Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsLiXu_05g0021000 | OGI:05064220 | 15/16 | LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr05:24544302-24553804 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
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| Function | Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g06840 [UniProtKB/Swiss-Prot:C0LGD7] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLiXu_05g0021000 | OsLiXu_05g0021000.02 | Chr05 | 24544302 | 24553804 | + | NAM | ||
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| Protein seq | MAIKGSLVDPMNNLKNWNRGDPCTKNWTGVFCHDLGDTYLHVTELQLFRRNLSGNLVPEVSLLSQLKILDFMWNNLTGNIPKEIGNITTLKLILLNGNQLSGLLPDEIGNLQSLTRLQVDQNHLSGAIPKSFANLRSVKHLHMNNNSLSGQIPSELSRLNTLLHLLVDNNNLSGPLPPELAAAKSLKILQADNNNFSGSSIPTLYYNMSGLFKLSLRNCSLQGAIPDLSAIPQLDYLDLSWNQLTGSIPTNKLASNITTIDLSHNMLNGTIPSNFSGLPYLQLLSLKNNLLDGSVPSEIWAGVNPNRNGSLVLDFQNNSLNMLPAEISPPPPNVTVVLYGNPICENSSETLIINLCRLQSINLEKSKQETSTAMVCGACPTEKNYEYNPSFSDQCFCAVPLGVGLRLKSPGVTDFHPYENAFKIDLTSLLQLFPYQLYIENYIWEVGPRLNMHLKLFPSNTSLFNMSEVVRLRHVLAGWEITLLDVFGPYELLNFTLGSYEDEYPNLASSGLSKAALGGILASTIASAIALSAVVTALIMRRNSRTNRISRRSLSRFSVKIDGVRCFTYEEMASATNNFDMSAQVGQGGYGIVYKGILADGTIVAIKRAHEDSLQGSTEFCTEIELLSRLHHRNLVALVGYCDEENEQMLVYEFMPNGTLRDHLSGKSKPPLGFGLRLHIALGASKGILYLHTDADPPIFHRDVKASNILLDSKYVAKVADFGLSRLAPVPDVEGALPAHVSTVVKGTPGYLDPEYFLTHKLTDKSDVYSLGVVFLELLTGMKPIEHGKNIVREVKKAYRSGNISEIMDTRMGLCSPECVDSFLQLAMKCSRDETDARPSMTEIVRELELILKIMPEGDLIQLETPQTYSGRAMSKDPMSKSTSNSTNGNYLASSQTFTSVDASSSGVLSGMVSPR
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLiXu_05g0021000 | OsLiXu_05g0021000.07 | Chr05 | 24544302 | 24553248 | + | IsoSeq | ||
| CDS seq | atggttctgttccctcggaaatttgggctggcgtcaaccctaacagaaacggaagccttgtactggacttccaaaataattctctcaatatgcttccagctgaaattagtcctcctccaccaaatgttactgtcgtgttatatggaaatcctatatgtgagaattctagtgaaa |
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| Protein seq | MVLFPRKFGLASTLTETEALYWTSKIILSICFQLKLVLLHQMLLSCYMEILYVRILVK |
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| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
| A3 | Chr05 | 24544577 | 24545416 | + | OsLiXu_05g0021000.07 | OsLiXu_05g0021000.02,OsLiXu_05g0021000.07 | All |
| A3 | Chr05 | 24544577 | 24545437 | + | OsLiXu_05g0021000.07 | OsLiXu_05g0021000.07,OsLiXu_05g0021000.04 | All |
| A3 | Chr05 | 24544577 | 24545437 | + | OsLiXu_05g0021000.02 | OsLiXu_05g0021000.02,OsLiXu_05g0021000.04 | All |
| A3 | Chr05 | 24544577 | 24545374 | + | OsLiXu_05g0021000.03 | OsLiXu_05g0021000.07,OsLiXu_05g0021000.03 | All |
| A3 | Chr05 | 24544577 | 24545416 | + | OsLiXu_05g0021000.03 | OsLiXu_05g0021000.02,OsLiXu_05g0021000.03 | All |
| A3 | Chr05 | 24544577 | 24545437 | + | OsLiXu_05g0021000.03 | OsLiXu_05g0021000.04,OsLiXu_05g0021000.03 | All |
| RI | Chr05 | 24550113 | 24551181 | + | OsLiXu_05g0021000.07 | OsLiXu_05g0021000.02,OsLiXu_05g0021000.05,OsLiXu_05g0021000.03,OsLiXu_05g0021000.07,OsLiXu_05g0021000.04,OsLiXu_05g0021000.01,OsLiXu_05g0021000.06 | All |
