Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsMH63_12G0358000 | OGI:12068530 | 16/16 | Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | Chr12:25382740-25390404 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
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Transcripts
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsMH63_12G0358000 | OsMH63_12T0358000.3 | Chr12 | 25382740 | 25390404 | - | maker | ||
| CDS seq | ATGGGATGGTTGCCTGCTGCCCCCAAGAGGCTTGCATTTAACCCTATCAATCCTGCTACTCCAATAGATCAACATTTTGTCTCCTCATCAGATGGCCCAACAGTGCCAGGTGTTCAGTCCCTTCCTGCAGTGCGCGGTAAAGGTCCTTTGGATAATATTGGTTTGAGACTGCCTCGACCAGATCCATCTATTGCTATGGAAGCACGCAAGAAGCGTAAAGTCACAATGGAGCTGGACCTGATGATTTCTCATCTTCATATCGATGTGCATTGTGATGTGCGGATAGCCAGGAATAATGGGATGAGTACTACTATTGGCGCTTCTCCTTCATCTCGCATTGCCCAAAATGACACCTCCTTGCATAGGGAAATTTTGTACCCCTTCTTGCCAGTCGACATCGCCGAGGCCCTACCCATACTTGCCAACATTGTGGTGCTCGATTCTGGTATGAGGAACACGCCACCACCAGAACCTTTGCTCTCTCTTTTAACTGGACGAGATCGTGTTTTGTCCAACCACTTCTTTGAAAACATCAGACGATACAATTCTATGTTTGCTATGACATCTATGGGTGTAAATATCATCAACTCAATTAATGATGGTCATGGCCCTTACATTTTCAAGATTAGTGGGCAGCTATGCCACCGAATTGGATCGCTTATTCCAAAGCATGGTGCAAGACCAGAATATTGTCAATTATACATATTTGACACTGAGAATGAAATAAGAAATAGAGTGGCTGTTGCTTCACATAGAGAGATGAGTTTTGAACCAAATGAGGATATTGTTGCATCTTTGATGACCATGCTCAATGCACACAACCCAGTTGTTCAGCTCTTTCGAACTGCTCGTGATAGGCTGCATGATCAGTTAGAGGATCATTACTCAGTGAAGTTATTTGCCACCCCCAATGAACATGGTAATATCTACTCAGCCCCAGTTGCATCAGAGGTGGTTGGTTTGATGGTTAATGATATAGGCACTACCGAGAAAGGTCGTGACTTAATAGTAGAGGATCACTCATTGCAGCTTCAAAGGGTAAATGAAACTCATTGCAAATTTATGGCAATGCAATACCCGCTATTGTTTCCTTATGGAGAGGATGGTTTTCATGAAAATCTCAAGTATAGACAATGTCACCGCTCAGGAATGATCAAACGGAAGAAAGTTAGTTTGGTAGAATACTTTGCATATAGATTGCATGATAGAGATGATGACTTCAACACCCCATTGCGTTGCAAGAGGCTCACACAGTCATATGAGGTTGATGTCAGTAGCGGCATTATTGATGCTTCATCGGTAGGCCAGAGGATTATTTTGTCAGGTTCATTCACTGAAAGTCCACGCTATTACTACCAAAATTACCAAGATTGTGTGGCTCTCTGTCGTAGATTTGGATGCCCGGATCTTTTCATCACTTACACGTGTAATGCTGCTTGGCCAGAGATAACAGAAGCTTTAACATTTATACCAGGACAACAACCTTCTGATCGGTCCGATATTGTTGATCGAGTTTTTGAAATGAAGCTCAAGCTGTTTGTTGATGATATAAAAAAATATGAGTTCTTTGGTCCCATACTCGGAATTGTCTACACGATTGAATTTCAGAAACGTGGTCTTCCGCATGTCCACTTGATAGTGTGGCTTAAAAAGGATAGACCCCTTGATGCCGATCAGATAGACACTTTCATATCAGCGCAGTTACCAGACCCATCTATTGACCCTATTGGTTATGAGGCTGTCTCACAATTCATGATTCATGGTCCTTGCAATATTCCAGGTTCCTCTTCTCCTTGCATGGCTGATGGTAAATGCACTAAATTCTATCCCAAGGAATTTTCTGACAAAACAGTTGTGCTACCTAATGGCCATGTTAGGTATGCTCGACCAAATAATGGAATCATCACAAAGAAACGTGGCATTGAGATTGATAATCAATTTGTGGTTCCACATAATGTAGACTTATTAGTTAAGTATCAGGCACACATAAATGTGGAAAGTGTTAATCGTGATGGTATGGAGAAATACATGTTTAAGTATACAAACAAGGGCCCTGATTTTGCTAAAGTTGGAATCAAAAGAAAAAGAGATACCCCCGGTTCTTCTACAGAGGAAATAAATGAAATAAAGGAATACCTTGAATGTAGATGTGTTACACCACATGATGCAGCTTGGCGGCTTTTGCAATTTGATATCCATCACACCGATCCAGCCGTGGAACGTCTTCCAGTGCATCTCCCACTAGAAAATGGTGTTGTATTTACTGAGGATGACCATCTTCACCAGGTGATTGATAATCCATGCAATCTCATAACAAAATTGACTGCATGGTTTGAGGCAAACAAGACATATCCAGAGGCTCGACAACACACATTTGTAGAGTTCCCTGAACATTGGACATGGCATGGTGATGGAAAATTTTGGAAACCGCGTCGTAATGCTCGTGGAAAGGTTGGCCGTATAGCCAATGTTAGTCCTAACCAAGGAGAAAGATTTTATCTGCGTATGCTATTGCATATTATAAAAGGGGCACAAGACTTTTCTGATCTTCGCACCATGGCTGGCCAACTATACCCAACATTTCGTGCTGCATGTCAAGCATTAGGTTTACTTGGTGATGATTGTGAGTGGTCCAATGCTATGGCTGATGCAGCACAATGGGCATTACCATACCAACTTCACCAGCTATTTGTCACATTACTTCTTTTTTGTGAAGTCACCGACCCAATAAAATTGCTTGAAGATTATATCAAGCCAATGGGAGAAGATTTGGCATATCGTACTATTCGGCCCACACAAGGTATCTCTCAACCATTAGTGCAGCAACACATTAGGTCATATGTCTTGGATGAATTAGACAAATTACTCAAAGATTCTGGATATAGCCTAGGTCACTTCAACTTGCCAGAGCCAGAACACCATGATTACAATGTTTTGAACAACAGGTTGCTAGTGGATGAGCTCTCTTATGACCTTGATGCTACTTTAGTAGAAGCAAATGAGCAACTTAACAATAAACTCAAGTCAGAGATCTATTTATGA
