Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsNaBo_11g0013270 | OGI:11045580 | 16/16 | NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr11:17252809-17271550 | ||||||||
| Gene Symbol | SCP61, OsSCP61, OsSCP62, SCP62 | ||||||||||
| DNA seq | 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| CDS seq | atgggaaaggaagcaagcgcgatggttgcgaggagaagcaccagccaccgtgattggaGgaggtggtggtggtggctgctgcctctagcctgctgcttcgtttgttgggttgcctcgtcggcggcgacggtggcgccggcggccggtgtcgccgtgacgagccttcctggattcgacggcccactgccattctccctcgagaccggagatacgcgttacgggtctcaaaagcatcaatacgccaatacggcgagtatatatatctataggacgcgactagaccgaaatcggtctcgcgatagctctatcgcgcgacgcgcgcccctgccagaaaaagcaaccgcgcgcccctaccaaaagaggaaagcgtgcaacgcacggctctcgcttcgcatggtacagctggcatgggcccggctaggacagagcgctgcgtgcctccttccccctccaacccatcaaatccggacagccggcgacatcaatccacacgcagccgccatggtgaacgagagtacgggcgtgcgcctcttctactactttgtccagtcagagaaggatcctgatgtagacccacttttattgtggctatcaggtgggcccggctgttctagtctctctggcctaacccacgagatagattattcatgtgcatacatttataggaccattccaatttgccgcaaaacggtgagcaacataatttttgtggattctcccgtaggggcaggattctcatacgcggcaacacaggaaggctccaagactagcgataccaagacagtgaaacagcttgttattttcctcagaaagtggcttcatgatcatccccagttcttgctgaatccgctgtatattggaggtgactcatatagtggttatattgtacctacacttgcgctagcgattgatgaaagcaatgattcaggagataaaccaattttgaatctcatggggtacgttgctggcaatccaaggaccgaacgccaatttgatgaaggtggtaaaaTtccatttctccatggcatgggacttatatccaatgaactttatgaggtaatccataatccagtaataacATTATATGTTTCCTATAGTACATTCAGCAAATATTTGTAG
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| Protein seq | MGKEASAMVARRSTSHRDWRRWWWWLLPLACCFVCWVASSAATVAPAAGVAVTSLPGFDGPLPFSLETGDTRYGSQKHQYANTASIYIYRTRLDRNRSRDSSIARRAPLPEKATARPYQKRKACNARLSLRMVQLAWARLGQSAACLLPPPTHQIRTAGDINPHAAAMVNESTGVRLFYYFVQSEKDPDVDPLLLWLSGGPGCSSLSGLTHEIDYSCAYIYRTIPICRKTVSNIIFVDSPVGAGFSYAATQEGSKTSDTKTVKQLVIFLRKWLHDHPQFLLNPLYIGGDSYSGYIVPTLALAIDESNDSGDKPILNLMGYVAGNPRTERQFDEGGKIPFLHGMGLISNELYEVIHNPVITLYVSYSTFSKYL |
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| Function | Serine carboxypeptidase-like 19 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q8VZU3] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsNaBo_11g0013270 | OsNaBo_11g0013270.01 | Chr11 | 17252809 | 17271550 | + | NAM | ||
| CDS seq | atgggaaaggaagcaagcgcgatggttgcgaggagaagcaccagccaccgtgattggaGgaggtggtggtggtggctgctgcctctagcctgctgcttcgtttgttgggttgcctcgtcggcggcgacggtggcgccggcggccggtgtcgccgtgacgagccttcctggattcgacggcccactgccattctccctcgagaccggagatacgcgttacgggtctcaaaagcatcaatacgccaatacggcgagtatatatatctataggacgcgactagaccgaaatcggtctcgcgatagctctatcgcgcgacgcgcgcccctgccagaaaaagcaaccgcgcgcccctaccaaaagaggaaagcgtgcaacgcacggctctcgcttcgcatggtacagctggcatgggcccggctaggacagagcgctgcgtgcctccttccccctccaacccatcaaatccggacagccggcgacatcaatccacacgcagccgccatggtgaacgagagtacgggcgtgcgcctcttctactactttgtccagtcagagaaggatcctgatgtagacccacttttattgtggctatcaggtgggcccggctgttctagtctctctggcctaacccacgagatagattattcatgtgcatacatttataggaccattccaatttgccgcaaaacggtgagcaacataatttttgtggattctcccgtaggggcaggattctcatacgcggcaacacaggaaggctccaagactagcgataccaagacagtgaaacagcttgttattttcctcagaaagtggcttcatgatcatccccagttcttgctgaatccgctgtatattggaggtgactcatatagtggttatattgtacctacacttgcgctagcgattgatgaaagcaatgattcaggagataaaccaattttgaatctcatggggtacgttgctggcaatccaaggaccgaacgccaatttgatgaaggtggtaaaaTtccatttctccatggcatgggacttatatccaatgaactttatgaggtaatccataatccagtaataacATTATATGTTTCCTATAGTACATTCAGCAAATATTTGTAG
