Basic Info |
Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
OsN22_03G021330 | OGI:03063360 | 4/16 | N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | Chr03:18221933-18254727 | ||||||||
Gene Symbol | OsWD40-70, BIP102, - | ||||||||||
DNA seq | 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CDS seq | ATGGAGACGGACGACGACGACAACTACGACGACGACGAGGAGTATGGTTTTGTAAAGGGGAGGTTTTGCAACGGTCTAGCTGCCCAGTTGGGGCATGGTGGGATTATCAACGTTCTATTTGAGACGCCCTCTGGCTTTGCAATATTTGCTTATGATGGGATCAAGCTCCTTAAACCAAATGCCATGCAGGATATCTGGAAAGACTTCGTCAACGAATATGTTGCAAAAAGACATATACCCTGCATGAGTGGCCCTCATGTGGATGAGTTAATGTGGGGCTTGAAGGTTACTAAACTTATTATTGAGAAGGCAGGCGTCGTGTTTGAGTGCGATCGCTGTGTGGACGATCATCATGACTCACTGCGCGGTGCTGCTGAGCACATTAAGAAAATATCTTGCATTGACACACAGAGTTGGGATTTACTGAAACTTGCGGCAGCGTTCAAGCGGGCCAAAGAGACATATGAAGCTGAGCAAGCACATGAAGCTGCAAGTTATCATGAAACTGGTCCTGATAGGAAGGAGATTCATCATGGTACCACCCCTGTAATCATTGATGAACTTACAGAGTCTGTGTGTGATATCATTCTTTCAGCAGGACTTAAGGAAAGACAGTCGTTATTCATTAAATGGCTTGTGGGGTGGGTGGGGTTCTACAGCACCTCATCTTGTCATTTTTTGGCTCCCTCAGGCCAACGTATTTGGAACTATGTAAACTTTGGTCCTGAATGTGGTATTTCCATGGTTGTAAACTTTGGTCCTGAATGTGGTATTTCCATGGACATTCTTGCAACTGGGGGTGTTGATAGAAATGTAGTGCTCTTTGATTGGCCGTCTGGTCAAATTTTGTGCACACTTACTGGTCACACAAAGAAGAACCACTACACACAGATAACCAGTCTGAAATTTGTTAATCGAGATGAGCTCTTATTAATTGGATCAGCAGATAAGACTGTTCGCGTTTGGGTTTACCACGTACCCAATTTTATGGCTGAATCGAATCTTACCAAGGCACTACCGGACCAATCCGGAACAGGGGAAGTAACTTGTGTGAAGTTTGGAGCCGATGCTATCTACATCGCTGTAGCCTCTGCTCCTAATCCAGATCCGTTTTCTTGCCCAGAAGATCCTGAGCCAGATCCTGATGCAGGTCAGAGAGAAGCACCGGTGGAGAAAATCTTCCTCATTCACTCCTGCCAACAACCAAGAGCATCTTCAGTTAAGAAGGGAGAGATTTTTGAAGCACATGGAAGGAGAAGAATTAGCTACAAATTACATGCGGTCCCCCAAGTTCAGTCCACGAAAGATTTCCCAGTTCTTGCTCCACTTCGCTTCCCTCCAAAACTTTATCCACCTCCCTCATCTGTTCCCCCAATGGATGACCTCACCACTCGTCCACTGCTGGACTCGGTGGTTGGAGCGCATGGGAACAAGGTGGAGCTCAGCACCTTCGCTGATGATGTGCGCTCTGCCTTCAACGTGCGGCGCGCCGACATCAAGTTCACCAAATTCCACCCAGAAGATTTTTTCATCACCTGCTCCAACCAGAGTGACCGAGATGCGATCCTTTGTCAGCCCAGGCTGGCAACCGCCTCCGAAAGGGTGTATCTGTTTCGTCCCTGGGATGAGAGTCTCCATGGCATCCCTGCTTGCTTCCGCTACCGTGCTCGGCTCTGCTTGGAAGGCATTCCCATGCACGCCAGAATAGATGAAGCTGCTGCCAAGATCATTGGTCGCAAATGTTCCATCCACTACGTGGAGGAGTATTCTCGCCGGGGCAACTACAATAGAACTTTTGATCTTTGGATTTGGACTGACGAGCCAAGAGCCATCCCAAGGGGTGGTCCTTTCTCCCTTACATCTGCTGATGAAGAAGGGCTGCCGACGGACATCCTGCTCCCTGACCTGGAGCCCCATCGCAATCCGCCGCCCTCTGAGCCTAAAGAAGGCTGGACCTACAATGTCCTGATCCATGTCGACACCCTTGAAGACCTCCACTCGCGCAAGGCGCGTGCCTACAAGTGGGACTACGAAGTTCAAGATGATGGGTCAAGTTTTTTTATTTCCAATATGTCAGGTTTTGAAACTACAAACAGGTTGAACCGGCTGCTAAGCTTAGCAATGATATCTTCATCTTTTATCAGGAGAAAATAG
