Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsNip_08g0202300 | OGI:08015550 | 16/16 | Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | Chr08:5942660-5960134 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
| DNA seq | 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| CDS seq | GATTCAAAATTGGTGTTTGTGTGGACATGTGAACTCAACACAGTGGCGGCGCTGAACGCGATTCTGGGGAGGTGGGGCACGAAGCCGCCGACGACATGGAACATCACCGGCGACCCTTGCAGCGGCATCGCCATCGACGAAACGACCGACATCGATAACAGCGAAACCATCAACCCGGGCATCAAGTGCGACTGCTCCTACGACAACACGACCGTCTGCCACATCACCAAGCTGAGGGTGTACGCGTTGGATGTTGTCGGTCCGATACCTGCAGAACTGGAGAATCTCACCTATCTAGCTAACTTGAATTTACAGCAAAATTATTTGACAGGATCTTTACCGGCATTTATTGGAGAAATGACGGCATTGCAGTATCTTTTGGTGGGAATCAATGCGTTAACTGGAATTTTACCAAGGGAGCTTGGCAATCTCAACAATCTCCTTGCGTTATGGGCATCCGACAATGATTTCACTGGGAGAATACCTGATTATATTGGGAGCTTATCAGATTTGACAGAGTTGAGGATTCAAGGAAACAATTTTGATGGTCCCATCCCTACAAGTTTTTCTAATCTCGTCAATTTGACATCTTTGCGAATAGGCGATTTAGTGAGTGGGAGTTCTTCATTGGCTTTTATGTCAAACATGACATCCTTGATTGTTCTAACACTGAGGAATTGCAGGATATCTGACAACCTTGCTTCAGTGGACTTCTCAAAATTTGTAGGACTTTATTACTTGGACTTGAGTTTTAACAACATCACTGGCAAAGTGCCTTCAGTCCTTTTGAATCTGAATTCACTCATTTACCTATTTCTTGGAAACAACAGCCTCTCTGGGAGCTTGCCAGACACAAAGGGTGCTAGCCTTAAAGTTCTAGATTTCTCCTACAACGAGCTCTCTGGAAAGTTCCCTTCTTGGTATAGCACGGAAAGACATTTACAAGTGAATTTGGTGTGGAACAACTTCATGATAGATAGTTCAAACAGAAGTATTTTGTCATCAGGTCTAAATTGCCTACAGCGAAATACTCCATGTTTACCTGCTTCTCCAGATGATTCCTCATTTGCAGTTGACTCCGGTGGTACTAGACCCATTATAGGCTCAGATAAATCTTATTACGAACCCGACGACACGAATTTAGGAGAGGCATCATACTATGTTTCGAACTCAACAAGATGGGGTATTAGCAACACGGGGAAATTCATGGAAGCCGCTAATTTTAGCTTCATAGTATACACTTCACGCCAGTTTACAAACACGCTTGATAGTGTACTATTCCAGACAGCCAGAACGTCATCCTCTTCATTGAGATACTATGGCATTGGACTAAAGAATGGATTTTACAACGTCGAGCTTCAATTTGCAGAGATCTTCTTTCCAGACAACACGACATGGACAAGCTTGGGAACAAGGATTTTCGACATATTTATTCAGGGAGAACTCAGAGAAAAGGATTTCGATATAAAGAAACAAACAAATGGAAAATCTTATACTGTTGTTTTGAGGCAGTATGTTGTTAGAGTTACAGAAAATTTCATGGAGATTCACCTTTTCTGGGCTGGAAAAGGAACTTGTTGCATTCCTAGACAGGGATCCTACGGGCCATTAATCTCAGCATTAAGTGTATCTCCTTATGGTGGCAACAATAAGGTTGATCCTGGTCCTATTAAAAACAGTGCTGGTAAAAGTAAAATAGCTTTGGTAGCTGGAGTTGTTGTCTGTACTATAGTTTTAGGCCTTTTATCCACAGGGACATTTCTTTGGAGACAGAAAAGGAAAAAAATGGAGGCGGAGATGGGAGGTAGTTAA
