Rice Gene Index (RGI): a comprehensive pan-genome database for comparative and functional genomics of Asian rice.

Basic Info

Gene ID		OGI # \| Score			Accession \| Assembly \| Annotation			Location		Links
OsN22_09G007230		OGI:09032520 \| 16/16			N22 \| OsN22RS2 \| Gramene(+IsoSeq)			Chr09:11837241-11841210		Homologues MicroCollinearity RGI-JBrowse
Gene Symbol		-
DNA seq		ATGCTAGTTGAAACCATCATGGCAATTAAACTCGAGTACGGGATAAAAAATAATTGGATGGGTGATCCATGTTTCCCTGAAAAATTTGCTTGGGAAGGCGTAAAATGCAGCAATTCAAGTAGTAACACAGCGAGGATCATCTCTTTGTAAGTATAACTTGAAATTCTATCACCAGTATTATGCTCGGAATTTGTGCTTGGGACTTATGTTGGATCACCTAAAAATTTACATGCAGGGATCTGTCCAACAGCAACTTGCATGGAGCTATATCTAATAACTTCACATTACTCACGGCACTCGAATATTTGTACGTATCTAAACAATTCATTTTGTTTCTAAAGAGGCATATTTGATATATAGCTTCTTTTTAATTAACTTATTCTTTCAAGTCTATACGTATATATATCTTTTGACCAAGATCTAAACTACGGTATACATACTTGGCTTCCTAGGGCCCTCTCATGTGTCATTACTTCTCAATCAAATAGAACAAAATTAGAAATGAAAATGATGCAGAAAAAAATTCACAATAAAGACAGATAATCCCAGGTGAAGTGGTGTCGTAAATCACGCTGTGGGTTGTTATAATCTACTTATTCTTGCATTTTATACGCGTTTGAAATAAGTGCATAAACATATATAGTGTCAGGGATTTACCTCATGCTCGCCCCTTTATAATTTGTTATTAAGGAATTGTATTACTATATTTAAACAGCGCTAGACATATTACTGATATCTTAAACTTCGTGAAACCACAGGAATTTGTCATGCAACCAACTGAACGGGCCAGTCCCTGACTCTCTACGTAAAAATAACACAGGGTCATTCATTTTCAGGTTTGGGGCCTTATTGGTGTTAATGTTTCTCCGTAATGTATCCAAGTTACAGAATGTAGTTCATTTTTTTCTATGGACTTTGAACTGGTGGTCATTATTGAAGACTGTTTTTCCTTTTGCACCAAAGAATACCATGAACTGACTGTCTTATTTGATTTCAGCTTCAATTCTGATGGAAATATGTGCAACAAACCAATAATAGTCCCATCTCCGCCAGGAAAAAGGTCAAATAGAGCAGCTACCTTAGCTATTTTGATAGTGGTCCCTGCGACGGTGATTGTTGTTCTTGTTCTTGTGTTTTTGATCTGGAGACAGAAAAGAAACTCCAACTGTACGTATTCTCTGCTATTGTTAATTTGTTATGCACTCTATAAATTTATTAACCATTCTGGTTGGTGGTATATATTTTTATGATGACTTATTATGTAATTTATACATGATATGATTTTCATGTAACTGCTATTGTTGTTACCAGGTTCTACAGAGGATCCTACAAGAGATCGATCAGATCAACTTGAGAATTCCCTAGAAAAAAGTCAAAATCATGGGGATGTGCTGCAAATAGTTGAGAATCGCCAATTTACATACAGTGAGCTCGAGAAGGTCACTAATAAGTTTGAACGCCACGTTGGACAAGGCGGCTTTGGACCTGTGTACTATGGTTGTTTAGAAGATAATACCGAGGTTGCTGTCAAGATGCGTTCTGAGTTGTCGTCACATGGGCTTGATGAATTTTTTGCTGAGGTATTGAACTCACTATGAATTTAAACATATATTATCATTCCATTTTTTTCACATGACAATGTAACCAAGCTAGCACTTTCACTTTATTTAAGAAAAATGGAAATTTTGTTAAACTTATGACATTCACAATGAAATTAATTCCAACTGGTGCAAATGATGAGATTTATGTTTACGTCCCATTTATAGGTTCAAAACTTAACAAAGGTTGCACCACAGGAATTTAGTTTCTTTGATTGGTTATTGCTGGGAAAGGGATCATTTAGCACTCGTTTATGAGTATATGGCTCAAGGCAGTATCTGTGACCGTTTGAGAGGTTTGCTGCTTGCAACTCTTTTCCTTGATTATTTTTGGACTTGAGTTTGTAACCCTTAGTTAAGAGATAATATTTGTGTGCTACTTGGACTTTAGTGACTTTTTAATGATATATGTGTACCTTAAACAAAAAAATATGAATTAACTTTGCTATGAAATTTATCAACATTTTCCACTGTAGGTAACAATTTTGTTGAAAAACAGCATGCATCACATTAATTGTTCTATTCTAACTATCACTTTTCACATATACGAAGGTAATAATGGTGCTAGTGAAACCTTGAATTGGAGAACGTGTGTCCGAGTTATGGTTGAAGCAGCACAAGGTATTCTGTAACAAAAAAGACAGGCAAATCTAGATCTATCATTTGTTTATCTGGTCTTCATATATATATGTACTATGAATATTTTAAAGCTTCTATAGATGATATATAGAAATGGTAGCTAGAATTGTCACATGCAAATAGCACCGGAAGAAAAAAATATGAGTAAATTTCACAAAACTACATATACTTTGATCAAATTACCACAAAACTACAAATTTTGATGTATCACAAAACTATAGATTTAACAATAAATTTATCACAAAATTACTCTCAAAACTACAGATTTAGTAGCAAAGTTATCACAAAACTATAGATTTTAGATATTAAATCCTTAGCACTAGTGTTTTGTTTTAGTTATAAACGTGTAAGTTTTGTGATTAAATTGTCACTAAAATTACGTGACAATTTTATTACTAAATCTATTGTTTTACGATACTTCACCTTAAATCTTAAATCGGTAGTTCTGTGAGAAATGTAGTGTTAAATCTAAATATGTAGTTTTGTGATAATCTGGTCAAAATATATGTAGTTTTGAGAAATTTACTCAAAAAATATTGTGAGAAGTCTTTATCTAGGATTTCTAGTAAACTTCAATATCAACGCATCAGTTTTTTCTTTTCGTACAATAGGCCTCAATACCACATGTTATACATCCATGAGATACTCACAATATTCTGCATTGAGTCAAGACTCAAGACATCTGACACACATATAGAAGAATAAAATTGCAGTTTCATCATATAATTCATTTGATATTGTTGCATCATTTTTTGTGATTTATCTTGCTAAAATTGTAGCAAAGCAACAGTTTAGATCAAATAGTTATATATTTGTGAAATTTACTGTTTAACAATGAAATAAGTTTATCTATGACAATAATGTCCAAAATGACACTTGTTCATTCGTGCATGCACACCTTTTCTCACTATAGTTTCTTGATATGATTTGATATATGTAGGACTGGATTATTTGCATAAGGGTTGCAGTCTACCAATAATTCACCGCGATGTGAAAACCAGTAACATTCTTTTAGGTAAAAATCTACAAGCTAAAATAGCAGATTTTGGACTTTCCAAGACTTATCTCAGCGAAACGCAGACTCACATATCAGTCACTCCAGCCGGGACAGCTGGTTACATTGATCCCGAGTATGTATATTTGTGTCAATTTTTTTCATTTCTTAACAATATTTTCATCTAATGCCTCATCTAGACAAGTTAGGAGATCAAAACTAAAAAATACATGGTTTTGGGCTAATTGCCTTTACCATATATCCACAATTAATGCACCATTTAGGTTCCTCTGAAATAAAATGCAATATTCATATATCCTGACGTAATGTATTTTTTAGGTACTACCAAACCGGCAGGCTCACGGAGAACAGTGATGTGTATAGCTTTGGCATTGTTTTACTAGAGATAGCCACCAGTGAGCCACCCATAATATCGGGTCAAGGCCACATCGTCCAACGTGTGAAAAATAAGATTGTTGCCGGTGACATCAGTTTGATTGCCGATGCACGGCTCGATAGTGCATATGACGTCAGCTCCATGTGGAAGGTGGTGGACACTGCATTGCAGTGCACTGTTGATGTTGTTGCTCAAAGTCCAACAATGGCCACTGTGGTTGCCCAGCTGAAGGAGAGCCTGGCATTAGAGGAATCTCGTGAAGACAGTGGCTTCATGGGAAGCACAAGCACAGTCAGTGATAACACATTTTCTACGTCCAGGTTTGGTCCATCAGCAAGATGA More
