Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
OsN22_12G002400 OGI:11005920 | 15/16 N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) Chr12:1712142-1728777
Gene Symbol -
DNA seq

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Function Proteasome adapter and scaffold protein ECM29 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q5VYK3]

Transcripts

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
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Protein seq

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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsN22_12G002400 OsN22_12G002400_02 Chr12 1712969 1728740 - IsoSeq
CDS seq

ATGTTGATGCTGATGCTCGTGAAGCAACTTCACGTCTGCTTGGTATTACTTCTTCAGCCCTTTCAAGCACTGCTGCACTGGATCTTCTCTCTGAGCTCACTTCAACATTTGATCAAAATCGCCCATCAAGATTCGAAAATTACCATGGATTGTTATGTGCAATTGGGT

Protein seq

MLMLMLVKQLHVCLVLLLQPFQALLHWIFSLSSLQHLIKIAHQDSKITMDCYVQLG

Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 0.218222 3.504383 1.493632

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) OsNip_12g0134200 RBH 1.186653 1.807039 4.955636
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os12g04030 RBH 0.949384 1.237789 1.148916
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db Os12g0134200 RBH None None None
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) OsAzu_12g0002290 RBH 0.259152 17.159941 6.154406
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKeNa_12g0002500 RBH 0.370148 1.795925 2.737558
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsCMeo_12g0002510 RBH 1.274140 13.085980 8.989687
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsARC_12g0002320 RBH 0.089331 0.242673 None
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsPr106_12g0002570 RBH 3.798825 15.497348 15.590113
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_12G0041700 SBH 0.247913 2.4001035 0.2581105
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsIR64_12g0002550 RBH 0.290294 0.585021 0.921035
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_12G0030900 RBH 6.7019845 12.181814 18.9104575
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLima_12g0002340 RBH 0.029826 0.179707 None
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKYG_12g0002560 RBH 0.255499 0.0 None
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsGoSa_12g0002580 RBH 4.387650 8.670361 None
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLiXu_12g0002500 RBH 0.556219 0.0 0.602700
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLaMu_12g0002500 RBH 0.264262 3.992365 None
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) OsN22_11G002430 RBH 0.387233 2.107204 1.988820
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsNaBo_12g0002650 RBH 0.679871 12.303988 7.251406
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