Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
OsNaBo_12g0012370 OGI:12046700 | 10/16 NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) Chr12:16216617-16224170
Gene Symbol -
DNA seq

ataataatgtttcgtttgcccattgatttgctccagcatgtaagtaatttatcctggaacatgtatctgggcctatccatcacagctcacttggctggtccataggccctagccacaaagaagcactctgcttcttcccctgttcccaaaacaggggtaagctctgctcactgcttggctatcccttcttgccacctacccattggataatttggtgtggccttcctcatggtggtcaaaggtatggctcctaggtggcatgacaagtaatttagggattatgtttgtatggagaaataataagttgctcttgctgactaatataatgctggatgaagaaatcagtggttagtttaaccataaaatgataccatgcatgccaatcggatagcattccggcacctgtattttgtacattaataggatatgtctgatgttgggcccgcaagcatgtatgtatgtgtaaacgcatctgtgcgatcctaggtatttgacaatatgacaatatcacaataaattgtataaattatttaattatctattcaacttagccccttaatttctattataagatgtgattaaaatgcaggttgtttcaggacagtcctaaacataatcatcgataaatcattaaaacagtgcctttaggtgatccataaaacagcagcattaatatccaagcaaaggtaagtactacaaggatatcgcgagtaccttgcagcgctattttggagtccttgcacttccatcatgggtattaaacgtgatacgtatgtcttgaattcttggatgcctttggacagcgtccctgtatgcagacaccttgctggagttggctgtcacttccacctcttcaagctttagtaggtgctcgatgccaacaagtggactactgccatattgtgctgccgctgctccactgctggagctgcacccttgttcgagctgagcaggcctcctgtcatctagcttcagagtctgaagctgtggcattgcccctatacaaaacttcaggcatggcaaaaaatcacatgctagaataaatttctctagttttggaaatctgtgggtataaatctcgatgtcgtcctcaggggttgcttgcgcagtcaagtcaagatcgatgaggcagggcagattggatagaacatggacgccggtgctctggagctgcttgacacgaatctctaacattgtgagcttgtcgcactgctccatccactccgggacattgtggatgcttttacggatgatgagtcggtgaagactcttctgtgcaccgtccagaatgcccggcgaataatcacccagataggtggagcagaagttctcaaacgagttatcacctttgaactgtagggctgcccggatgacacgtgccgacatcttaattctatcaatgatatacgtcgttcctgatcaagcacaaacttaggcttgtctagcttggttaatatcggttcatcatcaccaggccccacgctgacagtatcttgaaaatgcatcttgccaacatcaaaggcaaacagagtctttagggagactagtttgccaatccaattaggcagctgtaaaacgcccgaaactgcgagatgacgcagcgatgacagagaaataacatctgatggaataccagtcaccaaaaggctgcatagtagatctagcgtcctcaaacactggagtctcccaattttctgaggcattatcacctggaaccctctgatcctcaagtgtctcaacaggaagagattacttacagcagacaaatcaaggagcgtaggtgccacataggccacaaggttcaatacccgcaaatgttcaaactttgaaataggaggctgtgtactgcagccacgcaccgggaaagtaatgaaggacctaacttgtgatacttccatcctttccatctccaaattttcataggacaactgacagcataaccgacgaactggaaaccctctatcattcaatatggactgcttagttgccacagtgatgaagttttcctgctggcacttcgataaaataagatcaagcataaggtcatggactcgacatgatacaacctcaccgagacgattattatttggttcaatcaaactcctgttaataagttcgttaaaatagctgtcagcagcttcctccagatctaaaccagctttttcctcaacaaatccttcagctatccatagtcttgttaaatcaaccttgaaaattttagagtcctccggatatattccaaggtacaagaagcatgcccgaagatcatgtgggacatcactataactcagattcagtacatgtctcatccattctagagtaggatttgtttccaactcgtagcccagatagttctgtactttctcccacctttccacattcatgccatgactagccaaaaggctagcaatgctaatgattgctaatggcacccctttgcattttcttaacatgtcttctgatatttttctatattgctcagtaaaaccatcctcggaagcaaatagccttttgaaaaataacgatcgtgagttaacctcatcaagtggttgcatcttgtacaccataccatggaaatcaaagctacactttgtagctacatcttcgattcgtgttgtaattataactcggctaccataattattctgaacaaaagcacactggataatgttccatatcttggtgctccatatgtcatcaattacaataagatacctacaaatagattctttgtcatgatcttttgggcactcaagtttgttcaattggaagtttggaacatctattaattggccatgcatccaatggttgatgttcctattgccctattagtggtaagacaacacactataacttaaaacaaatactccgTttttccaaattatataaagttttattctttgaaactagtactatggagagaggtaaaaatacttggttgcctccttaggatagttggactgttggagactataataaagccaaaaggtaataggagatagtttagtggtaaaagtcaccttttacaagtactaagatactatatttggggcatagtttgaactctaaaagttgttatatttggacggatgaagtagaatatttgcatgtgccttaaaagtctctttttgataaggcaggtataattaataaaatgatctcaaactatattttataattttacaaaaccaaattatggcctacaaaacttatatttacataaaatgtgacattcattatatttgaatcatacttaggctcagttcgtttgtgatggttcccaacctctccttctcgatttccgcgcgtacgtttttcaaactactattttgatgcgttttttgtaaaaagtttttatacgaaagttgtttaaaaaaatcatattgtttcatttttgAaaaaaaatttagctaatacttaattaatcatgcgctaatgaatcgttccgtttttcgtgccagagccaaacgttcccaacctgctctttcgaacatagccttagataataaatcaaaatcctgctagtgaattttcagtggtacctctatttaatttaggttcgcatgtgaacatatgggacccaactgaatcagtcacccgatttgtttgagaaaaatatggcgccctttcccaacatgcatgccacattttttagtgcagcgcctccacatgcatgcctcatttctctcttccactcttcctacgtgcatgcaagctctccccaccactccctctcatcctattcacttaattagcgagttgaaaattgtttttctcactaattacttttacagttcgtgatctgattacaccgttaatttcatcataattaaatatttacaaggatatatcacctgattatattttcctcactacttttatttattatttgtatgatgcacatattttttaaattaggaaaaaccataatcaattaatggcttggatttagttagagctcttaattgcagttccttagttactagaggctcagaataccttaaaattccgcagctagattaacatatgcagtggttagtggccatatatagttttttttcctaatAaaactagagaaatcatgttttaaaatgtggcctgaatataatgtagaaagtaaaaatagagaaattgagaaataaattcataatcaataataaagcatcaaaggagaatagttagtcattttagtccatatttataagccaaacacagcaatgtataccataaaatttgctagcatttgccaaaagttcgtgtctaatttgtctaaggtttagctactaaattacgtagagttgcaatttgctagcaaaataaagttgtgccaaattatactgagatgtgtgtgacatgtccgatatgattgtggaacctcccagtgtgctatgaagtaaacatgcacctaacatagagcctaatttgagctatgtcaacctaagacaacattctaatacgagagaaaatatgtagtgcaaatcagaaaactattgtaggatctaaaaatagaagtttgagatttgtccacgtcatcttttacttatggtgatttggacaaatctcaaacatctatttttagatcctacgatagtttcctggtttgcactacatgtttttccttgataggatcgaaatttccaaatggtgctaaaatctaatacaagtcaacctaaacagtagaaatgtacacatagttataaagtattagctatacacaagaaatattcacacgaactgaatatgaacgtcacatcaaagacaaactatatacagacttaggcatacctcttgttagcaaggtgttctctgagagtgtcaatgagcttttgattatcatctggaaattttgtgaactccgagggtgtcaatgagctcttgattataatctcttttttttgaacttctaaaagtagatttttcagaagcttcaacacgtcgggatttttggacactgacaagaatgatgtgcaattaaacttgtccttcacttgcttgtacac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Protein seq