CDS seq		ATGCTAGTTGAAACCATCATGGCAATTAAACTCGAGTACGGGATAAAAAATAATTGGATGGGTGATCCATGTTTCCCTGAAAAATTTGCTTGGGAAGGCGTAAAATGCAGCAATTCAAGTAGTAACACAGCGAGGATCATCTCTTTGGATCTGTCCAACAGCAACTTGCATGGAGCTATATCTAATAACTTCACATTACTCACGGCACTCGAATATTTGAATTTGTCATGCAACCAACTGAACGGGCCAGTCCCTGACTCTCTACGTAAAAATAACACAGGGTCATTCATTTTCAGCTTCAATTCTGATGGAAATATGTGCAACAAACCAATAATAGTCCCATCTCCGCCAGGAAAAAGGTCAAATAGAGCAGCTACCTTAGCTATTTTGATAGTGGTCCCTGCGACGGTGATTGTTGTTCTTGTTCTTGTGTTTTTGATCTGGAGACAGAAAAGAAACTCCAACTGTTCTACAGAGGATCCTACAAGAGATCGATCAGATCAACTTGAGAATTCCCTAGAAAAAAGTCAAAATCATGGGGATGTGCTGCAAATAGTTGAGAATCGCCAATTTACATACAGTGAGCTCGAGAAGGTCACTAATAAGTTTGAACGCCACGTTGGACAAGGCGGCTTTGGACCTGTGTACTATGGTTGTTTAGAAGATAATACCGAGGTTGCTGTCAAGATGCGTTCTGAGTTGTCGTCACATGGGCTTGATGAATTTTTTGCTGAGGTAACAATTTTGTTGAAAAACAGCATGCATCACATTAATTGTTCTATTCTAACTATCACTTTTCACATATACGAAGGACTGGATTATTTGCATAAGGGTTGCAGTCTACCAATAATTCACCGCGATGTGAAAACCAGTAACATTCTTTTAGGTAAAAATCTACAAGCTAAAATAGCAGATTTTGGACTTTCCAAGACTTATCTCAGCGAAACGCAGACTCACATATCAGTCACTCCAGCCGGGACAGCTGGTTACATTGATCCCGAGTACTACCAAACCGGCAGGCTCACGGAGAACAGTGATGTGTATAGCTTTGGCATTGTTTTACTAGAGATAGCCACCAGTGAGCCACCCATAATATCGGGTCAAGGCCACATCGTCCAACGTGTGAAAAATAAGATTGTTGCCGGTGACATCAGTTTGATTGCCGATGCACGGCTCGATAGTGCATATGACGTCAGCTCCATGTGGAAGGTGGTGGACACTGCATTGCAGTGCACTGTTGATGTTGTTGCTCAAAGTCCAACAATGGCCACTGTGGTTGCCCAGCTGAAGGAGAGCCTGGCATTAGAGGAATCTCGTGAAGACAGTGGCTTCATGGGAAGCACAAGCACAGTCAGTGATAACACATTTTCTACGTCCAGGTTTGGTCCATCAGCAAGATGA More
Protein seq		MLVETIMAIKLEYGIKNNWMGDPCFPEKFAWEGVKCSNSSSNTARIISLDLSNSNLHGAISNNFTLLTALEYLNLSCNQLNGPVPDSLRKNNTGSFIFSFNSDGNMCNKPIIVPSPPGKRSNRAATLAILIVVPATVIVVLVLVFLIWRQKRNSNCSTEDPTRDRSDQLENSLEKSQNHGDVLQIVENRQFTYSELEKVTNKFERHVGQGGFGPVYYGCLEDNTEVAVKMRSELSSHGLDEFFAEVTILLKNSMHHINCSILTITFHIYEGLDYLHKGCSLPIIHRDVKTSNILLGKNLQAKIADFGLSKTYLSETQTHISVTPAGTAGYIDPEYYQTGRLTENSDVYSFGIVLLEIATSEPPIISGQGHIVQRVKNKIVAGDISLIADARLDSAYDVSSMWKVVDTALQCTVDVVAQSPTMATVVAQLKESLALEESREDSGFMGSTSTVSDNTFSTSRFGPSAR
Function		Probable LRR receptor-like protein kinase At1g51890 [UniProtKB/Swiss-Prot:C0LGG6]