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Protein seq | METDDDDNYDDDEEYGFVKGRFCNGLAAQLGHGGIINVLFETPSGFAIFAYDGIKLLKPNAMQDIWKDFVNEYVAKRHIPCMSGPHVDELMWGLKVTKLIIEKAGVVFECDRCVDDHHDSLRGAAEHIKKISCIDTQSWDLLKLAAAFKRAKETYEAEQAHEAASYHETGPDRKEIHHGTTPVIIDELTESVCDIILSAGLKERQSLFIKWLVGWVGFYSTSSCHFLAPSGQRIWNYVNFGPECGISMVVNFGPECGISMDILATGGVDRNVVLFDWPSGQILCTLTGHTKKNHYTQITSLKFVNRDELLLIGSADKTVRVWVYHVPNFMAESNLTKALPDQSGTGEVTCVKFGADAIYIAVASAPNPDPFSCPEDPEPDPDAGQREAPVEKIFLIHSCQQPRASSVKKGEIFEAHGRRRISYKLHAVPQVQSTKDFPVLAPLRFPPKLYPPPSSVPPMDDLTTRPLLDSVVGAHGNKVELSTFADDVRSAFNVRRADIKFTKFHPEDFFITCSNQSDRDAILCQPRLATASERVYLFRPWDESLHGIPACFRYRARLCLEGIPMHARIDEAAAKIIGRKCSIHYVEEYSRRGNYNRTFDLWIWTDEPRAIPRGGPFSLTSADEEGLPTDILLPDLEPHRNPPPSEPKEGWTYNVLIHVDTLEDLHSRKARAYKWDYEVQDDGSSFFISNMSGFETTNRLNRLLSLAMISSSFIRRK |
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Function | Pre-mRNA-processing factor 19 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q9AV81] |
Transcripts
Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
OsN22_03G021330 | OsN22_03G021330_01 | Chr03 | 18221933 | 18254727 | + | NAM | ||
CDS seq | ATGGAGACGGACGACGACGACAACTACGACGACGACGAGGAGTATGGTTTTGTAAAGGGGAGGTTTTGCAACGGTCTAGCTGCCCAGTTGGGGCATGGTGGGATTATCAACGTTCTATTTGAGACGCCCTCTGGCTTTGCAATATTTGCTTATGATGGGATCAAGCTCCTTAAACCAAATGCCATGCAGGATATCTGGAAAGACTTCGTCAACGAATATGTTGCAAAAAGACATATACCCTGCATGAGTGGCCCTCATGTGGATGAGTTAATGTGGGGCTTGAAGGTTACTAAACTTATTATTGAGAAGGCAGGCGTCGTGTTTGAGTGCGATCGCTGTGTGGACGATCATCATGACTCACTGCGCGGTGCTGCTGAGCACATTAAGAAAATATCTTGCATTGACACACAGAGTTGGGATTTACTGAAACTTGCGGCAGCGTTCAAGCGGGCCAAAGAGACATATGAAGCTGAGCAAGCACATGAAGCTGCAAGTTATCATGAAACTGGTCCTGATAGGAAGGAGATTCATCATGGTACCACCCCTGTAATCATTGATGAACTTACAGAGTCTGTGTGTGATATCATTCTTTCAGCAGGACTTAAGGAAAGACAGTCGTTATTCATTAAATGGCTTGTGGGGTGGGTGGGGTTCTACAGCACCTCATCTTGTCATTTTTTGGCTCCCTCAGGCCAACGTATTTGGAACTATGTAAACTTTGGTCCTGAATGTGGTATTTCCATGGTTGTAAACTTTGGTCCTGAATGTGGTATTTCCATGGACATTCTTGCAACTGGGGGTGTTGATAGAAATGTAGTGCTCTTTGATTGGCCGTCTGGTCAAATTTTGTGCACACTTACTGGTCACACAAAGAAGAACCACTACACACAGATAACCAGTCTGAAATTTGTTAATCGAGATGAGCTCTTATTAATTGGATCAGCAGATAAGACTGTTCGCGTTTGGGTTTACCACGTACCCAATTTTATGGCTGAATCGAATCTTACCAAGGCACTACCGGACCAATCCGGAACAGGGGAAGTAACTTGTGTGAAGTTTGGAGCCGATGCTATCTACATCGCTGTAGCCTCTGCTCCTAATCCAGATCCGTTTTCTTGCCCAGAAGATCCTGAGCCAGATCCTGATGCAGGTCAGAGAGAAGCACCGGTGGAGAAAATCTTCCTCATTCACTCCTGCCAACAACCAAGAGCATCTTCAGTTAAGAAGGGAGAGATTTTTGAAGCACATGGAAGGAGAAGAATTAGCTACAAATTACATGCGGTCCCCCAAGTTCAGTCCACGAAAGATTTCCCAGTTCTTGCTCCACTTCGCTTCCCTCCAAAACTTTATCCACCTCCCTCATCTGTTCCCCCAATGGATGACCTCACCACTCGTCCACTGCTGGACTCGGTGGTTGGAGCGCATGGGAACAAGGTGGAGCTCAGCACCTTCGCTGATGATGTGCGCTCTGCCTTCAACGTGCGGCGCGCCGACATCAAGTTCACCAAATTCCACCCAGAAGATTTTTTCATCACCTGCTCCAACCAGAGTGACCGAGATGCGATCCTTTGTCAGCCCAGGCTGGCAACCGCCTCCGAAAGGGTGTATCTGTTTCGTCCCTGGGATGAGAGTCTCCATGGCATCCCTGCTTGCTTCCGCTACCGTGCTCGGCTCTGCTTGGAAGGCATTCCCATGCACGCCAGAATAGATGAAGCTGCTGCCAAGATCATTGGTCGCAAATGTTCCATCCACTACGTGGAGGAGTATTCTCGCCGGGGCAACTACAATAGAACTTTTGATCTTTGGATTTGGACTGACGAGCCAAGAGCCATCCCAAGGGGTGGTCCTTTCTCCCTTACATCTGCTGATGAAGAAGGGCTGCCGACGGACATCCTGCTCCCTGACCTGGAGCCCCATCGCAATCCGCCGCCCTCTGAGCCTAAAGAAGGCTGGACCTACAATGTCCTGATCCATGTCGACACCCTTGAAGACCTCCACTCGCGCAAGGCGCGTGCCTACAAGTGGGACTACGAAGTTCAAGATGATGGGTCAAGTTTTTTTATTTCCAATATGTCAGGTTTTGAAACTACAAACAGGTTGAACCGGCTGCTAAGCTTAGCAATGATATCTTCATCTTTTATCAGGAGAAAATAG
