Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsNip_02g0528500 | OGI:02010280 | 4/16 | Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | Chr02:19376511-19385890 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
| DNA seq | 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| Function | - | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsNip_02g0528500 | OsNip_02t0528500-03 | Chr02 | 19376514 | 19385890 | + | IsoSeq | ||
| CDS seq | ATGTTGATGTCCCCAGGTGCTTCCCAGAGTTCTTCAGCCATGATTTCACCTGGACCAAGTGGCTCATTGATGTCACCATCAAGGGGAAGTGAACTTGGCATAGCTTCACCCGGTTCAACTGCAGCCAGCTCTCCACTGCCAAGGCGTGTTATTACCACGGACAAAAGCCAAGTTGTGCACACACCAACCAGCAAGTGCTCTGTCAGCATAGATCAGGATGACATTTCTGCTGCTTTTTCTCCACCAATGTCCCAGAAAGTGCAAGCTCCAGCTATTCCTGATGATGATACACTACTGGCTCATGCATCTGGCTCAAAGAGCAAGTCTAGGAAGAGAGGTCCTCCTTCTCAAGCACCACCAGCAGTTAAGAAACTATTCAAGGAAGGTGACAGCGATGAGAAAGAAACCACTGTTAGCCTGTCAGCTGAC
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| Protein seq | MLMSPGASQSSSAMISPGPSGSLMSPSRGSELGIASPGSTAASSPLPRRVITTDKSQVVHTPTSKCSVSIDQDDISAAFSPPMSQKVQAPAIPDDDTLLAHASGSKSKSRKRGPPSQAPPAVKKLFKEGDSDEKETTVSLSAD |
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| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
| A3 | Chr02 | 19377061 | 19383204 | + | OsNip_02t0528500-01 | OsNip_02t0528500-03,OsNip_02t0528500-02,OsNip_02t0528500-01 | All |
| A5 | Chr02 | 19383808 | 19383942 | + | OsNip_02t0528500-01 | OsNip_02t0528500-02,OsNip_02t0528500-01 | All |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.000000 | 0.101531 | 1.744509 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | NA | NA | NA | NA | NA |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os02g0528500 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_02g0004250 | RBH | 1.150551 | 5.539506 | 4.648852 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