Transcripts

Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
OsN22_09G007230	OsN22_09G007230_01	Chr09	11837241	11841210	+	NAM
CDS seq	ATGCTAGTTGAAACCATCATGGCAATTAAACTCGAGTACGGGATAAAAAATAATTGGATGGGTGATCCATGTTTCCCTGAAAAATTTGCTTGGGAAGGCGTAAAATGCAGCAATTCAAGTAGTAACACAGCGAGGATCATCTCTTTGGATCTGTCCAACAGCAACTTGCATGGAGCTATATCTAATAACTTCACATTACTCACGGCACTCGAATATTTGAATTTGTCATGCAACCAACTGAACGGGCCAGTCCCTGACTCTCTACGTAAAAATAACACAGGGTCATTCATTTTCAGCTTCAATTCTGATGGAAATATGTGCAACAAACCAATAATAGTCCCATCTCCGCCAGGAAAAAGGTCAAATAGAGCAGCTACCTTAGCTATTTTGATAGTGGTCCCTGCGACGGTGATTGTTGTTCTTGTTCTTGTGTTTTTGATCTGGAGACAGAAAAGAAACTCCAACTGTTCTACAGAGGATCCTACAAGAGATCGATCAGATCAACTTGAGAATTCCCTAGAAAAAAGTCAAAATCATGGGGATGTGCTGCAAATAGTTGAGAATCGCCAATTTACATACAGTGAGCTCGAGAAGGTCACTAATAAGTTTGAACGCCACGTTGGACAAGGCGGCTTTGGACCTGTGTACTATGGTTGTTTAGAAGATAATACCGAGGTTGCTGTCAAGATGCGTTCTGAGTTGTCGTCACATGGGCTTGATGAATTTTTTGCTGAGGTAACAATTTTGTTGAAAAACAGCATGCATCACATTAATTGTTCTATTCTAACTATCACTTTTCACATATACGAAGGACTGGATTATTTGCATAAGGGTTGCAGTCTACCAATAATTCACCGCGATGTGAAAACCAGTAACATTCTTTTAGGTAAAAATCTACAAGCTAAAATAGCAGATTTTGGACTTTCCAAGACTTATCTCAGCGAAACGCAGACTCACATATCAGTCACTCCAGCCGGGACAGCTGGTTACATTGATCCCGAGTACTACCAAACCGGCAGGCTCACGGAGAACAGTGATGTGTATAGCTTTGGCATTGTTTTACTAGAGATAGCCACCAGTGAGCCACCCATAATATCGGGTCAAGGCCACATCGTCCAACGTGTGAAAAATAAGATTGTTGCCGGTGACATCAGTTTGATTGCCGATGCACGGCTCGATAGTGCATATGACGTCAGCTCCATGTGGAAGGTGGTGGACACTGCATTGCAGTGCACTGTTGATGTTGTTGCTCAAAGTCCAACAATGGCCACTGTGGTTGCCCAGCTGAAGGAGAGCCTGGCATTAGAGGAATCTCGTGAAGACAGTGGCTTCATGGGAAGCACAAGCACAGTCAGTGATAACACATTTTCTACGTCCAGGTTTGGTCCATCAGCAAGATGA More
Protein seq	MLVETIMAIKLEYGIKNNWMGDPCFPEKFAWEGVKCSNSSSNTARIISLDLSNSNLHGAISNNFTLLTALEYLNLSCNQLNGPVPDSLRKNNTGSFIFSFNSDGNMCNKPIIVPSPPGKRSNRAATLAILIVVPATVIVVLVLVFLIWRQKRNSNCSTEDPTRDRSDQLENSLEKSQNHGDVLQIVENRQFTYSELEKVTNKFERHVGQGGFGPVYYGCLEDNTEVAVKMRSELSSHGLDEFFAEVTILLKNSMHHINCSILTITFHIYEGLDYLHKGCSLPIIHRDVKTSNILLGKNLQAKIADFGLSKTYLSETQTHISVTPAGTAGYIDPEYYQTGRLTENSDVYSFGIVLLEIATSEPPIISGQGHIVQRVKNKIVAGDISLIADARLDSAYDVSSMWKVVDTALQCTVDVVAQSPTMATVVAQLKESLALEESREDSGFMGSTSTVSDNTFSTSRFGPSAR More

Event Type

Chromosome

Start

End

Strand

Alternative mRNAs

Total mRNAs

Source

Expression

	Leaf	Root	Panicle
FPKM	0.0	0.334702	0.0

Homologues

Genome & Annotation	Homologs	Type	Expression(FPKM)
Genome & Annotation	Homologs	Type	Leaf	Root	Panicle
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNip_09g0358000	SBH	0.0	0.0	0.0
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| MSU	LOC_Os09g18010	RBH	0.0	0.0	0.0
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| RAP-db	Os09g0358000	SBH	None	None	None
Azucena \| AzucenaRS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsAzu_09g0006810	RBH	0.0	0.0	0.0
KETAN NANGKA \| Os128077RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKeNa_09g0006820	RBH	0.0	0.0	0.0
CHAO MEO \| Os132278RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsCMeo_09g0007250	SBH	0.0	0.0	0.331932
ARC 10497 \| Os117425RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsARC_09g0006910	SBH	0.0	0.0	None
PR 106 \| Os127742RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsPr106_09g0006990	SBH	0.0	0.0	0.0
Minghui 63 \| MH63RS3 \| HZAU	OsMH63_09G0192300	RBH	0	0	0
IR 64 \| OsIR64RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsIR64_09g0007050	SBH	0.0	0.0	0.0
Zhenshan 97 \| ZS97RS3 \| HZAU	OsZS97_09G0168700	RBH	0.006404	0	0
LIMA \| Os127564RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLima_09g0006890	SBH	0.0	0.0	None
KHAO YAI GUANG \| Os127518RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKYG_09g0006760	SBH	0.0	0.0	None
GOBOL SAIL \| Os132424RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsGoSa_09g0006720	SBH	0.0	0.0	None
LIU XU \| Os125827RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLiXu_09g0006720	SBH	0.0	0.0	0.0
LARHA MUGAD \| Os125619RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLaMu_09g0006740	SBH	0.0	0.0	None
N22 \| OsN22RS2 \| Gramene(+IsoSeq)	OsN22_09G007210	RBH	0.0	0.0	0.0
NATEL BORO \| Os127652RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNaBo_09g0007060	SBH	0.0	0.000000	0.0

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