Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
OsCMeo_02g0023650 OGI:02066240 | 16/16 CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) Chr02:23420360-23424663
Gene Symbol -
DNA seq

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CDS seq

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Protein seq

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Function Putative disease resistance protein RGA1 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q7XA42]

Transcripts

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsCMeo_02g0023650 OsCMeo_02g0023650.01 Chr02 23420360 23424663 + NAM
CDS seq

atggctggtggagtcggggaggcgctcgtgtccgccgtgctgaaggaggtgctgggaaagcttggctccgccgtcggggaacagatcgtgatgcgatggaacctgaagcaagatctggagagcatcaagagcaccctgggtatgcttcaagcggtgctcagggatgccgagaggcgctccgtgagtgacgaaggcgccagcctctggctgaagaggctcaagaacgcggcctacgacatctccgacatgctcgatgaattcgaagccaaggatctggaacgggaagagatcagcaagagggaaacaacatcaaagatcaataagtcagctgttgttggaagaaacaaagaggaggaaatattagcattgttagaatgggacaacattgaaaatttgctggtaattccaatttttggatttggaggtattggtaagaccacactagctaaattggttttcaatgatgatcgaacacaaacttttgatttgcgtgtatggatttatgtatctccaaattttgatttaaaaacgattggcagaagtataatttcacaaatcaaaggacagagtgactgtttagatgatctacagtcaataagtaactgtcttgaagagatattggatggtaaaagttgcctgattattttggatgatttatgggagaacagctgtttccagttgggtgagctaacattgatgctaagcagctttaaggcagaaagcaggcttaggatcattgtcacaacacggaatgaagaagttgcaaggaagatatgtacagttgcaccatacaagctgaagccattgtctgatgaccattgctggacattgtttaggcagagtgctatcctgtctagttgtacttttcaaggaggtgataaaaatgtgttggaagagataggatgggagatttcaaagaagtgcaaaggagttccattggcagcccagtctctcggattcatcttgcgcaccaaagatgttgaagaatggaaaaatgtgagagatagtgatgtatgggatggatcatctccagaagatgttgtgctgccatcgctgaagcttagttattaccagatgcctccttatttgaagatttgcttttcttattgttcaacatttcctaaaggttgtgagatttatagtgatgatctaattcaacagtggatatcgcttggtttcattcaagaaagacctaataagcacatatcgcttgaaaagataggagaacagtatgtaagcgagctattgggaatgtcctttcttcaatattcaagtcttgtccctgattacacgggactacgggaggatgctaagtgttctatggtactcagcatgcatgatttgatgcatgatcttgctagatgtgttattggtgatgagctacttctaatggataatggaaaggaatacaactctggagaaggcaattgtcggtatgcattactaatcaattgtgtcgggcaaacaaagttctcctattcatctactaaattaagagctatgcgttttttcaactgtgatggaattcagctacccttatttacaaaatctttgcgtgtcttggacataagtaagtgttcttgtggaaaattacctgcatctattgggaaattgaagcaattgaagttccttagtgctactggcatgcaacatgaaacaattcctgagcatgttatgaaactttcaaaacttatttatttgaacataaatgggtctttgaacatttcaacattgccaacatcagtgaacaaactgagatgcttgctacacctggacctatctggttgtagtaacctttgttcattaccaaactcatttggtggattgacaaacctatcacatttgaacctggtaaattgctctagtcttgatactttgccaaatacagtatgcggactcgtaaacttggtacatctagacctatctggatgtactggcctttgttcattgccaaactcattcggtgacctgacaaatctcttgcatttgaacctagcaaattgttatgatcttcatagtttgcccaagtcttttcataggctaggtgaactccagtatctaaacttgtcacgctgtttatcattaaatttaatggttgacatcaatgctgtgtgctgccttacaaagctacagtacttaaacctgtctcgttgctcaagtctcatccacctacctgaaacaattaggggtctaaaagatctccacactttagatatctcaggatgtcaatggatagagatatttccgaaaagcatttgtgagatcaccagcctcaaatttctgctaatacaaggatgctcaccctggttagagaagcgtgtgagggagtctcagttcaagaatgatatgctagcattgcccaagtttattgttcaaagagcagcttttggcatgtgtagcaatatttcgcggcttcaatctgtagatcctgctgagctagaaattgaatgccttgagaatgtaacaagtatcggagaagtggatgttgtaaacttgacgtataaatcagcactatcaaaattggcattggcatggactcctgcagctgagcgttttgtggaggatgaagatttgctgcggaagttacaacctctgacactctaa

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Protein seq

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Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 0.369985 1.712337 4.517291

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) OsNip_02g0597200 RBH 1.420721 0.834585 3.179854
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os02g38386 RBH 0.944396 0.551764 0.804610
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db Os02g0597200 RBH None None None
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) OsAzu_02g0023580 SBH 0.595633 2.343004 3.208796
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKeNa_02g0023680 RBH 0.126086 0.529495 0.695703
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsCMeo_04g0020240 RBH 0.698612 0.616387 0.726146
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsARC_02g0023360 RBH 0.145684 0.034106 None
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsPr106_02g0023270 RBH 0.0 0.0 0.0
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_02G0379900 RBH 6.745487 114.4807705 11.49562
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsIR64_02g0023040 RBH 0.427604 0.112797 1.775090
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_02G0408600 RBH 4.4523945 45.5463845 5.2119105
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLima_02g0023430 SBH 0.200741 0.098847 None
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKYG_02g0023300 RBH 0.0 0.0 None
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsGoSa_02g0023600 RBH 4.273460 8.259308 None
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLiXu_02g0023340 RBH 0.0 0.0 0.0
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLaMu_02g0023140 SBH 0.231549 5.761666 None
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) OsN22_02G023560 SBH 0.275633 1.561063 1.181025
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsNaBo_02g0023430 RBH 0.0 0.0 0.0
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