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| Protein seq | MGWLPAAPKRLAFNPINPATPIDQHFVSSSDGPTVPGVQSLPAVRGKGPLDNIGLRLPRPDPSIAMEARKKRKVTMELDLMISHLHIDVHCDVRIARNNGMSTTIGASPSSRIAQNDTSLHREILYPFLPVDIAEALPILANIVVLDSGMRNTPPPEPLLSLLTGRDRVLSNHFFENIRRYNSMFAMTSMGVNIINSINDGHGPYIFKISGQLCHRIGSLIPKHGARPEYCQLYIFDTENEIRNRVAVASHREMSFEPNEDIVASLMTMLNAHNPVVQLFRTARDRLHDQLEDHYSVKLFATPNEHGNIYSAPVASEVVGLMVNDIGTTEKGRDLIVEDHSLQLQRVNETHCKFMAMQYPLLFPYGEDGFHENLKYRQCHRSGMIKRKKVSLVEYFAYRLHDRDDDFNTPLRCKRLTQSYEVDVSSGIIDASSVGQRIILSGSFTESPRYYYQNYQDCVALCRRFGCPDLFITYTCNAAWPEITEALTFIPGQQPSDRSDIVDRVFEMKLKLFVDDIKKYEFFGPILGIVYTIEFQKRGLPHVHLIVWLKKDRPLDADQIDTFISAQLPDPSIDPIGYEAVSQFMIHGPCNIPGSSSPCMADGKCTKFYPKEFSDKTVVLPNGHVRYARPNNGIITKKRGIEIDNQFVVPHNVDLLVKYQAHINVESVNRDGMEKYMFKYTNKGPDFAKVGIKRKRDTPGSSTEEINEIKEYLECRCVTPHDAAWRLLQFDIHHTDPAVERLPVHLPLENGVVFTEDDHLHQVIDNPCNLITKLTAWFEANKTYPEARQHTFVEFPEHWTWHGDGKFWKPRRNARGKVGRIANVSPNQGERFYLRMLLHIIKGAQDFSDLRTMAGQLYPTFRAACQALGLLGDDCEWSNAMADAAQWALPYQLHQLFVTLLLFCEVTDPIKLLEDYIKPMGEDLAYRTIRPTQGISQPLVQQHIRSYVLDELDKLLKDSGYSLGHFNLPEPEHHDYNVLNNRLLVDELSYDLDATLVEANEQLNNKLKSEIYL
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|
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.37475 | 2.167952 | 9.0668135 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_12g0625200 | RBH | 0.000000 | 0.000000 | 0.440339 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os12g43000 | RBH | 0.000000 | 0.000000 | 0.112243 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os12g0625200 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_12g0021500 | RBH | 0.000000 | 0.000000 | 0.000000 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_12g0021570 | RBH | 0.000000 | 0.000000 | 0.000000 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_12g0021930 | RBH | 0.0 | 0.000000 | 2.342596 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_12g0021240 | RBH | 0.000000 | 0.070079 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_12g0020900 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.000000 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_12G0389700 | RBH | 0.7467335 | 0.50347 | 5.4022605 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_12g0021020 | RBH | 0.000000 | 0.0 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_12g0021250 | RBH | 0.000000 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_12g0021170 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_12g0021230 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_12g0021450 | RBH | 0.0 | 0.000000 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_12G020910 | RBH | 0.228714 | 0.324373 | 1.502832 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_12g0020680 | RBH | 0.000000 | 0.000000 | 0.000000 |
