Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
OsNaBo_11g0007060 OGI:11017610 | 16/16 NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) Chr11:6009726-6018194
Gene Symbol RLCK318, OsWD40-188, OsRLCK318
DNA seq

aagttttggaactataaactctattttactttttctggacagaaatattttcagaatacactgggactgttaattcataacaaaaacactggactgcaaaagggatgagaaaaaaaaacaaactttgtatgcttaatgtaggtaatatccactacatcagattacaaaTtttttttcccatgttacctccgaatttcagatcttggttatcaaagtgtcaaaacattgttcaaccggtgttctgaatgagctaattaagcgcactaccattatctgtctccactccagtttccctacttgacaccaacagtttgaatatccttatctgttgctgggagcaggctttccatgacgaatttcagtaatcactaatccagcatcatgtccaatcgcaactctgcaacagtaaggtcgtttcaaaaagaactctgaattaataaagaatgcagagcacattcgtaatgcatacaacgtaccgatagagttcacatgccacatagaagaagatgaaaaacatgccagttacaaatgttaaaaggagttcataaggaaaggtgtgatgacagtttttacacaaatagacaattgcagaaaagacagatcatctacttcataactcaaaaaatgagttgttctgatataaagtaagatctttgaggaatggataaattttaatttcaacaaatttaccgaaattcatgttctcagtcaagtttattttaattttacacttgcagaagttgcagggaagcagtaacattgtcaacaacataacatcaagataaatagtaggatccttttaatcactcaccgttttgaaccctttaagcaaactatagcagtaactttgccgagctcaaagtccagtacatcttccagcctagaagattatggaaaacagtgtcatttctgaaactttttggacatgaaaacatggcaagatcacatctcaaccttatgaagttgtgttaatatgtaccgcaaattaggaacttacttgaaggtagtggcattccacagacgaactgtctcatcatttgaacctgtgagtaggattggcagatctggatgggaacaaacacaggtgatacaatccgtatgtccttcaagtgtttgaacacaagtccttctctgacagtcccagatctgatcagcaacatgaaatgcattagaatgttacttccgcaaaaaacgatcaagagataccacaatattgttcttcagtgaacctgtcttaccttggccgttttgtcccatgaaccagttatcatgtacagctgattgcctcgagtaaagaaatcaaaacaatccactatagatacatgcccagacagtgtgaattcatgacgcgaagaacgtatattccaaacctgtattttttttccattgacaaaagcatacatatatttgtgttaatgacctaaattctcaagctgtgtttaccaaattgacaggagggtacctgagcatccatcaagcttgcaacagcaaatttatgtgtatcttttgggttaaatttgatttgatatgctacgccatgggggtcaaatgtcctgatacactcccagtccttgttccagtcccacagcttgatctggtcttgtgagcctactgacagtaggtaaggctcagttggatggacatccaaagttgtgatggtccaactccaagcatgagctttgaatctcttcacttgctttactggggactcatatgtgtaaactcttatgaaaccatcgtgatgtccaaccacgaaccattgctttcgcgcgatgaacttggctgcagtaactgtagtgttggagtgagtaaatcagttagcattgctgtggcacatgtacaagtctatgcatggttagtagtgagtcagaagcatgcctattggtccatatgagccttgaatcaggttccttgtttcctgtggacaaatatatgggcaaatattagtccttgaacatccaaaagcatatttcaacatgctaaaattgtaggcatggagataactttcaatgaattttactcacataggcaaactttacaacttataacttttttgttgtcattggcagttttctaaatttatagcgggtagtatatatgcttttagacaacagaatatgtttctttttttttacatcactggcttctatatcagaaatatacgcaaatacctgtcccaccaaacaaacatgtaactagccgattactggacaaaagtttacgtctaaatatttgaattcaaaaaaaagttacacaattttttgcacgcctgctaggacctcacactccatgtgtagccaccttactttctcacatatgaagcagtacctcatgacaacgagataaatgttgttcatttgacttcacctctccaaaacttgtagtgagtatttgatagtactgtacaactttgagagcatgtctccatcaacagtatttgaaaaaaatgaagaaaaatgttttttaaatagaactaagagctcgtgaagaatatttgattccctagatgaattcaaataaaaataaacatttaactagaaagtttaagatatcatcgagagctataattttcgtacaaattttcttttcatctgacgtaatattaaaagctgtaattttttattgaaatgtggccagtccttaagagaatcgccgatgaaaattgaactttatgggtggcttcttaagagaatcgcttatgaaaatgttgtgttttgttccaggttatttccaaagaaaaccgcatgtgaaattttttcccttattatttgaaaatgacttgattttgaaaattaatagaaaatatattttaagtccaactaaagtgacccaaagctctctgtgatacttaatatttccttcaatatgatcagatcaaaagtattctaatatggttccttacttattaaaagttacctttatgtgagttgacatattatatatcttaagtgaatgactatatccaaggaaatattgaccacatcttattgaaggaaatactgtaggggtctcagataatttttggttcacctcgatcagatttaaaatgattttaatgtgaattttgaaagtttggccactttaaaagaataagaaaaaaaaaggatatgagggttcgtaacgaatgtttgagacattaaaagatctcaaatgaaaaaacatcaaactacaaaattgtattttccgtaaagagatataattataatataaagtttgttctcatccacttcataagaaaaaaatgtgattttttaaataggacccttgccatttttataggcggttaacaaatagatctgagaccttatgatgaatggttgagcccctaacaatatcaatatcaaattaaggcaactaaaaagttgtacatattgtcaagagctaaacttttcatatgaaaagattgttctgatccgacttcatacgaaaagattgcgattttgtttacggaaaaagagtcatttcctttttataggcagttaataaatatatccaggaccttgtaatgaatgtttgagctactaaacaatctcaaatgaaaaaaaaattcaactacaatgtagatctcgttgggagctataattttcatataaagtttgttctcatctaacttaatattaaaaaaatgacttttttttattaaaatagagttgtttacatttttacagttagtttcttaagagatcagtccatgaaaataaatttttacaggaggtttcttaagaaagccgaaaatttaaataaattgatgtactacctcataaaatcacctaattttcatagacggttttcttaaggaataatatgtggaaatgtgttttaacaggcaattttaaactataaggccaggcttcttgccattattccacctataaaataaagaaagggtgcccacgaaaatattttttaaaagtagtgattgaaatgggttttttcttatatgatccttaaggaggttctgtgagataccataccattttatttttacatgtgcctttggtattttccttgtatagcggtagcacaaattaacagtaaagtagcatatgcagcttaccaagagtaataacttacaagcgtattatagttcaagatgtcaactgagccaaacatattgctcgtcaagatcctgtgtacataagaagaaatttacttatagtaaaagctatagtaacagacattttacagctgcttcaaaaaagatagaaatgtagtagtgttcaaagaaattaaaagataaacagatatctggccctgattttgtggaccctaactttattatagaataagcgcataaccaagtaaaagaacttacataaggaaaaagataatgagaaaacatgaccattgttttagtcatttctcctctacttcccttttccaaaatAaaaaaaataaaaaacataaccattcttttttagaattaaacataaccattgttaaatcaaaatttacgtatcagcgtatgttcccacaaatttttatttttgttttaggtctaaaataatatgggatcatgctaattgccaagtgtagttaacatgaaagtagtgaactaatacacgaacagtttgtccttttcttttggatataaacacaaatcttcgtttcatttgttattatggaaaaaaaactagaacatatgcagtttatctcctcttagaaccaaaaaagaaagactattcacataccatggttccgatggatgcacatctattggaacatcaggatgttccattgggatgatctgatcaaatgacacatcgactgaagttaacgaaataataaaatgaatgggttttcaaatgttataaaagtatgcaacatgcatggttttggtgatacaaaaacaactaaaacttatttcacctgatcttcctctcggtcctcctctttctctttggaacaagaactgttatggtgatcggcttcatgattttctttggtctcatttaagttcaaatggcttggcaatttgctctcaagagtgacagactcgt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CDS seq

