Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| Os11g0518900 | OGI:11055410 | 16/16 | Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Chr11:18636476-18650782 | ||||||||
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|
|||||||
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| Os11g0518900 | Os11t0518900-02 | Chr11 | 18636501 | 18644868 | + | irgsp1_rep | ||
| CDS seq | TCCTCGCGGCTGAACAGTGGAGGGGCGCTGATCTCCATCTGGCGAGCGGAGCAGGGGAGGAGAGGGGATCCTGGAGAAAATGGTGATGATGAATTTTTAATGCTCGCCAGTTGCACAACCAAAAGAAATTCTCAAATGGACGTGGCTCCTGTTGAACAGGATCAGGGTCTAATGAAAATCAACAGCAGTGACTGCTCTGGCGATGGTGCAAGCTGTGAGAATGAAACTAATTACACTGATCATGGCAAACAGTCAAATGAGCTTGGTCATGCAAGAATATCGGTTACTGGTGGGGGTTATTTTCATCAGCTGCTTGCTGAGCATACCATTATCTCTGAAGCATTTCTTTCTGCAGCAACCTATTCATGGTTTGAGAAAGAGAAAGATTTGCTTTCCTCCCAGCTTAGTTCTTTGAAAAGAATTTGGTCACAACCTCAGTGGCAAGCTTGCCTAAAGCACTTATGCTGTCATGGTGAATTTAGGAGTGCTGTGCTGAAAATTATAAAAATATTTGAGGAAGAGCTTTCAAAGTGCAGAGAAGAGACCAATATGTTACATCAACCAGACCAAATAAGCCATTCAACTTTAATGTCCCTTGTTTCATTGATCATTCCTCCACTACTTAAGTTGATTCGATTTGTACATGCACTATGGATGGATGGAGCTGTACTTAGATTCCCAGAAGAACTTATAGAAGCTAGAAAGATGAAAAATGTTGATCAGATCTTGAGATTCCGAGGAGAAACACTGGAATTTCTAGATGTTTGGCCTGAAGAGTTGGAAGAGGGATTAGCACAATGGTTACAGCTAATCCGAGAGAGTGGGTACAACTTATTAGGTTTATGTGCAACTATCAAGGGCGCATTCTCAGAGCTGTTAGACAATTCATCAATCAACAATGCTATCATGGAAAACATAAGATCAATGGAAATTCGGCATCTAACCAAACTTATCGATCTTGTCATTGTTCCATTCATCAAGCATTGCCCTCATAATCTATGGGTAGAATGGATGTTGAAGCTCTTACTACCCTTATTTGACTACTGTGGAGACGTGCTTTACTACTCATGGTTCAGTCTTCTACATAATGGTCAGGCTAATGTTCCACTTTTCTTTGGTTATATTTGTGGATCAGAAGAAACTGTAAGCAAAATGGAAAATTACCTACTTCTTGACCTGACTCGTAAAGTATCCAAGTTGCTTGGGGCCTTAGCTTCGCAAGAACTGAATCAAGGTGTTTACCGTGCGGGTCTTGTCCTTGACATGAATAGTGCTTCTCACGATTTCAAGTGCACACCCTCTACCTCTTTAGTTGGATATATTTTACTCAATGATTGCTTTACAAGGTTAAGCATGAATCTCTTTGGATGTTGGGTGGATGGTGAAGCAGCAATAGATTCCATTCCCTTTTGTCATTCTTTGGTTCAAGTCGCGGTTGCTACAAACAATGAAAAGCTCAAGCGATTTATTAAAGATGATATGCTTCCTGCTATAATCCGACGCCTATATGATGATCTTCCATGTGCAGTTCAAAAGACCATCAGAAAGTTATCTCCCTTGATGAACTCAATCAATTGCAGGAAAGCCACCAAGGATCTCTTGGTTCTATGTCAGGAGATCTATAAAGTTTACATACGATGTCAGAATTTGGAAGGTGAAGACCAGGATACTGATAACATAGCATACTGGTTTGATGATTGGTTAACAAAGCAGAAGAAAGAACTTTGTGTAAAGGCATCCTATGCTATTCCTGATGAATTTCCAGCTACGCTGTGGAATTGGGAGTTTGAAGAAGAATTTCAAAGGTATCTTCCTACATATCTTGATGTGCTGCATGAAGTTGATACAATGGATTGTCAAGAGTGTTGTTGTTTGGATAGCGCCAAGATTTTTGAGAATCTGAGCCTGGAATTTCGATCCAGGCATGGTGTTAGGAGCCATACAGATCATGTTGTTTGGATGATATCAAATTTGTTACAACGGAAGATGCCTGGAGCATATTCAGAGCAACGTGCTGATCGAATTTCCAAATGGACTTGTGAACTTATTAAATCGAAGCCTTACATCAAGCTCTCTAATGGTTGGAACAATGCTATGAATCGATTGAAGGAAAACTTTGTGATAAATGTAGATACTAAACCGGATGCAATAGATGCAGTTAATATCTTCTACAATTCAATATTGCTTCTTTGGGAACCTCAGTTTCATCCTTTAATCAGGGAGGGTCAAATGGATGTTCTTGTAGAGATAGCTCATCAGTTAGCTTTTGCAGAAGAGAGAAAAAACTACGAGCCATTGGAACCAGATTCATTAGATTTCTTGGACCATTTGCAACCTTATGCAAAATTATACATCTATAGAAAGAAGACAGAATCTGGGGTATGTTCTCATTAG
