Rice Gene Index (RGI): a comprehensive pan-genome database for comparative and functional genomics of Asian rice.

Basic Info

Gene ID		OGI # \| Score			Accession \| Assembly \| Annotation			Location		Links
OsPr106_02g0004340		OGI:02009420 \| 16/16			PR 106 \| Os127742RS1 \| Gramene(+IsoSeq)			Chr02:3045867-3057429		Homologues MicroCollinearity RGI-JBrowse
Gene Symbol		-
DNA seq		atgggaaatttgctgctgcttctgctgcatggaaactgggaaggtctcatggtggatttttttttcttctcagaatgggtacagtttggatagatcactatgcagtagtattatattgagtaaagatactttagaggtgaataatagccacagcctgcaatgcccatttgctaccgatggttagtttcagaagaactttgctaccgatggtccttgttcattgattgcgcagaaagtaataccgatgactatgttatcccgtgcctgtccaattgttgcattggttcagacaactgtgacgaccgctgtttcaagcttgacaattgacaaaactatgaaaaatcctggtcgcctcctgctgtcatctttgcctgtcttcagccgccaacactgcagcaatatcagctaagttcttctctttgtttgtttccattttttcccctcgctttgattgatggtgtaaaattgaaggtgctagcaacaaattttggtacctcacaccccatcagcaactaagttgcttgaccatttctttgttgctgctgctctttgctcgaccttcctggccaaagaaaagctattttcttttgcaaccattcttagttaaatccttgtcacattgacatttttacatcatcctgatgacttctcttggctcttgcagcttcagatgatagacgtgcttgcttgccaccaaaaaggagaaatgcaagcatatgtttcatgaaacagcctgagctcaattgaccaaaggctgaagcaacatgctaggggaaaaaaacagttgttatgttttttatccattcagttaaaacttataagtagtaagcacaagagaggcagcaaggccagcaaaattcagatgactactcagatgcagcatgaaagtggagtacatatcctgacctggaacatatggacaggatatcaggatcttaaactgccttcatgatccagtccattttgactgtgcgcaagagccctttcttggctagctgcttctcccaattgatttttgagtgtcccaacatgcactgttttacaacgatctacgttgagcaatgaatgttttacaaataagttcacatcggaatatactttgttcctattattattgcttattactctctttgttttatattagagtaaatttcatcttgaaccacctatattgaccaatgtggcataatgggctagggctaagtttctcttttcacttaacaccacctaattttacaatctttttcaagttggaccaagtttacggcatgggctgcgtttcggcctaatccacgcgagcagctggtgtttgctcatggtggcagtggtgcgcgataccaggagcgtgcgcgacgcgttggtgtggtcatcggcgagggcgagcatgtcgtcgtccagtggacacggactctgtggtgataacgctcggccctgtcgcgctcaaaacaatactacggcacatctgattacgttgacaggatctgagaccataccagaactatcccattcagatcatgcatgtgaatcaagatccgatcttctctttaattttcttgtgaaaattcgacatgtttccggttaccaaccgaggaacacggattaattactctagttttttcgaagagcagcagaggaatattgattacccccacaaaacccaaatctcataggaattactgaatgcattgctttgtttcactctcccaagccccagggtcaaaactttcctccatggattgctccatgatcgaatcgcagatgcatatacctgtctacctcataaacccaacaagcatcctagcaacgaggcagccgacgaccccagtgattccatcctcgggaagccatcgatcgaggtggcatgggcgtccaccaggcagaggccctttggcctgacgctggcgacacggttggatgacgagacttgctccaccttggcgccggtggacggtggacacggtggcgtttgtgtttcgattgttgagttcacgccgctgcacagcagccgtgtgtgaacagagacttttttgggttgggaaggaagtactcgtaccagagagggaggcagaaccgccgtcgagggagccctcgccggagccccgagacggggactgccgaccgctggtaaacgcacctatttgcgtgggccgaagcccagcctagtgggccaatcagtaaacctggttcaacttgcaaaggatggtaaaaataggtggtgtaaagtgaaaaaagtgacccacccctatcccaatgtgcaacttaggtcaatataagtggtctaaagtgaaatttactctttatattatataagacactttgacttttttttcttaaactatttaaaatttgactaaatttatagaaacacaacaacatttttaacaccaaacaaatatggtataaaaatataccaaaaactaattggtgttataagagtagttatatttatatacctctataattttgatttagaaaaaaaataaaatgcttataatatgaagagggtgtagtgcttaggttccagaatccagctaggaactggagcaggtaccgaggcatcagcacaagaaatatggatagtttgtggctgctggactgctggtgctggatgaataattatttttcccctggaaaaggacattggtttggtcacatccatgtgattttttttttcaaaattgtactttactgcgtttaattttttttgggcgaaaactaacacggttgatatggattgtttttttttctctcttcaaaacagtactttattgcgcttgatttttttttggcaaaaactaacacggttaatatgatatggagtgcttgcggtggaatggaatgaccatggcgccacgctgggtgcagttgccatatttgttcgtagcggcttaaaagttaacgctaaaaaaactacattaaaaatatattaaaatgctttgcaaaaaaagattaaaattaagtttaaaattcaaatttaagattttgctttaacttattaggccaatgaggtgcgggctcaccggccgccggcgaagacaagagagtgctccacgagttcacggtaggacgatttacgtgcggcccatttttgttgggccgtaactggattgtaactagaatgcggcccataatagttggtccaggacgggatttcgattacgtgaggcccaaatatgggattagttgagtagggcaagggcccaagacttggcccaattgccacaggcaccgtctcgtcgtctccgtggcgacagcgccgccgctgctctgtcgccggcggccagcgcaaccgccgcctcttcggctcgccggcggcgcgcggggactcgaggaaggcctctgcgtcgccgtcactactacccatagctcgagtatgcaacgcgtggccatctccatctgctctctattactactattttcttagcgtgaatctgaaaattgaagcgatatagttgcagacgatggggattctcaaactatacatactagttctgatagagacaaatttgcacatgattttcacgaatttgagtagtgaccatcattcagaatgctcaatctgcacacctgagttgtggcagctagattcttgtcttcaactctgttcatagagttggaaaattaatatgccttgaagagatcttagcctttttagtaccatctgatctaatagcacaccataagcaaagaacaggccaaatgtgatgccaaagataaccttgtcaccgaattgatctgtggatgaagtagggctaggaagtgctcttgctgaattacagtggtgactgagcataccaccacatagctttggattaccagtgaagcttgagttgtcaaatgtatcaaactggcctccagttggaatagccccttccaggtcgttgttgtaaacattgaatgcagaaaggaagtttagcttgttcagttctaaagggattgtgcctgttagattgttgttagacaagtctagcatgaccagcttggtgaggttgcagattgcttgtggggtctccccagagaagctattgaagctcaagttgagcatatcgagtgccttcagctgactaatctctggcgggatcgcacctgtaaaaccatttttggctatgtttattgttgtgtggatatattggtattgtcggtttttgatgaatggaatgccgtaaaatctcatgtttgggacacttacatccagattggttctcttgtctgacttcagcattggaatctgcgttaatattgttggaaattcacctgtaaggttgttattggatatgtctagatagaagaggaagttgaggctgttgatccaggcaggcactgatccgcttaattgattattggataactgcagcaccttcaattttgtgagctttgatagccaaagagaaatttttccatgtaaagaagaaccacttatttctaggtactgaagattttcaaaaccatccattgtttcatctgctagcaatgtctcatggttgaagttccctccaagaagtagagtttttaagttgctaaagctcttgaggatgtaaagtgccttcgtgatattcgtaaaatcattccaaccaactgacaggcaggaaagagacctcagtctgtccattctgtgtgagaactcaccatggaatttgttccacgaaagtctcagtgcaatcaaatttgtgcaatcataaatgctttctggaattgtaccattgaagttgttcacgagaagatcaattatcattagattagataggctggaaaagttgatcttgccaaggtctccactgaggtagttgatcttgaggtcgaggattttgagatttgtgcagttgcctaaagttgatggcagctccccatacaagtagttctcacccaaatggagctccttcaatctcttgagctgacctatggacttgggtatgtttccactgaatatattctgttggagatcaaggatagacaatttgctgagctttataatgttggcatcatcaagtactccat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cccatgtttttcttaatttcgaattttagttgtttgtaaattgtatttttatacggactctaaactctacatttgattttattatgtttatttcggattttagttagttttaaattcctatatgcactctatactctacttataatattttttaattccaaatttctttttttttattaattgtatttctatgtggactctatactatacttttaatattccttatttttaattccgaatttctattattgtatttctatatgaactctatactctacttctaatattccttatttttaattccgattttcagttctttcctaattgtatttctatatggactctagtctcctcttgtaatattttttattttttaattccgaatttcaattatttctaaattgtatttctatatagattctagtctcctcttctaatattccttattttttaattccgaattttagctatttctaaattgtatttctatatggactctactttttctttttctccgattaatgggagaacttttaggtcatgagagcgaacgtggaggctcctttttattccgaattttagttagttttaaattcctatacgaactctatactctacttctaatattccttatttttaatttttaattccaaatttcagttatttcctaattgtatttctatatggactctagtcacctcttctaatattccttattttttaattctgaatttctatttttttcttaattgtatttctatatgactctatactctacttctaatatttcttatttttaattctgaatttctattattttctaattgtatttctatatggactctatgctctacttctaatattccttatttttaattccgaattttagttctttcctaattgtatttctatatggactctagtctcctcttctaatattccttattttttaattccgaatttcaactatttctaaattgtatttctatatggactctagtctccttttctaatattccttattttttaattctgaatttcagctatttctaaattgtatttctatatggacactgctttttctttttctccgattaatgtgagaatttataggccttgagagcgaacgtggaggctcctttttctattcctttaataatataatagattggtcgaccgaacctttcggccgacccggcaaaaaagttttgagactagtacagttgcctagagctaagggcaactccccagacatgctggtgtagtccaaatggagctcttctaatctcttaagctgacctatggaacctggaatgtcgccgatgaagttgttccatccaaaatcaaggattaccgtattaaggagtttgatacaagtttttccctctatgcacgaatctcaacattttttctttttttttttgccagggcagccgaaggaagggccgtccaattttattcagatttgggagatggttacacgaatctcaacattgatccgatggtccacgaagcgaaagtttcttggagaaaaatctgtcgacaatagcaaatctgttctcaaatag More
CDS seq		atgctgctcgatgacaccaacccctccaatggaagttcaccagacagcgaattgtgtgaaagattgagctgcagcaggccggtgaggctgccaagagacggtgagatctgcccttcaagggccttagaagcgagcaaaatatcagcgatcctcatgtctgcattacaggtgatgccttcccatgtgcagcaatttgtgccgttccgccatgatgcggagaggccaccgtctcctgagaggccagcaaggaactggaggaggacactcttctcctggtctatgcaggagtcggtggaagaagctaaacacagcaccgtcagcagagcaaacccaagtaaatctgtgggtaatttgctgctgattctgctgcatggaaagtggaaaggcctcatgtgctcagccctggttgatgctggagctggaggccaggacacaggtccagcgcccgtgatcctgccttgcagagcccttggaaaattgcagcgatcaaagttgaaaagtttcggtggaatatgccctgaagagctgttgaagctcaagaagagcactgtgagtgatttcagctggccgacctctgaaggaattgcaccagtaagcttattgtttccaagatttagcattgcagggagagcattggtcataccatatctgacctatggaacctggaatgtcgccgatgaagttgttccatccaaaatcaaggattaccgtattaaggagtttgatacaaggcagccgaaggaagggccgtccaattttattcagatttgggagatggttacacgaatctcaacattgatccgatggtccacgaagcgaaagtttcttggagaaaaatctgtcgacaatagcaaatctgttctcaaatag More
Protein seq		MLLDDTNPSNGSSPDSELCERLSCSRPVRLPRDGEICPSRALEASKISAILMSALQVMPSHVQQFVPFRHDAERPPSPERPARNWRRTLFSWSMQESVEEAKHSTVSRANPSKSVGNLLLILLHGKWKGLMCSALVDAGAGGQDTGPAPVILPCRALGKLQRSKLKSFGGICPEELLKLKKSTVSDFSWPTSEGIAPVSLLFPRFSIAGRALVIPYLTYGTWNVADEVVPSKIKDYRIKEFDTRQPKEGPSNFIQIWEMVTRISTLIRWSTKRKFLGEKSVDNSKSVLK
Function		-

