Rice Gene Index (RGI): a comprehensive pan-genome database for comparative and functional genomics of Asian rice.

Basic Info

Gene ID		OGI # \| Score			Accession \| Assembly \| Annotation			Location		Links
OsPr106_02g0004100		OGI:02009420 \| 16/16			PR 106 \| Os127742RS1 \| Gramene(+IsoSeq)			Chr02:2896483-2905925		Homologues MicroCollinearity RGI-JBrowse
Gene Symbol		-
DNA seq		atgccggcggcggcggcggcggagccgtttgattcccccagaagtttgtgcgggggaggcggcatccagctctccactcccagggtcagttgtttcatccgcgcttttttttttcccttctgcttgttgctcttcacaccacagtgatctgctgagccgggaggggtaggaggagtagattggctgttgctcgggacccgcggcgtgggatggattgcgacatgaacatccttgtgagtctgcttgtttcagaaacatttttactagtctcaggttccttatatattttttggggtaattttggtgctcatatcagttcatgtgctattattagttttccttgcctcttccatcgtaataatcggatcagtaatatgattcatatatttggttacattgtaatcatgtattgggctgtcacttattatgttcctggcattctgcctctttaatcatggtctcctgataattaatgttgtgaatctgcctttttttttgagtaaatttcattaaaccccacttattatgatctaagttgcacaaaatcacaggtattttggtacgtggcacataaccctaaatattatggttataaagttttacaaaaccacatcgttaacattttgacatagtcctatatcaaaataaagaaagcggatctaacatttttatgatggataaaatgcttgtaaatttgagatgtgattgcagaactcaaaagtgtgtggtagattaaagtcaaaataattattaatgtggttttatgaaacgtttagaccataatacctgggttatgtgccatgtgccaaagttcttgtggttttgtgaaacttggaccattataggtgaggttttacaaaaaaatactcctttttttaatcaaaatttaatcacagaataatttgctgaacaaaaaattgttttgaatacaaaacagtaaaaaatggtaatctatggaggactgtgcaaaaaggaagtatacgaatattaattcttctgcaactatgaggttctctgtgcacttcaaaagtttaagtacatgatcatcatgtgctatcaaattctgatttaattgagttctgtcgtttgcagctcagtgcctatgatgtccaggcaggagactacctctcgtatagttagtctcattccaggattgtggttgacacactggcatgcaacttcaagtaccttcagcatctgctcttcatgtcctgtgcctcggagtgttggatccaggacctcaatctgttttcctttggatctcatctcctggacccactcaatgagttcttttgatgcagacaagactggaatgggtcgcctcccggtgagtagttcaagcaggacaaccccaaaactgtacatgtcacctctcagtgtagccacccacctttgcccatactctgggggaacgtaaccaagagtgccaactagttcagttgtgacatgggttttgttgggaaggatcaatcttgataacccaaaatctgcaacataagctttgaattctttgtcaagtagaatgttgctggacttgatgtcacggtggactatgtttggcttacaaacatcatggatataagcaaggccctggcttgccccttgtgcgatcttgagtcgcattggccaatcaagaaatgagctggcatcgttgtccctgttgtgaagccaatcgtccaggctaccattctccatgtaggaatatatgaggaaccttgagtttccctggatgcagtaaccccacagtggcacaagattatcatgctgtgccatggagagtgcatcaacctctgcactgaattccctttccatcagacacatgtcactattgagcttcttgatggcaagcattgagccatcagatagctcagctttgtagacaagtccgtaacctccacaaccgatgatgttctccttgtcaaaaatttttgtagccttcaggagatcggtgaatgtgagcttggtttgctccccctttccttgtggtaccatcaccaagggttgttctgaattgaggttggacgatggtgcttctgtcccatcattgctgtatctcctgtttttgctcaagaaacgtttgcccctcaacaaggtaaggagatgagctagcaagacaaggatgccaattcctccaaagaacacaccaaatgcaactgccagaacggctgtcttgatgtgtcgttttttggagatgtatgatgtttgagctgaactgcaatggtttgcaagcataggaccacacaattttggattgccatcaaagatagaacttggaaatgtgctaagctgacctacagttggaactagtccttctaggtcattgttagaaacattaaatgctgaaaggaagtgcaatttgttcagtgcttcagggattgtaccagtgagattattgtttgacaagtcaagcatctgaagatttgtgaggttgcagattgattctgttatctgtccagacaatttattggagctcaaattgagtaaaagaagtgccttcaactgaccaatctccttagggattgcaccagcgaagttattgatgcctagattgagcactttagggaaagcactggttattcggtactgaagtgattgggatgtaaaaattggcagctcaaagacttttggtgcaacattttctgtttttagcattggcatctccattaatgctgttggaatttctcctgaaaggctgttgttcgttatgtctagatagaagaggaagtttaggctgctgatccagataggtatttgtccagttagttggttgttatgtaaaaataacatctccaaatttgtgagctttgataaccaatgaggtattttcccagacaatgaacaaccatacagggaaagaacctgaagattctcaaaaccatcaatgctatcatctaaaggtatggtttcgtgcatgaagttgatcccgattatcaaggttgtgaggtttttggagctctgaagcatctgaaatgtactggttatatttgcaagagagttcttaacaagtgacaggaatgataaggacttcagattacctattttctctgacagctgcccacgaaagttgttgaaagataatcgtaatgcagttagattgctacatgagtaaatgctttctgggatcgtcccattgaatttattccacacgacatctaaagtttttagattgggtagtgtggagaagttaaccttggtgagctccccactgaagttgttcttttttaggtcaatggttacaaggtttgtgcagtcactcaacgttgatggcagctcccctgacatgttgttgttgtccagatggaactcctccagtctcttgagctgtcctatggaatgtgggatgctgccaatgaacttatttcctccaagatcaagggtgaccaaatttatgagcttgatgatgccgtcaattgatccttctaactgattgtttggaaaagagaggtgcttcaaagaggtaatatcaaagatctcatatggaatagccccagtgagattgtttttgccagagctgagtaatttcagcgtggagcaattactgagccctggagggatgcccccactgaattggttataactaagatcaagcaaggcaaatgatggtgcactggcacagaacgaagttggtatcttcccagtaaagctgttattgctggcgttgagcgctacgagactcttcatcacctcccatgttgttgatggaaaatttcctgtaaacaagttgcttgagatgttcagtacctgcagaggccggtcatgggtcgaagatggcagatcgcttaagtctcctgtcaggtagttaaaactgacatcaaagaccatgatgctgctggatgacaccaattccagcggtaagccaccagacagtgagttgtgggacaagttgaggcgcatcaagcctatcaggttgccaacggaaggtgagatgatcccctcaagccctctagaagccagaaacacctcattgactgtcctatttgggttgcaggtgatcccttcccatgcacagcagtccgtgccattcttccatgacatgcccaggccaccgtcctttgaaagccaagcgagaaactggatcagggagttgctctctttctcggtgcaagaactggtgggagaggccaagaagagcagcagcgcaagagcaagaccaaaggaagttatggggaatctgttgctgtagttcttgctcgagaactggaggggttgcatggttttctccataacctagcatcagagccaatagtttgatgaagaatgatcatgatatgaagggaacaagcagctgctgcctcttctttgttttatcttctcaggtcaaagtcaccacatttatgagtcaggattaagctgctattggttagatgtgacatcactttccaaattcactgttcacaccagcaagctgctatagtctactggtaagtctgacttccattcactaatggtttggtaatacttataacagacatccatgattcggccattattgaacttttgtagcatgcgctaatttacttgatatgacaattatacaagtttcattatgtttaacttttgctattgacataaacatttaagactaacaaagatgaatagaaaaaaaaaaccctttttgctgggcaagaaagtggctctctcaaaattgcaaggagctaaaagagtttcacgaaaatgaatgagcccgcaagcattgaccataccaatgaatatttgtctgtaactatcagtatatttcagcatgtcaggtaacttttttttctcgaaaacatgtcaggtaaggatcaaaaagaaaagtgtaggttttttttcacaaagtggttattacagtcccattaggccatcaccaagaataaaatgtttatccatttgcttccttttttttgattcgctagaattttttttttctgagaatatgttagttttgtgctctctaagaaaacaaacaacaaattgattcatatattttgttactacatggtaatcatgtgttga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More
CDS seq		atgccggcggcggcggcggcggagccgtttgattcccccagaagtttgtgcgggggaggcggcatccagctctccactcccaggctcagtgcctatgatgtccaggcaggagactacctctcgtatagattgtggttgacacactggcatgcaacttcaagtaccttcagcatctgctcttcatgtcctgtgcctcggagtgttggatccaggacctcaatctgttttcctttggatctcatctcctggacccactcaatgagttcttttgatgcagacaagactggaatgggtcgcctcccggtgagtagttcaagcaggacaaccccaaaactgtacatgtcacctctcagtgtagccacccacctttgcccatactctgggggaacgagatcggtgaatgtgagcttggtttgctccccctttccttgtggtaccatcaccaagggttgttctgaattgaggttggacgatggtgcttctgtcccatcattgctgtatctcctgtttttgctcaagaaacgtttgcccctcaacaagatggaactcctccagtctcttgagctgtcctatggaatgtgggatgctgccaatgaacttatttcctccaagatcaagggtgaccaaatttatgagcttgatgatgcccgtggagcaattactgagccctggagggatgcccccactgaattgaacgaagttggtatcttcccagtaaagctgttattgctggcgttgagcgctacgagactcttcatcacctcccatgttgttgatggaaaatttcctgtaaacaagttgcttgagatgttcagtacctgcagaggccggtcatgggtcgaagatggcagatcgcttaagtctcctgtcaggtag More
Protein seq		MPAAAAAEPFDSPRSLCGGGGIQLSTPRLSAYDVQAGDYLSYRLWLTHWHATSSTFSICSSCPVPRSVGSRTSICFPLDLISWTHSMSSFDADKTGMGRLPVSSSSRTTPKLYMSPLSVATHLCPYSGGTRSVNVSLVCSPFPCGTITKGCSELRLDDGASVPSLLYLLFLLKKRLPLNKMELLQSLELSYGMWDAANELISSKIKGDQIYELDDARGAITEPWRDAPTELNEVGIFPVKLLLLALSATRLFITSHVVDGKFPVNKLLEMFSTCRGRSWVEDGRSLKSPVR
Function		-

