Basic Info

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Function Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 [UniProtKB/Swiss-Prot:P10978]

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Protein seq

MCGGEKRGNTRARLASPGLAWQGRRRACTTYASNGPKNWLLTLAQMQPPFAVLFCCKFGFVFVLETFRKIRICENQSRVCLLLCTAPSLVDYSIPLAGVHQRSGEQVSGTSAFDVLHREKAAIRSNDAFILVFICNVMIYLWNKLNHYMPIISTIQKPYYRHCDFTMAGFADALRPDKFTGVHFKRWQIRVTLWLTAMKCFWVSTGKPEGVLTAEQQKQFEEATTLFVGCILSVLGDRLVEVYMHMTDAKELWDALNTKFGATDASNDLYIMEQFHDYKMADNRSVVEQAHEIQTMANFGTALKHKRQEYSVEGLIASLDVEEKAREKDAASKGDGGQSSANVVHKAQNKSKGKYKAQQTTNFKKQKKNNNNPNQDERTCFVCGQVGHLARKCPQRKGMKAPAGQTSKSANVTIGNTGDGSGYGNLPTVFSVNQSTNWWVDTGANVHVCADISLFSSYQVARGSTVLMGNGSHASVHGVGTVDLKFTSGKIVQLKNVQHVPSIDRNLVSGSRLTRDGFKLSNKVVVSKHGYFIGKGYECGGLFRFSLSDFCNKSVNHICGSVDDEANVWHSRLCHINFGLMSRLSSMCLIPKFSIVKGSKCHSCVQSKQPRKPHKAAEERNLAPLELLHSDLCEMNGVLTKGGKRYFMTFIDDATRFCYVYLLKTKDEALDYFKIYKAEVENQLDRKIKRLRSDRGGEFFSNEFDLFCEEHGIIHERTPPYSPESNGLAERKNRTLTDLVNAMLDTAGLPKAWWGEALLTSNHVLNRVPNRNKDKTPYEIWIGRKPSLSYLRTWGCLAKVNVPITKKRKLGPKTVDCVFLGYAHHSIAYRFLIVKSEVLDMHVGTIMESRDATFFESFFPMKDTHSGSNQSSEIIPSSITPPEQTEHTHELVSEEDVSEAPRRSKRQRTAKSFGDDFTVYLVDDTPKSISEAYASPDADYWKEAVRSEMDSIIANGTWEVTEQPYGCKPVGCKWVFKKKLRPDGTIEKYKARLVAKGYTQKEGKDFFDTYSPVARLTTIRVLLSLAASHGLLVHQMDVKTAFLNGELDEEIYMDQPDGFVVEGQEGKVCKLLKSLYGLKQAPKQWHEKFDKTLTSAGFGVNEADKCVYYRHGGGEGVILCLYVDDILIFGTNLEVINEVKSFLSQNFDMKDLGVADVILNIKLIRGENGITLLQSHYVEKILNRFGYIDSKPSPTPYDPSLLLRKNKRIARNQLEYS

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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsMH63_04G0024100 OsMH63_04T0024100-mRNA-9 Chr04 1474968 1480212 + maker
CDS seq

ATGTACCTGGCTAGTGCAACTAGGCCTGATATCTCCTTTGCTGTGAGCAAGTTGAGCCGATTTACCTCTAATCCGGGAGATGATCACTGGCGTGCGCTTGAGCGAGTAATGCGCTATCTGAAAGGTACTGTGGAATTGGGGCTTCACTATACTGGGTATCCTGCGGTACTGGAGGGTTATAGTGATTCTAACTGGATCTCTGATGTGGATGAGATCAAAGCCACTAGTGGATATGTTTTCACACTGGGTGGTGATGCTGTTTCATGGAGGTCTTGCAAACAGACAATTTTGACGAGGTCAACCATGGAAGCAGAGCTAACGGCACTGGATACTGCTACTGTTGAGGCAGAATGGCTGCGTGATCTATTAATGGATCTGCCTGTTGTTGAAAAACCGGTGCCGGCTATCCTTATGAACTGTGACAATCAAACGACATGTGAAAAGACGATTGAAGTCTGTCAGGAAATTAAGAAACTCCGGAGTTATAACGTTGGATTACATCCAAACAGCGAGAAACCTGGCAGATCCCTTCACGAAGTGACTATCACGAAATGTGATAGACAATGCATCGAAGGAGATGGGATATGCGAAAATCAATCTAGGGTTTGCCTCCTACTCTGTACTGCGCCGTCGCTCGTAGACTACTCCATCCCGCTCGCCGGCGTGCACCAGCGATCGGGAGAGCAGGTCTCCGGAACCTCTGCCTTTGACGTCCTGCACCGGGAGAAGGCGGCAATAAGGTTTTTGGGAAGCGCTTCGCGCGACTGCTCCCTGTTCGTTCGCGACGGCTCGCCTTCCTCTTCGCTCGCGTGTTTCGTGCCTTCGTAG

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Protein seq

MYLASATRPDISFAVSKLSRFTSNPGDDHWRALERVMRYLKGTVELGLHYTGYPAVLEGYSDSNWISDVDEIKATSGYVFTLGGDAVSWRSCKQTILTRSTMEAELTALDTATVEAEWLRDLLMDLPVVEKPVPAILMNCDNQTTCEKTIEVCQEIKKLRSYNVGLHPNSEKPGRSLHEVTITKCDRQCIEGDGICENQSRVCLLLCTAPSLVDYSIPLAGVHQRSGEQVSGTSAFDVLHREKAAIRFLGSASRDCSLFVRDGSPSSSLACFVPS

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Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 1.736572 0 0.004696

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) OsNip_03g0327700 SBH 0.000000 0.0 0.688255
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os04g02960 RBH 0.0 0.0 0.000000
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db Os03g0327700 SBH None None None
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsARC_04g0001702 RBH 0.055411 0.137042 None
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_07G0176100 SBH 0 0 0
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_04G0023100 RBH 0 0 0.003655
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
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