttcaatgggaaaactattacttttgttatgaaaagctgcactgagcttaagaatctgtacttgggtaaaggagtgcatgcagattcacttaagcttgctctgtctgggaataaattcgtcggctcctccctcattggcttatactccaagtttagcaagacgaatgattcacgtggagtgtttgaagagatcatcaacaaggacattgttgcttacacttcgatgatcactggttattcagaaactgtggattcaattgtatggaacgcatttgaaattgccactgatatgctgcagaacaacttggaagtaaaccgtgtgactctggtaagcttactgcaaatagctgggaatctgggagcacttcaggagggtaaatctctccattgctactccataaggagagcaattggtgtctcagatgatattctagagaccagcattgtgaacttttatactcgatgtggagcttatcagtcagcggctactgttctgcaaaattcaaagggaactgttgcttcatggaatgctctgctttctggtcttaatagagctggacagagtttcaatgcaatccagtatttgcctgtgatgctgcatgagcataaagtaactccagattctgtcacttttgcaaacgtgctttcagcctgtgctgagctatgctatttttgctttgctgctagtattcatgcctacttcataagaagatttatacctatggatgttgttttgaccactgcacttattgaggtgtacaccaaatgcacaagagtcatgagatcgaagtatctctttgatcaacttattattaaagatgttgtatcctataacgcgatgatttatggttacctacaaaatgacatggccaatgaggccacctcattactcaattacatgatggcagaaggtgttgctccagattttgcaactgttcttagcctgcttgctgcttttgctgaccaaagagatttagttagagggagatggatccatggttttgcaattaggcatgggttttgttcagatgtggacgttgaaaatcaaattctatatatgtattcagcctgcggaaaaattgcagcagcaagggctatatttgactcattggaaaagaaaaacttggtttcatggacagccatgatgaaaggttgcttatccaatggacatgcagatgaggtggttcaattatttcaagtgatgcaaaaatatggggagaaacctgattctgtttctcttgtaactgcagttcaggctgtttctgatcttggacatctaaatggtctaaaacaaattcattgttttgtttaccgttccttgttggagaaagataagattactgctaattcattgataagtgcatatgccaagtgtggaaagctggatttgtcagcaggtttgttctttagtttgaaatatagaaacttggatacttggaatgcaatgatcagtgcttatgcaatgcatggattccatattaacgtgcttgaaatgttcaagcaaatggaagaagaaaacattcagcctgatgagttaacattctccactgtgcttactgcttgcagccatgctggtcttgtcaaggatggttggcgtattttcaattccatgacctcagtatattcagttcttccacaggaagagcattacggttgcatggttgacttgttgggtcgtgctgggcatctagaagatggatacaaatttataaagctatctaccttaaaagataaatccactatattttgtgctctgctctctgcttgcagaactcatggaaatacacgacttgcacatgctattagcaaagagctccttgagcatggacctcagaatccaggttatcaatatgtgattgagtatatcaggaagattagtttctatgaactttaa More
Protein seq		MTMLSILVRNFAGNTSSKFNKVALLKLSRWLSGSTPNTNSLSSKKHNFDKSALLFQGCADVRFLKKIHANVFTHGLCWDVILGSKILSCYANLGALHESRLVFQKIVNDDISLWNSAMVDYFRAGYPEEVIILYKRLKLNQIGFNGKTITFVMKSCTELKNLYLGKGVHADSLKLALSGNKFVGSSLIGLYSKFSKTNDSRGVFEEIINKDIVAYTSMITGYSETVDSIVWNAFEIATDMLQNNLEVNRVTLVSLLQIAGNLGALQEGKSLHCYSIRRAIGVSDDILETSIVNFYTRCGAYQSAATVLQNSKGTVASWNALLSGLNRAGQSFNAIQYLPVMLHEHKVTPDSVTFANVLSACAELCYFCFAASIHAYFIRRFIPMDVVLTTALIEVYTKCTRVMRSKYLFDQLIIKDVVSYNAMIYGYLQNDMANEATSLLNYMMAEGVAPDFATVLSLLAAFADQRDLVRGRWIHGFAIRHGFCSDVDVENQILYMYSACGKIAAARAIFDSLEKKNLVSWTAMMKGCLSNGHADEVVQLFQVMQKYGEKPDSVSLVTAVQAVSDLGHLNGLKQIHCFVYRSLLEKDKITANSLISAYAKCGKLDLSAGLFFSLKYRNLDTWNAMISAYAMHGFHINVLEMFKQMEEENIQPDELTFSTVLTACSHAGLVKDGWRIFNSMTSVYSVLPQEEHYGCMVDLLGRAGHLEDGYKFIKLSTLKDKSTIFCALLSACRTHGNTRLAHAISKELLEHGPQNPGYQYVIEYIRKISFYEL
Function		Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g21300 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q9STE1]

