Rice Gene Index (RGI): a comprehensive pan-genome database for comparative and functional genomics of Asian rice.

Basic Info

Gene ID		OGI # \| Score			Accession \| Assembly \| Annotation			Location		Links
OsN22_03G034470		OGI:03087220 \| 14/16			N22 \| OsN22RS2 \| Gramene(+IsoSeq)			Chr03:33652076-33662642		Homologues MicroCollinearity RGI-JBrowse
Gene Symbol		RAP1B, MADS14, OsMADS14, FDRMADS6, RMADS211, AGL10
DNA 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ATTTTTTTAAGAAAGGATAGGAATTTAACAGGAAACCTACTTTAGTTTCCAGGTTTAAAATAAAACGAAGGAAGAACAAGAAAGTTGCACAGGCGCGCACACACACTTCAAAATCTACTTGAGTGCAACCCCTTATGTTTTAACATGGAGTTGTTTTAGAAACTGCGTATGCAGTATTGTCAAAACGAAAAGGTGTATCACTGTAACATCCTAACTGAAGGATGCCCATTTCTTTGAATGTCTTAATAGGTAAGTTAGTGACTATCACTATGATGAGAATATATATATATAAGTAATACAAAACTAGATATTGTTATATATTTATGTGTTGAAGTAACTTACATATTGTGTGGGAATATAATATCAATACGATTTCACTTGCCATACATGTACTAACCAAAATCATAGGACTAGCAGCATCTAACAAAGGCCCTCAACTACTAATAATCTCTAGTTCAAAACATGAATAGGTTTCTCAAATGTCACAGTGGATATTATGACATGTAAATGCGTAACCCATAATAAAATGCCATTTGTTTTATTCAAATTCTTTTTTGCAATTATGTAAAAAAAAAGAGTCATGCTTAAACTACCTTTGATGCTTAAAACACATCACAACAAAATAAATGACAATTACGTATTTTTTAATAAGACGAACAGTCAAACATATGTATAAAAGTCAACGGTGTTATACATTCAAAATTCAAATGGGGGTACTTCGTAGTGGTGTAAATAACAACACCTACATTTTGCAGTTTATTCTTATAAGAACTTATGTAAGATATAATACAGAATAAATTTGCCAATCTACTTCTAACACAAGAGTTGGATTAACACACCACCCCCCCACACACACAGAACCCTAAAAAAACAATAAATTGTTGTATTTATGCAGTTCATGAAAACGGTTTTTTGGGCAAAGCTAACAATAAACATTTTCATATATCAGAATGATCAGCTTTTGGTGGTAGCACTGATATGTTTCAAGTTCTAAAACATTATTAAGTCTTACTCCATCCATTTCATATTACAAGTTGTTTTGACTTTTTCCCAAGTCAAGCATCTTTACATTTGACCAATTTATAGAAAAAAATAGCAACATCAACAATACCAAATTAGTTTCGTTAAATTTAATATTGAACATATTTGATAAAATGTTTATTTTGTGTTAGAAATATTTTTATTTTTTTCTATAAATTTAGTCGAACTTAAAATAGTTTGACTAGGAAATAAATTCAAAGTAACTTATAATATGAAATGAATTATAAATGGAGGGAGTAGCTTCATTGTTTGCTAAAGTATTTCCATGTTCTTGAGGCACTTTGAACAAGTTCACTTTATAACCAAAGGATATATACTTTCTACGGCATACTAAAATGTCAACCTTTCAAAAGGGTCTGTATAACCTTTTGGGGAAAGATAATATGCATATATATAGAAGGTATACTTCTGGGGCAAAGTCAAGGTAAACATGTAATACAAGCATACATGTCAAGAAAAAGCTTAAGCAACTGAACTGTATCTCATTTTCGTTAAGAAAAAGAAATGAAACAGGATAGCAAGTATAACTATCTATAGAAAGAATTAAGGGGAAATACAACACTCTAGACTCTTAAGCAAACATAACTTTGTTGAAAGAGAACATATTTGCTTCTTATTCCTAGACAGGGTCTAATCAATGATAATCAAGTAAGATCACATGTGATATTGGGTTGTCTACATTAACTAAATGAATACTCTGCCGCGTTGCTGCGGGAAATTAAGTTGCATAATATGTACAAATAAGATGAAATATGAATATTAAAACTAAAACAAATTGATACTTATGAGTTTGAGGCCTAAAAATGATTGAGATTACTTGGTGTAATGAGAGAAGAAAGAAAGAGAAAATTTGAACCATATATCTATTATCCAATGGCTAGAAATAATTGGGGTAATGTAGTCTAATAAGAGGAGAGAAATATCATTAACTACACTTAGTGGAGATGAACTATATAAGTATATAGGATAACTTGAAATTAATCAACCTATGGAAAATTAACAAAATTATTACAAAAATGAAGTGTCAAGAGAATTAATACAGTATTAATGCTTAAAAGATATTGTGAATAATGCAATCCAAACTGAAAATTTATCATTAGTCCCGGATATATACAGACGTTGCTACAGTTCAGTCAACAGCAGGAATCAACTCAATACTGTATAACCAAATAGCTGAACAGGTATATTATGCGGTTATGAGTTTGTATGTCCTACGCGAGTTGGACCAGTAGGCCTCCGAGCATAGTTAGACCAATTAATGCCCGCAAATATATATCCATTTTATTATTTTGGGCTAACTTATAAGAGAATATTTGTATTTTTCTGAATCAAATAGACTGGAAGTCTGGAACCCTAATAGCGTGTGAGACAGTGAGAGCCAGAGTTAACTCATTGCCGACTCATCTATATACGGCTAGATGCAATACTACAAGAGTCTTGTTGTGAAAACAGCATGCAAGTCGCTGCGAGCTCTATTAATCAAAGCAGAGTTCTGAACTTCGTGCATTGGATTAAGATGGAGGAAACCAACTTTACAATTCTACTGCTTATAGTTAAAAAGAATTAAAATATCTCCCGAGTCACTTCAAATATGACTACTGTTTGTCTGTGTAGACGTTCATCGTCCAAAGAGCAGTAGGAGAGTATTTTACTACATTTGAAGTACGGAGAGTTTTCTAAATTGGCACCCAAACAAATATGAAAGAACTAGTGTCTTGCTACTCCTAAACGACAAGCATTTATAAATATTACCCATCGTACCAATGGAGTAGGCTCAATATTCTTATTGGCGCAGTAGGTAACTACTTGCTTAGCTTTAACAAGAAAGCCAGTCGATCTATTGCCTTGTGATGAATTGTAAGTGGTTGCATTTGCCGCTAATTATGCCAGCTTAAGGCATGCTAATTAAAGTAACATCTTAATTAAAGTTCGAAGAGGATTTGTCATGTTTCCCAACTAGGTTCATGAAAGCATCTGTTTAAAGCTAAATCTTGGAAAAGTCTTAAGAAGGATTAATTAGCATAACTACAGTACCCTGCAGGAACCTAATGGAGTTGATTTCCAAATAAGACGTTTAATGACGTACGAGAAACGAAAAAAAAAATCAGATTAATCCATCGGCTCGTGTACTCCCACCCCAAACTTGATACCTTGAAATCCAAACACTGTTACCTCACGTGAAGCTCTACTCCTATGTCTTAACTCACTGATCAATGGTTAGAGTGAGAAGGATTTCAAAATATGTGATACTAATGACTCTTATCTAGAGATGTGGTTGCTAGCATTATGGGGATGCCCAACACACTACCCTTATTGGATTAAATCAGCGAGGAGTTAATTAAGTTAATTAGTCGTTCATTCATAGAATTAGAATAGAGTATAAGCTGATAATCACTGATCATATGGGGAGTCTGATTAGTAGATATAAGGATGCCCACAAAACTGAAGAAAATTTATAACAGCCAGATCAAACTCTATTCGTATGTAGTGAGGAAAAAGGAGAGATAAGAAAATTTTTAACTTAAATAATATATAAGAACTGGAATTAACCATCAAACTCTAAGATTTGCATGTTGACTTAACAAAGCTTGCATAACAATGCATTAATAGTAAATCATTGTCGAAAACATCAAGAAGGATAAATATCCTTCAGATGATATGGTATACAGGAAGCATCCAACGTTTTGCTTCTTAGTTCTAAATTTCTAATGTCTGTTTCTTCAGGAACCATATGCACATCCCAAGAAGAACCTGACAGAAAAGGTAGAACCCAGCAACTAAAGCGCTAACTAGGATGAACCTTTAGCTTATAAGTTCTTTTTTTTCCTGTTAACTCCTCTCTACCTCTTACTAAGTCTTAACATCTTAACAGACCTCCGATGTAATGTTGTAACCTTTGTACCTCCCCTCTGAACTAAGTAAATCGAATGAGTTAAGTGGGAAACTCTCCCCCAAGGTGACTTTTCGATAAAAAAGAAGCAGCATGAAACCAGTCTGTAATCAGGCTAGCTAGAAGCATGGATGTTTCTTCAGAAACCATGTACATCTCAAAAAGAACCTTATAGGAAAGGTAGAACCCAGCAACTAATGAACCATTAGATTGAACTAATGACAGCCGGGAATTAAGAAGTAAAGATTAAAGGCCAGCCCTAGCTTATAAGTTTGTTCTAGTAAAATCTTTTCGTTCTGAAAAGCATGGCATGCATCAGCAAAGAATCCAAGAAAGCTAGAGGCAGACGAACCAGCGAAAAGGGTTCCAACAAGTCACCAGCAGCTTAAGATATGAACTCCTCCATCTCCCGATGCATCCCGTTTCATCTTCTCCCTTAATATGCTTAGTTGCCTCAAGAGAAAGAGATGGCCAGGGAGAGAGAAAGAAGATCTAAACGAGCCCAGAATTAATATGGGGAATAGTGAAGAAAGAAGAGGCACACACAACACAAGCAGCAAGTTCAGTAGAATTTTAGATGAACACAAGCCTGGTCTTTAATCCCCAAATAATCCCAGGTCCATCAAATCTACGTACTAGAGTTCCTAGCTAATCACCCCTCTCCCCTTTGGGTGCAAAGCTAGCTTGTCGCCAAGCAAGCAGCACCCATCGGCAGGGCCAAAAAAAATTCCCCAAATAGCGCAGCAGCAACGCCCTCTCCAGCGAAAGCGGAGCATAAAATTACCCTCGTACGGGCACTATAGCTACAGTGCACAGATGCAACGCATCTCACCTCACGCCGTCAGCTCAAAGCCTGAAATAGCAAAACACGCTGCCTCCTCCATCGCCGGCAAGCAATCAACAATCGCAGCAGAAATTCAAACAGATTATTGGGGATAACCCCGAAACACACGCAACAAAATTAATTCGAGCAATCAGGACAGATCGAATTAATCACACACAGAATTCAAAGGCAATCGATCGATACGAACAGAACGGAAACGGGAACACATCATGTAGCGCAAGGATT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Function		MADS-box transcription factor 14 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q10CQ1]