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| Protein seq | DSKLVFVWTCELNTVAALNAILGRWGTKPPTTWNITGDPCSGIAIDETTDIDNSETINPGIKCDCSYDNTTVCHITKLRVYALDVVGPIPAELENLTYLANLNLQQNYLTGSLPAFIGEMTALQYLLVGINALTGILPRELGNLNNLLALWASDNDFTGRIPDYIGSLSDLTELRIQGNNFDGPIPTSFSNLVNLTSLRIGDLVSGSSSLAFMSNMTSLIVLTLRNCRISDNLASVDFSKFVGLYYLDLSFNNITGKVPSVLLNLNSLIYLFLGNNSLSGSLPDTKGASLKVLDFSYNELSGKFPSWYSTERHLQVNLVWNNFMIDSSNRSILSSGLNCLQRNTPCLPASPDDSSFAVDSGGTRPIIGSDKSYYEPDDTNLGEASYYVSNSTRWGISNTGKFMEAANFSFIVYTSRQFTNTLDSVLFQTARTSSSSLRYYGIGLKNGFYNVELQFAEIFFPDNTTWTSLGTRIFDIFIQGELREKDFDIKKQTNGKSYTVVLRQYVVRVTENFMEIHLFWAGKGTCCIPRQGSYGPLISALSVSPYGGNNKVDPGPIKNSAGKSKIALVAGVVVCTIVLGLLSTGTFLWRQKRKKMEAEMGGS |
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| Function | Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g56130 [UniProtKB/Swiss-Prot:C0LGH2] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsNip_08g0202300 | OsNip_08t0202300-01 | Chr08 | 5942660 | 5944135 | + | RAP2018-11-26 | ||
| CDS seq | ATGCAGAGGAAGAGGAGAGACGACGACGGAGAGCCTGCCAAGAGATCGATGGGAAGGCGTTGCGGCGGCGGCGGAGGCGGCCATGGTTGGCAGCTCGGCCTGTACTACTGCCTGGTGGTCGCGTGTTCATGTGTTGTAGCAACTCAGGCTCAGGCTCACCAGGCACCGAGAACTGATCCTGTCGAAGGTATATGCTATGTACTACCCCATCCCATAATGTTTTGA
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| Protein seq | MQRKRRDDDGEPAKRSMGRRCGGGGGGHGWQLGLYYCLVVACSCVVATQAQAHQAPRTDPVEGICYVLPHPIMF |
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsNip_08g0202300 | OsNip_08t0202300-02 | Chr08 | 5942661 | 5960134 | + | RAP2018-11-26 | ||
| CDS seq | ATGGAGGACAGTATATGGACTTTTTCCATTCATCTTGGTATGTTTAGTGTGCCAACTTTGTTTTACGGTTTCAGATGGGCATCCGACAATGATTTCACTGGGAGAATACCTGATTATATTGGGAGCTTATCAGATTTGACAGAGTTGAGGATTCAAGGAAACAATTTTGATGGTCCCATCCCTACAAGTTTTTCTAATCTCGTCAATTTGACATCTTTGCGAATAGGCGATTTAGTGAGTGGGAGTTCTTCATTGGCTTTTATGTCAAACATGACATCCTTGATTGTTCTGTATGGTGGCCTGATTGTGCACTTGGCTTTAATGGGTTAG
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| Protein seq | MEDSIWTFSIHLGMFSVPTLFYGFRWASDNDFTGRIPDYIGSLSDLTELRIQGNNFDGPIPTSFSNLVNLTSLRIGDLVSGSSSLAFMSNMTSLIVLYGGLIVHLALMG |
|||||||
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsNip_08g0202300 | OsNip_08t0202300-03 | Chr08 | 5942755 | 5949448 | + | RAP2018-11-26 | ||
