Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsNip_01g0932000 | OGI:01107270 | 16/16 | Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | Chr01:40884982-40891619 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
| DNA seq | GTTCATGTTTAACGCCGGTGAAAGAGGAACACTTTCCCTGTGCTTGCTGCAAGGTTTTCTGCTCCCTCGCCTTCTACTCCTTGCCATTCGCTGTTCCTCTTCTCCTTCGGTGTGTTCGTCGACATGCTTTGCTGAGCGATAATGGCGAACGCAAGGTTTGTACGGATGAATTACTTACCGATGGTTTGCTTGGGGGTTTCCATAGATCCTGAGCGAATTGCATGTATTTTGTAGGTGATTTGAGAAGGGCTTTGCTGCTGTGATTGGTTGTTCTTGGTTTACTTCACCCTGTTGCTTCGGTGGACTTTCTGGTGATCTGATCTGGTATAATAGATCTGGCAAAAGAGAGGCATTTGCTGTCGCTAGCATTTTGCAGAAACTTATTTTCCTTTTTGGGGGTTGCCTCTTGCAGTTCATCTAGCTGTTTGGTCTTGCTGATGGGTGAGTGTTGGGTGCGCAGGCTCTGGGGTAAGAAAAGTTTCTCTTTGCATTTTATCTGTTTGGTCATGTTCTTTGCATGTGGTTTGGTTTTCTTGTGTTGGCTGTTGTTGTGTGTGTGCTGTCGTTTTCTTACGTGGAGTCACGTGACTGGGCCGTGCCACTTTTTTTTATTTTGGCTTGGTATGCACTTTGTTTGGTGGCTGTATACTACTACACTGTATTATACTATCCTGAGTATTTATTCATATAGATACCCTACGGTAGTGTGCCTGTCCATCGTTGGACATAGAAGAGCAGAGTGGTAGGTCGAGTGTCTTCTTTCCTTGAATGCTTGGCTCTGGCCTTTCCCCTTATTAAAATCTTCTAGCCGTTGAACTTGGGATGTGCTTTTCTATAGTTTCTTCTCTGGACAAACTGTTCTCCTCCACTTGCCTATCTTATCCTCTCTTATTTTTTTTCCTTCTCCCATTGGCAGTGGTGTAGCCGTGATGTTCGCCGTGGGAGTATCTCATGTCTCGCTGCTGAATGCCGTTGCTTAGCACTGCATGATACCTAGCATTGCGTACCTGTGGGAGTTTAGCTCCGATGGTACGTTGTTGGCTGGTATTGAAGTCAGTCTCCCGTCGATTGGGTTGTGCCGGTCATCTAGACACTATGTTCTTTTGGGAGACGGCCTTAGCTCCGCTTCAGAGTGCACATGAAATGGTTGCTGCAAGAGCACTGAGGTGTCTCCAACATCGTTATGGTTTCGTAGTGCATGACTACAATTTTAACTCTATGCTAGCTTACAGACGGCTGGCACGTGATGCTGTGCAGGCTGCATTGTCTGCTTCTGGTTGTGTGGCACATTTCAGATCTTCTCATGGTGCATTTGTTCCTTGGTGTGATGATGTTCTTAGGACATGTAGCTCACTGTATTTTAGTTTTTTCGTAGAAGACATGGAACAAATGGGTTCTTTTGAAATATAGGTGTTTAGAAGTTCCTATCTGGTTTTAGACTGTGTTTGTATTGCTCTTGGCTACTCGGAATTGGCAGTTTGTATTGTTAGCTTTTCGTGTATTGTCAGTAAAATGATGTTTGTGTTGCTGGTCTGTGCTGATTGTATAGGCATGTTATACTGATGTCGAAAAGGCCATGCGATGGAGTATCCAGAGCACGTGCAGCCGTGAAAGGCATAAAGCGCGTGCTTTGACACAGGAAATATGCATGAGGAGCGCCCTGGCTTTGCCAGGTGGGACCAAAAGAGCTTTCTCTCTTATGGATTTTAGCCCTGCATTGGCAGCTTCTAATAGACAACGACGCCGTTTGCTTCGGATAGGAAATTCTTCCTTTCTTTCGGGTGAGGGGTGGCACAAATGGTATATTAATCTATGTCACACTAGGTGCCTTGCTTAAAACTAATATCTGATTCACTGCAGCTAATGTTGAGCTTGATAGAGGTAGTTCTTCATGCTCTCACAAGGATCATGTTGAGGCTTTAAAGGGTTTGTGTTTATTTAGATCCCCTATAATTGCGACAGCTGGTTTAGCAATGTTATGTTAGAAGTTTATTGATTGATGATCTTGCAGCATCGTACTCGGGGAGGTCGTACTATGGTGCACCGACGTATGAGTGTTTGTACTGTGGTGCTGTGTTTTGGTTCCAGGAGAGGGTTAAAAGTCTTTCTGCTTTTTCAAAACGAAATTAATGGAGATGCGCGTTCAAAGAGATTTCTTAAAACACAGTTGCCGAAACTACGTGAACCTCCAGAACCTCTTAAAACATTGTTGAAATTTAATGGAGATGCGCGTTCAAAGAGATTTCTTAGGCAGGTGCGATCTTACAACTCTATGTTTGCTTTCACCTCTATGGGTGCAACTGTCGATAGAACGATAAATAATGGAAGTGCACCTTATGTTTTTAAAATTAATGGTGTTGTTCATCACAAAATAGGTAGCCTGCTACCAGCGCAAGGGAGAAGGCCTCAATTTGCACAGCTCTACATCTACGATCCAGAAAATGAGATACAAAATCGAATAAATATATTTGAAAATGATGGCAGCAATAGTGACAAGGCTGATCCTGCTATAGTTGATGCTCTGTGCACTATGTTAGATTCGCATAACATCCTTGTGCAGAAATTTCGTTATGCTAGAGAACGCTTGAACGAGAATGGGAATCAGCGTTTGACGTTACGGCTTATGGGCTGCAATGCAAAATCTGATGTGCAGTATAATTTACCAACTAGCGGTGAACTAGCAGCGATTATAGTGGGCGATTACTCAGCAGCTGAGTATAGTTATGATATACTTGTCCAGGAAAAAGATGATGGTTTGCAACATGTGTCCTCTTTGCACCCATGGTATATGGCTTTACAGTATCTGTTACTTTTTCCTTATGGCGAACGAGTATTTCACCTTGGTATTGCATACAATGATTATGATGGAATTGGAAGAAAGTATGTTAGCATGCTTGAGTTTTTGCGATGTATGATCCACTATAGGCTGAATGAACCTAACCCATTTACTTGCTATGGTCATCTTAGTGATCAGGCTGTTGTTATTCAATGACTATCAATAAAAGTCAAGGTCAGACATTACAGAGAGTTGGTGTGTATCTTAAGAAACCTGTTTTTACTCATGGTCAGTTATATGTTGCCTTCTCAAGGGCAACTTCTCGATCAGGCTTACGAATATTGATTGAAAATGATGATGGCTCATGCGGATTAGAAACAAAAAACGTAGTTTACCATGAAATCCTGGATGCTACGTTAGCAGCGGTAATATGTTGCGTCTTTTTTAACTTCTGCAAATCTCCTTCATTGATATGCTTGACTTTTTAACAGTACACCAACAAATTTTCAGGCTCATCTGCCGCTGCACTGATATCTAAGTAATCATGTATGCGCATACATTGCGCCTTTTTGGAGTATTTTTTGGGCATAATAATAATGGCCATTTTAAGAGTAGCTTGTTTTTGGTACTTGCAGTTGCCATTGTGGTATTCTTTTGTTCTTATAGTGGTAAGTGTTTTTCTGATTTTGTTAACGTGTGTCTGTTCCTTTTTTTTTTTGCATTTGTGTTTGTTGCATTCATCTCTTAACTTGCTTTCTAGGCCTTTACCATTACAGTTCTAACATATGTATGGCAATGCAGATTACCATGGGTGATACTTCAATTGATAAGCTTTTTGAAGGGGATGACAACTCCCGTCTTCTTGCCCGGGTATCTAGGCTCTGGGAATTCACTGATTGCAAGGATGCTACCAAAATTTATCACATCGATCTTGTACTTGTTGATGAGAAGGTAAGATTTGGTAACAGCCCTGCAGACCTATATATTGTCATGGATATAATTATGTAGACTTGCTTATTTCCATGCTCTGTACTATGCAGGGTGGCAGCATTCATGCACAGATATTCCCCCTACTTCTCCAGGTGTTCAAGCCTTTGCTGACAGAAGGAAAGGTTTATTATTTGGATTCATATCGTGTGAAAACATCCAACAAAAGCTATAGGCCAGTGGCCAATCCACTAATGATGACTTTCACTAAGTGGACATCTGTTGAGCAATGCCTTGATGTGCCTTTCAATTTCCCTACTGTTGTATACTCTCTGACTCCTTTGAACGAGGTATCAAACTTTGTGGACAAGAATGAGTCCTTTGTTGGTAAGACCTCCTGAGTTATTTGTTTTATTAGATATTTAGACTAATCAACTTAGATTGTGTTAATATGTTATATCCTTGTGTAGATGTCATCGGTGTCATTACTGAAATATCTACACCTACGATGCTACGTCCTAAGTCAAGGGATGCTAGCAGCTTGAAAAGGACAGTTCAGATATGTTATGCAAAGTAATATTTCCTATATAGCTCAATTCTTAGTTCATGTTTACTTAATTTTGTTAACCTCTAATGTCTAACGAAAAAAGTTATCAAACAAGGCTAACATCCACTCTAATAAAGTTTACCTATCTTCTTAACATATCTGCCACATTTCCCCCTTCTATCTTTTACACAAATAGCAATTCTACCTTGAATGTATCTCTGTGGGCTGAACAAGCATTGGCATTTGATGCTGAGAGTATACACAAAGCTGGACAAAGTGAGCCTCAAATTGTTCTGTTTGTTGGGACCCTTGCAAAGAACTATCCTGGCATAGGTAAAAAATATAACTACAGATGTATCTTTGCTTATGTAGAGCACTGCAACTAACTATTTTAACAATACAGGGTTAGCTCTGTCTAGAGGCTCTGTATGCAAGTGGTACATTAACATAAATGTACCTAAGATGGTTGATCTAAAGAATAGGTTGGTACTAGATACTAAATGTACTATAACCATCTATATGGTCAAATTTATTTAAATGTTCTCTGATACATGCATTCTATTTTTTTTAGGATTGGAGCAAACTTCCAGCCAATCAAACTGCTTCAGGCACCAACCACAAACATTGCTGATGAAAATGCTGATGACAAAACTGTGAGAGAACGCTTGGACATGAATCCTCATAAAAACAGGGTAAGTGTTCATTTGACGGTCCTAGAGAGCATTTGTTACATCTCACTACCTTCTCATATTCTCAGTATTTTGGTTATTCTGTTTGTAACAGAGGACTCGATTTCAAGCAAACGTGACTATTCGGAAAATATGCAATGATAGCTCTTGGTGGTACAATTCATGCGAAAAGTGTCTTAGGGTTGTCAAACCATTTGGTTACACCTACAAGTGCACTGGTTGCTACAATATTGCAATGGTAGTACCAAGTTAATAGATCCTTAATTTTTGTTTTATCACTGTAACTACTTGTCACCCTGTTACCTAAGCGAGATCATAATGTATAGGTACAAGTTATCGGTCTTAGCTGGGGATGATACTGCGGATGCTGTGTTTATTCTCTTTGGGAAAATAGCTCAGCGCATTGTGCGAAAGCCAGTTGAGCTTCTTGTCGAGCAGACAACCAGGGAGAGCAAATTTATCCCTGATGCAATAATAGCTCTGCTTGAGAGATCATTTACATGGAATGTCAGCTTCACAGAGAATACACTTAGGACTGGGGATGTATCATTCCAGGTTAAGAGTGTGATCTCCATGAGTGTTCTTGGGGAACCTCTTATGCTAATGTCCCCAGGACCAGCAGATTCTCCTGGTTCTTCAGCTATCATGTCACCTGGACCAAGCACTTCCATCATGTCACCCACAAGAACATCTGAGATTGCCATTTCCTCACCTCCATCAGCTACAATAGCTTCTCTAGTAACCAAGCGTGCAGCACCTCAAACACCAACTAGCAGACTTTCTTTGGCTACCACAGAGCAAGCAAGTCATGTTGATCCACTGTCTCCACCCATGACTCAAGTAGTGGCCTCTGAGAGTACAGAAATGGTGCTGCTTTCCATGCTTACAAATGTTTGCTCTAAACTATAAGAATATGTACATATCACAGTAAGAAGCTAACACTTTACTTGTAGAAACAGAAGGCTATTATTATTTCTGATGACATCACGCTGCCACTGGCTGCATCTATTCCAAACAGCTCAACCAAGAAAAGGTACATTCTTTAGACCCATTCACATGCTATTTCATTGTTTTCATCGCTTCTTTGCTCAAACTACTTGTGTTGCTCGATAGAACCCGCCCACTTCAGGCTTCACCAACAGCTAAAAAACTGTTCACTGATGATGGTGCTCATGAAAAGGAGGCTACTGACAGGTATTTCATGTTGAACTGCCATATCTACATATACATATTATATGTTATATATAAATTAAATGTTTACTCAAGCATTTCTTGTTGTTGCAGCCTGTCAGATACCGCTTGATCATATGCTCATCTGGCTGAAGTATTTTGGGCATTGACTTATGGAATCTTCATGGGCATGTGAAAGGAACAATAGCATGCTCACATGTCTAGATCTTTTGCTCCAGACTTTACTCCAGACTTTAGACATTTATCTCTTATTAATTAGTACCAAGTGAAAAGTACTGCGATTTCTTTTGGACAACTACCTCTATGTATAAGTGCACCTATTATTATTATGCCAGCTATCATCCCACCACATGCTCAGGGTCCATTACTATTGCATCTGCGATAGCATGGCAATGAAGCCTGAACAGTTGGCTCGGGCAAAGCTACATGGCACTGAACCATGTTAAGACTCATAGTTGTTTCTCTTATGTTGCTACCTTGCTATCAAAATTGAGCATATGCTCCATGG
More
|
||||||||||
| CDS seq | ATGGGTGAGTGTTGGGTGCGCAGGCTCTGGGTGCAGATTACCATGGGTGATACTTCAATTGATAAGCTTTTTGAAGGGGATGACAACTCCCGTCTTCTTGCCCGGGTATCTAGGCTCTGGGAATTCACTGATTGCAAGGATGCTACCAAAATTTATCACATCGATCTTGTACTTGTTGATGAGAAGGGTGGCAGCATTCATGCACAGATATTCCCCCTACTTCTCCAGGTGTTCAAGCCTTTGCTGACAGAAGGAAAGGTTTATTATTTGGATTCATATCGTGTGAAAACATCCAACAAAAGCTATAGGCCAGTGGCCAATCCACTAATGATGACTTTCACTAAGTGGACATCTGTTGAGCAATGCCTTGATGTGCCTTTCAATTTCCCTACTGTTGTATACTCTCTGACTCCTTTGAACGAGGTATCAAACTTTGTGGACAAGAATGAGTCCTTTGTTGATGTCATCGGTGTCATTACTGAAATATCTACACCTACGATGCTACGTCCTAAGTCAAGGGATGCTAGCAGCTTGAAAAGGACAGTTCAGATATGTTATGCAAAGTAA
More
|
||||||||||
| Protein seq | MGECWVRRLWVQITMGDTSIDKLFEGDDNSRLLARVSRLWEFTDCKDATKIYHIDLVLVDEKGGSIHAQIFPLLLQVFKPLLTEGKVYYLDSYRVKTSNKSYRPVANPLMMTFTKWTSVEQCLDVPFNFPTVVYSLTPLNEVSNFVDKNESFVDVIGVITEISTPTMLRPKSRDASSLKRTVQICYAK |