Transcripts

Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
OsPr106_02g0004100	OsPr106_02g0004100.01	Chr02	2896483	2900281	+	NAM
CDS seq	atgccggcggcggcggcggcggagccgtttgattcccccagaagtttgtgcgggggaggcggcatccagctctccactcccaggctcagtgcctatgatgtccaggcaggagactacctctcgtatagattgtggttgacacactggcatgcaacttcaagtaccttcagcatctgctcttcatgtcctgtgcctcggagtgttggatccaggacctcaatctgttttcctttggatctcatctcctggacccactcaatgagttcttttgatgcagacaagactggaatgggtcgcctcccggtgagtagttcaagcaggacaaccccaaaactgtacatgtcacctctcagtgtagccacccacctttgcccatactctgggggaacgagatcggtgaatgtgagcttggtttgctccccctttccttgtggtaccatcaccaagggttgttctgaattgaggttggacgatggtgcttctgtcccatcattgctgtatctcctgtttttgctcaagaaacgtttgcccctcaacaagatggaactcctccagtctcttgagctgtcctatggaatgtgggatgctgccaatgaacttatttcctccaagatcaagggtgaccaaatttatgagcttgatgatgcccgtggagcaattactgagccctggagggatgcccccactgaattgaacgaagttggtatcttcccagtaaagctgttattgctggcgttgagcgctacgagactcttcatcacctcccatgttgttgatggaaaatttcctgtaaacaagttgcttgagatgttcagtacctgcagaggccggtcatgggtcgaagatggcagatcgcttaagtctcctgtcaggtag More
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Protein seq	MMLLDDTNSSGKPPDSELWDKLRRIKPIRLPTEGEMIPSSPLEARNTSLTVLFGLQVIPSHAQQSVPFFHDMPRPPSFESPVRNWTSEFLSCSVQELVGEAKKSSSTRAWPRKNISFFLAKRRDLTDLQDRIGEVHDKQHHSEKEKEHMF

Event Type

Chromosome

Start

End

Strand

Alternative mRNAs

Total mRNAs

Source

Expression

	Leaf	Root	Panicle
FPKM	0.420097	5.365288	6.411112

Homologues

Genome & Annotation	Homologs	Type	Expression(FPKM)
Genome & Annotation	Homologs	Type	Leaf	Root	Panicle
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNip_02g0153600	SBH	0.000000	0.000000	0.000000
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| MSU	NA	NA	NA	NA	NA
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| RAP-db	Os02g0153600	SBH	None	None	None
Azucena \| AzucenaRS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsAzu_02g0004100	RBH	0.078662	0.438656	0.389170
KETAN NANGKA \| Os128077RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKeNa_02g0004200	SBH	0.000000	0.000000	0.000000
CHAO MEO \| Os132278RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsCMeo_02g0004120	RBH	0.000000	0.000000	0.000000
ARC 10497 \| Os117425RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsARC_02g0003980	SBH	0.000000	0.000000	None
PR 106 \| Os127742RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsPr106_06g0027320	SBH	0.000000	0.000000	1.742471
Minghui 63 \| MH63RS3 \| HZAU	OsMH63_02G0049900	SBH	0.9587415	4.7533395	3.668093
IR 64 \| OsIR64RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsIR64_02g0004020	RBH	0.142303	0.000000	0.706958
Zhenshan 97 \| ZS97RS3 \| HZAU	OsZS97_02G0051900	SBH	2.271668	9.3980925	14.4844895
LIMA \| Os127564RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLima_02g0004680	RBH	0.000000	0.000000	None
KHAO YAI GUANG \| Os127518RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKYG_02g0003970	RBH	0.000000	0.000000	None
GOBOL SAIL \| Os132424RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsGoSa_02g0004230	RBH	0.000000	0.000000	None
LIU XU \| Os125827RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLiXu_02g0004200	RBH	0.000000	0.000000	0.000000
LARHA MUGAD \| Os125619RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLaMu_02g0004110	SBH	0.000000	0.000000	None
N22 \| OsN22RS2 \| Gramene(+IsoSeq)	OsN22_02G004050	RBH	0.000000	0.000000	0.000000
NATEL BORO \| Os127652RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNaBo_02g0004000	RBH	0.000000	0.000000	0.000000

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