| CDS seq | TGGATTACCCCCTTCAGAGTATTTGATCACTCAATTCCTCTGATTCCTGGGGCAATGCCAGTAAATGTCAGACCTTATCGATATACTCCAGCTCAGAAGGATGAAATCGAGTCACAGGTTCAGGAGATGTTGAACAAAGGCATTATTCAGCCTAGTTCCAGTCCTTTCTCTTCTCCTGTTCTTTTGGTTAAGAAGAAGGATGGAACTTGGAGATTTTGTGTGGATTATCGACATCTCAATGCTATAACGGTGAAAAACAAGTACCCATTGCCAATTATTGATGAATTGCTTGATGAATTATCAGGAGCAAGGTGGTTCACTAAATTGGATTTAAGGGTTGGCTGTCATCAAATTCGGATGCAGGCTATGGATGAACATAAAACAGCATTTAAGACTCACCATGGGCATTTTGAGTTTAGAGTAATGCCTTTTGGCCTTACAAGTGCACCAGCAACTTTTCAAGGCTGCATGAATAGTATACTGTCGCCCTTATTAAGGAAGTTTGTGCTTGTTTTTGTCAATGATATATTGATCTACAACAGAACCTTATCTGACCACGTTCAGCATCTGCAATCTGTGTTTCAGATCTTAACAGAACATCACCTGAAGGTTAAGAGAAGTAAATGTTCATTTGCACAACAAAGGTTGGCCTATCTAGGTCATGTTATTAGTCCAAATGGGGTGTCAACAGATGAAGATAAGATATTGGTGGTCAAGAATTGGCCAACTCCCACCAATGTGAAGGAATTGCGTGGATTTTTGGGATTAACTGGTTATTACCGCAAATTTGTTCGATACTATGGTGTGTTGAGTAAACCTTTGACAAATCTGTTGAGGAAGGGACAATCTTACATTTGGACTGCAACTACTGAACAAGCTTTTCAGTCTCTTAAACAAGCTTTAATGACAACCCCAGTGCTGGCGATGCCAGATTTTACCGAACCATTTGTGGTGGAAACCGATGCTTCAGATAAGGGAATTGGTGCCATTTTAATGCAGAAACAACATCCCATTGCATTTTTGAGTCGAGCCCTAGGTCCTCGTCATCAAGGATTATCGACATATGAAAAGGAAAGTTTGGCTATTATTCTGGCAATTGATCATTGGCATCCTTACCTTCAACACTCTGAGTTTTTCATTCATACTGATCATCGGAGCTTATGTTTTCTGGATGACCAACGTTTGACTACTCCTTGGCAACACAAGGCTTTAACAAAACTGCTTGGACTTCGTTACAAGATTATTTATAAGAAGGGCAGTGAGAATGGTGCAACCGATGCTCTATCACGATTTCCTTCTGTTTCAGAGTTAACAGCGATATCTTCTATGGTTCCAGATTGGATTCAGGAAATCATTGCAGGATATGCCAATGATTCTGATGCTTTGAGTAAACTTCAAACCTTGTGCATTAGTGCAAATGTTGTGCCTGATTTTACTCTGAAGGAATGTGTTCTTTATTTTAAGGGCAGAATGTGGATTGGTACTAATTCTTTTGTTCAACAGAAAATTTTAGCAAATCTTCACTCTTCACCAGTTGGGGGGCATTCTGGCATTACTATAACCTATCAGCGCGTAAAATCCTTATTTGCTTCGCCCCATTTGCGCACAATAGTGGTTCAGTTTGCCAATGCCTGTTCAATCTGTCAGCGAGCTAAGTCTGAACATGTCAAATATCCAGGATTATTACAGACTTTGCCAGTTCCTGAGCATGCCTGGCAATTTGTATCATTGAATTTCATTGAAGGGTTGCCCAAATCTGCTACTTTCAATTGT
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| Protein seq | WITPFRVFDHSIPLIPGAMPVNVRPYRYTPAQKDEIESQVQEMLNKGIIQPSSSPFSSPVLLVKKKDGTWRFCVDYRHLNAITVKNKYPLPIIDELLDELSGARWFTKLDLRVGCHQIRMQAMDEHKTAFKTHHGHFEFRVMPFGLTSAPATFQGCMNSILSPLLRKFVLVFVNDILIYNRTLSDHVQHLQSVFQILTEHHLKVKRSKCSFAQQRLAYLGHVISPNGVSTDEDKILVVKNWPTPTNVKELRGFLGLTGYYRKFVRYYGVLSKPLTNLLRKGQSYIWTATTEQAFQSLKQALMTTPVLAMPDFTEPFVVETDASDKGIGAILMQKQHPIAFLSRALGPRHQGLSTYEKESLAIILAIDHWHPYLQHSEFFIHTDHRSLCFLDDQRLTTPWQHKALTKLLGLRYKIIYKKGSENGATDALSRFPSVSELTAISSMVPDWIQEIIAGYANDSDALSKLQTLCISANVVPDFTLKECVLYFKGRMWIGTNSFVQQKILANLHSSPVGGHSGITITYQRVKSLFASPHLRTIVVQFANACSICQRAKSEHVKYPGLLQTLPVPEHAWQFVSLNFIEGLPKSATFNC
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsNip_08g0202300 | OsNip_08t0202300-04 | Chr08 | 5950971 | 5956161 | + | RAP2018-11-26 | ||