Transcripts

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Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
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Protein seq	MRSPCSATPRSRSSSSPPRASSTSTPPTHVWTKSLNVMSATPMQKRSLFQLNLTLRATGATNIG

Event Type	Chromosome	Start	End	Strand	Alternative mRNAs	Total mRNAs	Source
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RI	Chr03	33654007	33654282	-	OsN22_03G034470_02,OsN22_03G034470_03	OsN22_03G034470_03,OsN22_03G034470_01,OsN22_03G034470_02,OsN22_03G034470_04	All

Expression

	Leaf	Root	Panicle
FPKM	0.081573	0.000000	25.955439

Homologues

Genome & Annotation	Homologs	Type	Expression(FPKM)
Genome & Annotation	Homologs	Type	Leaf	Root	Panicle
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNip_03g0752800	RBH	0.000000	0.0	26.036764
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| MSU	LOC_Os03g54160	RBH	0.000000	0.000000	4.412238
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| RAP-db	Os03g0752800	RBH	None	None	None
Azucena \| AzucenaRS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsAzu_03g0035040	RBH	0.000000	0.000000	30.003639
KETAN NANGKA \| Os128077RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKeNa_03g0034710	RBH	0.000000	0.000000	22.836096
CHAO MEO \| Os132278RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsCMeo_03g0034800	RBH	0.000000	0.000000	56.111012
ARC 10497 \| Os117425RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsARC_03g0035110	RBH	0.000000	0.000000	None
PR 106 \| Os127742RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsPr106_03g0034680	RBH	0.000000	0.000000	116.304970
Minghui 63 \| MH63RS3 \| HZAU	OsMH63_03G0532100	SBH	0.0253515	0.062101	52.4616335
IR 64 \| OsIR64RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsIR64_03g0034460	RBH	0.000000	0.000000	9.219047
Zhenshan 97 \| ZS97RS3 \| HZAU	OsZS97_03G0531200	SBH	0.0200135	0.3700575	57.920042
LIMA \| Os127564RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLima_03g0034880	RBH	0.000000	0.063056	None
KHAO YAI GUANG \| Os127518RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKYG_03g0034920	RBH	0.000000	0.000000	None
GOBOL SAIL \| Os132424RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsGoSa_03g0034620	RBH	0.000000	0.000000	None
LIU XU \| Os125827RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLiXu_03g0034720	RBH	1.837163	0.0	4.323576
LARHA MUGAD \| Os125619RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLaMu_03g0034660	RBH	0.061321	0.000000	None
N22 \| OsN22RS2 \| Gramene(+IsoSeq)	OsN22_03G034480	RBH	0.0	0.0	5.967420
NATEL BORO \| Os127652RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNaBo_03g0034310	RBH	0.000000	2.599812	60.933701

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