Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
OsMH63_06G0214500 OGI:06037080 | 4/16 Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU Chr06:12723862-12754323
Gene Symbol -
DNA seq

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Function Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon 17.6 [UniProtKB/Swiss-Prot:P04323]

Transcripts

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MRLLRTSWQNFFVTTNPVEAGDWLHAIEKKLDLLQCTDQEKVSFASHQLHGPASEWWDHFRLNRTTAEPITWLEFTAAFRKTHIPSGVVSLKKKEFRSLTQGSRSVTEYLHEFNRLARYAPEDVRNDEERQEKFLGGLNDELSYPLMVGDYPDFQKLVDKAIRQEDKYNFMEQKKRRIAHFKAQQGTNQKPRLALGPQSMPQGGSSSAVRPQRQFFNNNAGNNIRNQAPRPVAAPAQQQQSAKREQGSKSVVCFNCGDSGHYADKCPKPRRVKVVPAPNNSTVSASKARVNHVAAAEAQDAPDVILGTFPVNSVPATVLFDSGATHSFLSMSFAGNHGMEVEDLRRPLMVSTPSNQALSLQRSPSVRIEIQGVPFLANLILLESKDLDVILGMDWLARHKGVIDCANKKVTLTSKDGRVVTVHAMSSESLRSRLNQITLEEIPIVREYPDVFPDDLPGMPPKRDIEFRIDLVPGTTPIHKRPYRMAVNELAEVKRQVDDLLQKGYIRPSSSPWGAPVIFVEKKDHTQRMCVDYRALNDVTIKNKYPLPRIDDLFDQLKGATVFSKIDLRSGYHQLRIKDEDIPKTAFTTRYGLFECTVMSFGLTNAPAFFMNLMNKVFMEYLDKFVVVFIDDILIYSRTKEEHEEHLRLALEKLREHQLYAKFSKCEFWLSEVKFLGHVISAGGVAVDPSNVESVTNWKQPKIVSEIRSFLGLAGYYRRFIENFSKIAKPMTRLLQKDVKYKWSEECEQSFQELKNRLVSAPILILPDPKKGFQVYCDASKLGLGCVLMQDGKVVAYASRQLRPHEKNYPTHDLELAAVVHALKIWRHYLFGTRTEVYTDHKSLKYIFTQPDLNMRQRTWLELIKDYDMGIHYHPGKANVVADALSRKGYCNATEGRQLPLELCKEFESLNLGIVSRGFVAALEAKPTLIDQVREAQINDPDILEIKKNMRRGKAIGFLEDEQGTVWLGERICVPDNKELKDAILKEAHDTLYSIHPGSTKMYQDLKERFWWASMKREIAEYVAVCDVCQRVKAEHQKPASLLQPLKIPEWKWEEIGMDFITGLPRTSSGHDSIWVIVDRLTKVAHFIPVKTTYSGSRLAELYMARIVCLHGVPKKIVSDRGSQFTSNFWKKLQEEMGSKLNFSTAYHPQTDGQTERVNQILEDMLRACALDFGGSWDKNLPYVEFSYNNSYQASLQMAPYEALYGRKCRTPLLWDQTGERQVFGTDILREAEEKVKIIQERLRVAQSRHKSYADNRRRDLSFEEGDYVYLRVTPLRGVHRFQTKGKLAPRFVGPYKIVSRRGEVAYQLELPQSLAGVHNVFHVSQLKKCLRVPTEEANLEQIEVQEDLTYVEKPIRILETSERRTRNQVIRFCKVQWSNHSEEESTWEREDELKSAHPYLFASSSESRGRDSILVEVRIRICRTRNSHITTVIKLVCKWLRMKHYMAESAVPRSFGIKSVNVKFLGQIYCERQKKRLSKRGCALLSHVRRAMPTIVAEIWLSKKEIMYIFGLRRYEVFIVSKPKGNWHRVLWDLLRL

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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsMH63_06G0214500 OsMH63_06T0214500-mRNA-8 Chr06 12751766 12753484 + maker
CDS seq

ATGGCGGGAATACATGACGTGTTCCACGTGTCTCAGCTGAAGAAATGTTTACGTGTACCTACGGAGGAAGCAGATCCTGATCGTATAGAGCTTCGGGAAGATTTAACTTATGTTGAGAAGCCAGTCATAATTTTGGAAGTAAGCGAGAGGAATACCAGGAATCGCGTTATACGGTTCTGTAAGGTTCAGTGGAGCAATCATTCAGAAGAAGAAGCCACTTGGGAGCGAGAAGATGAATTGAAGTCAGCTCATCCTCATCTGTTCGCCAGTTCTTCTGAATCTCGAGGACGAGATTCCTTTCCGACGTTCCGGAGGAGAGTGTTTCCGTTGAGGAAGGTTCCGAAGCGTTTGCGGAAGCCCAAGGCAAGTCACACAGATCCCAAACAACCCTTTGAGCATGTTGAACCCGTTTAA

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Protein seq

MAGIHDVFHVSQLKKCLRVPTEEADPDRIELREDLTYVEKPVIILEVSERNTRNRVIRFCKVQWSNHSEEEATWEREDELKSAHPHLFASSSESRGRDSFPTFRRRVFPLRKVPKRLRKPKASHTDPKQPFEHVEPV

Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 0.0013565 0.0016265 0

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os06g21059 SBH 0.000000 0.000000 0.0
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db NA NA NA NA NA
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsARC_06g0011261 RBH 0.404399 0.0 None
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_03G0312400 SBH 0.0014565 0 0
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_06G0196300 SBH 0.1326905 0.447524 0.0378355
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) OsN22_06G011031 RBH 0.232104 0.0 0.0
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
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