| CDS seq | GATTCAAAATTGGTGTTTGTGTGGACATGTGAACTCAACACAGTGGCGGCGCTGAACGCGATTCTGGGGAGGTGGGGCACGAAGCCGCCGACGACATGGAACATCACCGGCGACCCTTGCAGCGGCATCGCCATCGACGAAACGACCGACATCGATAACAGCGAAACCATCAACCCGGGCATCAAGTGCGACTGCTCCTACGACAACACGACCGTCTGCCACATCACCAAGCTGAGGGTGTACGCGTTGGATGTTGTCGGTCCGATACCTGCAGAACTGGAGAATCTCACCTATCTAGCTAACTTGAATTTACAGCAAAATTATTTGACAGGATCTTTACCGGCATTTATTGGAGAAATGACGGCATTGCAGTATCTTTTGGTGGGAATCAATGCGTTAACTGGAATTTTACCAAGGGAGCTTGGCAATCTCAACAATCTCCTTGCGTTATGGGCATCCGACAATGATTTCACTGGGAGAATACCTGATTATATTGGGAGCTTATCAGATTTGACAGAGTTGAGGATTCAAGGAAACAATTTTGATGGTCCCATCCCTACAAGTTTTTCTAATCTCGTCAATTTGACATCTTTGCGAATAGGCGATTTAGTGAGTGGGAGTTCTTCATTGGCTTTTATGTCAAACATGACATCCTTGATTGTTCTAACACTGAGGAATTGCAGGATATCTGACAACCTTGCTTCAGTGGACTTCTCAAAATTTGTAGGACTTTATTACTTGGACTTGAGTTTTAACAACATCACTGGCAAAGTGCCTTCAGTCCTTTTGAATCTGAATTCACTCATTTACCTATTTCTTGGAAACAACAGCCTCTCTGGGAGCTTGCCAGACACAAAGGGTGCTAGCCTTAAAGTTCTAGATTTCTCCTACAACGAGCTCTCTGGAAAGTTCCCTTCTTGGTATAGCACGGAAAGACATTTACAAGTGAATTTGGTGTGGAACAACTTCATGATAGATAGTTCAAACAGAAGTATTTTGTCATCAGGTCTAAATTGCCTACAGCGAAATACTCCATGTTTACCTGCTTCTCCAGATGATTCCTCATTTGCAGTTGACTCCGGTGGTACTAGACCCATTATAGGCTCAGATAAATCTTATTACGAACCCGACGACACGAATTTAGGAGAGGCATCATACTATGTTTCGAACTCAACAAGATGGGGTATTAGCAACACGGGGAAATTCATGGAAGCCGCTAATTTTAGCTTCATAGTATACACTTCACGCCAGTTTACAAACACGCTTGATAGTGTACTATTCCAGACAGCCAGAACGTCATCCTCTTCATTGAGATACTATGGCATTGGACTAAAGAATGGATTTTACAACGTCGAGCTTCAATTTGCAGAGATCTTCTTTCCAGACAACACGACATGGACAAGCTTGGGAACAAGGATTTTCGACATATTTATTCAGGGAGAACTCAGAGAAAAGGATTTCGATATAAAGAAACAAACAAATGGAAAATCTTATACTGTTGTTTTGAGGCAGTATGTTGTTAGAGTTACAGAAAATTTCATGGAGATTCACCTTTTCTGGGCTGGAAAAGGAACTTGTTGCATTCCTAGACAGGGATCCTACGGGCCATTAATCTCAGCATTAAGTGTATCTCCTTATGGTGGCAACAATAAGGTTGATCCTGGTCCTATTAAAAACAGTGCTGGTAAAAGTAAAATAGCTTTGGTAGCTGGAGTTGTTGTCTGTACTATAGTTTTAGGCCTTTTATCCACAGGGACATTTCTTTGGAGACAGAAAAGGAAAAAAATGGAGGCGGAGATGGGAGGTAGTTAA
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| Protein seq | DSKLVFVWTCELNTVAALNAILGRWGTKPPTTWNITGDPCSGIAIDETTDIDNSETINPGIKCDCSYDNTTVCHITKLRVYALDVVGPIPAELENLTYLANLNLQQNYLTGSLPAFIGEMTALQYLLVGINALTGILPRELGNLNNLLALWASDNDFTGRIPDYIGSLSDLTELRIQGNNFDGPIPTSFSNLVNLTSLRIGDLVSGSSSLAFMSNMTSLIVLTLRNCRISDNLASVDFSKFVGLYYLDLSFNNITGKVPSVLLNLNSLIYLFLGNNSLSGSLPDTKGASLKVLDFSYNELSGKFPSWYSTERHLQVNLVWNNFMIDSSNRSILSSGLNCLQRNTPCLPASPDDSSFAVDSGGTRPIIGSDKSYYEPDDTNLGEASYYVSNSTRWGISNTGKFMEAANFSFIVYTSRQFTNTLDSVLFQTARTSSSSLRYYGIGLKNGFYNVELQFAEIFFPDNTTWTSLGTRIFDIFIQGELREKDFDIKKQTNGKSYTVVLRQYVVRVTENFMEIHLFWAGKGTCCIPRQGSYGPLISALSVSPYGGNNKVDPGPIKNSAGKSKIALVAGVVVCTIVLGLLSTGTFLWRQKRKKMEAEMGGS
