Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsNaBo_05g0020900 | OGI:05064220 | 15/16 | NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr05:24484848-24494545 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
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| Function | Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g06840 [UniProtKB/Swiss-Prot:C0LGD7] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsNaBo_05g0020900 | OsNaBo_05g0020900.06 | Chr05 | 24484848 | 24494545 | + | NAM | ||
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| Protein seq | MINFGGVLCAVTLVVLLPFLEAADGKSTDPSEVSALMAIKGSLVDPMNNLKNWNRGDPCTKNWTGVFCHDLGDTYLHVTELQLFRRNLSGNLVPEVSLLSQLKILDFMWNNLTGNIPKEIGNITTLKLILLNGNQLSGLLPDEIGNLQSLTRLQVDQNHLSGAIPKSFANLRSVKHLHMNNNSLSGQIPSELSRLNTLLHLLVDNNNLSGPLPPELAAAKSLKILQADNNNFSGSSIPTLYYNMSGLFKLSLRNCSLQGAIPDLSAIPQLDYLDLSWNQLTGSIPTNKLASNITTIDLSHNMLNGTIPSNFSGLPYLQLLSLKNNLLDGSVPSEIWAGVNPNRNGSLVLDFQNNSLNMLPAEISPPPPNVTVVLYGNPICKNSSETLIINLCRLQSINLEKSKQETSTAMVCGACPTEKNYEYNPSFSDQCFCAVPLGVGLRLKSPGVRDFHPYENAFKIDLTSLLQLFPYQLYIENYIWEVGPRLNMHLKLFPSNTSLFNMSEVVRLRHVLAGWEITLLDVFGPYELLNFTLGSYEDEYPNLASSGLSKAALGGILASTIASAIALSAVVTALIMRRNSRTNRISRRSLSRFSVKIDGVRCFTYEEMASATNNFDMSAQVGQGGYGIVYKGILADGTIVAIKRAHEDSLQGSTEFCTEIELLSRLHHRNLVALVGYCDEENEQMLVYEFMPNGTLRDHLSGKSKQPLGFGLRLHIALGASKGILYLHTDADPPIFHRDVKASNILLDSKYVAKVADFGLSRLAPVPDVEGALPAHVSTVVKGTPGYLDPEYFLTHKLTDKSDVYSLGVVFLELLTGMKPIEHGKNIVREVKKAYRSGNISEIMDTRMGLCSPECVDSFLQLAMKCSRDETDARPSMTEIVRELELILKIMPEGDLIQLETPQTYSGRAMSKDPMSKSTSNSTNGNYLASSQTFTSVDASSSGVLSGMVSPR
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|
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| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
| A3 | Chr05 | 24485126 | 24486087 | + | OsNaBo_05g0020900.01,OsNaBo_05g0020900.04 | OsNaBo_05g0020900.01,OsNaBo_05g0020900.04,OsNaBo_05g0020900.03 | All |
| A3 | Chr05 | 24485126 | 24486066 | + | OsNaBo_05g0020900.02 | OsNaBo_05g0020900.01,OsNaBo_05g0020900.04,OsNaBo_05g0020900.02 | All |
| A3 | Chr05 | 24485126 | 24486087 | + | OsNaBo_05g0020900.02 | OsNaBo_05g0020900.02,OsNaBo_05g0020900.03 | All |
| A3 | Chr05 | 24485126 | 24486066 | + | OsNaBo_05g0020900.06 | OsNaBo_05g0020900.01,OsNaBo_05g0020900.04,OsNaBo_05g0020900.06 | All |
| A3 | Chr05 | 24485126 | 24486024 | + | OsNaBo_05g0020900.06 | OsNaBo_05g0020900.02,OsNaBo_05g0020900.06 | All |
| A3 | Chr05 | 24485126 | 24486087 | + | OsNaBo_05g0020900.06 | OsNaBo_05g0020900.06,OsNaBo_05g0020900.03 | All |
| RI | Chr05 | 24492491 | 24493012 | + | OsNaBo_05g0020900.01 | OsNaBo_05g0020900.02,OsNaBo_05g0020900.06,OsNaBo_05g0020900.04,OsNaBo_05g0020900.05,OsNaBo_05g0020900.03,OsNaBo_05g0020900.01 | All |
| SE | Chr05 | 24485126 | 24487061 | + | OsNaBo_05g0020900.01,OsNaBo_05g0020900.04 | OsNaBo_05g0020900.01,OsNaBo_05g0020900.04,OsNaBo_05g0020900.05 | All |
| SE | Chr05 | 24485126 | 24487061 | + | OsNaBo_05g0020900.02 | OsNaBo_05g0020900.05,OsNaBo_05g0020900.02 | All |
| SE | Chr05 | 24485126 | 24487061 | + | OsNaBo_05g0020900.03 | OsNaBo_05g0020900.05,OsNaBo_05g0020900.03 | All |
| SE | Chr05 | 24485126 | 24487061 | + | OsNaBo_05g0020900.06 | OsNaBo_05g0020900.05,OsNaBo_05g0020900.06 | All |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 16.340111 | 55.368656 | 20.354586 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_05g0481100 | RBH | 23.700064 | 28.238277 | 19.662548 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os05g40270 | RBH | 13.428801 | 14.835557 | 3.853800 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os05g0481100 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_05g0021110 | RBH | 6.241740 | 39.855961 | 28.137032 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_05g0021070 | RBH | 3.710120 | 8.657864 | 15.667743 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_05g0020960 | RBH | 19.131014 | 27.222267 | 58.994049 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_05g0020980 | RBH | 2.240922 | 0.499889 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_05g0021060 | RBH | 67.408661 | 16.833754 | 50.679527 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_05G0404100 | SBH | 0.0051835 | 0.301636 | 0.0027315 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_05g0020650 | RBH | 4.889492 | 1.474467 | 4.056079 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_05G0376100 | RBH | 30.410934 | 57.8002265 | 6.6380725 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_05g0020890 | RBH | 3.005132 | 0.186760 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_05g0020870 | RBH | 5.843855 | 7.642566 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_05g0020940 | RBH | 53.945782 | 21.948303 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_05g0021000 | RBH | 8.506376 | 2.612676 | 4.149949 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_05g0021020 | RBH | 3.684450 | 10.954876 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_05G020460 | RBH | 3.251549 | 1.590088 | 9.414229 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_01g0037370 | RBH | 9.268299 | 43.375332 | 12.217502 |