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Protein seq

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Function Coatomer subunit beta'-2 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q6H8D5]

Transcripts

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsNaBo_11g0007060 OsNaBo_11g0007060.01 Chr11 6010047 6017414 - NAM
CDS seq

atgaatccaactaatgtaacatacgaattgttagaagaaattacagatggattctccgaggagcgaaagcttggtgaaggtggatatggaacagtttacaagggagagcataaaaatggagataaaattgcagtgaagattcttcatgatacgcaagattttgacggcaagaaattacaaaatgagtttgggaaccttatgatagtcaaccatccaaacattccacctatttaccatttggacctaaagcctgccaatattttgctagacaacaacatggtgccgaaaattgcagattttggtttgtccaggttcatcactgaagacaaaaccatgactacaaaaactcttgttgggacaatcacatacctaccacgagaatacatagagaggaaagaaatatcaaacaagttagacatattcagcttgggcgttgtaatgctagagataattgcaggacctggacctacaggacgcttcagaagcaccgaaattccttctcaagaatttaccgatcagcaagtgaagacatgcactgagatagcactgaaatgcatggagactgatagggaaaataggcctaatatagtggaaatcatcaatcaaattaacgagaaagaagctatcattggtgagctgccgatagaccatgccttggagaagctaccctcacacaacaacgagtctgtcactcttgagagcaaattgccaagccatttgaacttaaatgagaccaaagaaaatcatgaagccgatcaccataacagttcttgttccaaagagaaagaggaggaccgagaggaagatcagatcatcccaatggaacatcctgatgttccaatagatgtgcatccatcggaaccatggatcttgacgagcaatatgtttggctcagttgacatcttgaactataatacgcttgtaattactgcagccaagttcatcgcgcgaaagcaatggttcgtggttggacatcacgatggtttcataagagtttacacatatgagtccccagtaaagcaagtgaagagattcaaagctcatgcttggagttggaccatcacaactttggatgtccatccaactgagccttacctactgtcagtaggctcacaagaccagatcaagctgtgggactggaacaaggactgggagtgtatcaggacatttgacccccatggcgtagcatatcaaatcaaatttaacccaaaagatacacataaatttgctgttgcaagcttgatggatgctcagctgtacatgataactggttcatgggacaaaacggccaagatctgggactgtcagagaaggacttgtgttcaaacacttgaaggacatacggattgtatcacctgtgtttgttcccatccagatctgccaatcctactcacaggttcaaatgatgagacagttcgtctgtggaatgccactaccttcaagctggaagatgtactggactttgagctcggcaaagttactgctatagtttgcttaaagggttcaaaacgagttgcgattggacatgatgctggattagtgattactgaaattcgtcatggaaagcctgctcccagcaacagataa

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Protein seq

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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsNaBo_11g0007060 OsNaBo_11g0007060.02 Chr11 6009726 6018194 - IsoSeq
CDS seq

atgagaccaaagaaaatcatgaagccgatcaccataacagttcttgttccaaagagaaagaggaggaccgagaggaagatcagatcatcccaatggaacatcctgatgttc

Protein seq

MRPKKIMKPITITVLVPKRKRRTERKIRSSQWNILMF

Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source
A3 Chr11 6011002 6011188 - OsNaBo_11g0007060.02 OsNaBo_11g0007060.02,OsNaBo_11g0007060.01 All
A3 Chr11 6015470 6015737 - OsNaBo_11g0007060.02 OsNaBo_11g0007060.02,OsNaBo_11g0007060.01 All

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 0.0 4.860302 1.331363

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) OsNip_11g0212900 SBH 0.0 0.0 1.032652
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os11g10710 SBH 0.177515 0.000000 0.209009
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db Os11g0212900 SBH None None None
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) OsAzu_11g0007180 RBH 0.0 0.0 1.539287
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKeNa_11g0007260 RBH 0.0 0.000000 0.000000
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsCMeo_11g0007070 RBH 0.0 0.0 0.132038
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsARC_11g0007090 RBH 0.0 0.0 None
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsPr106_11g0007060 RBH 0.0 0.0 3.701287
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_11G0093400 RBH 0.193188 1.072584 0.1490385
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsIR64_11g0007050 RBH 0.0 0.0 0.078700
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_11G0100400 SBH 1.2949105 1.729072 0.2452115
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLima_11g0007200 RBH 0.0 0.000000 None
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKYG_11g0007070 RBH 0.0 0.0 None
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsGoSa_11g0007100 RBH 0.0 0.0 None
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLiXu_11g0007180 RBH 0.0 0.0 0.000000
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLaMu_11g0007170 RBH 0.0 0.0 None
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) OsN22_11G007220 RBH 0.0 0.0 0.613813
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsNaBo_11g0007070 SBH 0.0 13.393512 1.386092
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