Transcripts

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OsPr106_02g0004340	OsPr106_02g0004340.01	Chr02	3045867	3057429	+	NAM
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Protein seq	MGNLLLLLLHGNWEGTVSSSPWRQRRRCSVAGGQRNRRLFGSPAARGDSRKASASPSLLPIARCSALVDAGAGGQDTGPAPVILPCRALGKLQRSKLKSFGGICPEELLKLKKSTVSDFSWPTSEGIAPVSLLFPRFSIAGRALVIPYLTYGTWNVADEVVPSKIKDYRIKEFDTRQPKEGPSNFIQIWEMVTRISTLIRWSTKRKFLGEKSVDNSKSVLK More

Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
OsPr106_02g0004340	OsPr106_02g0004340.05	Chr02	3050734	3051013	+	NAM
CDS seq	atggagctccttcaatctcttgagctgacctatggacttggtactccatttagatcattgtttgggaaagaaaggtgctccaatgatgaagcattgaatagttcatctgggagtggacccttgaagttgttgcggccacccttgagcactctaagcatggagcagttgcctatgtctgagggtatgctgccaccaaattga More
Protein seq	MELLQSLELTYGLGTPFRSLFGKERCSNDEALNSSSGSGPLKLLRPPLSTLSMEQLPMSEGMLPPN

Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
OsPr106_02g0004340	OsPr106_02g0004340.03	Chr02	3049081	3057429	+	NAM
CDS seq	atgctgctcgatgacaccaacccctccaatggaagttcaccagacagcgaattgtgtgaaagattgagctgcagcaggccggtgaggctgccaagagacggtgagatctgcccttcaagggccttagaagcgagcaaaatatcagcgatcctcatgtctgcattacaggtgatgccttcccatgtgcagcaatttgtgccgttccgccatgatgcggagaggccaccgtctcctgagaggccagcaaggaactggaggaggacactcttctcctggtctatgcaggagtcggtggaagaagctaaacacagcaccgtcagcagagcaaacccaagtaaatctgtgggtaatttgctgctgattctgctgcatggaaagtggaaaggcctcatgccctggttgatgctggagctggaggccaggacacaggtccagcgcccgttgaaaagtttcggtggaatatgccctgaagagctgttgaagctcaagaagagcactgtgagtgatttcagctggccgacctctgaaggaattgcaccagtaagcttattgtttccaagatttagcattgcagggagagcattggtcataccatatctgacctatggaacctggaatgtcgccgatgaagttgttccatccaaaatcaaggattaccgtattaaggagtttgatacaaggcagccgaaggaagggccgtccaattttattcagatttgggagatggttacacgaatctcaacattgatccgatggtccacgaagcgaaagtttcttggagaaaaatctgtcgacaatagcaaatctgttctcaaatag More
Protein seq	MLLDDTNPSNGSSPDSELCERLSCSRPVRLPRDGEICPSRALEASKISAILMSALQVMPSHVQQFVPFRHDAERPPSPERPARNWRRTLFSWSMQESVEEAKHSTVSRANPSKSVGNLLLILLHGKWKGLMPWLMLELEARTQVQRPLKSFGGICPEELLKLKKSTVSDFSWPTSEGIAPVSLLFPRFSIAGRALVIPYLTYGTWNVADEVVPSKIKDYRIKEFDTRQPKEGPSNFIQIWEMVTRISTLIRWSTKRKFLGEKSVDNSKSVLK More

Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
OsPr106_02g0004340	OsPr106_02g0004340.04	Chr02	3049081	3057429	+	NAM
CDS seq	atgctgctcgatgacaccaacccctccaatggaagttcaccagacagcgaattgtgtgaaagattgagctgcagcaggccggtgaggctgccaagagacggtgagatctgcccttcaagggccttagaagcgagcaaaatatcagcgatcctcatgtctgcattacaggtgatgccttcccatgtgcagcaatttgtgccgttccgccatgatgcggagaggccaccgtctcctgagaggccagcaaggaactggaggaggacactcttctcctggtctatgcaggagtcggtggaagaagctaaacacagcaccgtcagcagagcaaacccaagtaaatctgtgggtaatttgctgctgattctgctgcatggaaagtggaaaggcctcatgtgctcagccctggttgatgctggagctggaggccaggacacaggtccagcgcccgtgatcctgccttgcagagcccttggaaaattgcagcgatcaaagttgaaaagtttcggtggaatatgccctgaagagctgttgaagctcaagaagagcactgtgagtgatttcagctggccgacctctgaaggaattgcaccagtaagcttattgtttccaagatttagcattgcagggagagcattggtcataccatatctgacctatggaacctggaatgtcgccgatgaagttgttccatccaaaatcaaggattaccgtattaaggagtttgatacaaggcagccgaaggaagggccgtccaattttattcagatttgggagatggttacacgaatctcaacattgatccgatggtccacgaagcgaaagtttcttggagaaaaatctgtcgacaatagcaaatctgttctcaaatag More
Protein seq	MLLDDTNPSNGSSPDSELCERLSCSRPVRLPRDGEICPSRALEASKISAILMSALQVMPSHVQQFVPFRHDAERPPSPERPARNWRRTLFSWSMQESVEEAKHSTVSRANPSKSVGNLLLILLHGKWKGLMCSALVDAGAGGQDTGPAPVILPCRALGKLQRSKLKSFGGICPEELLKLKKSTVSDFSWPTSEGIAPVSLLFPRFSIAGRALVIPYLTYGTWNVADEVVPSKIKDYRIKEFDTRQPKEGPSNFIQIWEMVTRISTLIRWSTKRKFLGEKSVDNSKSVLK More

Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
OsPr106_02g0004340	OsPr106_02g0004340.02	Chr02	3045867	3050694	+	NAM
CDS seq	atgggaaatttgctgctgcttctgctgcatggaaactgggaaggcaccgtctcgtcgtctccgtggcgacagcgccgccgctgctctgtcgccggcggccagcgcaaccgccgcctcttcggctcgccggcggcgcgcggggactcgaggaaggcctctgcgtcgccgtcactactacccatagctcgacatgaccagcttggtgaggttgcagattgcttgtggggtctccccagagaagctattgaagctcaagttgagcatatcgagtgccttcagctgactaatctctggcgggatcgcacctgtaaaaccatttttggctatgctggaaaagttgatcttgccaaggtctccactgaggtagttgatcttgaggtcgaggattttgagatttgtgcagttgcctaa More
Protein seq	MGNLLLLLLHGNWEGTVSSSPWRQRRRCSVAGGQRNRRLFGSPAARGDSRKASASPSLLPIARHDQLGEVADCLWGLPREAIEAQVEHIECLQLTNLWRDRTCKTIFGYAGKVDLAKVSTEVVDLEVEDFEICAVA

Event Type	Chromosome	Start	End	Strand	Alternative mRNAs	Total mRNAs	Source
A3	Chr02	3051658	3052326	+	OsPr106_02g0004340.04	OsPr106_02g0004340.03,OsPr106_02g0004340.04	All
A5	Chr02	3049237	3052319	+	OsPr106_02g0004340.04	OsPr106_02g0004340.01,OsPr106_02g0004340.04	All

Expression

	Leaf	Root	Panicle
FPKM	1.665661	0.000000	0.055152

Homologues

Genome & Annotation	Homologs	Type	Expression(FPKM)
Genome & Annotation	Homologs	Type	Leaf	Root	Panicle
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNip_02g0156700	RBH	0.492722	0.000000	0.000000
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| MSU	NA	NA	NA	NA	NA
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| RAP-db	Os02g0156700	RBH	None	None	None
Azucena \| AzucenaRS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsAzu_02g0004370	RBH	0.206708	0.439847	0.211199
KETAN NANGKA \| Os128077RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKeNa_02g0004570	RBH	0.096933	0.000000	0.403800
CHAO MEO \| Os132278RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsCMeo_02g0004400	RBH	0.061376	0.000000	0.000000
ARC 10497 \| Os117425RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsARC_02g0004300	RBH	0.046390	0.000000	None
PR 106 \| Os127742RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsPr106_02g0004330	RBH	0.000000	0.000000	0.000000
Minghui 63 \| MH63RS3 \| HZAU	OsMH63_02G0053000	RBH	1.2185155	0.6556885	0.2696535
IR 64 \| OsIR64RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsIR64_02g0004330	RBH	0.009666	0.0	0.000000
Zhenshan 97 \| ZS97RS3 \| HZAU	OsZS97_02G0055400	RBH	0.7668005	0.463171	2.2909955
LIMA \| Os127564RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLima_02g0004570	SBH	0.000000	0.000000	None
KHAO YAI GUANG \| Os127518RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKYG_02g0004270	RBH	0.000000	0.000000	None
GOBOL SAIL \| Os132424RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsGoSa_02g0004600	RBH	0.000000	0.000000	None
LIU XU \| Os125827RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLiXu_02g0004520	SBH	0.000000	0.000000	0.000000
LARHA MUGAD \| Os125619RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLaMu_02g0004270	SBH	0.000000	0.000000	None
N22 \| OsN22RS2 \| Gramene(+IsoSeq)	OsN22_02G004320	SBH	0.000000	0.000000	0.000000
NATEL BORO \| Os127652RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNaBo_02g0004270	SBH	0.000000	0.000000	0.000000

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