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|||||||
| Protein seq | SSRLNSGGALISIWRAEQGRRGDPGENGDDEFLMLASCTTKRNSQMDVAPVEQDQGLMKINSSDCSGDGASCENETNYTDHGKQSNELGHARISVTGGGYFHQLLAEHTIISEAFLSAATYSWFEKEKDLLSSQLSSLKRIWSQPQWQACLKHLCCHGEFRSAVLKIIKIFEEELSKCREETNMLHQPDQISHSTLMSLVSLIIPPLLKLIRFVHALWMDGAVLRFPEELIEARKMKNVDQILRFRGETLEFLDVWPEELEEGLAQWLQLIRESGYNLLGLCATIKGAFSELLDNSSINNAIMENIRSMEIRHLTKLIDLVIVPFIKHCPHNLWVEWMLKLLLPLFDYCGDVLYYSWFSLLHNGQANVPLFFGYICGSEETVSKMENYLLLDLTRKVSKLLGALASQELNQGVYRAGLVLDMNSASHDFKCTPSTSLVGYILLNDCFTRLSMNLFGCWVDGEAAIDSIPFCHSLVQVAVATNNEKLKRFIKDDMLPAIIRRLYDDLPCAVQKTIRKLSPLMNSINCRKATKDLLVLCQEIYKVYIRCQNLEGEDQDTDNIAYWFDDWLTKQKKELCVKASYAIPDEFPATLWNWEFEEEFQRYLPTYLDVLHEVDTMDCQECCCLDSAKIFENLSLEFRSRHGVRSHTDHVVWMISNLLQRKMPGAYSEQRADRISKWTCELIKSKPYIKLSNGWNNAMNRLKENFVINVDTKPDAIDAVNIFYNSILLLWEPQFHPLIREGQMDVLVEIAHQLAFAEERKNYEPLEPDSLDFLDHLQPYAKLYIYRKKTESGVCSH
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|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | None | None | None |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_11g0518900 | RBH | 2.024530 | 2.290184 | 26.428812 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os11g31770 | RBH | 1.311175 | 1.475178 | 6.330320 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os11g0513500 | SBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_11g0015390 | RBH | 0.0 | 0.0 | 24.747896 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_11g0015350 | RBH | 0.701548 | 0.000000 | 12.453416 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_11g0015300 | RBH | 3.795045 | 11.314961 | 45.147289 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_11g0014900 | RBH | 1.078193 | 0.742818 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_11g0015400 | RBH | 0.319548 | 0.0 | 38.799515 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_11G0293300 | RBH | 2.8673305 | 3.7494975 | 22.2278025 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_11g0015620 | RBH | 0.0 | 0.000000 | 2.570158 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_11G0304200 | RBH | 0.7049915 | 2.8571255 | 39.204374 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_11g0015490 | RBH | 0.025784 | 0.0 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_11g0015520 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_11g0015170 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_11g0014990 | RBH | 0.0 | 0.0 | 1.966592 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_11g0015280 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_11G015110 | RBH | 0.030245 | 0.0 | 5.194794 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_11g0015430 | RBH | 0.145158 | 0.0 | 15.346690 |