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|
|||||||
Protein seq | METDDDDNYDDDEEYGFVKGRFCNGLAAQLGHGGIINVLFETPSGFAIFAYDGIKLLKPNAMQDIWKDFVNEYVAKRHIPCMSGPHVDELMWGLKVTKLIIEKAGVVFECDRCVDDHHDSLRGAAEHIKKISCIDTQSWDLLKLAAAFKRAKETYEAEQAHEAASYHETGPDRKEIHHGTTPVIIDELTESVCDIILSAGLKERQSLFIKWLVGWVGFYSTSSCHFLAPSGQRIWNYVNFGPECGISMVVNFGPECGISMDILATGGVDRNVVLFDWPSGQILCTLTGHTKKNHYTQITSLKFVNRDELLLIGSADKTVRVWVYHVPNFMAESNLTKALPDQSGTGEVTCVKFGADAIYIAVASAPNPDPFSCPEDPEPDPDAGQREAPVEKIFLIHSCQQPRASSVKKGEIFEAHGRRRISYKLHAVPQVQSTKDFPVLAPLRFPPKLYPPPSSVPPMDDLTTRPLLDSVVGAHGNKVELSTFADDVRSAFNVRRADIKFTKFHPEDFFITCSNQSDRDAILCQPRLATASERVYLFRPWDESLHGIPACFRYRARLCLEGIPMHARIDEAAAKIIGRKCSIHYVEEYSRRGNYNRTFDLWIWTDEPRAIPRGGPFSLTSADEEGLPTDILLPDLEPHRNPPPSEPKEGWTYNVLIHVDTLEDLHSRKARAYKWDYEVQDDGSSFFISNMSGFETTNRLNRLLSLAMISSSFIRRK
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|
Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
Leaf | Root | Panicle | |
FPKM | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
Homologues
Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
---|---|---|---|---|---|
Leaf | Root | Panicle | |||
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_03g0596600 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.562848 |
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os03g28270 | SBH | 0.000000 | 0.0 | 0.0 |
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os03g0596600 | SBH | None | None | None |
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_03g0025380 | SBH | 0.0 | 3.988049 | 1.967293 |
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_03g0025130 | SBH | 0.000000 | 0.0 | 0.000000 |
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_03g0025200 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.985412 |
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_03g0021770 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_03g0024940 | SBH | 0.000000 | 13.538104 | 3.625634 |
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_03G0269000 | SBH | 0.433808 | 0.735119 | 0.14582 |
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_03g0024740 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_03G0289600 | RBH | 0 | 0 | 0.022013 |
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_03g0025020 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_03g0025050 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_03g0025140 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_03g0024890 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.347224 |
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_03g0021360 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_03g0021230 | RBH | 0.076044 | 0.0 | 0.0 |