Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsARC_08g0006290 | OGI:08014870 | 7/16 | ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr08:5647589-5661804 | ||||||||
| Gene Symbol | OsFbox423, Os_F0386, OsFbox424, Os_F0348, OsFbox425, Os_F0168, OsFbox426, Os_F0184 | ||||||||||
| DNA seq | 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||||||||||
| Function | Putative F-box/LRR-repeat protein At3g18150 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q9LV26] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsARC_08g0006290 | OsARC_08g0006290.01 | Chr08 | 5647589 | 5661804 | + | NAM | ||
| CDS seq | ATGTCGCTGGAAGAAACCAACCCGACGGTGGTGGAGGAGGAGGATGGGGAGCCCGGCAGCGCGGAGGAGGATGCCGTCGCTTACGGTGAAGTCCAGGTGTTCGACGAAATGCCGCTGAACGAAACCGACCCGGCGGCGGCGGCGGAGGAGGAGGGGGAGCCCGGCATCGCGGAGGAGGACGCCGTCGCTTCGGGCGAAGACCGCCTCAGCGAGATGCCGGACATGGTGCTGCACCACGTCATGTCGTTCCTCAAGGCGTGGGAGGCTGCGCGCACCTGCGTGCTCTCGCGGCGGTGGCGCCACCTCTGGGCCTCCGCGCCCTGCGTCGACATCCTCCTGACGAGCGACCGCCAGCCGCCGCCGGTGAACAGGCGCATGCGCCACCACCTGGCCTCCGCGCCCTGCCCCTGCGCCGACGTCCTCTGGACGCGCGACCGCAATGCGCCGAGTGACACGCGCAGGTTCAATGTCGATGTCGAGAAGTGGATTAGTGAAGCTATCAAGAGAAAAGCTCGGGTGATTCAGCTTGAAGATCATTATGGGATGTTCGTTGTATTTGCTCACCAGGTCTTCGCTTCCAACCATCTCAAAATCTTGAAACTGTCGTACGCCGAGCTGGATGACGATGTTTTCAGGGGATTCTCCTCTCGATGCCCTTCTTTGGAAGAACTGGAGCTCAAGAAATGCGTGGTAAGTGCCCGTGAGATTTCATCAGTCACTCTGAAGAGTTTGATCATGGTTGAGTGCAAGTTCACTATGAATCTCTCTGTTGGTGCTCCAAACCTCGTGTTTTTAAAATGCATCACACCAATGAAATGGGTTCCCGTGCTCAAGGACTCTGGGTCGCTGGTCACAGGAAGTATCATGATTGATGACTCGTTACTTATTGGTGATTCTAAAAAAAGACATGAGGTGGATGATTTCTCTTCTGATTATTCTTATGGTGGCTCTTCTGAAGATTATTTTGATGACCTTTCCAGTGACATCAGTGATGACTATGACTATAACTATGAAAATGATATCAATAGTGATGCTGATACATATGAGTACAATGAGATTGTGAATGAATATAAATCTGAGCAGTATAAAGACCATGATGATGGAGGTGATTGCAGTATGGGTGGTAAATATCATGGCTCCAGTTCTAACAATGGGTTCAATGATGATAAAACTTTGGGTGGACAAAATGTTCTTCACAGCCTTTCAAATGCTAGAAGTTTGGAGCTGTTAGCTCATTCAGGAGAGGTGGTTCTGAGCAGGGAATCAAGAAGTTGTCCAACTTTTAGCAACCTGAAGACTTTGTCCCTTGGTGAGTGGTGTATCAGTATGGTCGCTGACTTCGACATATTGATTCTCTTCCTCCAGAATTCACCTAATTTGGAGAAGCTTTTTCTTCAACTTGAAATGAGTTACAACATCCAAAAGGAATTGGAAAAAGGTATCAAACCAAAAGGAGGATCGTTTGCCTGTAAACGCCTTAGTATGGTGAAGATCAGATGCACCAAGGATGATCTTAGAGTCCATATGCTGGCACAGTTGTTCAATTCTAATGGCTTGTCCTTAGAGAAGATTTTCGTCCGTCGAAGTGGGAGCTTCCGCCTTCGCAACTCCAAACTTAACAGAGAATTAAATTGCCCGTGGCGGATGTCATTCGAATCGGGGAACGGAGGTTGGAGGTTACTGAGAACCAGTTCGACGAGGAGGCGCGCGCGCAGCCTGTTCGGCGGAATGCTCAGGAGGAACGCCATGCTCGGGCCGCCGCGCCGTGGCGAGGGGGAGACGTCCCGGCGTGGAGAGGGAGGCGGAGGCGACGGCAATGGCGATGGCGACGCGGTTGACCGGCTCAGCGCCCTCTCGGACGGGGTGCTGCACCACATCATGTCGTTCCTCAAGGCCTGGGAGGTGGTGCGCACCTGCGTGCTCTCGCAGCGCTGGCGCCACACCTGGGCGTCCGCGCCCTGCATCGACCTCCGCGTCCGGTACAATGACGTCAACAGCGAGCCGCCGGAGGAGCTGCGCGATTTCGTGAACCGCCTCTTCCGCCGTAGGGAGGCGTCAGCGCCGGTGGACACGCTCCGCCTGCAGTCCAGCGACCCGGACGAGTTGTTTGGCAACGACGATGCCAACGCGTGGATCCGGACTGCCATCAAGCGCAATGCTCGATTCATTCATCTCACTGGACACCGTACTGAAATCGGGGTGTTAAAGCACAGGGCCTTGGTCTCTACCCACCTCAAGATCTTGAAGCTGTCCTATGTTCTGATCGATGACAAGATCCTCAAGCAGCTTTCTTCAGGGTGCAAATCTTTGGAAGAACTGGATCTTAAGGACTGCGTGATGACCGGCCATGATATCTCATCTGCTTCTTTGAAGATTTTGAAGATGGATAAGTGCAAGATCAATGTGGACTTGTCAATCACTGCTCCAAACCTCGTATTGCTGAATCTGATCACACCTTACATCCAAGTTCCATCGTTCAAGAACTTGGAGTCACTGGTGTCATGCTCTGTCATACTTGATGACTTTTTCTTGGGTGATGCTTATGAACACAGTAGTGATGAAGATGATATTGATGAAACCACTGATGAAGATGATATTGATGATCAGAAGAAGACTTACAAGACAGGGTATGGATTTGGTTTCCCTCAAAAAGGATATGGGCTTGGTGGTAACAAGGATGATTATGGCTATGGTAGTGATATTGAGAGTGATGACAATACCTATGAATATAGTGAGATTGCAAACGAGTATGGAGATCAGAAGTATGCCCAGAATTCCAGTACCATTGTTCAGGGAGTTGGGACAAGTCAGCAGACTAAAACTATTTCTGGTGGCCATAATTTTGTTCACGGCCTTTCAAATGCTAGAAGTTTGGAGCTGTTAGCTGGTGCTGGAGAGGTGGTTCTTTCTAGGGAGTTGAAAAGCTGCCCAACTTTTAGCAACTTGAAGACCTTGTCCCTTGGTGAATGGTGTATGGCTGCTGAATTCGATACATTAATCTTCTTGCTACAGCGTTCACCTAATTTGCAGAGGCTTTTCCTTAAACTTAAATTGAACTTCAATACTAGGAAGCCGTTGGAGAGCGGTGCTAAACCTATGGGAAGATCATTTACTTGTAAAGACCTGCAAATGGTGAAGATCAGATGCTCTAAGGATGATGTAAGAGTCCACACGCTGGCACGTTTGTTCAGAGCTAACGGTATACCCATTGAGAAGTTTATGAGAGACCTAGGCAAACATGAACTGGAGTTCTGGGGGTCAGATTCAGAGTTCTGTGGTCCAAATTCCGAGTTCTGTGTTCGACGAGGAGGTGAAGGCAACCTGTTCGACGGAATGCGCCGGGGGAAAGCCGCTCTCTGGCGGCCGCGCCATGGCGAGGGCGAGACGTCCCGGCGTGGAGGCGACGGCGATGGAGAAGCGGCCGACCGCCTCAGCGCCCTCCCGGACGGGGTGCTGCACCACGTGATGTCGTTCCTCAAGGCGTGGGAGGTGGTGCGCACCTGCGTGCTCTCCCGGCGGTGGCGCAACCTCTGGGCGTCCGCGCCCTGCGTCGACCTCCGCATCCGGTACTTCCGCCTCGACAGCGAGCCGCCGGAGGAGCCGCGCGATTTCGTGAACCGCCTCTTCCGCCGCCGGGAGGCGTCGGCGCCGGTGGACACGCTCCGCCTGCAGTTGAGCGACCCGGACAATTTGTTTGACAACGACGATGCCAATGCGTGGATCCGGACTGCCATCAAGCGCAATGCTCGATTCATTCATCTCACTGGGCACCGCAAAGAGATCGGGGTGTTAAAGCACAGGGCCTTGGTCTCTACCCACCTCAAGATCTTGAAGCTGTCCTATGTCCTGATCGATGACAAGATCCTCAAGCAGCTTTCTTCAGGGTGCAAATCTTTGGAAGAACTGGATCTTAAGGACTGCGTGATGACCGGCCATCAGATCTCCTCTGCTTCTTTGAAGACTTTGAAGATGGATAGGTGCAAGATCAATGTGGACCTCTCTATCACTGCTCCAAACCTTGTTTTTCTGAACATAGTCACACCTTACATCCGAGTTCCATCGTTCAAGAACTTGGAGTCGCTGGTGACATGCTCTATCATACTTGATGACCTTTTCTTGGGTGATGATTATCAGCACATTAGTGATGAAGATGACATTGATGAAACCACTGATGATGATGATTTTGGTTATCAGAAGAATGATAAGGCAGGGTATAGGATTAATTACGCTAAAAAAGGATTTGTGTTTGGTGGAAACGAGGATGGTTATGGCTATGGTAGTGATATTGAGAGTGATGACAACACCTATGAATATAGTGAGATTGCAAATGAGTGTGGTGAGCTTCAGTATGGTAACAATGGTGATGGTCATAATTCCAGTAAAGATGGCGAATATGACAATGCTGAAACATTTGGTGGCCAAAATGTGATTCACAGCCTTTCAAATGTTAGAAGTTTGGAACTCTTAGCTGGTGCTGGAGAGGTGGTTCTTTCTAGGGAATTGAAAAGCTGCCCAATTTTTATCAACCTGAAGACCCTGTCCCTTGGTGAATGGTGTATGGATGCTGAATTCGATGCATTAGTTTTCTTGCTACAGCGTTCACCTAATTTGGAGAGGCTTTTTCTTGAACCTCAGTTGAACTTCAATACTAGGAAGGCATTGGAAAGTGGTGTTAAACCTACGGGAAGATCATTTACTTGTAAAGACCTGCAAATGGTGAAGATCAGATGCTCGAAGGACGATGCGAGAGTCCATATGCTGGCACATTTGTTCAGGGCTAATGGCATACCCTTTGATAAGATTTATGTCCATCGGTCTGGGAGCTCTCGTCTCCGCAGCGAGAAGGTGATGAGAGATCTAGCCAAGCAAGAACTGGAGTTCTGGGGGTCAGATGAGTTCTGGGGTTCAGATTATGAGTACTGTGGTCCAGATCCGGAGTTCGGGGATTCGGATTTGGAATTCTGA
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| Protein seq | MSLEETNPTVVEEEDGEPGSAEEDAVAYGEVQVFDEMPLNETDPAAAAEEEGEPGIAEEDAVASGEDRLSEMPDMVLHHVMSFLKAWEAARTCVLSRRWRHLWASAPCVDILLTSDRQPPPVNRRMRHHLASAPCPCADVLWTRDRNAPSDTRRFNVDVEKWISEAIKRKARVIQLEDHYGMFVVFAHQVFASNHLKILKLSYAELDDDVFRGFSSRCPSLEELELKKCVVSAREISSVTLKSLIMVECKFTMNLSVGAPNLVFLKCITPMKWVPVLKDSGSLVTGSIMIDDSLLIGDSKKRHEVDDFSSDYSYGGSSEDYFDDLSSDISDDYDYNYENDINSDADTYEYNEIVNEYKSEQYKDHDDGGDCSMGGKYHGSSSNNGFNDDKTLGGQNVLHSLSNARSLELLAHSGEVVLSRESRSCPTFSNLKTLSLGEWCISMVADFDILILFLQNSPNLEKLFLQLEMSYNIQKELEKGIKPKGGSFACKRLSMVKIRCTKDDLRVHMLAQLFNSNGLSLEKIFVRRSGSFRLRNSKLNRELNCPWRMSFESGNGGWRLLRTSSTRRRARSLFGGMLRRNAMLGPPRRGEGETSRRGEGGGGDGNGDGDAVDRLSALSDGVLHHIMSFLKAWEVVRTCVLSQRWRHTWASAPCIDLRVRYNDVNSEPPEELRDFVNRLFRRREASAPVDTLRLQSSDPDELFGNDDANAWIRTAIKRNARFIHLTGHRTEIGVLKHRALVSTHLKILKLSYVLIDDKILKQLSSGCKSLEELDLKDCVMTGHDISSASLKILKMDKCKINVDLSITAPNLVLLNLITPYIQVPSFKNLESLVSCSVILDDFFLGDAYEHSSDEDDIDETTDEDDIDDQKKTYKTGYGFGFPQKGYGLGGNKDDYGYGSDIESDDNTYEYSEIANEYGDQKYAQNSSTIVQGVGTSQQTKTISGGHNFVHGLSNARSLELLAGAGEVVLSRELKSCPTFSNLKTLSLGEWCMAAEFDTLIFLLQRSPNLQRLFLKLKLNFNTRKPLESGAKPMGRSFTCKDLQMVKIRCSKDDVRVHTLARLFRANGIPIEKFMRDLGKHELEFWGSDSEFCGPNSEFCVRRGGEGNLFDGMRRGKAALWRPRHGEGETSRRGGDGDGEAADRLSALPDGVLHHVMSFLKAWEVVRTCVLSRRWRNLWASAPCVDLRIRYFRLDSEPPEEPRDFVNRLFRRREASAPVDTLRLQLSDPDNLFDNDDANAWIRTAIKRNARFIHLTGHRKEIGVLKHRALVSTHLKILKLSYVLIDDKILKQLSSGCKSLEELDLKDCVMTGHQISSASLKTLKMDRCKINVDLSITAPNLVFLNIVTPYIRVPSFKNLESLVTCSIILDDLFLGDDYQHISDEDDIDETTDDDDFGYQKNDKAGYRINYAKKGFVFGGNEDGYGYGSDIESDDNTYEYSEIANECGELQYGNNGDGHNSSKDGEYDNAETFGGQNVIHSLSNVRSLELLAGAGEVVLSRELKSCPIFINLKTLSLGEWCMDAEFDALVFLLQRSPNLERLFLEPQLNFNTRKALESGVKPTGRSFTCKDLQMVKIRCSKDDARVHMLAHLFRANGIPFDKIYVHRSGSSRLRSEKVMRDLAKQELEFWGSDEFWGSDYEYCGPDPEFGDSDLEF
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|
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.043356 | 0.022288 | None |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_08g0197500 | RBH | 0.762720 | 0.197137 | 1.347716 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os08g09750 | RBH | 0.073382 | 0.0 | 0.000000 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os08g0197500 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_08g0006270 | RBH | 0.512044 | 2.466295 | 1.036616 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_08g0006250 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.091311 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_08g0006320 | RBH | 0.000000 | 0.0 | 0.000000 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_08g0006360 | RBH | 0.057520 | 0.073083 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_08g0006110 | RBH | 0.0 | 0.606739 | 0.0 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_08G0085800 | RBH | 0.5204065 | 0.445615 | 0.765506 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_08g0005970 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_08G0089000 | RBH | 2.7710255 | 3.24339 | 3.477557 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_08g0005940 | RBH | 0.000000 | 0.000000 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_08g0006030 | RBH | 0.0 | 0.000000 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_08g0005900 | RBH | 0.0 | 2.601303 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_08g0006160 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_08g0006030 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_08G005980 | RBH | 0.000000 | 0.692517 | 0.175324 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_08g0005870 | RBH | 0.198984 | 0.0 | 0.0 |
