Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
OsN22_11G023450 OGI:11076340 | 16/16 N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) Chr11:29624836-29643558
Gene Symbol -
DNA seq

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Protein seq

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Function -

Transcripts

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
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CDS seq

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Protein seq

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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsN22_11G023450 OsN22_11G023450_01 Chr11 29624836 29643558 + NAM
CDS seq

ATGGCCTCCTCCGCCTCATGGCCGGCGTTCGGAGTAAGCCCAGAGGAAGCAGGGAAGGGTAAATGGTACATCGCAACTGCTGCTACCAACCACATGACCAATGACAAGAGCCTCATCTCCGACCTCAAGCCTGTCGCCGATGGCCGTAATATCATTGCTGATGGCAATGGTGCAGGGTTGAAGGTGCAGGGCAGGGGAGCTGTGAACACAGAAACTGTGGTTCTCCCTGCAGAAGTGTGGTATGTGCCGGAGATTGATGAAAACTTGGTTTCTGTTGACCAGCTCAATGAACTTGGCCTCAGTATTTCGATTGGCCGAGGTGTATGCACCGTCACTAGAGTTAGTGATGGATCTGTAGTTGGCAAAGCGCCTTGTGTGCGCGTAGCACTTTCTCTCATCTTCTCCCGGAGCTCACGCCCTCGCCGCCTCGGCCTCGCCACCGCCGCCGACTCGTCGGAGATGGCCTCCTACCCGGCGTTCCAAGTAAAACCAGAGGAAAGAGCAAATGTCAATGTCAGCAGTCTCAACAACATCTTCATAAGTGCAGAGCCCGGAGCAACATTTCCTAGATGGTTCATCACAGAAGCTGCTACAAACCACATGACCAGCGACAAGAGCATCTTCTCCGACCTCAAGCCTATGGCCGGCCTTGTCATCGACGACCGTGCCGGCGCCGGCGCAGGGTTGCCGATGCACGGCATTGGAGCTGTGTACTCATGGGAGGTGGCGCTCCAAGATGTGTGGTATGTGCCGGGGATGAGTGCCTACATTGGCTTAGTTTCTGCTGGTCAGCTCACTGCAATTGGTCTCAAAACTGAGATTGCAGGAGATGTCTGCACCATCACTAGTGCTGATGGATCTGAAGTTGGCAAAGGGCGTATGGCATGCAGGAATGGCCGGACCATGCCCGACCACCCTTGTCTTCCTCATTGTCCTCTCCAACAAGGAGATCCTCCTCATCAACAAATCAACAATGGCAAGCAGCTGTCCTGTGCTTCAACTTCTTCACCGGGCACGCCGCAGCAGTGTAAGGGAAAGAAAACGGAGATTGCTGCCGTTTGCTTTAAAAAAGAAACGGAGAGGTTAAGCCGTTTAGATGAAAAAATGGAGCGTAAGGCCCTGGGCCCGCTGGAGAAGTGA

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Protein seq

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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsN22_11G023450 OsN22_11G023450_02 Chr11 29624836 29634461 + NAM
CDS seq