||||||||||
| Function | Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit [UniProtKB/Swiss-Prot:Q5R7Q4] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsNip_01g0932000 | OsNip_01t0932000-00 | Chr01 | 40884982 | 40891619 | + | RAP2018-11-26 | ||
| CDS seq | ATGGGTGAGTGTTGGGTGCGCAGGCTCTGGGTGCAGATTACCATGGGTGATACTTCAATTGATAAGCTTTTTGAAGGGGATGACAACTCCCGTCTTCTTGCCCGGGTATCTAGGCTCTGGGAATTCACTGATTGCAAGGATGCTACCAAAATTTATCACATCGATCTTGTACTTGTTGATGAGAAGGGTGGCAGCATTCATGCACAGATATTCCCCCTACTTCTCCAGGTGTTCAAGCCTTTGCTGACAGAAGGAAAGGTTTATTATTTGGATTCATATCGTGTGAAAACATCCAACAAAAGCTATAGGCCAGTGGCCAATCCACTAATGATGACTTTCACTAAGTGGACATCTGTTGAGCAATGCCTTGATGTGCCTTTCAATTTCCCTACTGTTGTATACTCTCTGACTCCTTTGAACGAGGTATCAAACTTTGTGGACAAGAATGAGTCCTTTGTTGATGTCATCGGTGTCATTACTGAAATATCTACACCTACGATGCTACGTCCTAAGTCAAGGGATGCTAGCAGCTTGAAAAGGACAGTTCAGATATGTTATGCAAAGTAA
More
|
|||||||
| Protein seq | MGECWVRRLWVQITMGDTSIDKLFEGDDNSRLLARVSRLWEFTDCKDATKIYHIDLVLVDEKGGSIHAQIFPLLLQVFKPLLTEGKVYYLDSYRVKTSNKSYRPVANPLMMTFTKWTSVEQCLDVPFNFPTVVYSLTPLNEVSNFVDKNESFVDVIGVITEISTPTMLRPKSRDASSLKRTVQICYAK |
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_07g0113000 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os01g70630 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os01g0932000 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_01g0017980 | SBH | 0.570439 | 7.315008 | 6.448701 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_01g0008510 | RBH | 1.676330 | 6.431366 | 11.350247 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_01g0008891 | RBH | 1.944198 | 0.000000 | 9.912401 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_01g0038940 | SBH | 0.289196 | 0.053614 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_01g0038510 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_01G0671600 | RBH | 0 | 0 | 0 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_01g0038190 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.000000 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_01G0673500 | RBH | 0.003421 | 0 | 0.00282 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_01g0038530 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_01g0038490 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_01g0038720 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_01g0039280 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_01g0038550 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_01G039060 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_01g0038760 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