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| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
| RI | Chr08 | 5952493 | 5953586 | + | OsNip_08t0202300-02 | OsNip_08t0202300-04,OsNip_08t0202300-02 | All |
| RI | Chr08 | 5953908 | 5954145 | + | OsNip_08t0202300-02 | OsNip_08t0202300-04,OsNip_08t0202300-02 | All |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 1.291855 | 0.929487 | 0.530938 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os08g10250 | RBH | 0.379814 | 0.094767 | 0.000000 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os08g0202300 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_08g0006590 | SBH | 0.880452 | 0.000000 | 1.156358 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_08g0006520 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.745332 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_08g0006660 | RBH | 0.759480 | 0.000000 | 2.478993 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_08g0006520 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_08g0006590 | SBH | 0.882611 | 7.205217 | 0.622384 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_08G0090700 | RBH | 1.6080905 | 15.892945 | 0.04073 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_08g0006310 | SBH | 0.312493 | 0.230578 | 0.308257 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_08G0094100 | SBH | 7.2143315 | 14.259834 | 5.57544 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_08g0006220 | SBH | 0.000000 | 0.044460 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_08g0006270 | RBH | 0.044845 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_08g0006350 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_08g0006490 | SBH | 0.073670 | 0.0 | 0.299310 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_08g0006300 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_08G006420 | SBH | 0.051513 | 0.727958 | 0.293259 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_08g0006200 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