| RI | Chr05 | 24551753 | 24552274 | + | OsLiXu_05g0021000.06 | OsLiXu_05g0021000.02,OsLiXu_05g0021000.05,OsLiXu_05g0021000.03,OsLiXu_05g0021000.07,OsLiXu_05g0021000.04,OsLiXu_05g0021000.01,OsLiXu_05g0021000.06 | All |
| SE | Chr05 | 24544577 | 24546411 | + | OsLiXu_05g0021000.07 | OsLiXu_05g0021000.07,OsLiXu_05g0021000.01 | All |
| SE | Chr05 | 24544577 | 24546411 | + | OsLiXu_05g0021000.02 | OsLiXu_05g0021000.02,OsLiXu_05g0021000.01 | All |
| SE | Chr05 | 24544577 | 24546411 | + | OsLiXu_05g0021000.03 | OsLiXu_05g0021000.01,OsLiXu_05g0021000.03 | All |
| SE | Chr05 | 24544577 | 24546411 | + | OsLiXu_05g0021000.04 | OsLiXu_05g0021000.01,OsLiXu_05g0021000.04 | All |
| A5 | Chr05 | 24547133 | 24547419 | + | OsLiXu_05g0021000.01,OsLiXu_05g0021000.02,OsLiXu_05g0021000.03,OsLiXu_05g0021000.04,OsLiXu_05g0021000.05,OsLiXu_05g0021000.06 | OsLiXu_05g0021000.02,OsLiXu_05g0021000.05,OsLiXu_05g0021000.03,OsLiXu_05g0021000.07,OsLiXu_05g0021000.04,OsLiXu_05g0021000.01,OsLiXu_05g0021000.06 | All |
| AF | Chr05 | 24544302 | 24546411 | + | OsLiXu_05g0021000.01 | OsLiXu_05g0021000.06,OsLiXu_05g0021000.01,OsLiXu_05g0021000.05 | All |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 8.506376 | 2.612676 | 4.149949 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_05g0481100 | RBH | 23.700064 | 28.238277 | 19.662548 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os05g40270 | RBH | 13.428801 | 14.835557 | 3.853800 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os05g0481100 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_05g0021110 | RBH | 6.241740 | 39.855961 | 28.137032 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_05g0021070 | RBH | 3.710120 | 8.657864 | 15.667743 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_05g0020960 | RBH | 19.131014 | 27.222267 | 58.994049 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_05g0020980 | RBH | 2.240922 | 0.499889 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_05g0021060 | RBH | 67.408661 | 16.833754 | 50.679527 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_01G0576700 | SBH | 20.3235165 | 60.5722005 | 6.044853 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_05g0020650 | RBH | 4.889492 | 1.474467 | 4.056079 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_05G0376100 | RBH | 30.410934 | 57.8002265 | 6.6380725 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_05g0020890 | RBH | 3.005132 | 0.186760 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_05g0020870 | RBH | 5.843855 | 7.642566 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_05g0020940 | RBH | 53.945782 | 21.948303 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_01g0037400 | RBH | 4.821440 | 2.908548 | 3.678123 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_05g0021020 | RBH | 3.684450 | 10.954876 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_05G020460 | RBH | 3.251549 | 1.590088 | 9.414229 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_05g0020900 | RBH | 16.340111 | 55.368656 | 20.354586 |