Transcripts

Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
OsKeNa_01g0016340	OsKeNa_01g0016340.01	Chr01	14641589	14645140	+	NAM
CDS seq	atgacgatgctatcaattcttgtgaggaattttgctggaaacactagttcaaagttcaataaagttgcactgctgaagctgagtaggtggctatcaggatccactcccaacacaaattcattatctagcaagaaacataattttgacaagtctgctctgttgttccaaggctgtgcagatgttaggtttctaaagaagatccacgctaatgttttcacacatggactttgctgggatgtgattcttggctctaagattctgagttgttatgctaatttaggtgcattgcatgagtcaaggcttgtttttcagaaaattgtaaacgatgatatttccctgtggaattcagccatggttgattattttagagcaggttatccggaggaggttataattttgtataagagattgaaattgaaccagattggtttcaatgggaaaactattacttttgttatgaaaagctgcactgagcttaagaatctgtacttgggtaaaggagtgcatgcagattcacttaagcttgctctgtctgggaataaattcgtcggctcctccctcattggcttatactccaagtttagcaagacgaatgattcacgtggagtgtttgaagagatcatcaacaaggacattgttgcttacacttcgatgatcactggttattcagaaactgtggattcaattgtatggaacgcatttgaaattgccactgatatgctgcagaacaacttggaagtaaaccgtgtgactctggtaagcttactgcaaatagctgggaatctgggagcacttcaggagggtaaatctctccattgctactccataaggagagcaattggtgtctcagatgatattctagagaccagcattgtgaacttttatactcgatgtggagcttatcagtcagcggctactgttctgcaaaattcaaagggaactgttgcttcatggaatgctctgctttctggtcttaatagagctggacagagtttcaatgcaatccagtatttgcctgtgatgctgcatgagcataaagtaactccagattctgtcacttttgcaaacgtgctttcagcctgtgctgagctatgctatttttgctttgctgctagtattcatgcctacttcataagaagatttatacctatggatgttgttttgaccactgcacttattgaggtgtacaccaaatgcacaagagtcatgagatcgaagtatctctttgatcaacttattattaaagatgttgtatcctataacgcgatgatttatggttacctacaaaatgacatggccaatgaggccacctcattactcaattacatgatggcagaaggtgttgctccagattttgcaactgttcttagcctgcttgctgcttttgctgaccaaagagatttagttagagggagatggatccatggttttgcaattaggcatgggttttgttcagatgtggacgttgaaaatcaaattctatatatgtattcagcctgcggaaaaattgcagcagcaagggctatatttgactcattggaaaagaaaaacttggtttcatggacagccatgatgaaaggttgcttatccaatggacatgcagatgaggtggttcaattatttcaagtgatgcaaaaatatggggagaaacctgattctgtttctcttgtaactgcagttcaggctgtttctgatcttggacatctaaatggtctaaaacaaattcattgttttgtttaccgttccttgttggagaaagataagattactgctaattcattgataagtgcatatgccaagtgtggaaagctggatttgtcagcaggtttgttctttagtttgaaatatagaaacttggatacttggaatgcaatgatcagtgcttatgcaatgcatggattccatattaacgtgcttgaaatgttcaagcaaatggaagaagaaaacattcagcctgatgagttaacattctccactgtgcttactgcttgcagccatgctggtcttgtcaaggatggttggcgtattttcaattccatgacctcagtatattcagttcttccacaggaagagcattacggttgcatggttgacttgttgggtcgtgctgggcatctagaagatggatacaaatttataaagctatctaccttaaaagataaatccactatattttgtgctctgctctctgcttgcagaactcatggaaatacacgacttgcacatgctattagcaaagagctccttgagcatggacctcagaatccaggttatcaatatgtgattgagtatatcaggaagattagtttctatgaactttaa More
Protein seq	MTMLSILVRNFAGNTSSKFNKVALLKLSRWLSGSTPNTNSLSSKKHNFDKSALLFQGCADVRFLKKIHANVFTHGLCWDVILGSKILSCYANLGALHESRLVFQKIVNDDISLWNSAMVDYFRAGYPEEVIILYKRLKLNQIGFNGKTITFVMKSCTELKNLYLGKGVHADSLKLALSGNKFVGSSLIGLYSKFSKTNDSRGVFEEIINKDIVAYTSMITGYSETVDSIVWNAFEIATDMLQNNLEVNRVTLVSLLQIAGNLGALQEGKSLHCYSIRRAIGVSDDILETSIVNFYTRCGAYQSAATVLQNSKGTVASWNALLSGLNRAGQSFNAIQYLPVMLHEHKVTPDSVTFANVLSACAELCYFCFAASIHAYFIRRFIPMDVVLTTALIEVYTKCTRVMRSKYLFDQLIIKDVVSYNAMIYGYLQNDMANEATSLLNYMMAEGVAPDFATVLSLLAAFADQRDLVRGRWIHGFAIRHGFCSDVDVENQILYMYSACGKIAAARAIFDSLEKKNLVSWTAMMKGCLSNGHADEVVQLFQVMQKYGEKPDSVSLVTAVQAVSDLGHLNGLKQIHCFVYRSLLEKDKITANSLISAYAKCGKLDLSAGLFFSLKYRNLDTWNAMISAYAMHGFHINVLEMFKQMEEENIQPDELTFSTVLTACSHAGLVKDGWRIFNSMTSVYSVLPQEEHYGCMVDLLGRAGHLEDGYKFIKLSTLKDKSTIFCALLSACRTHGNTRLAHAISKELLEHGPQNPGYQYVIEYIRKISFYEL More

Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
OsKeNa_01g0016340	OsKeNa_01g0016340.02	Chr01	14641578	14647117	+	IsoSeq
CDS seq	atggtgtgggaatttttcactatggcctgtttgaaattcttactttacaaatggacccatgcaaaaactatcgcaggaatggaccttgggttattatcgattatgcagtgccaggtcaaaccagttggcagaatgacacttcctggagacttacattacattgtagaggggtcagctccaagc
Protein seq	MVWEFFTMACLKFLLYKWTHAKTIAGMDLGLLSIMQCQVKPVGRMTLPGDLHYIVEGSAPS

Event Type

Chromosome

Start

End

Strand

Alternative mRNAs

Total mRNAs

Source

Expression

	Leaf	Root	Panicle
FPKM	0.453912	2.239537	3.516932

Homologues

Genome & Annotation	Homologs	Type	Expression(FPKM)
Genome & Annotation	Homologs	Type	Leaf	Root	Panicle
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNip_01g0357800	RBH	2.304354	3.589734	4.942401
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| MSU	LOC_Os01g25530	RBH	1.557959	2.414090	1.271972
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| RAP-db	Os01g0357800	RBH	None	None	None
Azucena \| AzucenaRS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsAzu_01g0016700	RBH	1.233524	6.051852	6.321580
KETAN NANGKA \| Os128077RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	NA	NA	NA	NA	NA
CHAO MEO \| Os132278RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsCMeo_01g0016580	RBH	2.711647	6.490096	11.264750
ARC 10497 \| Os117425RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsARC_01g0016060	RBH	0.084696	0.156536	None
PR 106 \| Os127742RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsPr106_01g0016100	RBH	8.680272	5.818558	21.480713
Minghui 63 \| MH63RS3 \| HZAU	OsMH63_01G0244600	RBH	1.7861405	3.9524355	5.1184195
IR 64 \| OsIR64RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsIR64_01g0016170	RBH	0.541562	0.184308	1.905853
Zhenshan 97 \| ZS97RS3 \| HZAU	OsZS97_01G0239900	RBH	6.3704675	38.4814055	39.205244
LIMA \| Os127564RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLima_01g0016060	RBH	0.170351	0.144163	None
KHAO YAI GUANG \| Os127518RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKYG_01g0016040	RBH	0.974605	13.545795	None
GOBOL SAIL \| Os132424RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsGoSa_01g0016270	RBH	6.308117	13.783249	None
LIU XU \| Os125827RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLiXu_01g0016120	RBH	1.317639	0.467149	1.484531
LARHA MUGAD \| Os125619RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLaMu_01g0015910	RBH	0.687429	3.826956	None
N22 \| OsN22RS2 \| Gramene(+IsoSeq)	OsN22_01G016340	RBH	1.108132	2.362780	3.427088
NATEL BORO \| Os127652RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNaBo_01g0016120	RBH	1.172103	13.208362	5.646645

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