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Function Disease resistance protein RGA5 [UniProtKB/Swiss-Prot:F7J0N2]

Transcripts

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsNaBo_12g0012370 OsNaBo_12g0012370.01 Chr12 16217340 16224170 - NAM
CDS seq

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Protein seq

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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsNaBo_12g0012370 OsNaBo_12g0012370.02 Chr12 16216617 16218084 - IsoSeq
CDS seq

atgacaggaggcctgctcagctcgaacaagggtgcagctccagcagtggagcagcggcagcacaatatggcagtagtccacttgttggcatcgagcacc

Protein seq

MTGGLLSSNKGAAPAVEQRQHNMAVVHLLASST

Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 5.869416 2.555791 5.908302

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) OsNip_12g0468300 RBH 1.552542 1.989932 0.480138
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os12g28250 RBH 1.064986 1.466989 0.177279
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db Os12g0468300 RBH None None None
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) OsAzu_12g0012820 SBH 0.182238 5.417646 3.334142
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKeNa_12g0012970 SBH 0.0 0.0 0.0
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsCMeo_12g0012910 RBH 0.0 0.0 0.000000
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsARC_12g0012640 SBH 0.000000 0.041887 None
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsPr106_12g0012390 RBH 8.432953 0.0 6.703428
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_12G0234800 SBH 1.978378 15.770687 11.114108
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsIR64_12g0012580 RBH 0.649478 0.0 0.585667
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_12G0257400 RBH 4.978761 1.29971 2.360776
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLima_12g0012390 RBH 0.182008 0.0 None
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKYG_12g0012750 RBH 0.463109 0.0 None
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsGoSa_12g0012610 RBH 6.598987 0.0 None
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLiXu_12g0012560 RBH 1.080989 0.0 0.647967
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLaMu_12g0012800 SBH 0.0 3.624916 None
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) OsN22_12G012500 SBH 0.094266 0.910185 1.013057
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsNaBo_12g0012360 RBH 0.423249 7.913693 2.159001
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