Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
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Function Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 [UniProtKB/Swiss-Prot:P10978]

Transcripts

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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
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Protein seq

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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsMH63_09G0162700 OsMH63_09T0162700-mRNA-5 Chr09 10399642 10401789 + maker
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ATGGCTGAAGATTATGATATTTGGAGAAAAGTTTCTCATGCTTATGTGATTCCTGAAGCTATTAATACTGCTGCTAAAAAAACTGCTTTTGAACAAAATTGCAAAGCTCGCAACATTCTTTTGTGCGGTATTTCTCGTTCGGATTATGATCGTGTTGCTCATCTTCAAACTGCTCATGAGATTTGGGTTGCTTTGAGTAATTTTCATCAAGGAACAAATAACATTAAAGAGCTTCGTCGAGATCTTTTTAAAAAGGAGTACATTAAATTTGAGATGAAACCTGGAGAAGCTTTTGATGACTATCTTTATAGGTTTAGTAAAATTTTGAGTGATCTTAGATCTGTTGATCCTTCTTATGATGCTAATTATCCACAATCTGAGATTTCTCGTCACTTTTTGAATGGTCTCGACATGTCTATTTGGGAGATGAAAGTTACATCTATTCAGGAGTCTGTTAACATGTCTATTTTGACTTTGGATTCACTTTATACAAAATTGAAAACACATGAGATGAATGTTCTTTCTCGAAAAGTTGATTCTAAGTCGAATGCTTTGATTTCTTCTTCTTCCTCTTTGGATGTTGATGCTTCTTCATCTAAGTCGTCTTTTCTTGCTGTTTTTAATGCCACATCCGATGATCAACTCGAACAAATCGAGGAGGAGGATTTGGCTTTAGTTGCTAACAGAATTGCTCGAGCTATGAATAATGCCAGGAACAGGAAAAGAGGTGGTCCAAATCGTTGCTTTGAGTGTGGTTCAATTGATCATCTTCGTTCGCATTGTCCTAAGCTTGGGAGAGGGAAAAGAGAATACGAAGATGGTGAGAAGACCAACAACAACAAGTCAAAGGGTTCATACCAAGGGAGGAAGATGGAGAATCTTAGGAAGGCTTTTCAACAAGTTTGCGCCGCCTTCGAGCCACTAAGTGATGTAGATGGTGAAAGTGGAGATGATGATAAGGGAAAGAACGTCTCCGATGTTTGCTTCATGGCGCGTGGTGAATCTGACATAGAGTATGAAGATAATGAGGTGAATGCTTTTGAGGAAGCTATTAATATTTTGAGTGCAAAAAATAAAAAGTGTGAGAAGATGTATAAAAAACAGGAATTTATCATTGAATCTCTTAAATTTGAAATTGATAGGTTAAAATCTCTTATTCCTAATGATGATGATTGCGAAAAATGTGAGTTGAAATTGAAAGATGCTTTAGGTCGTGTTGAGTACATGGAAGATGTTGTAAAAAACAATGAAGTGCTTTCTTGCCCTAAATGTCGTAAAAACAAAGGTGTCATGATAGATTGTGAAAATTGTGCTAATTTAGAAAAAGTGGTTTCTTATTTGAAAAATTCTTTGCTAAGATTTTCTGATTGTAAAAAGAACCTCAACATGATTTTGGATCAATCAAAGGTTAGTACACATAACCGTGGTTTAGGTTTTAATCCTTACGCTCATAATTCTAGACATCCTCCTGTTGTGTTAGGTGCTGGTGCTACAAGTGGTGAGATTTTGGTTAAACCTGATACTAACAAAACTGTGTTTAAATCTGCTGGTATCAGGTCTACTATGAGTGCATCTTCTTCAAAATCCAATGTTGTGCATGCAAAATCTCCTGTTGTTGCTCATGTTGCTAAATCTACTAGTGCTACCAATCTCATAAACAGAAAAAGGAGAGAGAGATTGCTTTTGCAAAATCAAAGTGGCAAAAATCTGGTTTTCCCTCGAGGAAACCGGTCAGACCGCAGTGGGTCCCGCGGTCAGACCGGCGACCGATCAGACCGGCTGAATAGCCTCGGTCAGACCGACCACCGGTCAGACCGGTGGTGA

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Protein seq

MAEDYDIWRKVSHAYVIPEAINTAAKKTAFEQNCKARNILLCGISRSDYDRVAHLQTAHEIWVALSNFHQGTNNIKELRRDLFKKEYIKFEMKPGEAFDDYLYRFSKILSDLRSVDPSYDANYPQSEISRHFLNGLDMSIWEMKVTSIQESVNMSILTLDSLYTKLKTHEMNVLSRKVDSKSNALISSSSSLDVDASSSKSSFLAVFNATSDDQLEQIEEEDLALVANRIARAMNNARNRKRGGPNRCFECGSIDHLRSHCPKLGRGKREYEDGEKTNNNKSKGSYQGRKMENLRKAFQQVCAAFEPLSDVDGESGDDDKGKNVSDVCFMARGESDIEYEDNEVNAFEEAINILSAKNKKCEKMYKKQEFIIESLKFEIDRLKSLIPNDDDCEKCELKLKDALGRVEYMEDVVKNNEVLSCPKCRKNKGVMIDCENCANLEKVVSYLKNSLLRFSDCKKNLNMILDQSKVSTHNRGLGFNPYAHNSRHPPVVLGAGATSGEILVKPDTNKTVFKSAGIRSTMSASSSKSNVVHAKSPVVAHVAKSTSATNLINRKRRERLLLQNQSGKNLVFPRGNRSDRSGSRGQTGDRSDRLNSLGQTDHRSDRW

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OsMH63_09G0162700 OsMH63_09T0162700-mRNA-6 Chr09 10402056 10403420 + maker
CDS seq

ATGACCGGTGATAAAAATTGGTTCTCCTCCCTAAAGAAGGCATCTAAGACTGAATCGATTATCTTTGGTGATGCTGCTACAAGTGCCGTTCTTGCTACAGGCATGGTTAAGGTAAATGAAAATTTTGAATCGAAGAATGTAGCTTTGGTTGAGGACTTAAAGTACAATTTACTTTCAGTTTCACAAATTGTTGATGAAAATTTTGAAGTTCACTATAAGAAAACTGGAAGTAAAGTTTTTGATTCTTGTGGTGATTCTGTGTTGAATATTTCTCTCTATGGAAGAGTGTTTAAAGCTGATTTTGAAAATCCTATTTCACCTGTGATAACATGTTTGGTTGTTAAGTTTGATAAAGATGTGATGTTTTGGCATCGTAGACTTGGACATGTTGGTTTTGATCATCTCACTAGGTTAAGTGGTTTGGATTTTGTTCGTGGTTTGCCTAAACTTAAGAAAGATCTTGATTTGGTTTGTACACCGTGTCGTCATGCTAAGATGGTTTCTACTTCACATGCTCCTATTGTTTATGTGATGACGGATGCACCGGGACAGCTATTACATATGGACACTGTTGGTCCGGCTAGAGTGCAATCTGTTGGAGGAAAGTGGTATGTGTTGGTTATAGTTGACGATTTTTCTCGATATTCTTGGGTTTTCTTTATGGCAACTAAGGATGAAGCTTTTCAACACTTTTGTGGTTTGTTTCTTCGATTGGATCTTGAATTTCCTGGTTCTTTGAAAAGAATTCGAAGTGATAATGGTGGAGAGTTTAAAAATGCTTCTTTTGAACAATTTTGCAACGAAAGAGGCCTTGAACATGAATTTTCCTCTCCTCGTGTTCCTCAACAAAACGGTGTTGTTGAAAGAAAAGATCGTGCTAAGGCAATTAACACTGCTTGTTATATTTCAAATCGGGTTTTCTTGATATCTAAACTTGGAAAAACTTCTTATGAACTTCGATTTGGACATCAATCCAAAGTTTCACATTTGCGTGTTTTTGGTTACAAGTGCTTTGTCTTGAAATCTGGAAATTTGGATAAGTTTGAGGCACGTTCTACTGATGGATTGTTTCTTGGTTACCCCGCACACACTCGTGGCTATCGTGTACTTATTTTGGGGACTAACAAAATTGTTGAGACTTGCGAAGTTTCTTTTGATGAGGCTAGTCCAGGTACTAGACTCGATATTGCAAGTACACTGTCACAGGTTCAGGGGGAGGATGGTCGTATTTTTGAAGATGAGAGCGACGATGACTACGACGACGAGGTTGGCTCGGCCGGTCAGACCGGGCGCCAAGCCGGTTAG

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Protein seq

MTGDKNWFSSLKKASKTESIIFGDAATSAVLATGMVKVNENFESKNVALVEDLKYNLLSVSQIVDENFEVHYKKTGSKVFDSCGDSVLNISLYGRVFKADFENPISPVITCLVVKFDKDVMFWHRRLGHVGFDHLTRLSGLDFVRGLPKLKKDLDLVCTPCRHAKMVSTSHAPIVYVMTDAPGQLLHMDTVGPARVQSVGGKWYVLVIVDDFSRYSWVFFMATKDEAFQHFCGLFLRLDLEFPGSLKRIRSDNGGEFKNASFEQFCNERGLEHEFSSPRVPQQNGVVERKDRAKAINTACYISNRVFLISKLGKTSYELRFGHQSKVSHLRVFGYKCFVLKSGNLDKFEARSTDGLFLGYPAHTRGYRVLILGTNKIVETCEVSFDEASPGTRLDIASTLSQVQGEDGRIFEDESDDDYDDEVGSAGQTGRQAG

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Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 0 0 0

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
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Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os09g15220 SBH 0.0 0.0 0.0
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db NA NA NA NA NA
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_08G0251800 SBH 0.0104575 0 0
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_09G0141300 SBH 0 0 0
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
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