Basic Info |
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsAzu_11g0006920 | OsAzu_11g0006920.01 | Chr11 | 5698341 | 5710792 | - | NAM | ||
| CDS seq | ATGGCTACTACATCATCAGCATGCGTTTCCATTGCTGTACTAGTAGTAGTGCTATCGTCCACCTCATGCTATTCTTCTCCAAGTCCGACGACCACCGCCAATGGCAGCAGCGACACCGATCTCGCCGCCCTGCTGGCTTTCAAGTCCCAGCTTACCGACCCCCTCGGCGTTCTGACAAGCAACTGGAGCACCAGCACCTCTTTCTGCCACTGGCTTGGTGTCACCTGCAGCCGCCGCCGCCGACATCGTCGTGTCACTGGACTGTCGCTGCCACACACGCCCCTCCATGGACCCATCACTCCTCTCCTCGGTAACCTCTCGTTTCTCTCCTTCCTCAGGCTCACCGACACCAACCTCACGGCCTCCATCCCAGCTGATCTTGGCAAGCTACGCCGTCTTAGACATCTCTGTCTAGGTGAAAACAGCCTCTCTGGTAGGATTCCTCCTGACCTGGGAAACCTAGCAAGGCTCGAGGTTCTTGAATTAGGCAGCAACCAACTCTCCGGTCAGATACCTCCAGAGTTGTTGCTGCATCTGCACAATCTTCAGGTGATTTCTCTAGAAGGGAACTCCTTGAGTGGGCAGATCCCGTCTTTTCTATTCAACAACACGCCTTCCTTGAGGTACCTATCTTTCGGAAACAACAGCCTATCAGGTCCTATACCGGATGGTGTTGCCTCCCTGTCTCAACTCGAGATTCTAGACATGCAGTACAATCAGCTCTCCAGCCTAGTGCCACAAGCCCTGTACAACATGTCCTGGCTTCGAGTCATGGCGCTGGCAGGCAACGGGAACCTGACCGGACCAATACCAAACAATAATCAGACATTCAGGCTCCCTATGCTACGATTTATTTCCCTCGCCCGGAACAGAATCGCCGGTCGGTTTCCTGCGGGGCTTGCATCATGCCAGTACTTAAGGGAAATCTATTTATATAGCAATTCTTTCGTGGATGTTCTCCCAACATGGTTAGCTAAATTGTCACGACTTGAAGTAGTTTCACTGGGTGGAAATAAGCTTGTTGGTACAATCCCAGCTGTTCTTAGCAACCTCACCCGCCTCACAGTACTAGAGCTCTCTTTTGGCAACCTTACAGGAAATATTCCACCAGAGATAGGATTACTTCAGAAACTTGTGTACTTGCTTCTTTCAGCTAATCAGTTGTCTGGCTCGGTACCGCGGACACTGGGGAACATTGCTGCTTTACAGAAGCTCGTTCTACCCCACAACAACCTAGAGGGGAATATGGGCTTCTTGTCATCTCTTTCAGAATGTAGGCAGCTGGAAGACCTTATCTTGGACCATAATTCTTTCGTAGGTGCCCTTCCAGACCATTTGGGTAATCTCTCGGCACGGTTAATTAGTTTCATTGCAGATCATAATAAGTTGGCAGGTAGTCTTCCAGAAAAAATGTCCAACTTAAGCAGCCTTGAACTGATAGATCTTGGTTACAACCAACTCACTGGGGCAATTCCAGAATCAATCGCTACGATGGGAAATCTCGGGTTGCTTGATGTCTCTAACAATCACATTTTAGGCCCTTTGCCAACACAGATTGGCACGCTTTTGAGTATACAACGACTATTTCTTGAAAGGAACAAAATCTCTGGCTCCATACCAGATAGCATTGGCAATCTTAGCAGTAACTTCTTGAATGGAAGCATCCCAGAATCATTGGGACAGCTCAATATGCTAACCTATCTGATTCTCTCACACAACTCCTTGGAAGGTTCAATTCCTAGCACTCTCCAAAGTCTAACTAGCTTAACATGGTTAGACCTTTCCTCAAACAACCTCTCTGGTTCCATTCCCATGTTCCTTGAAAATCTTACCGACTTGACTATGCTGAACCTCTCCTTCAATAGGCTCGAAGGCCCAATACCAGAGGGAGGAATTTTCTCTAATAACCTTACGAGACAATCTTTGATTGGGAATGCTGGGTTATGTGGTTCTCCACGTCTTGGATTTTCACCCTGTCTTAAAAAGTCTCACCCTTATAGCAGACCTCTTCTAAAACTTCTACTCCCAGCCATCTTGGTAGCTTCTGGCATCCTTGCTGTTTTCTTATACTTAATGTTTGAAAAGAAACACAAGAAGGCCAAAGCTTATGGTGATATGGCAGATGTCATAGGCCCTCAGTTACTCACCTATCATGATCTCGTCCTTGCCACTGAGAATTTCAGTGATGATAACCTGTTGGGATCTGGAGGATTTGGAAAAGTATTTAAAGGCCAACTTGGCAGTGGTTTGGTTGTTGCTATAAAAGTTCTAGACATGAAGCTGGAGCATTCGATCAGAATCTTTGATGCTGAGTGTCATATACTACGCATGGTGCGACACCGCAACCTGATAAAGATACTAAATACCTGTTCGAACATGGACTTCAAAGCATTGGTTCTTGAGTTCATGCCAAATGGCAGCTTAGAGAAACTGCTACACTGCTCCGAGGGCACAATGCACCTGGGATTCCTCGAGAGGCTGAATATCATGCTCGATGTGTCCATGGCAGTTCATTATCTGCACCATGAGCACTACGAGGTGGTTTTGCACTGTGATTTGAAGCCTAAATATGGCTCTATGGGAAAAGCATCACGTAAGAGTGATGTGTTCAGCTATGGGATCATGCTTCTTGAAGTTTTCACTGGAAGGAGACCAATGGATGCTATGTTTCTTGGAGACCTAATAAGCCTTAGAGAGTGGGTTCATCAGGTATTTCCTACAAAACTTGTCCATGTGGTGGATAGGCATCTACTGCAAGGCTCCTCGTCTTCCAGCTGCAACTTGGATGAGAGCTTTCTTGTGCCAATATTTGAGCTGGTCTATCCTATAAGGGCTGGACTTCTAGAGGACGCGGCGCCCCGGCTTCCGACTCCACCGCCGGCGACGCCTCCTCAGAAGAGCCCCGTCGAGGCGCTTCGTTCTAGCGCCGCCCCGCGCCGCGCAGAGGACCGCCGCGAAGTCGAAGCGGCGACACAGCGCCTGGTGAAGCCGGGGGATCATCCGATCTCTTCGTGTCTTTGCGTAGCACAGTGCCCCGGCTACGCCCGCCACCTGTTCGACGGAATGTCTCCCAGCGAAGAGTGCGGGATCGACGACCTCCCCGACGAGCTCCTCCAGCAGATCCTGTCCCTGCTGTCCGCCGACGAGGCCGTGAAGACCTGCGTCCTGTCCCGGCGATGGCGCCACCTCTGGAAATCCACGGACATCCTGCGCGTCGCTTACAGTACTGATAGATGGAAGAGCTCCGACGAGTTCAAGAAGTTCGTCAACCATCTGGTGCTCCTCCGTGGCATCTCGCCTTTGCGCGAGCTTGATTTGAGGTTCAATGCACGCCGATACGAGGACGTGGTGCATGATGGCGGCAGTGATCCATACCAATGCGTCATGCTGTGGGTCATGTATGCCGTAATGTGCCGAGTTCAGGTGCTCAAGATCCATAACCTCGATCAGATAGACATTGAAGTGTACAAGGGCATGCCTCTTGTCTCGCCACACTTGACCAAGATAGAACTCTCTGGTATAGAGTTGAAGAATTGCTTCCTTAACTTCTCGAGCTGTCCTGCGCTGAAGGAGCTATATTTCACCAAGAATTGCGGCTTTGATTCCGTTTACGAGATTTTGTCCCGGTCGATACAATGTCTTCATATCTTCCATTGTCAATTCGATGAATACTGTGATGGCTGTCATTGTAGATATGAGGTTAGCGACGATTCTGAAAGCGTGCTCCTAGGAGGTCTAACAGAAGCTGAGAATTTGAAGTTGATAGCTGGACCTAACATAGAATATAAATCTATGGTGGAATTGGAAACAGAAGAGAATGACAATCCATTGTGGAAACCAGCTGCAATATCAGAACACCTTAAGGTAGTGAAAGTCCACTGTAAAGAAGTTGATGAGGGGGTTTACAAAATTGGGAAGTGGTTGAGTACATTGGACAAAAAAGTTATTATCAAGCAGAGGAAACAACAACCAAAACGTAAGCTTACTGTTGACATTTTTTCATTCTTCCAGTATTTCTGA
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|||||||
| Protein seq | MATTSSACVSIAVLVVVLSSTSCYSSPSPTTTANGSSDTDLAALLAFKSQLTDPLGVLTSNWSTSTSFCHWLGVTCSRRRRHRRVTGLSLPHTPLHGPITPLLGNLSFLSFLRLTDTNLTASIPADLGKLRRLRHLCLGENSLSGRIPPDLGNLARLEVLELGSNQLSGQIPPELLLHLHNLQVISLEGNSLSGQIPSFLFNNTPSLRYLSFGNNSLSGPIPDGVASLSQLEILDMQYNQLSSLVPQALYNMSWLRVMALAGNGNLTGPIPNNNQTFRLPMLRFISLARNRIAGRFPAGLASCQYLREIYLYSNSFVDVLPTWLAKLSRLEVVSLGGNKLVGTIPAVLSNLTRLTVLELSFGNLTGNIPPEIGLLQKLVYLLLSANQLSGSVPRTLGNIAALQKLVLPHNNLEGNMGFLSSLSECRQLEDLILDHNSFVGALPDHLGNLSARLISFIADHNKLAGSLPEKMSNLSSLELIDLGYNQLTGAIPESIATMGNLGLLDVSNNHILGPLPTQIGTLLSIQRLFLERNKISGSIPDSIGNLSSNFLNGSIPESLGQLNMLTYLILSHNSLEGSIPSTLQSLTSLTWLDLSSNNLSGSIPMFLENLTDLTMLNLSFNRLEGPIPEGGIFSNNLTRQSLIGNAGLCGSPRLGFSPCLKKSHPYSRPLLKLLLPAILVASGILAVFLYLMFEKKHKKAKAYGDMADVIGPQLLTYHDLVLATENFSDDNLLGSGGFGKVFKGQLGSGLVVAIKVLDMKLEHSIRIFDAECHILRMVRHRNLIKILNTCSNMDFKALVLEFMPNGSLEKLLHCSEGTMHLGFLERLNIMLDVSMAVHYLHHEHYEVVLHCDLKPKYGSMGKASRKSDVFSYGIMLLEVFTGRRPMDAMFLGDLISLREWVHQVFPTKLVHVVDRHLLQGSSSSSCNLDESFLVPIFELVYPIRAGLLEDAAPRLPTPPPATPPQKSPVEALRSSAAPRRAEDRREVEAATQRLVKPGDHPISSCLCVAQCPGYARHLFDGMSPSEECGIDDLPDELLQQILSLLSADEAVKTCVLSRRWRHLWKSTDILRVAYSTDRWKSSDEFKKFVNHLVLLRGISPLRELDLRFNARRYEDVVHDGGSDPYQCVMLWVMYAVMCRVQVLKIHNLDQIDIEVYKGMPLVSPHLTKIELSGIELKNCFLNFSSCPALKELYFTKNCGFDSVYEILSRSIQCLHIFHCQFDEYCDGCHCRYEVSDDSESVLLGGLTEAENLKLIAGPNIEYKSMVELETEENDNPLWKPAAISEHLKVVKVHCKEVDEGVYKIGKWLSTLDKKVIIKQRKQQPKRKLTVDIFSFFQYF
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsAzu_11g0006920 | OsAzu_11g0006920.02 | Chr11 | 5700351 | 5710795 | - | IsoSeq | ||
| CDS seq | AGTATCTGCTTGCACGAGAACATGTACAGCCACACGATCGAGCAGAGCTCAAATGGCTACTACATCATCAGCATGCGTTTCCATTGCTGTACTAGTAGTAGTGCTATCGTCCACCTCATGCTATTCTTCTCCAAGTCCGACGACCACCGCCAATGGCAGCAGCGACACCGATCTCGCCGCCCTGCTGGCTTTCAAGTCCCAGCTTACCGACCCCCTCGGCGTTCTGACAAGCAACTGGAGCACCAGCACCTCTTTCTGCCACTGGCTTGGTGTCACCTGCAGCCGCCGCCGCCGACATCGTCGTGTCACTGGACTGTCGCTGCCACACACGCCCCTCCATGGACCCATCACTCCTCTCCT
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|||||||
| Protein seq | SICLHENMYSHTIEQSSNGYYIISMRFHCCTSSSAIVHLMLFFSKSDDHRQWQQRHRSRRPAGFQVPAYRPPRRSDKQLEHQHLFLPLAWCHLQPPPPTSSCHWTVAATHAPPWTHHSSP |
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
| A5 | Chr11 | 5701293 | 5708008 | - | OsAzu_11g0006920.02 | OsAzu_11g0006920.02,OsAzu_11g0006920.01 | All |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 1.488999 | 0.0 | 0.410213 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_11g0208900 | RBH | 8.128173 | 6.831915 | 1.593455 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os11g10300 | RBH | 0.031113 | 0.000000 | 0.000000 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os11g0208900 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_11g0006540 | SBH | 1.255232 | 11.059969 | 24.505333 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_11g0006900 | RBH | 0.616126 | 0.0 | 0.493502 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_11g0006820 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_11g0006820 | RBH | 0.000000 | 0.000000 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_11g0006760 | RBH | 17.078571 | 0.0 | 2.234451 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_11G0107800 | SBH | 0.0079745 | 0.1526635 | 0.0249325 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_11g0006740 | RBH | 1.454289 | 0.0 | 0.872801 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_11G0090600 | RBH | 11.8580575 | 0 | 0.0037395 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_11g0006730 | RBH | 1.100941 | 0.0 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_11g0006800 | RBH | 3.780000 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_11g0006820 | RBH | 8.374599 | 0.0 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_11g0006840 | RBH | 0.000000 | 0.0 | 0.446228 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_11g0006860 | RBH | 0.794262 | 0.0 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_11G006870 | RBH | 1.032044 | 0.0 | 0.183080 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_11g0006680 | RBH | 2.995412 | 0.0 | 0.859897 |