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| Protein seq | MGKEASAMVARRSTSHRDWRRWWWWLLPLACCFVCWVASSAATVAPAAGVAVTSLPGFDGPLPFSLETGDTRYGSQKHQYANTASIYIYRTRLDRNRSRDSSIARRAPLPEKATARPYQKRKACNARLSLRMVQLAWARLGQSAACLLPPPTHQIRTAGDINPHAAAMVNESTGVRLFYYFVQSEKDPDVDPLLLWLSGGPGCSSLSGLTHEIDYSCAYIYRTIPICRKTVSNIIFVDSPVGAGFSYAATQEGSKTSDTKTVKQLVIFLRKWLHDHPQFLLNPLYIGGDSYSGYIVPTLALAIDESNDSGDKPILNLMGYVAGNPRTERQFDEGGKIPFLHGMGLISNELYEVIHNPVITLYVSYSTFSKYL
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsNaBo_11g0013270 | OsNaBo_11g0013270.02 | Chr11 | 17252809 | 17271550 | + | NAM | ||
| CDS seq | atgggaaaggaagcaagcgcgatggttgcgaggagaagcaccagccaccgtgattggaGgaggtggtggtggtggctgctgcctctagcctgctgcttcgtttgttgggttgcctcgtcggcggcgacggtggcgccggcggccggtgtcgccgtgacgagccttcctggattcgacggcccactgccattctccctcgagaccggatacgtggaggtgaacgagagtacgggcgtgcgcctcttctactactttgtccagtcagagaaggatcctgatgtagacccacttttattgtggctatcaggtgggcccggctgttctagtctctctggcctaacccacgagatagattattcatgtgcatacatttataggaccattccaatttgccgcaaaacggtgagcaacataatttttgtggattctcccgtaggggcaggattctcatacgcggcaacacaggaaggctccaagactagcgataccaagacagtgaaacagcttgttattttcctcagaaagtggcttcatgatcatccccagttcttgctgaatccgctgtatattggaggtgactcatatagtggttatattgtacctacacttgcgctagcgattgatgaaagcaatgattcaggagataaaccaattttgaatctcatggggtacgttgctggcaatccaaggaccgaacgccaatttgatgaaggtggtaaaaTtccatttctccatggcatgggacttatatccaatgaactttatgaggtaatccataatccagtaataacATTATATGTTTCCTATAGTACATTCAGCAAATATTTGTAG
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| Protein seq | MGKEASAMVARRSTSHRDWRRWWWWLLPLACCFVCWVASSAATVAPAAGVAVTSLPGFDGPLPFSLETGYVEVNESTGVRLFYYFVQSEKDPDVDPLLLWLSGGPGCSSLSGLTHEIDYSCAYIYRTIPICRKTVSNIIFVDSPVGAGFSYAATQEGSKTSDTKTVKQLVIFLRKWLHDHPQFLLNPLYIGGDSYSGYIVPTLALAIDESNDSGDKPILNLMGYVAGNPRTERQFDEGGKIPFLHGMGLISNELYEVIHNPVITLYVSYSTFSKYL
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| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.000000 | 0.0 | 2.249971 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_11g0461000 | SBH | 1.093553 | 0.968793 | 4.674829 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os11g27329 | SBH | 0.855881 | 0.482030 | 1.190094 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os11g0461000 | SBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_11g0013350 | SBH | 0.508802 | 0.0 | 14.436690 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_11g0013290 | SBH | 0.0 | 0.0 | 1.414564 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_11g0013260 | SBH | 0.000000 | 0.0 | 14.813222 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_11g0013030 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_11g0013340 | RBH | 0.894733 | 0.0 | 0.443092 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_11G0241300 | SBH | 0.21982 | 0.466186 | 0.0330005 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_11g0013290 | SBH | 0.101687 | 0.0 | 0.000000 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_11G0257400 | SBH | 4.7071115 | 0 | 0.342257 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_11g0013380 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_11g0013470 | RBH | 0.000000 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_11g0013100 | RBH | 0.000000 | 0.0 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_11g0012930 | RBH | 0.000000 | 0.0 | 0.000000 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_11g0013290 | RBH | 0.000000 | 0.0 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_11G013090 | SBH | 0.000000 | 0.0 | 2.597997 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_11g0013220 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
