Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsNip_07g0163800 | OGI:07009930 | 16/16 | Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | Chr07:3412793-3424505 | ||||||||
| Gene Symbol | OsM5, M5, OsM5a, OsUBP5-2, UBP5-2, OsUBP13, UBP13 | ||||||||||
| DNA seq | 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| Function | Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 12 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q9FPT1] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsNip_07g0163800 | OsNip_07t0163800-01 | Chr07 | 3420545 | 3424487 | + | RAP2018-11-26 | ||
| CDS seq | TCGAAGGCTTTCACGTATGATGAAGTAGTGGAAAAGGTGGCTCAAAAACTTGGTGTTGATGACCCAACTAAAATTCGGCTTACATCGCATAACTGTTATTCTCAACAACCTAAACCTCAACCTATTAAATACAGAGGTGTTGAGCGTTTGCTGGACATGCTGATTCACTATAACCAGACTTCTGATATTCTTTACTATGAAGTATTGGATATACCACTCCCAGAATTACAAGCTCTGAAGACATTAAAAGTTACATATCATCATGGCACAAAAGATGAGGTGTCAGTTCACAGTATTAGGTTGCCAAAGAACAGCACTGTCGGTGATGTGCTAAATGATATAAAATCAAAGGTTGAGCTGTCTCATCCTAATGCTGAGCTTAGACTACTTGAGGTTTTCTATCACAAGATATACAAGATTTTTGCACCGAATGAAAAGATAGAAAACATCAATGATCAGTACTGGACCCTGCGTGCAGAGGAGGTTCCGGAGGAAGAGAAAAATCTTGGTCCTTTTGATCGCTTGATTCATGTATACCATTTTACCAAAGACACTCAAAATCAGACGCAAGTTCAGAACTTTGGAGAACCTTTCTTTATGGTTATTCGTGAGGATGAAACCCTTTCTTCTATTAAAGAACGGATACAGAAAAAACTAAAAGTTCCAGATGAGGATTTCTCAAAGTGGAAATTTGCCTACATATCACTTGGTCGCCCAGATTATTTTGAGGATTCAGACACTGTAGCTTCAAGATTTCAGCGAAACATGTATGGAGCTTGGGAGCAATATCTTGGACTGGAGCATCCAGACACGGCTCCTAGAAAGACACACAACGCTAATCAGAACCGCCATTCATTTGAGAGACCTGTAAAGATCTATAACTAG
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| Protein seq | SKAFTYDEVVEKVAQKLGVDDPTKIRLTSHNCYSQQPKPQPIKYRGVERLLDMLIHYNQTSDILYYEVLDIPLPELQALKTLKVTYHHGTKDEVSVHSIRLPKNSTVGDVLNDIKSKVELSHPNAELRLLEVFYHKIYKIFAPNEKIENINDQYWTLRAEEVPEEEKNLGPFDRLIHVYHFTKDTQNQTQVQNFGEPFFMVIREDETLSSIKERIQKKLKVPDEDFSKWKFAYISLGRPDYFEDSDTVASRFQRNMYGAWEQYLGLEHPDTAPRKTHNANQNRHSFERPVKIYN
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsNip_07g0163800 | OsNip_07t0163800-02 | Chr07 | 3412793 | 3424505 | + | IsoSeq | ||
| CDS seq | GACCCAAAAACCTCCTCCCCCCCTTCTCATTCTCTCTCTTCTCTCTCCTCCACCTCCCCACCTCCTCGCGATCTCCACCCCCACACCCCACCCCCAACCCCGCGACCCACTCCCAGGTGGGCCCCACATCGCCGCCGGCGACCGCGACTCATCTCCTCGGCTCCCGCGCCGCCGCGTCCGCGCGGCCATGACGACCTCTCCCCCGCCACCGCCGCCCGCCGAGCAGCAGCAGCAACAGGAGGAAGAGGAGGTGCTCGTGCCGCGCCAGGAGTTGCCCAACGGAACGCAGCCAATGGAAGTTGTGCC
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| Protein seq | DPKTSSPPSHSLSSLSSTSPPPRDLHPHTPPPTPRPTPRWAPHRRRRPRLISSAPAPPRPRGHDDLSPATAARRAAAATGGRGGARAAPGVAQRNAANGSCA |
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 8.797447 | 8.047026 | 16.284271 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_12g0489200 | RBH | 6.035810 | 9.265041 | 6.435300 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os07g06950 | RBH | 4.143023 | 4.709767 | 3.029177 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os07g0163800 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_07g0003940 | RBH | 2.985229 | 36.390793 | 25.399063 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_07g0003920 | RBH | 1.633658 | 7.453974 | 11.641411 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_07g0003810 | RBH | 3.907116 | 34.002201 | 42.146313 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_07g0003760 | RBH | 0.575645 | 1.238830 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_07g0003850 | RBH | 25.045122 | 39.424454 | 67.906631 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_07G0056000 | RBH | 23.032632 | 45.6545065 | 53.866255 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_07g0004380 | RBH | 1.241711 | 4.131053 | 7.214599 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_07G0059900 | RBH | 20.4208555 | 38.365713 | 57.488754 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_07g0003860 | RBH | 1.695340 | 0.810984 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_07g0003860 | RBH | 1.972273 | 27.002979 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_07g0003900 | RBH | 17.778093 | 58.622223 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_Ung0038620 | RBH | 3.495373 | 0.0 | 6.661911 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_07g0003840 | RBH | 1.021731 | 15.884046 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_07G004020 | RBH | 1.865377 | 12.724216 | 11.740918 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_07g0003820 | RBH | 6.511714 | 61.209553 | 34.196362 |