ATGGCCTCCTCCGCCTCATGGCCGGCGTTCGGAGTAAGCCCAGAGGAAGCAGGGAAGGGTAAATGGTACATCGCAACTGCTGCTACCAACCACATGACCAATGACAAGAGCCTCATCTCCGACCTCAAGCCTGTCGCCGATGGCCGTAATATCATTGCTGATGGCAATGGTGCAGGGTTGAAGGTGCAGGGCAGGGGAGCTGTGAACACAGAAACTGTGGTTCTCCCTGCAGAAGTGTGGTATGTGCCGGAGATTGATGAAAACTTGGTTTCTGTTGACCAGCTCAATGAACTTGGCCTCAGTATTTCGATTGGCCGAGGTGTATGCACCGTCACTAGATTGGCAAAGCGCGTAGATCAGGTGGAGTCTATGAGAAGCCCAGAGGAAGCAGCGAAGGGTAAATGGTACATGGCAACTGCTGCTACCAACCACATGACTCGCGACCAGAGCCTCATCTCCGACCTCAAGCCTGTGACCGGCCGTGTCGTTAGCCGTGGCAACGGCGCAGGGTTGAAGGTGCATGGCACTTGTGTGCGCGTAGCACTTTCTCTCATCTTCTCCCGGAGCTCACGCCCTCGCCGCCTCGGCCTCGCCACCGCCGCCGACTCGTCGGAGATGGCCTCCTACCCGGCGTTCCAACTCTGTCAACTCGGGCTCGAAGTTTCGATTTTCCGAGGTGTCTGCACCGTCACTAGAGCTAGTGATGGATCGGTAGTTGGCAAAGCGCATAGATCAGGTGCAGTCTATGAGGTGGAATTCCTCAAAGTTCCGCTTAATTAG

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Protein seq

MASSASWPAFGVSPEEAGKGKWYIATAATNHMTNDKSLISDLKPVADGRNIIADGNGAGLKVQGRGAVNTETVVLPAEVWYVPEIDENLVSVDQLNELGLSISIGRGVCTVTRLAKRVDQVESMRSPEEAAKGKWYMATAATNHMTRDQSLISDLKPVTGRVVSRGNGAGLKVHGTCVRVALSLIFSRSSRPRRLGLATAADSSEMASYPAFQLCQLGLEVSIFRGVCTVTRASDGSVVGKAHRSGAVYEVEFLKVPLN

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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsN22_11G023450 OsN22_11G023450_04 Chr11 29632689 29634642 + IsoSeq
CDS seq

ATGGTACATTGCGACTGCTGCTACCAACCACATGACCCGCGACCAGAGCGTCATCTCCAACCTCAAGCCCGTGACTGGCCGTGTCGTTGGTGGTGGCAACGGCGCAGGATTGCAAGTGCATGGCAGTGGAGCTGTGAACACAGAGACGGTGGCGATCCCAGACGTGTGGTATGTGCCGGGGATCAATTGCAACTTGGTTTCTGTTGGCCAGCTCTGTCAACTCGGGCTCGAAGTTTCGATTTTCCGAGGTGTCTGCACCGT

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Protein seq

MVHCDCCYQPHDPRPERHLQPQARDWPCRWWWQRRRIASAWQWSCEHRDGGDPRRVVCAGDQLQLGFCWPALSTRARSFDFPRCLHR

Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source
A5 Chr11 29643321 29643430 + OsN22_11G023450_01 OsN22_11G023450_03,OsN22_11G023450_01 All

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 0.000000 1.297925 5.818026

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) OsNip_11g0678200 RBH 0.0 0.0 0.0
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os11g45290 RBH 0.0 0.0 0.0
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db Os11g0678200 RBH None None None
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) OsAzu_11g0023930 RBH 0.0 0.0 1.393465
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKeNa_11g0023630 RBH 0.0 0.0 0.000000
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsCMeo_11g0023280 RBH 0.0 0.0 0.0
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsARC_11g0023230 RBH 0.0 0.0 None
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsPr106_11g0023860 RBH 0.0 0.0 0.0
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_11G0409800 RBH 0.1087525 1.185418 2.419403
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsIR64_11g0024170 RBH 0.0 0.0 0.0
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_11G0433500 RBH 3.2534245 0.035568 64.2402305
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLima_11g0023910 RBH 0.0 0.0 None
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKYG_11g0023900 RBH 0.0 0.0 None
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsGoSa_11g0023480 RBH 0.0 0.0 None
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLiXu_11g0023170 RBH 0.0 0.0 0.662855
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLaMu_11g0023390 RBH 0.0 0.0 None
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsNaBo_11g0023900 RBH 0.0 0.0 0.0
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