Basic Info |
Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
OsMH63_06G0214500 | OGI:06037080 | 4/16 | Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | Chr06:12723862-12754323 | ||||||||
Gene Symbol | - | ||||||||||
DNA seq | 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Function | Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon 17.6 [UniProtKB/Swiss-Prot:P04323] |
Transcripts
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OsMH63_06G0214500 | OsMH63_06T0214500-mRNA-1 | Chr06 | 12723862 | 12748315 | + | maker | ||
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CDS seq | ATGCGCCTCCTCAGAACCAGTTGGCAGAATTTCTTCGTTACCACTAATCCTGTTGAAGCTGGTGATTGGCTGCATGCCATAGAGAAGAAATTGGATTTGCTTCAGTGCACTGATCAGGAGAAGGTCTCATTTGCATCGCATCAGTTGCATGGCCCTGCTTCTGAATGGTGGGATCACTTCCGCCTGAATAGGACTACTGCTGAACCTATCACTTGGCTTGAATTCACCGCTGCTTTCCGGAAGACGCATATACCATCGGGAGTGGTGTCTCTCAAGAAGAAGGAGTTCAGGTCGCTTACGCAGGGATCTCGCTCTGTCACGGAATATTTACATGAGTTCAATCGTCTTGCACGTTATGCTCCGGAAGATGTGCGCAATGATGAAGAACGCCAGGAGAAGTTTTTGGGAGGACTCAATGATGAGCTTTCTTATCCACTTATGGTTGGAGATTATCCTGATTTCCAGAAGTTGGTGGATAAGGCTATTCGTCAGGAGGACAAGTACAATTTCATGGAGCAGAAGAAACGCCGGATTGCTCACTTCAAAGCACAACAGGGGACTAATCAGAAGCCGCGTCTTGCCTTAGGACCCCAGTCTATGCCACAGGGAGGTTCTTCGTCTGCTGTTCGTCCGCAGCGTCAGTTCTTCAACAACAATGCTGGCAACAACATCCGCAATCAAGCTCCACGTCCTGTTGCAGCTCCAGCACAGCAACAACAATCTGCCAAGAGGGAGCAAGGCAGCAAGTCCGTGGTGTGTTTCAACTGTGGAGACTCAGGACATTATGCTGACAAGTGTCCGAAGCCCCGTCGCGTGAAGGTTGTCCCTGCCCCGAACAACTCTACTGTATCAGCATCAAAGGCCCGTGTCAATCATGTTGCAGCTGCAGAAGCTCAAGATGCTCCAGATGTGATTTTGGGTACGTTCCCTGTTAACTCAGTTCCTGCAACAGTACTTTTCGATTCTGGTGCTACACATTCATTCTTATCTATGAGTTTTGCGGGAAATCATGGGATGGAAGTAGAAGATCTTAGACGTCCTTTGATGGTTAGTACCCCAAGTAATCAAGCACTTTCTTTGCAACGTAGCCCCTCTGTCAGAATAGAAATTCAAGGAGTACCATTTCTGGCCAATCTTATCTTGTTAGAATCCAAAGACCTTGATGTCATCCTAGGGATGGACTGGTTAGCCAGACATAAAGGTGTGATAGACTGTGCTAACAAAAAAGTAACTCTCACCAGCAAGGATGGTCGAGTTGTGACTGTTCATGCAATGTCTTCTGAGTCTTTAAGGTCAAGACTGAACCAGATAACTTTGGAAGAGATTCCTATAGTCCGGGAGTATCCTGATGTGTTCCCAGATGATTTACCAGGTATGCCGCCTAAAAGGGATATAGAGTTCAGAATAGATTTGGTACCCGGAACGACTCCGATCCACAAGAGACCATATAGAATGGCAGTAAATGAGTTGGCAGAAGTTAAGAGGCAAGTCGATGATTTGCTTCAGAAAGGATACATCAGACCGAGTTCGTCACCATGGGGAGCTCCAGTTATTTTTGTGGAAAAGAAAGACCATACCCAGAGAATGTGTGTGGATTATCGTGCTCTAAATGATGTGACTATCAAGAATAAGTATCCGCTACCTAGAATTGATGATTTGTTTGATCAGCTTAAAGGTGCCACTGTTTTCTCCAAGATAGATCTTCGATCAGGATATCACCAGTTGAGAATCAAAGACGAAGATATACCTAAGACAGCTTTTACCACTAGGTATGGGTTGTTCGAATGCACTGTTATGTCTTTTGGACTTACGAATGCCCCCGCTTTCTTCATGAACTTGATGAATAAGGTGTTTATGGAATATCTAGACAAGTTCGTGGTGGTCTTTATTGATGACATTCTTATCTACTCTCGAACCAAAGAAGAGCATGAAGAACATCTTCGCCTTGCATTAGAGAAGCTACGAGAACATCAACTGTATGCTAAGTTTAGCAAGTGTGAATTTTGGTTGTCTGAAGTGAAGTTCCTTGGTCACGTCATCTCAGCAGGAGGAGTTGCCGTCGATCCTAGCAATGTGGAATCCGTAACCAACTGGAAACAACCGAAGATAGTTTCAGAGATCCGCAGTTTTCTAGGCCTCGCAGGATATTACCGGAGGTTTATAGAGAATTTTTCCAAGATTGCTAAGCCCATGACACGACTGCTTCAGAAAGATGTGAAGTACAAGTGGTCAGAAGAATGTGAGCAGAGTTTTCAAGAGTTGAAGAATCGCTTAGTATCAGCTCCTATTTTGATTTTGCCTGATCCAAAGAAGGGTTTCCAAGTGTATTGCGATGCATCCAAACTTGGGTTAGGTTGTGTTCTGATGCAAGATGGGAAGGTAGTTGCCTATGCATCCCGTCAGTTACGTCCGCATGAAAAGAATTACCCCACTCATGACCTTGAGTTAGCTGCAGTAGTTCATGCATTGAAAATCTGGCGTCATTATCTTTTCGGTACTCGTACAGAGGTATATACCGATCACAAGAGTTTAAAGTATATCTTTACTCAGCCGGATCTGAACATGAGACAAAGGACATGGTTGGAATTAATTAAGGATTATGACATGGGAATTCATTATCACCCGGGAAAGGCTAATGTTGTAGCAGACGCTCTTAGCAGGAAAGGCTATTGCAATGCTACAGAAGGACGACAGTTGCCATTGGAATTATGCAAGGAATTTGAAAGCTTAAATTTGGGAATTGTCAGTAGAGGTTTCGTTGCAGCCTTAGAAGCGAAGCCCACTCTAATTGATCAAGTTAGAGAAGCCCAAATTAATGATCCTGATATTCTGGAAATCAAGAAGAATATGAGAAGAGGAAAAGCTATCGGTTTCTTGGAGGATGAGCAAGGAACTGTATGGTTGGGTGAAAGAATTTGTGTCCCCGACAATAAAGAGTTGAAAGATGCAATTCTGAAAGAAGCTCATGATACTTTATACTCTATTCACCCTGGTAGTACTAAGATGTACCAGGATCTCAAGGAAAGGTTTTGGTGGGCAAGTATGAAGCGTGAAATTGCAGAATACGTAGCAGTATGTGACGTTTGTCAGCGAGTCAAGGCAGAACATCAGAAACCCGCCAGTTTGTTGCAGCCTTTGAAGATTCCTGAATGGAAGTGGGAAGAAATCGGTATGGATTTTATCACTGGTTTGCCCAGAACATCATCGGGCCATGATTCTATTTGGGTGATAGTCGACAGACTTACCAAAGTGGCTCATTTCATTCCGGTAAAGACAACTTATTCCGGAAGTCGCTTAGCGGAATTGTACATGGCAAGGATTGTGTGTTTGCATGGCGTCCCTAAGAAGATAGTGTCTGATCGAGGCAGTCAGTTTACTTCAAATTTTTGGAAGAAACTACAGGAAGAGATGGGTTCTAAGTTGAACTTTAGTACTGCTTATCATCCGCAAACAGATGGACAGACCGAAAGGGTGAATCAGATTTTGGAAGACATGTTGAGAGCTTGTGCTTTAGATTTCGGTGGAAGTTGGGATAAGAATCTACCCTATGTAGAATTTTCGTACAACAACAGTTATCAAGCTAGTCTTCAGATGGCTCCTTACGAAGCACTGTATGGTCGGAAGTGCCGCACTCCGCTTTTGTGGGATCAAACGGGAGAACGTCAGGTTTTCGGGACGGATATCCTAAGGGAAGCAGAAGAAAAGGTAAAGATCATTCAAGAAAGATTGCGTGTGGCTCAGTCCCGTCATAAGAGTTATGCCGACAATCGCCGCAGAGATTTGAGTTTTGAAGAAGGAGATTATGTGTATCTTCGTGTCACGCCTCTACGAGGGGTTCATCGTTTTCAGACCAAAGGAAAATTGGCACCGCGTTTTGTGGGACCTTATAAGATTGTCAGTAGAAGAGGAGAGGTTGCCTATCAGTTGGAGTTACCTCAATCTTTGGCAGGAGTCCATAATGTGTTCCATGTATCGCAATTGAAGAAATGTTTAAGAGTACCTACTGAAGAAGCTAATCTTGAACAAATAGAAGTCCAAGAGGATCTGACCTATGTTGAGAAGCCAATCCGTATCTTGGAGACAAGCGAGAGAAGAACCAGGAATCAAGTTATCCGTTTTTGTAAAGTCCAATGGAGCAATCACTCGGAAGAAGAGTCAACTTGGGAACGAGAAGATGAATTGAAGTCAGCTCATCCGTATCTGTTTGCCAGTTCTTCCGAATCTCGAGGACGAGATTCTATTTTGGTGGAAGTTAGGATAAGAATTTGCCGTACGCGGAATTCTCATATAACAACAGTTATCAAGCTAGTTTGCAAATGGCTCCGTATGAAGCATTATATGGCTGAAAGTGCCGTACCCCGCTCCTTTGGGATCAAATCGGTGAACGTCAAGTTTTTGGGACAGATATATTGCGAGAGGCAGAAGAAAAGATTATCCAAGAGAGGTTGCGCGTTGCTCAGTCACGTCAGAAGAGCTATGCCGACAATCGTCGCAGAGATTTGGCTTTCGAAGAAGGAAATTATGTATATCTTCGGGTTACGCCGTTACGAGGTGTTCATCGTTTCCAAACCAAAGGGAAATTGGCACCGCGTTTTGTGGGACCTTTTAAGGTTGTGA
More
|
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Protein seq | MRLLRTSWQNFFVTTNPVEAGDWLHAIEKKLDLLQCTDQEKVSFASHQLHGPASEWWDHFRLNRTTAEPITWLEFTAAFRKTHIPSGVVSLKKKEFRSLTQGSRSVTEYLHEFNRLARYAPEDVRNDEERQEKFLGGLNDELSYPLMVGDYPDFQKLVDKAIRQEDKYNFMEQKKRRIAHFKAQQGTNQKPRLALGPQSMPQGGSSSAVRPQRQFFNNNAGNNIRNQAPRPVAAPAQQQQSAKREQGSKSVVCFNCGDSGHYADKCPKPRRVKVVPAPNNSTVSASKARVNHVAAAEAQDAPDVILGTFPVNSVPATVLFDSGATHSFLSMSFAGNHGMEVEDLRRPLMVSTPSNQALSLQRSPSVRIEIQGVPFLANLILLESKDLDVILGMDWLARHKGVIDCANKKVTLTSKDGRVVTVHAMSSESLRSRLNQITLEEIPIVREYPDVFPDDLPGMPPKRDIEFRIDLVPGTTPIHKRPYRMAVNELAEVKRQVDDLLQKGYIRPSSSPWGAPVIFVEKKDHTQRMCVDYRALNDVTIKNKYPLPRIDDLFDQLKGATVFSKIDLRSGYHQLRIKDEDIPKTAFTTRYGLFECTVMSFGLTNAPAFFMNLMNKVFMEYLDKFVVVFIDDILIYSRTKEEHEEHLRLALEKLREHQLYAKFSKCEFWLSEVKFLGHVISAGGVAVDPSNVESVTNWKQPKIVSEIRSFLGLAGYYRRFIENFSKIAKPMTRLLQKDVKYKWSEECEQSFQELKNRLVSAPILILPDPKKGFQVYCDASKLGLGCVLMQDGKVVAYASRQLRPHEKNYPTHDLELAAVVHALKIWRHYLFGTRTEVYTDHKSLKYIFTQPDLNMRQRTWLELIKDYDMGIHYHPGKANVVADALSRKGYCNATEGRQLPLELCKEFESLNLGIVSRGFVAALEAKPTLIDQVREAQINDPDILEIKKNMRRGKAIGFLEDEQGTVWLGERICVPDNKELKDAILKEAHDTLYSIHPGSTKMYQDLKERFWWASMKREIAEYVAVCDVCQRVKAEHQKPASLLQPLKIPEWKWEEIGMDFITGLPRTSSGHDSIWVIVDRLTKVAHFIPVKTTYSGSRLAELYMARIVCLHGVPKKIVSDRGSQFTSNFWKKLQEEMGSKLNFSTAYHPQTDGQTERVNQILEDMLRACALDFGGSWDKNLPYVEFSYNNSYQASLQMAPYEALYGRKCRTPLLWDQTGERQVFGTDILREAEEKVKIIQERLRVAQSRHKSYADNRRRDLSFEEGDYVYLRVTPLRGVHRFQTKGKLAPRFVGPYKIVSRRGEVAYQLELPQSLAGVHNVFHVSQLKKCLRVPTEEANLEQIEVQEDLTYVEKPIRILETSERRTRNQVIRFCKVQWSNHSEEESTWEREDELKSAHPYLFASSSESRGRDSILVEVRIRICRTRNSHITTVIKLVCKWLRMKHYMAESAVPRSFGIKSVNVKFLGQIYCERQKKRLSKRGCALLSHVRRAMPTIVAEIWLSKKEIMYIFGLRRYEVFIVSKPKGNWHRVLWDLLRL
More
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Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
OsMH63_06G0214500 | OsMH63_06T0214500-mRNA-8 | Chr06 | 12751766 | 12753484 | + | maker | ||
CDS seq | ATGGCGGGAATACATGACGTGTTCCACGTGTCTCAGCTGAAGAAATGTTTACGTGTACCTACGGAGGAAGCAGATCCTGATCGTATAGAGCTTCGGGAAGATTTAACTTATGTTGAGAAGCCAGTCATAATTTTGGAAGTAAGCGAGAGGAATACCAGGAATCGCGTTATACGGTTCTGTAAGGTTCAGTGGAGCAATCATTCAGAAGAAGAAGCCACTTGGGAGCGAGAAGATGAATTGAAGTCAGCTCATCCTCATCTGTTCGCCAGTTCTTCTGAATCTCGAGGACGAGATTCCTTTCCGACGTTCCGGAGGAGAGTGTTTCCGTTGAGGAAGGTTCCGAAGCGTTTGCGGAAGCCCAAGGCAAGTCACACAGATCCCAAACAACCCTTTGAGCATGTTGAACCCGTTTAA
More
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|||||||
Protein seq | MAGIHDVFHVSQLKKCLRVPTEEADPDRIELREDLTYVEKPVIILEVSERNTRNRVIRFCKVQWSNHSEEEATWEREDELKSAHPHLFASSSESRGRDSFPTFRRRVFPLRKVPKRLRKPKASHTDPKQPFEHVEPV |
Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
Leaf | Root | Panicle | |
FPKM | 0.0013565 | 0.0016265 | 0 |
Homologues
Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
---|---|---|---|---|---|
Leaf | Root | Panicle | |||
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os06g21059 | SBH | 0.000000 | 0.000000 | 0.0 |
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | NA | NA | NA | NA | NA |
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_06g0011261 | RBH | 0.404399 | 0.0 | None |
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_03G0312400 | SBH | 0.0014565 | 0 | 0 |
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_06G0196300 | SBH | 0.1326905 | 0.447524 | 0.0378355 |
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_06G011031 | RBH | 0.232104 | 0.0 | 0.0 |
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |