Rice Gene Index (RGI): a comprehensive pan-genome database for comparative and functional genomics of Asian rice.

Basic Info

Gene ID		OGI # \| Score			Accession \| Assembly \| Annotation			Location		Links
OsN22_05G005260		OGI:05013240 \| 16/16			N22 \| OsN22RS2 \| Gramene(+IsoSeq)			Chr05:4483834-4488022		Homologues MicroCollinearity RGI-JBrowse
Gene Symbol		OsRFPH2-5, DLN133, OsDLN133
DNA seq		TTTTTTCCCTTTTTCCAAATATACTTCGCCACTGCAACGCAAAGGACGAAGAACTCGAGTCAAGTCGCAGACTTTTGGAGTTCTCCTCGCCCCAGCTCGGTAAATTCCTTCGCTTTTTCTCCGCTGGTTCGGAGATTTCCATGTTCACTTTTGTTTTTTTTTGTTTAATTAAGGGCTTTGCTTTGATGGAAGGGTTGGGTACTGGTTCCTTCCCTCCGGATCAATCTTGCTTCTTGCGCTCACCCAACCTAGTAATTTTTTCCTCTCCCGATTTGTTTAATGCTAATCTAGGTGGTTGATGATGCTTGCGAGCCAGGCATTGATTCGGCTTTAAGCTTGCCTGCTTGCTTCGCCGTCTTGTTCTTTGAGTTCTTGGTTTTCATGGATCCTTGATCCGATTTAGGGGTTGCTGCTGCTAGCCGTGGTTGGTGAGACGGTTCTTGGAGAAGGGGGATTTCTTGAGGTAGGTGGTAGCGGTAGATTTCCTTGCTGTTCTATGCCCTCTTCAATTGAATTTTTGGAAGTCTCCAGCGTTTTATTTTTGGAAGTTTTGTAGTTTGTGAAACTAATTGATGAATGAATGTGAGGGGAAATTGGTAGATTTCGTGTTGTGCTGCTACTAGACCATTTCCTGACCCATGTGGCATGGGAGCCATTTGATTGTTATTCTCATTGTGGAGGTTATGAGTTGATATTTCCAGATTTTGTGCATGAATGTTCAAAATGTTTAGTTCTGTTTCGTTAGGACTTCAAATAGGTAGAATTAGTTAGTGTCTTGGGGCTGCATGGAAGAAGATTGGAAGAATTTAATTTGTTACATTAGAACTTCAAATAGGCATTGTTGTTGTAGGCTCAAACTTTTACATTGTACTGTTATCTTCATCTACTCCTGACTGATGTCCAAAGAATGCACATGCCCAGCTCGTCCCTGTCTCTTGATGCTTTCGGTTTGTTCATAGTTTATATAAATTCTTGGGTCTCATTAGCTATGTACTATAATTTAATAGCTAGTGACCACCCTGATGTTTCTGTAGCATGCTATCAGTGGGTATATCGACCTGTTTATGTTGCAATTGATGACCATTTCACATCTTGTTCTGTCATGTGCATTCCACGATGTTTCTTTCATTGTGATGAAGATGAATACAGTAACAAGATGCAAATCAAAACATTGTTTTCTGTGTGAATCATATATCCTCTCTATAGTGGTTTACAAACACCCCTGGGTCATTAGGAAAGCACCCAAAGTTTAACTTGCTATTGAATATGGTTTAAACATAGCTTTTTCATACCAGTTTCAGGCATAAGTGTATATTATGTATGTTCGGTAAAAATAAGTGTATATATGTACTCCGTATGTGCTAATCTTAGGAGCTTGTGATCCCAGAGAATTTATTCTAATATTTGATAAGTAGTATATGCATATGGTATAGAATTTATTTGAGAATCTTCTCCATATTTTTGGGTGGTGCACATGTATTGTACGGTTGAGTCTAACAATGATGTTATGGCACACATTTATACACAGACTTGCTTGTCCTCACAAATCAAGCCATTAGTATGAATCACCAGGTCAGAGCTCAGAGCATAAATTTCTAAGCCTAAGAGCACCTGTCAGATAAGCAGGATTTAGTCTTTTATGCTAGCTCAATCGTATCTTAGTGACAATTTAGGTCTGGTTTGGATTGGCATCAATCTGCGGCCTACTAATATTCTGGTTGCTTTGATGGTACCTTGTTGATATTTGGATTGAAGCCAATTTTTGCCTACAATACGAAAATTTGACTAATAGCTAGTAACAAATCTACTCTACCAAATTTGCTAGTGCCAAAACTTGCCTAGGTTTCGGCACTACCAACATTTTGGTAGGGCTTTAAACCAAACCGACCCTTAAAGTCATGTCAAGATGCTGAAACAAACAAACCATCCCTTTTTCCTAATGCTTTTGATAGGCTTCTGTATACCACATTGACCAAAAGGCAATCAACAAAATCACGTTTGGCTTATTATGTTTGCCATGTCTTACTACAGAAGATAACAGGCTTGGTTTAAGGGGGCTAGATAAATATGTAATTGATCTCCAGTGTTTTTTTTTTGTTCAAGTTGAGTGAAGATGACCTGATCCTGTTGGGAAAATAAATTGGATTAAGTGGATTTGATAGAGTGATATTAATTTTAATTTGATGCAGGTGCTTTTCTTGGAGGTGTAACCAACTAAATTCCTATGCTACCTTCTGGTTGATGGCCGTCCCTCCTGTTGAATCAGAAACAAGAAGTGAAGAAACAGATAATTTCCCTTTACTTGCAGACCACATGGAAAATACTGGACATCATGCACATGCAGTTGATATCCCATGGGATTCTTCACCATCGACATCTCGCCGAGATAATCATAATGGATTTGATCAATTACCTCGTATCTTAGAAGGTTCTCCTGGGACATCTACTCCATCTAACTCTCAGAATGGTCCTCTAGCAAGAAGAGATGATAATCGTGGTCGTCGTCAGCCTAGTCCCTTGAATTCTGGTTGCTGGATCTCAGTTGAGCTAGTTGTAAATGTTAGCCAGATCATAGCAGCTATTTGTGTTCTGTCAGTATCAAGGAATGAGCATCCACACTCTCCGTTATTTGAGTGGGTCATTGGTTATACAGTAGGTTGTACTGCCACGCTGCCTCATCTTTACTGGCGCTATCTCCATCGCAACCTCCCAACCACTGGGCAAGAGCCAACAGTTCAGAATATCCCTCCAAACAACACCCCTGAAGCTAATTCATATGGAGTAACCGGCACAAATGGAGTCTCAAGAAACAATGAGGCAACTGTAAATCCAAGGTAACCGATTCTTCCAACTGAAGTCTTTTTTTTGTTTTTGAAATTGATTTGTCTGCATATATCTAGTATCTAGACTCTATGGTACAAGGCATGTTAACCAACTGCACTAGTAATTATCACAATTTAAGATATTAGGCCTACACAGGAATAACTAAATTCTGTTGGTTGATCACAACTAAATTCGTATAGAAATATTTGATCACTGCACTCCTATCAGAAGTTCTGTTATTCAGGTTATATTTCATATGCAATAAACTACGTATGGTCTTCCAGAGATTTAAGTTTCCCATGTTTTATTAACTTTTCCTTTAGTCCAAGTTCTGAGCTACAGTCTTACCATTTGTTTTAGGTTCCAAGCTTTTGCTGATCACTTCAAAATGGCTCTGGACTGTTTCTTTGCTGTGTGGTTCGTTGTGGGAAATGTATGGGTATTTGGTGGACATTCTTCTGCTCACGACGCGCCCAACTTGTACAGGTATGATGCTTGCCTACATTGTGTTGTAGATCTGTGACTTAACCAAAAATTTATTTGGATGTTTCATCATGCAATATTTCTTCCCCAGGTTGTGTATTGCCTTCCTCACATTCAGCTGCATCGGCTATGCTATGCCTTTCATCCTCTGTGCATTGATATGTTGCTGCCTACCCTGCATAATCTCTATCTTGGGATTTCGGGAAGATCTAAACCAAAACAGAGGAGCTAGTGCGGAAACAATCAATGCCTTGGGAACATGCAAGTTCAAGTCAAAGAAAACTCGTGATGGAGATGGAAACGAAGTTGGTGTCGGTGTTGTGGCTGCTGGAACAAACAAGGAGCGAGTCATTTCTGCAGAAGATGCTGTGAGTTTTTCTCCCAGACTCTTTTATACTTCACAACTAAAATCTAGTTATCTCCTCTTGGTGCTCTTAGTTTAAAATTAAGGGGTGCTCTTGGAATTGCAGGTCTGCTGCATCTGCTTGGCCAGATATGTCGATAACGATGATCTCCGAGAGCTCCCTTGTGCGCACTTCTTCCACAAGGATTGTGTGGACAAATGGCTCAAGATAAACGCGCTGTGCCCCCTTTGCAAGGCTGAGATAGATGGTGTCTCCACAAGTGCTCCAGCCATTGGCTTTGGGCGTCGCCACAGCGACAACAGGGTAGGAAACGACATTGAATCACAACTATAACTCTCTTCCCACTTCGTTGGCAGCGTGGATCACGCCTTTGATGAGGCCTTCCACACATCAACCTGTAAATTATAGAGGTAGACATCAAGATGTAAAGGGTCCTCTTACGATCCAACAAAGTTCTTTTCTGAATGACTACTGCCTCCACAGTCAGTATATATTGCTTCCAGCATTTGTTTCTTCTC More
CDS seq		ATGGCCGTCCCTCCTGTTGAATCAGAAACAAGAAGTGAAGAAACAGATAATTTCCCTTTACTTGCAGACCACATGGAAAATACTGGACATCATGCACATGCAGTTGATATCCCATGGGATTCTTCACCATCGACATCTCGCCGAGATAATCATAATGGATTTGATCAATTACCTCGTATCTTAGAAGGTTCTCCTGGGACATCTACTCCATCTAACTCTCAGAATGGTCCTCTAGCAAGAAGAGATGATAATCGTGGTCGTCGTCAGCCTAGTCCCTTGAATTCTGGTTGCTGGATCTCAGTTGAGCTAGTTGTAAATGTTAGCCAGATCATAGCAGCTATTTGTGTTCTGTCAGTATCAAGGAATGAGCATCCACACTCTCCGTTATTTGAGTGGGTCATTGGTTATACAGTAGGTTGTACTGCCACGCTGCCTCATCTTTACTGGCGCTATCTCCATCGCAACCTCCCAACCACTGGGCAAGAGCCAACAGTTCAGAATATCCCTCCAAACAACACCCCTGAAGCTAATTCATATGGAGTAACCGGCACAAATGGAGTCTCAAGAAACAATGAGGCAACTGTAAATCCAAGGTTCCAAGCTTTTGCTGATCACTTCAAAATGGCTCTGGACTGTTTCTTTGCTGTGTGGTTCGTTGTGGGAAATGTATGGGTATTTGGTGGACATTCTTCTGCTCACGACGCGCCCAACTTGTACAGGTTGTGTATTGCCTTCCTCACATTCAGCTGCATCGGCTATGCTATGCCTTTCATCCTCTGTGCATTGATATGTTGCTGCCTACCCTGCATAATCTCTATCTTGGGATTTCGGGAAGATCTAAACCAAAACAGAGGAGCTAGTGCGGAAACAATCAATGCCTTGGGAACATGCAAGTTCAAGTCAAAGAAAACTCGTGATGGAGATGGAAACGAAGTTGGTGTCGGTGTTGTGGCTGCTGGAACAAACAAGGAGCGAGTCATTTCTGCAGAAGATGCTGTCTGCTGCATCTGCTTGGCCAGATATGTCGATAACGATGATCTCCGAGAGCTCCCTTGTGCGCACTTCTTCCACAAGGATTGTGTGGACAAATGGCTCAAGATAAACGCGCTGTGCCCCCTTTGCAAGGCTGAGATAGATGGTGTCTCCACAAGTGCTCCAGCCATTGGCTTTGGGCGTCGCCACAGCGACAACAGGGTAGGAAACGACATTGAATCACAACTATAA More
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Function		E3 ubiquitin-protein ligase At4g11680 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q93Z92]

Transcripts

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Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
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Protein seq	MPWEHASSSQRKLVMEMETKLVSVLWLLEQTRSESFLQKMLSAASAWPDMSITMISESSLVRTSSTRIVWTNGS

Event Type	Chromosome	Start	End	Strand	Alternative mRNAs	Total mRNAs	Source
A3	Chr05	4483932	4484237	+	OsN22_05G005260_04	OsN22_05G005260_04,OsN22_05G005260_01	All
SE	Chr05	4483932	4486023	+	OsN22_05G005260_01	OsN22_05G005260_03,OsN22_05G005260_01	All
SE	Chr05	4483932	4486023	+	OsN22_05G005260_04	OsN22_05G005260_03,OsN22_05G005260_04	All
A5	Chr05	4483932	4486023	+	OsN22_05G005260_02	OsN22_05G005260_03,OsN22_05G005260_02	All

Expression

	Leaf	Root	Panicle
FPKM	0.895013	6.789107	1.221432

Homologues

Genome & Annotation	Homologs	Type	Expression(FPKM)
Genome & Annotation	Homologs	Type	Leaf	Root	Panicle
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNip_05g0179000	RBH	1.127719	2.096272	3.970759
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| MSU	LOC_Os05g08610	RBH	0.762622	1.399928	1.060894
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| RAP-db	Os05g0179000	RBH	None	None	None
Azucena \| AzucenaRS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsAzu_05g0005400	RBH	0.381988	16.668472	2.883456
KETAN NANGKA \| Os128077RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKeNa_05g0005370	RBH	0.099837	3.792299	3.138399
CHAO MEO \| Os132278RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsCMeo_05g0005270	RBH	0.821069	22.092688	5.562943
ARC 10497 \| Os117425RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsARC_05g0005360	RBH	0.290685	0.645706	None
PR 106 \| Os127742RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsPr106_05g0005470	RBH	4.904235	15.428879	12.145302
Minghui 63 \| MH63RS3 \| HZAU	OsMH63_05G0071200	RBH	3.968589	9.924267	6.155929
IR 64 \| OsIR64RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsIR64_05g0005230	RBH	0.510462	1.006823	0.339228
Zhenshan 97 \| ZS97RS3 \| HZAU	OsZS97_05G0072500	RBH	4.6205995	8.9507885	5.7854405
LIMA \| Os127564RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLima_05g0005370	RBH	0.264485	0.065013	None
KHAO YAI GUANG \| Os127518RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKYG_05g0005310	RBH	0.484275	4.828509	None
GOBOL SAIL \| Os132424RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsGoSa_05g0005390	RBH	2.905287	26.692373	None
LIU XU \| Os125827RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLiXu_05g0005410	RBH	1.107337	1.612207	0.854647
LARHA MUGAD \| Os125619RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLaMu_05g0005420	RBH	0.127211	9.840652	None
N22 \| OsN22RS2 \| Gramene(+IsoSeq)	OsN22_01G005560	RBH	0.072889	0.0	0.654403
NATEL BORO \| Os127652RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNaBo_05g0005480	RBH	1.382301	20.425440	0.000000

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