Rice Gene Index (RGI): a comprehensive pan-genome database for comparative and functional genomics of Asian rice.

Basic Info

Gene ID		OGI # \| Score			Accession \| Assembly \| Annotation			Location		Links
OsZS97_10G0035800		OGI:10005900 \| 16/16			Zhenshan 97 \| ZS97RS3 \| HZAU			Chr10:2200285-2232892		Homologues MicroCollinearity RGI-JBrowse
Gene Symbol		Os_F0742, OsFbox518, Os_F0218, OsFbox519
DNA seq		TCAGCAAACTGATCTTACCGACTCCAGACTCGACATCGGCGGCTTCTTCCTCACAGCCTCCACCACCTCTACCATCGCCGCCACCTCGTACAACCCAGCGTCAGGTATCTCATCATGATCCTCAATTGGATGTTTCGCATACGGCTGACTTGGGGCATCACCACTGGACTACTAAAATGGATTTTTCCTATGTTTGATGGTATTGGGGTTCGTATGTGGATTGATAATTGTAAGACGTATTTCTCCTTCTATTAAATCACTTAGGGTTTTATGGTCTCTGCGGCTGCACTAAATTTAATTGGGTAAGCTGCTAATTGGTACCAGGCGTGGAAACTTGAGGTGGGGTGGCATGAATTTGATGTGTATTTGCGCAGTGTTAAGATGGATGAATTGTTGTTGTTGACCCAAACTGGTACTGTGAATGAATACCGCTCTAAATTCAATGAGTTGGTCTATCAAATTCGACTCGACTGTATGATCCCCTGCTTTGTGGTTTAGTTCTAATTAATCACTTTATTTTGGGTCTGAAAGATGAATTGCTTTCGTTTGTCCAAGCTGATCAGCCTACTTCTGTTACTCAAGCTTATTTGTGGCTATATATACATGCACAAAATCACACTCTCCTCACATCAAATCAGCAAGATCGTAGCACACTTTGCCAAACGATGAATTTTTTTTTTATAATATGAAACGGAGAAACGGAGGAAGTATGATCTTATGAAAACACTTTGCTAAACGATGAATTTTTTTCAACGGTTTTTGCTAGAAATTCGGCTACACAATTTGTGTTGGATTTCCTCGTCACTGGTCATTCTGGGGAGTAGTTTATAAATGGCAAGAAACTCTGTTCTACAAGGAACAGATCTGGAATTGCCTGGTTGTACTACTTCTCTAAGCTCATTGCGAGATTATTGCCAGGAAGGCCTGACGTGCAAGTATATATGCAGTTTTTACCTTTCTTTTAGGCTTTAGATGTATACTTAAACTTCTATTAATATATAACGCCAATCGATATTAATCTAACAGCTATCAATCTGTTTGGCCGTTCGAATCAGTTGTTAATACAAACACAAATAGAACACTATAACATGGGATTATATTAGGAGAGAGACAAATACAATACGTTTCACCGGAGACCAGCCAAGTTGAGAAAGCAGTGGCAGGCTGTATCAGGAGACGCCATAGCCATACAGTATTTTTCTTGGAGCATCATTATTGCTACAAATCATCATGTGATCGCAGCAAACAAGTACAATACCATTGACCTTACATGCAAGGCAAGATGCAATTGTTTCTACTCACCTTCACGTCATAGCAGAAAGCACCAAACAAGATCACTGAACACTCTACTGTAACCAGCAGATGTAGCCGACAGGCGAAAGAGAGTGATTTTCTTCAATGGGATGGCAAACTAATTCGTGATCCTTTGCCATTTCATATCGACCGAATAAATGCCGGTAGGTCATTCGCGTACGGGCTCCAGTGTTTGATATGAAACTGAACAGAGGTCATGCCACTGCTAACAAAGAAATCTTGCACAGTGATGAGCTGGGGATCATTCTCCGAGCATATCACTTCAACAGTATTAAGGTGCTCGCATGTAAACGATATTTCCGTAAGCTCGCCAATGATTCTTCGACTTATTCTCATATTACTCTACAGCAACAAAAACAGGTGATCTATATCCCGATGTGAAAACTCTTGTGTAAAAAGCAATCAAGTAGGATCAGTGCACATTTGGACGAAAGCATTTACCTTTTCGAGTTTCAGAGTTAGCTTCTCTAGTCTAGGTGAGTTCTGAAGGAAGACAATTAGAGCATAGAAGTTTGAATCCAGGCACCATTGACCAAGAGTCAGGTTGACAACATTGAGGAATTCCGGGCACCATTGCAAATGGTTTTCGATTGTCAACTTCGAAAGATTCAAATGATTATAATCAGAAAATATGGCAACTAAATTGAGAGCACTAACAATATGTGATAAAGAATTCTATTTGGAGTGCATGTATAATAGCTTCAACTTTAGGATAACGGATGGTAAAAGACCACAGGAGAAACTGAAATTATGTCAACAAAAGACCAGACTAAACAATATTATACATGTTCATATTTTCAATGCGAGTCTCAGGCATGTTAACTTACTGCTAGGATACTTTCCATGCAAGTCATGTAACAAAAACTAGTAAAAAGAACAGTACAAATATTTCATGATGAAGCACTAGAAGTGAGATTTTCAACTAATCCTGAAGCACTTTCTGTTTGCATATTGCCTTCGAATGTCTCTTAATTTTCAAATTTATGTAGTATAAATGCATAATGTCTGTGCGTTGCATCATATCCCAATTCAACATACTGTCTAAAATATAAAATGCAATAAATAATTAATCCGGAAACCAACGATTTCATGCATGATTACACAATACCAAATGGCCGCATATGCAATTGCAATATTGTTTTCTATAAATATCTTAGAAATAAAATGCATACATGTCTGCAGCCAAGAAAAATCTGGACTAGGGTTGGGTTTAGAACCTACAATCACCAGCTCACCGCTAACCCCCTCTTTCAAAAAGTAAGGTAAGATGTGAACTGATGTCAACTAAAATAATCAGTCAGATGTCAAACAAGATGCACATTTGGTTGGCAGCCCTGATATTGCATCCAGACTAGAACATTCTAGTCCTCACATGAGAAATGATCCAGTTTCATTTTGAGATAAAACTACCAACAAAGAAACAGCAGGATAAGTGTTCAACGGATTGATTTGTGTACAAAAAATGGCTGGAGTGGATGAACTATATTGCATTGAGTGGTTGATAACATCAGTGGTCATCGTATCAACACATCATGATTTCACAACAAAATGATCACTTGAATCATGGGTGTGTTTGGATAATGGGAAATGAAGGGTGGGATTGGGATTAGGAAATGAATAAAGGGTTAGGATTAAATGGAAGAGGGAGAATAAATGGTTAGGATTTAAAGATACCTTTTGATAGTTGGGAAATCATTTCCCTATCCCATTATCCAAACAATGCCCATAAGTTTTGCAGGTACAGGTAATTAAACAATTGCAATTATGAAGTAGCAAGAAGAAACAACACCATGCTTAACTTTAAGTTTTTCAAATTGACACCTAAATAAAGATGCATACTATGTAATAGAAATATGCATACCTTTGAACCCTGATAGTTGAACTCTAAATTTGTAACACCGGAAAGGCTCTAGAGATACTGGCCGAGATCATTAGCATCAAAACGAAATCTAAAACTAGACATTGTAACTGATACTGATACTGATGCAGTCACTAGTGATGCCGTGTCCTTTAGTATAGGTGTGAAACCCTCGGGAGTAGATATGGTCAGAGAAGTAACACTTGGAAGAGAAATAGATGTCTTGTTCAGCAAGGTGAATTCAACAGTGTCCATCGGCATGTAGAAAAAAACACTATCGAAGGTCAAAACCTTCAGTGTATGGGAGGAGATTTCGTCATCGTGAACGCCGCATTGATGTAAGAAGAGATCTTCCAATGCTGGACAGCCAGCTTCAAGTTGTGCGAAGAAACCCTTGCATAAAACAATACCAGAGAACGCAATTCTTCTCAGGTAGCAAGAAGTAAACACCGAGTGGTCCAGCTCAAATAAGCAGCAGAACACGACAACCTCTAAAACCCGGGCCTGCTTCTGCAAAGCGTGGCTAATCCACCCGTAGGCATCTTCATTGGAATACGTGTTTCCTTCTGGTCTGGTGGTGTACCTAAGCCAGAAGGTGTCTGTCATGGCGGTGGGATCGCGGAGCTCCAGCAGACGGTTAACAAACCTTTTGAACGCCAGCACGTCATCATAGTCCTCGTCGTCCCCTTAGTAAAAGACGAGATCAAACTCATCGAAGTCAGCGTTGATGCAAGGCACGGTACGCCAGAGGTTGCGCCACCGCCGCGACAGCACACAGGTTCGCACGGCCTGGCGCGCGTCTAGGAAGGACATGATGTGGTGGAGGACCTCCTCGGGGAGGTCACCGAGCCAGTCCCTGCCGGCGTCGTCCTCCACTGGGGGCAGAGCGCGCGGTGGCATTTCGTCGAACAGCTGGTGCGCGTGCTGGTGGGGGAAGCTGCACAGTAACGGAACAGTAAACCATGAATCCCCAGCTCTCAACTCCAAGCAAGATTCAAGATCTTAGCGCAAGAAACGATGCTACATTGAGCGGCAATACAGCATTGTTTGGTGAAGAACATCCATCCAGAGAGGAATGGTGATTCAAGAAAGATTGGGTGAAGCCATTACCTCCAAATGGAGTGAGCGAGGTATGCTTCCTTTCGCCCCGGACGGGACGGCGGCTAACGAGTCAGGCCGGCCACCGGCAAGCGGACCCGGTGCTCCTCGCGCTCGCGTCTGAAGAGCGCCACCATGGAACTATGGAAGGGGAAGGGGGGAGATTGGGAGGAGGCCTCCCGCTCTCAAACTGTCCGTGACAAGGAGTAATACGCGAGATCTCGCGCGTTTTCAGTTTTCCGCTTCTCTCGTAACTCGCGCATCCGCGCTGCTACAGTAACTCGCGCGCACGGCGCCATGCCACACGCAGACGCGCCCCTCCCCTCGCTTAGCGCTAAACGCGATTAGATTAGCATAAGCGTGATTATTTATAGCAAAATAACGAACAGACTGGTTGAATTAAAATTTTAAAAGATGAACTGAGAGTTTTAAATTTGGACTTGAAAGTTTAAAAAAATGGATATGGTTTTTTAAAATTTTGAGTTGAAAGTTTTCAAATTTGATTTGAAAGTTTTGAATTTTTAACTTTAAAGTTTTCAAATTAGATTTGAAAGTTTTCAAATTTTGATTTGCAAGTTTTCAATTTTGAGTTGAATTTTTTCAAATCTTAAATTGAAATTTTCAAATCTTAGTCGAAAGTTTTCAAATCTTGATCGAAATTTTCAAATTTTCAGTTGAAAATTTCTAAATTTGAGTTAGAACTTTTCAATTTTATGTTAGAAGTT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Function		MEIOTIC F-BOX protein MOF [UniProtKB/Swiss-Prot:Q7X7A4]

Transcripts

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OsZS97_10G0035800	OsZS97_10T0035800.1	Chr10	2200285	2232892	-	makerRMon
CDS 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Event Type

Chromosome

Start

End

Strand

Alternative mRNAs

Total mRNAs

Source

Expression

	Leaf	Root	Panicle
FPKM	0.4959275	2.2774665	3.426845

Homologues

Genome & Annotation	Homologs	Type	Expression(FPKM)
Genome & Annotation	Homologs	Type	Leaf	Root	Panicle
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Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| MSU	LOC_Os10g03930	RBH	0.0	0.000000	0.0
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| RAP-db	Os10g0127000	SBH	None	None	None
Azucena \| AzucenaRS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsAzu_10g0001410	SBH	0.000000	0.0	0.123771
KETAN NANGKA \| Os128077RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKeNa_10g0001400	RBH	0.0	0.0	0.081160
CHAO MEO \| Os132278RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsCMeo_10g0001410	RBH	0.044360	0.0	0.986793
ARC 10497 \| Os117425RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsARC_10g0001320	RBH	0.000000	0.011466	None
PR 106 \| Os127742RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsPr106_10g0001330	RBH	0.667964	0.789467	0.839396
Minghui 63 \| MH63RS3 \| HZAU	OsMH63_10G0031800	SBH	0.394214	1.1757945	0.7663015
IR 64 \| OsIR64RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsIR64_10g0001460	RBH	0.000000	0.0	4.992036
Zhenshan 97 \| ZS97RS3 \| HZAU	OsZS97_10G0034200	SBH	2.079148	2.0945665	7.0703795
LIMA \| Os127564RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLima_10g0001350	RBH	0.000000	0.000000	None
KHAO YAI GUANG \| Os127518RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKYG_10g0001450	RBH	0.000000	0.0	None
GOBOL SAIL \| Os132424RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsGoSa_10g0001450	RBH	0.0	0.0	None
LIU XU \| Os125827RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLiXu_10g0001290	SBH	0.0	0.0	0.000000
LARHA MUGAD \| Os125619RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLaMu_10g0001400	RBH	0.000000	2.183259	None
N22 \| OsN22RS2 \| Gramene(+IsoSeq)	OsN22_10G001420	RBH	0.0	0.316245	0.604621
NATEL BORO \| Os127652RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNaBo_10g0001280	SBH	0.108976	0.000000	0.000000

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