Basic Info |
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Function | Transposon Tf2-6 polyprotein [UniProtKB/Swiss-Prot:P0CT39] |
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CDS seq | ATGTCTACGGAATTCCGAGATTTCCAGCAGTTGGTGGACAAAGCGATTCGTCAGGAAGACAAGTACAACCGGATGGAGCAGAAGAAGCGTAGGGCTGCCCAATTCAAGTCACAACAGGGTAGTAATCAGAGGCCGCGTCTTGTTACTGGACCTCAAGTTCCATCGTACTCGCAAGGAGGATCTTCATCAGTTGTCCGTCCTCAGCGCCAGTTCTACAACAACAACACTGGTAACCGTGGCAATGATAATCGCAACATGGTCGCTCGTCCTGCAGCAACTTCAGTTCAGAACCAGCCTGTCAGGAAGGACCAGGGAAGCAAGCCAGTGATATGTTTCAATTGCGGTGATCCAGGACATTATGCTGATAAGTGTCCGAAGCCTCGGCGTGTGAAGAACGCTCCAGTTCCGAATAACTCCAATGTTCCAGCACCGAAGGCACGGGTTAATCATGTTGCAGCAGCAGAAGCTCAGAATGCACCAGACGTGGTTTTGGGTACGTTTCCTGTTAACTCTATACCCGCAACTGTGCTTTTTGATTCCGGTGCTACACATTCCTTTTTGTCTAAAAGTTTTGCGAGCAAACATGGGATGGAAGTTGTTAGTCTTGGGAGACCTTTACTAGTTAATTCCCCAGGCAACCAAGTATTTTCGACACAGTATTGTCCTTCTGTTACCATAGAAATAGAAGAAGTTCCTTTCCCATCCTCTCTTATCTTGCTAGAATCCAAAGATCTAGATGTCATCCTAGGGATGGACTGGTTATCTCGTCACAGAGGAGTTATAGATTGTGCCAACCGTAAGGTGTCTTTAACCAACAGCAATGGGGAAACTGTTTCTTTCTTTGCATCCTCTCCTAAATCTCATGGTGTGGTCTTAAACCAAGTGGCTCTACAAGAGATTCCTATAGTGCAAGACTACCCCGATGTGTTTCCGGAGGATTTGCCAGGTATGCCACCTAAGAGAGATATAGAGTTTCGGATCGACTTGGTACCTGGAACTAATCCCATCCATAAGAGACCGTATAGAATGGCAGCTAATGAGTTAGCTGAGGTGAAGAAACAGGTGGATGATTTGCTTCAGAAAGGATACATCAGACCCAGTACTTCGCCATGGGGAGCACCAGTCATCTTTGTGGAGAAGAAAGATCATACTCAGAGAATGTGTGTGGATTATCGAGCGTTGAATGAGGTTACTATCAAGAATAAGTATCCTCTACCCAGAATTGATGACCTGTTTGATCAATTGAAAGGTGCTACAGTTTTCTCCAAGATAGATCTCCGTTCTGGATATCATCAACTTCGAATCCGTGAGGAAGATATACCAAAGACTGCCTTCACAACACGGTATGGTTTGTTTGAGTGTACCGTTATGTCATTTGGACTCACCAATGCCCCAGCCTTTTTCATGAATCTGATGAACAAGGTGTTTATGGAGTATCTGGATAAGTTTGTTGTGGTGTTCATTGATGACATTCTTATTTACTCCAAGACGAAGGAAGAACATGAAGAGCATCTTCGTCTAGCTTTAGAGAAATTACGTGAGCATCAGCTTTATGCCAAGTTCAGCAAATGTGAGTTTTGGTTGTCCGAAGTAAAGTTTCTTGGTCATGTCATCTCATCTGGAGGAGTGGCAGTAGATCCAAGCAATGTGGAGTCAGTGTTAAGTTGGAAGCAACCCAAGACGGTTTCAGAAGTTCGTAGTTTCCTTGGACTTGCAGGATATTACCGCAGGTTTATTGAGAACTTTTCAAAGATCGCCAGACCAATGACTCGTCTGCTTCAGAAGGAAGTGAAGTACAAGTGGACAGAAGATTGTGAACAAAGTTTCCAAGAACTAAAGAAAAGGCTAGTGACTGCGCCTGTGCTAATTTTGCCTGATTCGAGGAAAGGTTTCCAAGTGTATTGTGATGCATCTCGACTCGGTTTGGGTTGTGTGTTGATGCAAGAAGGAAAGGTGGTTGCCTATGCATCTAGGCAATTACGTCCTCATGAGAATAACTACCCAACGCATGATCTAGAGTTGGCAGCTGTAGTGCATGCATTGAAGATTTGGCGTCATTATCTTTACGGTAATCGTACAGAGATGTATACGGATCATAAAAGTTTGAAGTATATTTTCACTCAACCTGATTTGAACATGCGTCAGCGAAGATGGTTAGAGTTGATTAAAGACTATGATATGGAAATCCACTATCATCCGGGGAAAGCAAATGTGGTAGCCGATGCCCTTAGCAGGAAAAGTTACTGCAATATGTCAGAAGGTAGAAGTTTACCTTGGGAGTTATGCCAAGAATTTGAAAAGTTGAACTTGGGAATAGTCAGCAAAGGTTTTGTGGCCGCTTTGGAAGCTAAACCTACTCTGTTTGATCAAATTAGAGAAGCTCAAGTGAATGATCCTGATATTCAGGAAATAAAGAAGAACATGAGAAGAGGTAAAGCCGTCGGTTTTGTAGAAGATGAACAAGGTACTGTGTGGTTAGGAGAAAGAATTTGTGTCCCAGAAAATAAGGAGTTGAAGGATATTATCATGAAAGAAGCTCATGAAACTTTGTATTCTATTCATCCTGGAAGCACTAAGATGTATCAGGACTTAAAGCAACAATTTTGGTGGGCTAGTATGCGACGTGAGATAGCAGAATATGTGGCTCTATGTGATGTGTGTCAGCGGGTCAAAGCAGAACATCAGAAGCCAGCTGGTCTGTTACAACCGTTGAAGATTCCAGAGTGGAAGTGGGAAGAAATAGGGATGGATTTTATAACCGGTCTACCCAGAATGTCGGCAGGACATGATTCTATTTGGGTAGTGGTTGATCGGTTGACAAAAGTCGCTCACTTCATACCAGTCAAGACAACCTATACGGGACATAAGCTTGCGGAGTTATATATGGCCAGAGTGGTATGTTTGCATGGTGTTCCTAAGAAAATCGTGTCAGATAGAGGTAGCCAGTTTACTTCAAAATTTTGGCAGAAGCTACAATCAGAATTGGGTACCCGTTTGAATTTCAGTACTGCTTATCATCCTCAAACGGATGATATATTGCGAGAGGCGGAAGAAAAAGTAAAGATTATCCAAGAAAGGTTGCGCGTTGCTCAGTCTCGTCAGAAGAGCTATGCCGACAATCGTCGCAGGGATTTAGTTTTCGAAGAAGGAGATTATGTGTATCTACGGGTTACGCCGCTACGAGGAGTTCATCGTTTCCAAACCAAAGGGAAATTGGCACCGCGTTTTGTGGGACCTTTAAAGATCGTGAGTCGAAGAGGTGAAGTAGCTTATCGGTTAGAATTGCCTCCGTCAATGGCAGGAATACACGACGTGTTCCATGTGTCTCAGTTGAAGAAGTGTCTACGAGTGCCTACGGAGGAAGCAGATCCTAGTCGTATAGAGCTTCAGGAAGATTTAACTTATGTTGAGAAGCCGGTCAGAATTTTGGAATTTCCGACGTTCCGGAGGAGAGCGTTTCCGTTGAGGAAGGTTCCGAAGCGTTTGTGGAAGCCCAAGGCAAGTCACACAGATCCCAAACAACCCTTTGAGCATGTTGATCGTATTTAA
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Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
OsMH63_03G0336100 | OsMH63_03T0336100-mRNA-5 | Chr03 | 21891313 | 21894718 | + | maker | ||
CDS seq | ATGCCTCCCCATTCACCGAGAAATTTGTTCAAGGTGTTAGGATTCGTCAGGGAGCTGAGGTTGATGGCTTTTGAAGTAGGCTATGAAGTTGCTCCTGAGTATCGCCAGATTCCCCATGACCCCGATGAGGAGAAGTGTCGTGTTCGTGTGACGTTGGCTAGTGATAGTGAAGACCTTCCGTCTTTTAAGTTTGAAGCTGGAGGAAGATCGTACCGCCATGCTCGTCAAGAAGTAGCTTTGGTGGCCATTGGAGAGTTGCGTCAATACTTTGAAGAAGAGTTGGATTCATCAGCTTTCCGGTATCATCCCCACAAGCCTCATGGTCAAGACTATGGATCTTATACCTGTCCTGATGGCGAAGAGAGTGCTACTCTGATGCATGTGGTGCATATGCTTAATGCTATGGATACAGTAGGTGTGGAGCGAGAGAAAGCAGCTCATGACCGAGAAAACTGGAATCGAGACGAGATTTGCAAGTTGAAGAGCAAGGTGCATCGTCTACAGAAGGAATTAGCTGAACTTAAAGGAGAAGCGCCGCCGCGAACATCCAAGCTCCGCCTCACTGCAAGAAAGAGAACCTGTCCGCCACCTCGTCTCCAGTTAGTTTCGAAGATCCGCGTGATGGGTGAAGCTGTGCCTGATCGTGCTGAACCTGTCATCGACATCATAAGTGATGAGGAAGAAGAGGAAGATCCTGAAGAAAGAGAGCCAGCTACTCCGGAGGAAGAAGATTCATCGCTTCGTTCCGACGCAAGGCGGAATTACAGGCACAGAATCAGCAGGGAAATAATCAGAACCAGAATCCACCCCCTCCTCCCCAAAACAAGTTGGCAGATTTCTTACGTGTCAGACCCCCTACCTTTTCCAGCACAACCAATCCAGTAG
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Protein seq | MPPHSPRNLFKVLGFVRELRLMAFEVGYEVAPEYRQIPHDPDEEKCRVRVTLASDSEDLPSFKFEAGGRSYRHARQEVALVAIGELRQYFEEELDSSAFRYHPHKPHGQDYGSYTCPDGEESATLMHVVHMLNAMDTVGVEREKAAHDRENWNRDEICKLKSKVHRLQKELAELKGEAPPRTSKLRLTARKRTCPPPRLQLVSKIRVMGEAVPDRAEPVIDIISDEEEEEDPEEREPATPEEEDSSLRSDARRNYRHRISREIIRTRIHPLLPKTSWQISYVSDPLPFPAQPIQ
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Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
Leaf | Root | Panicle | |
FPKM | 0 | 0 | 0 |
Homologues
Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
---|---|---|---|---|---|
Leaf | Root | Panicle | |||
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_05g0247400 | SBH | 0.235026 | 0.013913 | 0.589058 |
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os03g35430 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os05g0247400 | SBH | None | None | None |
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_03G0337200 | RBH | 0.0038525 | 0.0027825 | 0 |
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_03G0313300 | SBH | 0.0043575 | 0.0020615 | 0.0043735 |
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |